wb_command - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

wb_command - opdrachtregelprogramma voor het uitvoeren van een verscheidenheid aan algoritmische taken met behulp van
volume-, oppervlakte- en grijsordinaatgegevens

KORTE INHOUD

PRODUCTBESCHRIJVING

-toevoegen aan spec-bestand EEN BESTAND TOEVOEGEN AAN EEN SPECIFICATIEBESTAND

wb_commando -toevoegen aan spec-bestand

- het specificatiebestand om aan toe te voegen - de structuur van de
data bestand - het pad naar het bestand

Het resulterende spec-bestand overschrijft het bestaande spec-bestand.
Als de specificatie

bestand niet bestaat, is het gemaakt met standaard metadata.
De structuur

argument moet een van de volgende zijn:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-backend-gemiddelde-dichte-roi CONNECTOME DB BACKEND COMMANDO VOOR CIFTI GEMIDDELDE DICHTE ROI

wb_commando -backend-gemiddelde-dichte-roi

- door komma's gescheiden lijst van cifti-indexen tot gemiddelde - het dossier
om de gemiddelde rij te schrijven naar

Deze opdracht is waarschijnlijk niet degene die u zoekt, probeer
-cifti-gemiddelde-dichte-roi. Het duurt de lijst met cifti-bestanden om het gemiddelde te nemen van
standaardinvoer en schrijft de uitvoer als little endian, 32-bits geheel getal van rijgrootte
gevolgd door de rij als 32-bits floats.

-backend-gemiddelde-roi-correlatie CONNECTOME DB BACKEND COMMANDO VOOR CIFTI GEMIDDELDE ROI
CORRELATIE

wb_commando -backend-gemiddelde-roi-correlatie

- door komma's gescheiden lijst van cifti-indexen tot gemiddelde en dan

correlaat

- bestand om de gemiddelde rij naar te schrijven

Deze opdracht is waarschijnlijk niet degene die u zoekt, probeer
-cifti-gemiddelde-roi-correlatie. Het duurt de lijst met cifti-bestanden om het gemiddelde te nemen van
standaardinvoer en schrijft de uitvoer als little endian, 32-bits geheel getal van rijgrootte
gevolgd door de rij als 32-bits floats.

-grens-export-kleurentabel SCHRIJF RANDNAMEN EN KLEUREN ALS TEKST

wb_commando -grens-export-kleurentabel

- het invoerrandbestand - output - het uitvoertekstbestand

[-class-colors] - gebruik klassenkleuren in plaats van de naamkleuren

Neemt de namen en kleuren van elke rand en schrijft deze in hetzelfde formaat als
-metrisch-label-import verwacht. Standaard zijn de randen gekleurd op naam van de rand,
specificeren -klasse-kleuren om ze in plaats daarvan per klasse te kleuren. De sleutelwaarden beginnen bij 1
en volg de volgorde van de randen in het bestand.

-border-bestand-export-naar-caret5 GRENSBESTAND EXPORTEREN NAAR CARET5-BESTANDSFORMAAT

wb_commando -border-bestand-export-naar-caret5

- werkbankrandbestand - voorvoegsel voor naam van
uitvoer caret5

border/borderproj/bordercolor-bestanden

[-surface] - herhaalbaar - specificeer een invoeroppervlak

- een oppervlaktebestand voor het niet-projecteren van randen

Een Workbench-randbestand kan randen bevatten voor meerdere structuren en randen
die zowel geprojecteerd als niet-geprojecteerd zijn. Het bevat ook een kleurentabel voor de
grenzen.

Caret5 heeft zowel border (niet-geprojecteerd) als borderprojectie (geprojecteerd) bestanden. In
bovendien bevat elk Caret5-rand- of randprojectiebestand doorgaans gegevens voor:
een enkele structuur. Caret5 gebruikt ook een randkleurbestand dat kleuren associeert
met de namen van de grenzen.

Deze opdracht zal proberen om zowel Caret5-rand- als grensprojectiebestanden uit te voeren.
Elk projectiebestand voor uitvoerrand/rand bevat gegevens voor één structuur, dus
er kunnen veel bestanden zijn gemaakt. De structuurnaam is opgenomen in de naam van
elk rand- of randprojectiebestand dat wordt gemaakt.

Met deze opdracht wordt ook één Caret5-randkleurbestand geproduceerd.

Het opgeven van oppervlak(ken) als invoerparameters is optioneel, maar wordt aanbevolen. Oppervlakken
kan nodig zijn om zowel geprojecteerde als niet-geprojecteerde coördinaten van grenzen te creëren.
Als het niet lukt om een ​​uitvoerrand of grensprojectie te produceren vanwege een
ontbrekend oppervlak met de bijpassende structuur, wordt een foutmelding weergegeven en
sommige uitvoerbestanden worden niet gemaakt.

Bij het schrijven van nieuwe bestanden zal deze opdracht een bestand met dezelfde naam overschrijven.

-grens-samenvoegen GRENSBESTANDEN SAMENVOEGEN IN EEN NIEUW BESTAND

wb_commando -grens-samenvoegen

- uitvoer - het uitvoergrensbestand

[-border] - herhaalbaar - specificeer een invoergrensbestand

- een randbestand om randen van te gebruiken

[-select] - herhaalbaar - selecteer een enkele rand om te gebruiken

- het grensnummer of de naam

[-up-to] - gebruik een inclusief bereik van randen

- het nummer of de naam van de laatste kolom die moet worden opgenomen

[-reverse] - gebruik het bereik in omgekeerde volgorde

Neemt een of meer randbestanden en maakt een nieuw randbestand van de randen in
Hen.

