rastep - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

rastep - (Raster3D Thermal Ellipsoid-programma)

KORTE INHOUD

rastap [-h] [iso] [-Bkleur Bmin Bmax] [-waarschijnlijk Pniveau] [-chique[0-3]] [-straal R] <
infile.pdb > ellipsoïden.r3d

rastap -tabuleren [tabbestand] [-op_atoomtype] [-com [comtabbestand]] < infile.pdb >
statistieken.tekst

Rastap leest een PDB-coördinatenbestand. Dit bestand moet ANISOU-records bevatten die beschrijven
atomen anisotroop verfijnd. Rastap kan een invoerbestand voor de Raster3D maken
renderprogramma of voer een statistische analyse uit van de atomaire anisotropie voor verschillende
klassen van invoeratomen. Standaard maakt het programma een ellipsoïde + stick-scène
beschrijving waarin elk atoom wordt weergegeven door een ellipsoïde die een iso-oppervlak omsluit van
de kansdichtheidsfunctie. Deze zijn algemeen bekend als thermische ellipsoïden.

Het programma kan in een alternatieve modus worden uitgevoerd, bestuurd door de optie -tabulate, waarin
de primaire uitvoer naar stdout is een lijst met de eigenwaarden van de Uij-matrix, gevolgd door
de corresponderende atomaire anisotropie en isotrope Ueq, voor elk atoom in het invoerbestand
met zowel een ATOM-record als een bijbehorend ANISOU-record. Deze modus wordt gebruikt door de
validatietools Parvati en Skittls.

Voorbeelden

Om thermische ellipsoïden te beschrijven op het 50% waarschijnlijkheidsniveau, met standaard CPK-kleuren, en
stuur het voor onmiddellijke weergave in een PNG-bestand

rastep < infile.pdb | render -png afbeelding.png

Om dezelfde ellipsoïden te beschrijven die door Biso zijn gekleurd, worden headerrecords weggelaten zodat de
resulterende invoerbestand kan worden samengevoegd met andere scènecomponenten

rastep -h -Bcolor 10. 30. < infile.pdb > ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d overige dingen.r3d | render > afbeelding.png

OPTIES

-zelf

Automatische selectie van kijkhoek, gekozen om de verspreiding van de atomen langs het beeld te minimaliseren
richting.

-Bkleur Bmin Bmax

Wijs kleuren toe op basis van B-waarden in plaats van ATOM-records te vergelijken met invoer of standaard
KLEUR opnamen. Atomen met B <= Bmin worden donkerblauw gekleurd; atomen met B >= Bmax zullen
lichtrood gekleurd zijn; atomen met Bmin < B < Bmax krijgen soepel verlopende kleuren toegewezen
door het spectrum van blauw naar rood.

-chique[0-6]

De -modieus optie selecteert steeds complexere representaties van de gerenderde ellipsoïden.
-fancy0 [standaard] = vast oppervlak
-fancy1 = hoofdassen van ellipsoïde, met transparant grensvlak
-fancy2 = gekleurde equatoriale vlakken van de ellipsoïde
-fancy3 = gekleurde equatoriale vlakken met transparant grensvlak
-fancy4 = transparant grensvlak met de langste hoofdas
-fancy5 = voor ORTEP-liefhebbers, een solide ellipsoïde met één ontbrekend octant
-fancy6 = voor ORTEP-liefhebbers die het ontbrekende octant in een aparte kleur willen hebben

-h

Koptekstrecords in uitvoer onderdrukken. Standaard rastap zal een uitvoerbestand produceren dat
begint met koprecords die een standaardset van schaal- en verwerkingsopties bevatten.
De -h flag zal deze koprecords onderdrukken. Deze optie is handig voor het maken van bestanden
die slechts een deel van een scène beschrijven en die later met een descriptor zullen worden gecombineerd
bestanden die door andere programma's zijn gemaakt.

iso

Forceer isotrope waarschijnlijkheidsoppervlakken (bollen). Rastep zoekt standaard naar ANISOU
records in het PDB-bestand en gebruik deze om ellipsoïden te genereren. Als er geen ANISOU-record is
aanwezig is voor een bepaald atoom, wordt de B-waarde gebruikt die in het ATOM/HETATM-record wordt gegeven
genereer in plaats daarvan een bol. Het selecteren van de iso optie dwingt het programma om de B
waarde in het ATOM-record, zelfs als er ook een ANISOU-record aanwezig is.

-mini

Automatische oriëntatie (zoals in -auto) en kleine plot (176x208).

- geen waterstof

Breng geen waterstofatomen in kaart, zelfs niet als ze in het PDB-bestand aanwezig zijn.

-waarschijnlijk Pniveau

Standaard worden iso-oppervlakken getekend om het waarschijnlijkheidsniveau van 50% in de dichtheid te omsluiten
functie beschreven door de Uij-waarden in het ANISOU-record. De -waarschijnlijk optie kunt u
selecteer in plaats daarvan een ander waarschijnlijkheidsniveau. Als 0 < Plevel < 1 wordt deze waarde geïnterpreteerd
als een breuk; als Pniveau > 1 wordt deze waarde geïnterpreteerd als een percentage.

-straal R

Rastep tekent standaard bindingen met een straal van 0.10A tussen naburige atomen die hetzelfde gebruiken
algoritme als staven. Met deze optie kunt u de straal van de bindingen wijzigen. Als de straal
is ingesteld op 0 worden er geen obligaties getrokken.

-tabuleren [tabbestand]

De optie -tabulate vraagt ​​dat het programma statistieken verzamelt en afdrukt op het
verdeling van anisotropie over atomen in het invoerbestand in plaats van een invoer te produceren
bestand voor weergave. De hoofdassen en anisotropie van elk atoom worden naar stdout geschreven. Een
algehele statistische samenvatting wordt naar tabfile geschreven indien gespecificeerd, anders naar stdout.

-op_atoomtype

De optie -by_atomtype is een modifier voor -tabuleren. Het veroorzaakt een verdere onderverdeling van
atomen per atoomtype bij het opstellen van statistische samenvattingen. Atoomsoorten zijn ontleend aan
kolommen 77:78 van de PDB ATOM-records.

-com [comtabbestand]

Tabelverdeling van anisotropie in schelpen op afstand van massamiddelpunt. Uitvoer naar
comtabfile indien gespecificeerd, anders naar stdout.

OPMERKINGEN

Er is weinig of geen consistentie in formaat tussen de verschillende programma's die wegschrijven
anisotrope verplaatsingsparameters. Dit programma interpreteert de Uij-waarden in de volgorde
gespecificeerd voor ANISOU-records in PDB-indeling. Dat wil zeggen, de kolommen 29-70 van het VOB-record zijn
geïnterpreteerd als gehele getallen die 10000 * Uij vertegenwoordigen, in de volgorde U11 U22 U33 U12 U13 U23.
Merk in het bijzonder op dat de volgorde van de kruistermen niet dezelfde is als die gebruikt door ORTEP
of shelx, die sowieso geen van beide het PDB-formaat gebruiken. Het programma shelxpro zal dat echter wel doen
correct geformatteerde PDB-records produceren vanuit een shelx-coördinatenbestand.

BRON

web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html contact opnemen met:
Ethan A Merritt
Universiteit van Washington, Seattle WA 98195
[e-mail beveiligd]

Gebruik rastep online met behulp van onworks.net-services