Dit is het commando qualityScores dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
qualityScores - een onderdeel van subread suite
GEBRUIK
kwaliteitsscores [Opties] -i -o
Vereiste argumenten:
-i
Naam van invoerbestand inclusief gelezen gegevens. Het standaardformaat is Fastq.
-o
Naam van uitvoerbestand dat een tekstbestand is inclusief Phred-scores voor elke leesbasis.
Optionele argumenten:
--gzFASTQinvoer Het invoerbestand is in gzipped Fastq-indeling.
--BAMinvoer
Het invoerbestand is in BAM-indeling.
--SAinvoer
Het invoerbestand is in SAM-indeling.
--eerste einde
Gebruik alleen eerste leesbewerkingen in gepaarde gegevens. Alleen van toepassing voor BAM/SAM met twee uiteinden
invoer.
--tweede-einde
Gebruik alleen tweede leesbewerkingen in gepaarde gegevens. Alleen van toepassing voor BAM/SAM met gepaarde uiteinden
invoer.
--geteld-leest Totaal aantal uitlezingen dat uit de invoer moet worden gehaald
bestand. Standaard 10,000.
--phred-offset <33|64> verwijs naar subread aligner.
Gebruik qualityScores online met behulp van onworks.net-services