Voorbeeld: wb_command -grens-samenvoegen buiten.grens -grens eerste.grens -selecteer 1 -grens
tweede.grens

Dit voorbeeld zou de eerste rand van first.border nemen, gevolgd door alle randen
van second.border, en schrijf deze naar out.border.

-grens-resample RESAMPLE VAN EEN GRENSBESTAND NAAR EEN ANDER MESH

wb_commando -grens-resample

- het grensbestand om opnieuw te samplen - een bol oppervlak met
de mesh die de metriek is

momenteel aan

- een boloppervlak dat in register is met

en heeft de gewenste output mesh

- uitvoer - het uitvoergrensbestand

Herbemonstert een grensbestand, gegeven twee bolvormige oppervlakken die in register zijn. Enkel en alleen
grenzen die dezelfde structuur hebben als de huidige bol zullen opnieuw worden bemonsterd.

-grens-naar-rois MAAK METRISCHE ROIS VANAF DE GRENZEN

wb_commando -grens-naar-rois

- het oppervlak waarop de randen zijn getekend - het grensbestand
- output - het output-metrische bestand

[-border] - creëer ROI voor slechts één rand

- de naam van de grens

[-inverse] - gebruik inverse selectie (buitenrand)

Tekent standaard ROI's binnen alle randen in het grensbestand, als afzonderlijke metriek
kolommen.

-grens-naar-hoekpunten TEKEN RANDEN ALS VERTICES IN EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -grens-naar-hoekpunten

- het oppervlak waarop de randen zijn getekend - het grensbestand
- output - het output-metrische bestand

[-border] - creëer ROI voor slechts één rand

- de naam van de grens

Voert een metriek uit met enen op hoekpunten die een rand volgen, en nullen elders. Door
standaard wordt voor elke rand een aparte metrische kolom gemaakt.

-cifti-alle-labels-naar-rois MAAK ROIS VAN ALLE LABELS IN EEN CIFTI LABELKAART

wb_commando -cifti-alle-labels-naar-rois

- het invoer cifti-labelbestand - het nummer of de naam van de labelmap
gebruiken - output - het output cifti-bestand

Het output cifti-bestand heeft een kolom voor elk label in de gespecificeerde input map, other
dan de ??? label, die elk een ROI bevatten van alle hersencoördinaten die zijn
ingesteld op het bijbehorende label.

-cifti-gemiddelde GEMIDDELDE CIFTI-BESTANDEN

wb_commando -cifti-gemiddelde

- output - output cifti-bestand

[-exclude-outliers] - sluit uitbijters uit door standaarddeviatie van elk

element in bestanden - aantal standaarddeviaties onder het gemiddelde
naar

omvatten

- aantal standaarddeviaties boven het gemiddelde tot

omvatten

[-cifti] - herhaalbaar - specificeer een invoerbestand

- het invoer cifti-bestand

[-weight] - geef een gewicht voor dit bestand

- het te gebruiken gewicht

Gemiddelden cifti-bestanden samen.
Bestanden zonder -gewicht gespecificeerd zijn gegeven

een gewicht van 1.
If -uitbijters uitsluiten is gespecificeerd, bij elk element, de

gegevens over alle bestanden worden als een set genomen, het ongewogen gemiddelde en de voorbeeldstandaard
afwijking wordt gevonden en waarden buiten het gespecificeerde aantal standaarddeviaties
worden uitgesloten van het (potentieel gewogen) gemiddelde op dat element.

-cifti-gemiddelde-dichte-roi GEMIDDELDE CIFTI-RIJEN OVER ONDERWERPEN PER ROI

wb_commando -cifti-gemiddelde-dichte-roi

- uitvoer - uitvoer cifti dscalar-bestand

[-cifti-roi] - cifti-bestand met gecombineerde gewichten

- het roi cifti-bestand

[-in-memory] - cache de roi in het geheugen zodat deze niet opnieuw wordt gelezen voor

elke invoer cifti

[-left-roi] - gewichten om te gebruiken voor linker hempsfeer

- de linker roi als een metrisch bestand

[-right-roi] - gewichten om te gebruiken voor de rechter hempsfeer

- de juiste roi als metrisch bestand

[-cerebellum-roi] - gewichten om te gebruiken voor het oppervlak van het cerebellum

- het cerebellum roi als een metrisch bestand

[-vol-roi] - voxelgewichten om te gebruiken

- het roi-volumebestand

[-left-area-surf] - specificeer het linker oppervlak voor correctie van het hoekpunt

- het linker oppervlaktebestand

[-right-area-surf] - specificeer het juiste oppervlak voor correctie van het hoekpuntgebied

- het juiste oppervlaktebestand

[-cerebellum-area-surf] - specificeer het cerebellum-oppervlak voor het vertex-gebied

correctie - het cerebellum oppervlaktebestand

[-cifti] - herhaalbaar - specificeer een invoer cifti-bestand

- een cifti-bestand om het gemiddelde over te nemen

Gemiddelden van rijen voor elke kaart van de ROI('s), voor alle bestanden.
ROI-kaarten zijn:

behandeld als weegfuncties, inclusief negatieve waarden.
Voor

efficiëntie, zorg ervoor dat alles wat niet bedoeld is om te worden gebruikt nul is in de
ROI-kaart. Indien -cifti-roi is gespecificeerd, -links-roi, -rechts-roi, -cerebellum-roien
-vol-roi mag niet worden opgegeven. Als er meerdere niet-cifti ROI-bestanden zijn opgegeven,
ze moeten hetzelfde aantal kolommen hebben.

