nhmmscan - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

nhmmscan - zoek nucleotidesequentie(s) in een nucleotideprofieldatabase

KORTE INHOUD

hmmscan [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

nhmmscan wordt gebruikt om nucleotidesequenties te zoeken tegen verzamelingen nucleotiden
profielen. Voor elke reeks in , gebruikt u die zoekreeks om het doel te doorzoeken
database met profielen in en voer gerangschikte lijsten uit van de profielen met de meeste
significante overeenkomsten met de reeks.

De kan meer dan één queryreeks bevatten. Het kan in FASTA-indeling zijn, of
verschillende andere gangbare sequentiebestandsindelingen (onder andere genbank, embl en uniprot), of
in uitlijningsbestandsindelingen (stockholm, uitgelijnde fasta en andere). Zie de --qformat optie
voor een complete lijst.

De moet worden ingedrukt met behulp van hmmdruk voordat er mee gezocht kan worden hmmscan.
Dit creëert vier binaire bestanden, met het achtervoegsel .h3{fimp}.

De vraag kan '-' zijn (een streepje), in welk geval de zoekreeksen dat zijn
lees van a pijp in plaats van uit een bestand. De kan niet worden gelezen van a
stream, omdat het die vier aanvullende binaire bestanden nodig heeft die zijn gegenereerd door
hmmdruk.

Het uitvoerformaat is ontworpen om door mensen leesbaar te zijn, maar is vaak zo omvangrijk dat
lezen is onpraktisch, en het ontleden is lastig. De --tblout optie slaat uitvoer op in een
eenvoudig tabelformaat dat beknopt en gemakkelijker te ontleden is. De -o optie staat toe:
de hoofduitvoer omleiden, inclusief weggooien in /dev/null.

OPTIES

-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.

OPTIES VOOR CONTROLEREN OUTPUT

-o Leid de belangrijkste door mensen leesbare uitvoer naar een bestand in plaats van de standaard stdout.

--tblout
Bewaar een eenvoudig tabelvormig (door spaties gescheiden) bestand met een samenvatting van de uitvoer per treffer, met
één datalijn per gevonden homologe doelmodelhit.

--dfamtblout
Sla een tabelvormig (door spaties gescheiden) bestand op met een samenvatting van de uitvoer per treffer, vergelijkbaar met
--tblout maar beknopter.

--aliscoresuit
Sla op om een ​​lijst met scores per positie voor elke treffer op te slaan. Dit is handig voor
bijvoorbeeld bij het identificeren van gebieden met een hoge scoredichtheid voor gebruik bij het oplossen
overlappende hits van verschillende modellen.

--volgens Gebruik aanwinsten in plaats van namen in de hoofduitvoer, indien beschikbaar voor profielen
en/of reeksen.

--noali
Laat het uitlijningsgedeelte weg uit de hoofduitvoer. Dit kan de output sterk verminderen
volume.

--geentekstw
Unlimit de lengte van elke regel in de hoofduitvoer. De standaard is een limiet van 120
tekens per regel, wat helpt bij het netjes weergeven van de uitvoer op terminals en
in editors, maar kan de beschrijvingsregels van het doelprofiel afkappen.

--tekstw
Stel de lijnlengtelimiet van de hoofduitgang in op tekens per regel. De standaardwaarde is
120.

OPTIES VOOR RAPPORTAGE DREMPELS

Rapporteringsdrempels bepalen welke treffers worden gerapporteerd in uitvoerbestanden (de hoofduitvoer,
--tblouten --dfamtblout). Hits worden gerangschikt op statistische significantie (E-waarde).

-E Rapporteer doelprofielen met een E-waarde van <= . De standaardwaarde is 10.0, wat betekent
dat er gemiddeld ongeveer 10 valse positieven per zoekopdracht worden gerapporteerd, dus dat kan
zie de top van het geluid en bepaal zelf of het echt geluid is.

-T In plaats van de output op E-waarde te beperken, rapporteert u in plaats daarvan doelprofielen met een
bitscore van >= .

OPTIES VOOR INCLUSIE DREMPELS

Opnamedrempels zijn strenger dan meldingsdrempels. Controle van opnamedrempels
welke treffers betrouwbaar genoeg worden geacht om te worden opgenomen in een uitvoeruitlijning of a
volgende zoekronde. In nhmmscan, die geen uitlijnuitvoer heeft (zoals
num), hebben inclusiedrempels weinig effect. Ze hebben alleen invloed op welke hits worden gemarkeerd
significant (!) of twijfelachtig (?) in hitoutput.

