Dit is de opdrachtreprof die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
reprof - voorspel de secundaire structuur van eiwitten en de toegankelijkheid van oplosmiddelen
KORTE INHOUD
reprof -i [query.blastPsiMat] [OPTIES]
reprof -i [query.fasta] [OPTIES]
reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [OPTIES]
PRODUCTBESCHRIJVING
Voorspel de secundaire structuur van eiwitten en de toegankelijkheid van oplosmiddelen.
uitgang Formaat
Het uitvoerformaat spreekt voor zich, dat wil zeggen dat de kolommen van de uitvoer worden beschreven in de
uitvoerbestand zelf.
OPTIES
-l, --invoer=FILE
Voer een BLAST PSSM-matrixbestand in (vanuit de Blast -Q-optie) of voer een (enkelvoudig) FASTA-bestand in.
-O, --uit=FILE
Een uitvoerbestand of een map. Als er geen map is opgegeven, wordt het achtervoegsel van
de invoerbestandsnaam (dwz .fasta of .blastPsiMat) wordt vervangen om een uitvoer te maken
bestandsnaam.
--mutaties=[alles|BESTAND]
Ofwel het trefwoord "all" om alle mogelijke mutaties te voorspellen, ofwel een bestand met daarin
mutaties één per regel, zoals "C12M" voor C is gemuteerd naar M op positie 12:
C30Y
R31W
G48D
Deze mutatiecode wordt ook aan de uitvoerbestandsnaam gekoppeld met behulp van "_". Een extra
bestandsextensie "_ORI" bevat de voorspelling zonder evolutionaire informatie, zelfs als a
BLAST PSSM-matrix werd verstrekt.
--modeldir=DIR
Directory waarin de model- en featurebestanden worden opgeslagen. Standaard: /usr/share/reprof.
Gebruik reprof online met behulp van onworks.net-services