-cifti-gemiddelde-roi-correlatie CORRELEER ROI GEMIDDELDE MET ALLE RIJEN DAARNA GEMIDDELDE OVERAL
ONDERWERPEN

wb_commando -cifti-gemiddelde-roi-correlatie

- output - output cifti-bestand

[-cifti-roi] - cifti-bestand met gecombineerde gewichten

- het roi cifti-bestand

[-in-memory] - cache de roi in het geheugen zodat deze niet opnieuw wordt gelezen voor

elke invoer cifti

[-left-roi] - gewichten om te gebruiken voor linker hempsfeer

- de linker roi als een metrisch bestand

[-right-roi] - gewichten om te gebruiken voor de rechter hempsfeer

- de juiste roi als metrisch bestand

[-cerebellum-roi] - gewichten om te gebruiken voor het oppervlak van het cerebellum

- het cerebellum roi als een metrisch bestand

[-vol-roi] - voxelgewichten om te gebruiken

- het roi-volumebestand

[-left-area-surf] - specificeer het linker oppervlak voor correctie van het hoekpunt

- het linker oppervlaktebestand

[-right-area-surf] - specificeer het juiste oppervlak voor correctie van het hoekpuntgebied

- het juiste oppervlaktebestand

[-cerebellum-area-surf] - specificeer het cerebellum-oppervlak voor het vertex-gebied

correctie - het cerebellum oppervlaktebestand

[-cifti] - herhaalbaar - specificeer een invoer cifti-bestand

- een cifti-bestand om het gemiddelde over te nemen

Gemiddelden rijen voor elke kaart van de ROI (s), neemt de correlatie van elk ROI-gemiddelde
naar de rest van de rijen in hetzelfde bestand, en neemt vervolgens het gemiddelde van de resultaten over alle
bestanden. ROI's worden altijd behandeld als weegfuncties, inclusief negatieve waarden.
Zorg er voor efficiëntie voor dat alles wat niet bedoeld is om te worden gebruikt, nul is
de ROI-kaart. Indien -cifti-roi is gespecificeerd, -links-roi, -rechts-roi, -cerebellum-roi,
en -vol-roi mag niet worden opgegeven. Als er meerdere niet-cifti ROI-bestanden zijn opgegeven,
ze moeten hetzelfde aantal kolommen hebben.

-cifti-wijzig-tijdstap DE TIJDSTAP VAN EEN CIFTI-BESTAND WIJZIGEN

wb_commando -cifti-wijzig-tijdstap

- het cifti-bestand dat moet worden gewijzigd

[-row-timestep] - stel de tijdstap in langs rijen

- seconden per tijdstap

[-column-timestep] - stel de tijdstap in langs kolommen

- seconden per tijdstap

Waarschuwt als een opgegeven dimensie geen tijdpunten is, wijzigt anders de tijdstap,
en schrijft uiteindelijk het resultaat naar dezelfde bestandsnaam als er afmetingen zijn gewijzigd.
OPMERKING: u wilt waarschijnlijk -rij-tijdstap, omdat dat overeenkomt met de .dtseries.nii
specificatie. De andere optie is alleen beschikbaar voor de volledigheid.

-cifti-converteren Dump CIFTI MATRIX IN ANDERE FORMATEN

wb_commando -cifti-converteren

[-to-gifti-ext] - converteer naar externe binaire GIFTI

- het invoer cifti-bestand - output - het output gifti-bestand

[-from-gifti-ext] - converteer een GIFTI gemaakt met dit commando terug naar a

CIFTI - het input gifti-bestand - output - de output cifti
filet

[-reset-timepoints] - reset de mapping langs rijen naar tijdpunten,

lengte nemen van het gifti-bestand - de gewenste tijd tussen frames
- de gewenste tijdverschuiving van het initiële frame

[-unit] - gebruik een andere eenheid dan tijd

- eenheidsidentificatie (standaard TWEEDE)

[-reset-scalars] - reset toewijzing langs rijen naar scalairen, lengte innemen

uit het gifti-bestand

[-replace-binary] - vervang gegevens door een binair bestand

- het binaire bestand dat vervangende gegevens bevat

[-flip-endian] - byteswap het binaire bestand

[-transpose] - transponeer het binaire bestand

[-naar-nifti] - converteren naar NIFTI1

- het invoer cifti-bestand - output - het output nifti-bestand

[-from-nifti] - converteer een NIFTI (1 of 2) bestand gemaakt met dit commando terug

in CIFTI - het invoer nifti-bestand - een cifti-bestand met
de dimensie(s) en mapping(s)

dat moet worden gebruikt

- output - het output cifti-bestand

[-reset-timepoints] - reset de mapping langs rijen naar tijdpunten,

lengte nemen van het nifti-bestand - de gewenste tijd tussen frames
- de gewenste tijdverschuiving van het initiële frame

[-unit] - gebruik een andere eenheid dan tijd

- eenheidsidentificatie (standaard TWEEDE)

[-reset-scalars] - reset toewijzing langs rijen naar scalairen, lengte innemen

uit het nifti-bestand

[-naar-tekst] - converteren naar een tekstbestand zonder opmaak

- het invoer cifti-bestand - output - het uitvoertekstbestand

[-col-delim] - kies string om tussen elementen op een rij te zetten

- de te gebruiken tekenreeks (standaard is een tabteken)