--incl
Gebruik een E-waarde van <= als inclusiedrempel. De standaardwaarde is 0.01, wat betekent
dat er gemiddeld per 1 zoekopdrachten ongeveer 100 vals-positief zou worden verwacht
met verschillende zoekreeksen.

--incl
In plaats van E-waarden te gebruiken voor het instellen van de opnamedrempel, gebruikt u een bitscore van
>= als inclusiedrempel. Het zou ongebruikelijk zijn om bitscoredrempels te gebruiken
with hmmscan, omdat u niet verwacht dat een enkele scoredrempel zal werken
verschillende profielen; verschillende profielen hebben een iets andere verwachte score
distributies.

OPTIES VOOR MODELSPECIFIEK SCORE DREMPEL

Samengestelde profieldatabases kunnen voor elk profiel specifieke bitscoredrempels definiëren,
vervangt elke drempelwaarde die alleen op statistische significantie is gebaseerd.

Om deze opties te gebruiken, moet het profiel de juiste (GA, TC en/of NC)
optionele annotatie voor scoredrempel; dit wordt opgepikt door hmm bouwen van Stockholm formaat
uitlijningsbestanden. Voor een nucleotidemodel heeft elke drempeloptie één enkele treffer
drempelwaarde Dit werkt alsof -T --incl is specifiek toegepast met behulp van elk
de door het model samengestelde drempels.

--cut_ga
Gebruik de GA-bitscoredrempel (verzamelen) in het model om rapportage per treffer in te stellen
en inclusiedrempels. GA-drempels worden over het algemeen als betrouwbaar beschouwd
samengestelde drempels die het gezinslidmaatschap definiëren; bijvoorbeeld in Dfam, deze
drempels worden toegepast bij het annoteren van een genoom met een model van een bekende familie
in dat organisme worden aangetroffen. Ze kunnen een minimaal verwachte valse ontdekking mogelijk maken
rate.

--cut_nc
Gebruik de NC-bitscoredrempel (Noise Cutoff) in het model om rapportage per treffer in te stellen
en inclusiedrempels. NC-drempels zijn minder streng dan GA; in de context
van Pfam worden ze over het algemeen gebruikt om de score van de hoogst scorende bekende op te slaan
vals positief.

--cut_tc
Gebruik de NC-bitscoredrempel (trusted cutoff) in het model om per treffer in te stellen
rapportage- en inclusiedrempels. TC-drempels zijn strenger dan GA, en
worden over het algemeen beschouwd als de score van het laagst scorende bekende echt positieve
dat zijn vooral de bekende valse positieven; In Dfam zijn deze drempels dat bijvoorbeeld
toegepast bij het annoteren van een genoom met een model van een familie waarvan niet bekend is dat deze voorkomt
dat organisme.

CONTROL OF HET VERSNELLING PIJPLEIDING

HMMER3-zoekopdrachten worden versneld in een driestapsfilterpijplijn: het scanning-SSV-filter,
het Viterbi-filter en het Forward-filter. Het eerste filter is het snelste en meest
bij benadering; de laatste is het volledige Forward scoring-algoritme. Er is ook een biasfilter
stap tussen SSV en Viterbi. Doelstellingen die alle stappen in de versnellingspijplijn passeren
worden vervolgens onderworpen aan postprocessing - domeinidentificatie en scoren met behulp van de
Algoritme vooruit/achteruit.

Als u filterdrempels wijzigt, worden alleen doelen verwijderd of opgenomen; veranderen
filterdrempels veranderen niets aan bitscores, E-waarden of uitlijningen, die dat allemaal zijn
uitsluitend bepaald in de nabewerking.

--max Zet (bijna) alle filters uit, inclusief het biasfilter, en laat ze vollopen
Voorwaartse/achterwaartse nabewerking op het grootste deel van de doelsequentie. In contrast met
hmmscan, waar deze vlag de filters echt volledig uitschakelt, de --max vlag
in nhmmscan stelt de drempelwaarde voor het scannen-SSV-filter in op 0.4, niet op 1.0. Gebruik hiervan
flag verhoogt de gevoeligheid enigszins, tegen hoge kosten in snelheid.

--F1
Stel de P-waardedrempel voor de MSV-filterstap in. De standaardwaarde is 0.02, wat betekent
dat ongeveer 2% van de hoogst scorende niet-homologe doelen naar verwachting zal slagen
het filter.

--F2
Stel de P-waardedrempel in voor de Viterbi-filterstap. De standaardwaarde is 0.001.