[-from-text] - converteer van platte tekst naar cifti

- het invoertekstbestand - een cifti-bestand met de
dimensie(s) en mapping(s)

dat moet worden gebruikt

- output - het output cifti-bestand

[-col-delim] - specificeer string die tussen elementen in een rij staat

- de te gebruiken tekenreeks (standaard is elke witruimte)

[-reset-timepoints] - reset de mapping langs rijen naar tijdpunten,

lengte nemen van het tekstbestand - de gewenste tijd tussen frames
- de gewenste tijdverschuiving van het initiële frame

[-unit] - gebruik een andere eenheid dan tijd

- eenheidsidentificatie (standaard TWEEDE)

[-reset-scalars] - reset toewijzing langs rijen naar scalairen, lengte innemen

uit het tekstbestand

Deze opdracht wordt gebruikt om een ​​volledige CIFTI-matrix te converteren naar/van formaten die
gebruikt door programma's die CIFTI niet begrijpen. Als je een bestaande wilt schrijven
CIFTI-bestand met een andere CIFTI-versie, zie -bestand-converteren, En zijn
-cifti-versie-convert optie. Als u een deel van het CIFTI-bestand als metriek wilt,
label of volumebestand, zie -cifti-apart. Als u een CIFTI-bestand wilt maken:
uit metrische en/of volumebestanden, zie de -cifti-maken-* commando's. Je moet
specificeer precies één van -naar-gifti-ext, -van-gifti-ext, -naar-nifti, -van-nifti,
-sms'enof -van-tekst. De -transponeren optie om -van-gifti-ext is nodig als de
vervangend binair bestand is in kolom-hoofdvolgorde. De -eenheid opties accepteren deze
waarden:

TWEEDE HERTZ METER RADIAN

-cifti-converteren-naar-scalar WIJZIG EEN CIFTI-DIMENSIE IN NAAMDE SCALAIRE KAARTEN

wb_commando -cifti-converteren-naar-scalar

- invoer cifti-bestand - welke toewijzing moet worden gewijzigd in scalaire kaarten,
RIJ of KOLOM - output - output cifti-bestand

[-name-file] - specificeer namen voor de kaarten

- tekstbestand met kaartnamen, één per regel

Creëert een nieuw cifti-bestand met dezelfde gegevens als de invoer, maar met een van de
dimensies die zijn ingesteld om tekenreeksen te bevatten die elke kaart identificeren. Het specificeren van ROW zal
converteer een dtseries-bestand naar een dscalar-bestand.

-cifti-kopie-toewijzing VERVANG KAART OP EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-kopie-toewijzing

- het cifti-bestand om de gegevens van te gebruiken - welke richting
Aan om de toewijzing te vervangen - een cifti-bestand met
de gewenste mapping - welke richting op? de gebruiken
in kaart brengen

vanaf

- output - het output cifti-bestand

moet dezelfde lengte hebben in de vervangingsrichting als:
heeft langs de sjabloonrichting. Elk richtingsargument moet zijn
ofwel RIJ of KOLOM.

-cifti-correlatie GENEREER CORRELATIE VAN RIJEN IN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-correlatie

- invoer cifti-bestand - output - output cifti-bestand

[-roi-override] - correlatie uitvoeren van een subset van rijen naar alle rijen

[-left-roi] - gebruik een roi voor linker hempsphere

- de linker roi als een metrisch bestand

[-right-roi] - gebruik een roi voor de rechter hempsfeer

- de juiste roi als metrisch bestand

[-cerebellum-roi] - gebruik een roi voor cerebellum

- het cerebellum roi als een metrisch bestand

[-vol-roi] - gebruik een roi voor volume

- het volume roi-bestand

[-cifti-roi] - gebruik een cifti-bestand voor gecombineerde rois

- het cifti roi-bestand

[-weights] - specificeer kolomgewichten

- tekstbestand met één gewicht per kolom

[-fisher-z] - pas fisher small z-transformatie (dwz artanh) toe op correlatie

[-no-demean] - in plaats van correlatie, dot product van rijen, dan

normaliseren door diagonaal

[-covariantie] - bereken covariantie in plaats van correlatie

[-mem-limit] - geheugengebruik beperken

- geheugenlimiet in gigabytes

Voor elke rij (of elke rij binnen een roi als -roi-overschrijven is gespecificeerd), correleren
naar alle andere rijen. De -cifti-roi suboptie naar -roi-overschrijven mag niet worden opgegeven
met elke andere -*-roi suboptie, maar u kunt de andere -*-roi subopties specificeren
samen.

Bij gebruik van het -visser-z optie, de uitvoer is GEEN Z-score, het is artanh(r), to
doe verdere wiskunde op deze uitvoer, overweeg het gebruik van -cifti-wiskunde.

Door het geheugengebruik te beperken, berekent het de uitvoer in brokken, en als:
de grootte van het invoerbestand is meer dan 70% van de geheugenlimiet, het zal ook doorlezen
het invoerbestand aangezien rijen vereist zijn, wat resulteert in verschillende passages door de invoer
bestand (eenmaal per stuk). Geheugenlimiet hoeft geen geheel getal te zijn, u mag ook:
specificeer 0 om een ​​enkele uitvoerrij tegelijk te berekenen (dit kan erg traag zijn).

-cifti-correlatie-gradiënt CORRELEER CIFTI RIJEN EN NEEM GRADI .NT

wb_commando -cifti-correlatie-gradiënt

- de invoer cifti - output - de output cifti

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-links-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het linker oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-rechts-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het juiste oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-cerebellum-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van

ze berekenen vanaf het oppervlak van de kleine hersenen - het gecorrigeerde hoekpunt
gebieden, als een metriek

[-surface-presmooth] - glad op het oppervlak voordat de wordt berekend

verloop - de sigma voor het gladmaken van het Gauss-oppervlak

kern, in mm

[-volume-presmooth] - verzacht het volume voordat u het verloop berekent

- de sigma voor de gaussiaanse volume-afvlakkern,

in mm

[-undo-fisher-z] - pas de inverse fisher small z-transformatie toe op de

invoer

[-fisher-z] - pas de fisher small z-transformatie toe op de correlaties

voordat u de helling neemt

[-surface-exclude] - sluit hoekpunten nabij elk zaadpunt uit van

berekening - geodetische afstand van zaadvertex voor de uitsluiting

gebied, in mm

[-volume-exclude] - sluit voxels in de buurt van elke seed-voxel uit van berekening

- afstand van zaadvoxel voor de uitsluitingszone, in mm

[-covariantie] - bereken covariantie in plaats van correlatie

[-mem-limit] - geheugengebruik beperken

- geheugenlimiet in gigabytes

Bereken voor elke structuur de correlatie van de rijen in de structuur en neem
de hellingen van de resulterende rijen en vervolgens het gemiddelde. Geheugenlimiet niet nodig
om een ​​geheel getal te zijn, kunt u ook 0 specificeren om zo min mogelijk geheugen te gebruiken (dit
kan erg traag zijn).

-cifti-maken-dicht-van-sjabloon MAAK CIFTI MET BIJPASSENDE DICHTE KAART

wb_commando -cifti-maken-dicht-van-sjabloon

- bestand dat overeenkomt met hersencoördinaten van - uitvoer - de
output cifti-bestand

[-serie] - maak een dtseries-bestand in plaats van een dscalar

- toename tussen seriepunten - startwaarde van de reeks

[-unit] - selecteer eenheid voor serie (standaard TWEEDE)

- eenheidsidentificatie

[-volume-all] - specificeer een invoervolumebestand voor alle voxelgegevens

- het invoervolumebestand

[-from-cropped] - de invoer wordt bijgesneden tot de grootte van de voxel-gegevens

in het sjabloonbestand

[-cifti] - herhaalbaar - gebruik invoergegevens uit een cifti-bestand

- cifti-bestand met invoergegevens

[-metric] - herhaalbaar - gebruik invoergegevens uit een metrisch bestand

- in welke structuur het metrische bestand moet worden geplaatst - invoer
metrisch bestand

[-label] - herhaalbaar - gebruik invoergegevens van oppervlaktelabelbestanden

- in welke structuur het labelbestand moet worden geplaatst - invoerlabel
filet

[-volume] - herhaalbaar - gebruik een volumebestand voor een enkel volume

de gegevens van de structuur - in welke structuur het volumebestand moet worden geplaatst
- het invoervolumebestand

[-from-cropped] - de invoer wordt bijgesneden tot de grootte van het volume

structuur

Deze opdracht helpt u een nieuw dscalar-, dtseries- of dlabel cifti-bestand te maken dat:
komt overeen met de hersengeordende ruimte die in een ander cifti-bestand wordt gebruikt. Het sjabloonbestand moet
de gewenste hersencoördinaatruimte hebben in de afbeelding langs de kolomrichting (voor
dtseries, dscalar, dlabel en symmetrische dconn is dit altijd het geval). Alle invoer
cifti-bestanden moeten een hersenmodel hebben dat langs de kolom in kaart wordt gebracht en hetzelfde volume gebruiken
ruimte en/of oppervlakte hoekpunt tellen als de sjabloon voor structuren die ze bevatten.
Als invoerbestanden labelgegevens bevatten, zijn invoerbestanden met niet-labelgegevens dat niet:
toegestaan, en de -serie optie mag niet worden gebruikt.

Elke structuur die niet wordt gedekt door een invoer, is gevuld met nullen of de niet-gelabelde
sleutel.

De argument van -metriek, -etiket or -volume moet een van de zijn
volgende:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

Het argument om -eenheid moet een van de volgende zijn:

TWEEDE HERTZ METER RADIAN

-cifti-creëren-dichte-scalair MAAK EEN CIFTI DICHT SCALAIRE BESTAND

wb_commando -cifti-creëren-dichte-scalair

- output - het output cifti-bestand

[-volume] - volumecomponent

- volumebestand met alle voxelgegevens voor alle volumes

structuren

- labelvolumebestand met labels voor cifti

structuren

[-left-metric] - metrisch voor linker oppervlak

- het metrische bestand

[-roi-left] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het linker oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-right-metric] - metrisch voor linker oppervlak

- het metrische bestand

[-roi-right] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-cerebellum-metrisch] - metriek voor het cerebellum

- het metrische bestand

[-roi-cerebellum] - roi van hoekpunten te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

Alle invoerbestanden moeten hetzelfde aantal kolommen/subvolumes hebben.
Alleen

de gespecificeerde componenten zullen in de output cifti staan.
Kaartnamen worden

overgenomen uit een van de invoerbestanden.
Ten minste één onderdeel moet:

gespecificeerd.
Het labelvolume moet enkele van de labelnamen hebben van:

deze lijst worden alle andere labelnamen genegeerd:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-cifti-maken-dichte-tijdreeksen MAAK EEN CIFTI DICHTE TIMESERIES

wb_commando -cifti-maken-dichte-tijdreeksen

- output - het output cifti-bestand

[-volume] - volumecomponent

- volumebestand met alle voxelgegevens voor alle volumes

structuren

- labelvolumebestand met labels voor cifti

structuren

[-left-metric] - metrisch voor linker oppervlak

- het metrische bestand

[-roi-left] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het linker oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-right-metric] - metrisch voor linker oppervlak