--F3
Stel de P-waardedrempel in voor de filterstap Vooruit. De standaardwaarde is 1e-5.

--nobias
Schakel het biasfilter uit. Dit verhoogt de gevoeligheid enigszins, maar kan op een
hoge snelheidskosten, vooral als de query een vertekende residusamenstelling heeft (zoals
een repetitieve sequentieregio, of als het een membraaneiwit is met grote regio's van
hydrofobiciteit). Zonder het biasfilter kunnen te veel sequenties het filter passeren
met bevooroordeelde query's, wat leidt tot langzamer dan verwachte prestaties als de
rekenintensieve Forward/Backward-algoritmen dragen een abnormaal zware taak
te laden.

ANDERE OPTIES

--nul2
Schakel de nul2-scorecorrecties uit voor eenzijdige compositie.

-Z Stel dat het totale aantal doelen in uw zoekopdrachten is , voor de doeleinden
van per-reeks E-waardeberekeningen, in plaats van het daadwerkelijke aantal doelen
gezien.

--zaad
Stel het willekeurige nummer in op . Sommige stappen in de nabewerking vereisen Monte
Carlo-simulatie. De standaard is om een ​​vaste seed (42) te gebruiken, zodat de resultaten zijn
precies reproduceerbaar. Elk ander positief geheel getal geeft een andere (maar ook
reproduceerbare) resultaten. Een keuze van 0 gebruikt een willekeurig gekozen seed.

--qformat
Bevestig dat het queryreeksbestand de juiste indeling heeft . Geaccepteerde formaten zijn onder meer:
vasten, embl, genbank, ddbj, eenzijdig, Stockholm, pfam, a2men afa. De standaardwaarde is
om het formaat van het bestand automatisch te detecteren.

--w_bèta
Raamlengte staartmassa. De bovengrens, W, op de lengte waarop nhmmer verwacht
om een ​​exemplaar van het model te vinden, is zo ingesteld dat de fractie van alle reeksen
gegenereerd door het model met lengte >= W is minder dan . De standaardwaarde is 1e-7.
Deze vlag kan worden gebruikt om de waarde van te overschrijven W opgesteld voor het model door
hmm bouwen.

--w_lengte
Overschrijf de bovengrens van de lengte van de modelinstantie, W, die anders wordt bestuurd door
--w_bèta. Het moet groter zijn dan de lengte van het model. De waarde van W wordt diep gebruikt
in de acceleratiepijplijn, en bescheiden veranderingen zullen naar verwachting geen invloed hebben op de resultaten
(hoewel grotere waarden van W leiden tot een langere looptijd). Deze vlag mag gebruikt worden
overschrijf de waarde van W opgesteld voor het model door hmm bouwen.

--alleen de beste
Zoek alleen in de bovenste streng. Standaard worden zowel de zoekreeks als de omgekeerde volgorde
complement wordt gezocht.

--Alleen onderaan
Zoek alleen in de onderste streng (omgekeerd complement). Standaard is zowel de query
sequentie en het omgekeerde complement ervan worden doorzocht.

--processor
Stel het aantal parallelle worker-threads in op . HMMER stelt dit standaard in op
het aantal CPU-kernen dat het in uw machine detecteert - dat wil zeggen, het probeert te maximaliseren
het gebruik van uw beschikbare processorkernen. Instelling hoger dan het aantal
beschikbare kernen is van weinig of geen waarde, maar misschien wilt u het ergens op instellen
minder. U kunt dit aantal ook regelen door een omgevingsvariabele in te stellen,
HMMER_NCPU.

Deze optie is alleen beschikbaar als HMMER is gecompileerd met ondersteuning voor POSIX-threads.
Dit is de standaardinstelling, maar het kan zijn uitgeschakeld voor uw site of machine
een of andere reden.

--kraam
Voor het debuggen van de MPI master/worker-versie: pauzeer na het starten om de
ontwikkelaar om foutopsporingsprogramma's te koppelen aan de lopende master- en werkprocessen. Versturen
SIGCONT-signaal om de pauze op te heffen. (Onder gdb: (GDB) signaal VOLGENDE)

(Alleen beschikbaar als optionele MPI-ondersteuning was ingeschakeld tijdens het compileren.)

--mpi Uitvoeren in MPI master/worker-modus, met behulp van mpirun.

(Alleen beschikbaar als optionele MPI-ondersteuning was ingeschakeld tijdens het compileren.)

Gebruik nhmmscan online met behulp van onworks.net-services