- het metrische bestand

[-roi-right] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-cerebellum-metrisch] - metriek voor het cerebellum

- het metrische bestand

[-roi-cerebellum] - roi van hoekpunten te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-timestep] - stel de tijdstap in

- de tijdstap, in seconden (standaard 1.0)

[-timestart] - stel de starttijd in

- de tijd bij het eerste frame, in seconden (standaard 0.0)

[-unit] - gebruik een andere eenheid dan tijd

- eenheidsidentificatie (standaard TWEEDE)

Alle invoerbestanden moeten hetzelfde aantal kolommen/subvolumes hebben.
Alleen

de gespecificeerde componenten zullen in de output cifti staan.
Minstens een

onderdeel moet worden opgegeven.
Het labelvolume moet een aantal van de

labelnamen uit deze lijst, alle andere labelnamen worden genegeerd:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

De -eenheid optie accepteert deze waarden:

TWEEDE HERTZ METER RADIAN

-cifti-label maken MAAK EEN CIFTI-LABELBESTAND

wb_commando -cifti-label maken

- output - het output cifti-bestand

[-volume] - volumecomponent

- volumebestand met de labelgegevens - label
volumebestand met cifti-structuurnamen naar

definieer de volumepakketten

[-left-label] - labelbestand voor linkeroppervlak

- het labelbestand

[-roi-left] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het linker oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-right-label] - label voor linker oppervlak

- het labelbestand

[-roi-right] - roi van hoekpunten om te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

[-cerebellum-label] - label voor het cerebellum

- het labelbestand

[-roi-cerebellum] - roi van hoekpunten te gebruiken vanaf het rechter oppervlak

- de ROI als een metrisch bestand

Alle invoerbestanden moeten hetzelfde aantal kolommen/subvolumes hebben.
Alleen

de gespecificeerde componenten zullen in de output cifti staan.
Minstens een

onderdeel moet worden opgegeven.

De -volume optie van -cifti-label maken vereist twee volume-argumenten, de
label-volume argument bevat alle labels die u wilt weergeven (bijv. kernen van de
thalamus), terwijl het pakketvolume-argument alle CIFTI-structuren omvat die u
gegevens wilt opnemen binnen (bijv. THALAMUS_LEFT, THALAMUS_RIGHT). Als je gewoon wilt
de labels in voxels de structuurnamen zijn, u kunt voor beide hetzelfde bestand gebruiken
argumenten. Het pakketvolume moet enkele van de labelnamen uit deze lijst gebruiken, allemaal
andere labelnamen in het pakketvolume worden genegeerd:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-cifti-create-scalaire-serie IMPORTEER SERIE GEGEVENS IN CIFTI

wb_commando -cifti-create-scalaire-serie

- Invoer bestand - output - output cifti-bestand

[-transponeren] - gebruik als de rijen van het tekstbestand langs de scalar liggen

dimensie

[-name-file] - gebruik een tekstbestand om namen in te stellen op scalaire dimensie

- tekstbestand met namen, één per regel

[-serie] - stel de eenheden en waarden van de reeks in

- het te gebruiken apparaat - de waarde op het eerste seriepunt - de
interval tussen seriepunten

Converteer een tekstbestand met reeksen van gelijke lengte naar een cifti-bestand. De tekst
bestand moet regels bevatten die bestaan ​​uit getallen gescheiden door witruimte, zonder extra
nieuwe regels tussen de regels.

De argument moet een van de volgende zijn:

TWEEDE HERTZ METER RADIAN

-cifti-kruiscorrelatie EEN CIFTI-BESTAND CORRELEREN MET EEN ANDER CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-kruiscorrelatie

- eerste invoer cifti-bestand - tweede invoer cifti-bestand
- output - output cifti-bestand

[-weights] - specificeer kolomgewichten

- tekstbestand met één gewicht per kolom

[-fisher-z] - pas fisher small z-transformatie (dwz artanh) toe op correlatie

[-mem-limit] - geheugengebruik beperken

- geheugenlimiet in gigabytes

Correleert elke rij in met elke rij erin .
De

mapping langs kolommen in wordt de afbeelding langs rijen in de uitvoer.

Bij gebruik van het -visser-z optie, de uitvoer is GEEN Z-score, het is artanh(r), to
doe verdere wiskunde op deze uitvoer, overweeg het gebruik van -cifti-wiskunde.

Door het geheugengebruik te beperken, berekent het de uitvoer in brokken, door:
doorlezen meerdere keren.

-cifti-verwijden DILATE EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-verwijden

- het invoer cifti-bestand - welke dimensie moet worden uitgezet,
RIJ of KOLOM - de afstand tot uitzetten op oppervlakken, in mm
- de te verwijden afstand in het volume, in mm -
output - het output cifti-bestand

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-links-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het linker oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-rechts-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het juiste oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-cerebellum-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van

ze berekenen vanaf het oppervlak van de kleine hersenen - het gecorrigeerde hoekpunt
gebieden, als een metriek

[-bad-brainordinate-roi] - specificeer een roi van hersencoördinaten om te overschrijven,

in plaats van nullen - cifti dscalar- of dtseries-bestand, positieve waarden
duiden

hersenordinaat om hun waarden te laten vervangen

[-nearest] - gebruik de dichtstbijzijnde waarde bij het dilateren van niet-labelgegevens

[-merged-volume] - behandel volumecomponenten alsof ze een enkele zijn

bestanddeel

Voor alle gegevenswaarden die als slecht zijn aangemerkt, als ze naast een goede waarde liggen of binnen
de opgegeven afstand van een goede waarde in hetzelfde soort model, vervang de waarde
met een op afstand gewogen gemiddelde van nabije goede waarden, stel anders de waarde in op
nul. Indien -dichtstbijzijnde is opgegeven, gebruikt het de waarde van de dichtstbijzijnde goede waarde
binnen het bereik in plaats van een gewogen gemiddelde.

.De -*-gecorrigeerde-gebieden opties zijn bedoeld om uit te zetten op groepsgemiddelde
oppervlakken, maar het is slechts een benaderende correctie voor de vermindering van structuur
in een groepsgemiddelde oppervlakte.

If -slecht-brainordinate-roi is opgegeven, alle waarden, inclusief die met waarde
nul, zijn goed, behalve voor locaties met een positieve waarde in de ROI. Als het is
niet gespecificeerd, alleen waarden gelijk aan nul zijn slecht.

-cifti-schatting-fwhm SCHATTE FWHM-GLADHEID VAN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-schatting-fwhm

- het invoer cifti-bestand

[-merged-volume] - behandel volumecomponenten alsof ze een enkele zijn

bestanddeel

[-kolom] - alleen outputschattingen voor één kolom

- het kolomnummer

[-surface] - herhaalbaar - specificeer een invoeroppervlak

- voor welke structuur dit oppervlak moet worden gebruikt? - het oppervlaktebestand

Schat de gladheid van de componenten van het cifti-bestand en druk de schattingen af
naar standaarduitvoer. Indien -samengevoegd-volume wordt gebruikt, worden alle voxels als een enkele gebruikt
component, in plaats van gescheiden door structuur.

moet een van de volgende zijn:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-cifti-export-dichte-mapping SCHRIJF INDEX NAAR ELEMENTMAPPING ALS TEKST

wb_commando -cifti-export-dichte-mapping

- het cifti-bestand - vanuit welke richting de toewijzing moet worden geëxporteerd,
RIJ of KOLOM

[-volume-all] - exporteer de mapping van alle voxels

- output - het uitvoertekstbestand

[-no-cifti-index] - schrijf de cifti-index niet in het uitvoerbestand

[-structuur] - schrijf de structuur waartoe elke voxel behoort in de uitvoer

filet

[-surface] - herhaalbaar - exporteer de mapping van één oppervlaktestructuur

- de structuur om uit te voeren - output - het uitvoertekstbestand

[-no-cifti-index] - schrijf de cifti-index niet in het uitvoerbestand

[-volume] - herhaalbaar - exporteer de toewijzing van één volumestructuur

- de structuur om uit te voeren - output - het uitvoertekstbestand

[-no-cifti-index] - schrijf de cifti-index niet in het uitvoerbestand

Deze opdracht produceert tekstbestanden die de toewijzing beschrijven van cifti-indexen naar
oppervlaktehoeken of voxels. Alle indices zijn op nul gebaseerd. Het standaardformaat voor
-oppervlakte is lijnen van de vorm:



Het standaardformaat voor -volume en -volume-alles is lijnen van de vorm:



-cifti-extrema VIND EXTREMA IN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-extrema

- de invoer cifti - de minimale afstand tussen extremen
van hetzelfde

type, voor oppervlaktecomponenten

- de minimale afstand tussen extrema van hetzelfde

type, voor volumecomponenten

- in welke dimensie moet je extrema vinden, RIJ of KOLOM -
output - de output cifti

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-surface-presmooth] - glad op het oppervlak voordat extremen worden gevonden

- de sigma voor het gladmaken van het Gauss-oppervlak

kern, in mm

[-volume-presmooth] - maak volumecomponenten glad voordat extremen worden gevonden

- de sigma voor de gaussiaanse volume-afvlakkern,

in mm

[-threshold] - negeer kleine extrema

- de grootste waarde om te overwegen als een minimum - het kleinste
waarde om te overwegen als een maximum

[-merged-volume] - behandel volumecomponenten alsof ze een enkele zijn

bestanddeel

[-sum-maps] - voer de som van de extrema-kaarten uit in plaats van elke kaart

afzonderlijk

[-consolidate-mode] - gebruik consolidatie van lokale minima in plaats van a

grote buurt

[-only-maxima] - vind alleen de maxima

[-only-minima] - vind alleen de minima

Vindt ruimtelijke locaties in een cifti-bestand die extremere waarden hebben dan alle
nabijgelegen locaties in dezelfde component (oppervlakte- of volumestructuur). de ingang
cifti-bestand moet een hersenmodel hebben dat in de opgegeven richting in kaart wordt gebracht. KOLOM
is de richting die werkt op dtseries en dscalar. Voor dconn, als het symmetrisch is
gebruik KOLOM, gebruik anders RIJ.

-cifti-false-correlatie VERGELIJK CORRELATIE LOKAAL EN OVER/VIA SULCI/GYRI

wb_commando -cifti-false-correlatie

- het cifti-bestand dat moet worden gebruikt voor correlatie <3D-dist> - maximale 3D-afstand
om elk hoekpunt te controleren - maximale geodetische afstand om voor te gebruiken
naburig

correlatie

- minimale geodetische afstand om te gebruiken voor naburige

correlatie

- output - het output cifti dscalar-bestand

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-dump-text] - dump de gebruikte onbewerkte maten naar een tekstbestand

- het uitvoertekstbestand

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-dump-text] - dump de gebruikte onbewerkte maten naar een tekstbestand

- het uitvoertekstbestand

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-dump-text] - dump de gebruikte onbewerkte maten naar een tekstbestand

- het uitvoertekstbestand

Bereken voor elk hoekpunt de gemiddelde correlatie binnen een bereik van geodetische
afstanden die geen sulcus/gyrus overschrijden, en de correlatie met de dichtstbijzijnde
hoekpunt dat een sulcus/gyrus kruist. Een hoekpunt wordt geacht een sulcus/gyrus te kruisen als
de 3D-afstand is minder dan een derde van de geodetische afstand. Het uitvoerbestand
bevat de verhouding tussen deze correlaties en enkele aanvullende kaarten om te helpen
leg de verhouding uit.

-cifti-vind-clusters FILTER CLUSTERS OP GEBIED/VOLUME

wb_commando -cifti-vind-clusters

- de invoer cifti - drempel voor oppervlaktegegevens
waarden - drempel voor oppervlaktecluster, in mm^2
- drempel voor volumegegevenswaarden -
drempel voor volumeclustergrootte, in mm^3 - welke dimensie te gebruiken voor
ruimtelijke informatie, ROW of

COLUMN

- output - de output cifti

[-minder-dan] - vind waarden kleiner dan , liever dan

meer

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen

vanaf de oppervlakte - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen

vanaf de oppervlakte - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen

vanaf de oppervlakte - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cifti-roi] - zoek alleen binnen interessegebieden

- de regio's om binnen te zoeken, als een cifti-bestand

[-merged-volume] - behandel volumecomponenten alsof ze een enkele zijn

bestanddeel

[-size-ratio] - negeer clusters die kleiner zijn dan een bepaalde fractie van de

grootste cluster in de structuur - fractie van de structuur
grootste clustergebied - fractie van de grootste cluster van de structuur
volume

[-distance] - negeer clusters verder dan een bepaalde afstand van de

grootste cluster in de structuur - hoe ver van de grootste?
cluster een cluster kan

zijn, van rand tot rand, in mm

- hoe ver een cluster van het grootste cluster kan zijn,

rand tot rand, in mm

[-start] - begin met het labelen van clusters vanaf een andere waarde dan 1

- de waarde om het eerste gevonden cluster te geven

Voert een cifti-bestand uit met niet-nul gehele getallen voor alle hersencoördinaten binnen een grote
genoeg cluster, en nullen elders. De gehele getallen geven clusterlidmaatschap aan (door
standaard gebruikt het eerste gevonden cluster waarde 1, tweede cluster 2, enz.). de ingang
cifti-bestand moet een afbeelding van hersenmodellen hebben op de gekozen dimensie, kolommen voor
.dtseries, en ofwel voor .dconn. De ROI zou een hersenmodel moeten hebben dat in kaart wordt gebracht
kolommen, exact overeenkomend met de toewijzing van de gekozen richting in het invoerbestand.
Gegevens buiten de ROI worden genegeerd.

-cifti-gradiënt NEEM VERLOOP VAN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-gradiënt

- de invoer cifti - welke maat het verloop moet nemen,
RIJ of KOLOM - output - de output cifti

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-links-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het linker oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-rechts-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het juiste oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-cerebellum-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van

ze berekenen vanaf het oppervlak van de kleine hersenen - het gecorrigeerde hoekpunt
gebieden, als een metriek

[-surface-presmooth] - glad op het oppervlak voordat de wordt berekend

verloop - de sigma voor het gladmaken van het Gauss-oppervlak

kern, in mm

[-volume-presmooth] - glad op het oppervlak voordat het verloop wordt berekend

- de sigma voor de gaussiaanse volume-afvlakkern,

in mm

[-gemiddelde-uitvoer] - voer het gemiddelde van de gradiëntmagnitudekaarten uit

in plaats van elke gradiëntkaart afzonderlijk

[-vectoren] - uitgangsgradiëntvectoren

- uitvoer - de vectoren, als een dscalar-bestand

Voert gradiëntberekening uit op elk onderdeel van het cifti-bestand, en optioneel:
het gemiddelde van de resulterende gradiënten. De -vectoren en -gemiddelde output opties misschien niet
samen worden gebruikt. U moet voor elke oppervlaktestructuur een oppervlak specificeren in de
cifti-bestand. De KOLOM-richting zou sneller moeten zijn, en is de richting die werkt
op dt-serie. Voor dconn wil je waarschijnlijk ROW, tenzij je gebruikt
-gemiddelde output.

-cifti-label-nabijheid MAAK NAASTMATRIX VAN EEN CIFTI-LABELBESTAND

wb_commando -cifti-label-nabijheid

- het invoer cifti-labelbestand - output - de output cifti
pconn aangrenzende matrix

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

Zoek naast elkaar liggende voxels en verbonden hoekpunten met verschillende labelwaarden,
en tel ze voor elk paar. Zet de resulterende tellingen in een perceel
connectiviteitsbestand, waarbij de diagonaal nul is. Dit geeft een ruwe schatting van
hoe lang of uitgestrekt de grens tussen twee labels is.

-cifti-label-export-tabel ETIKETTABEL EXPORTEREN VAN CIFTI ALS TEKST

wb_commando -cifti-label-export-tabel

- het invoer cifti-labelbestand - het nummer of de naam van de labelmap
gebruiken - output - het uitvoertekstbestand

Neemt de labeltabel van de cifti-labelmap en schrijft deze naar een tekstformaat
overeenkomen met wat wordt verwacht door -cifti-label-import.

-cifti-label-import MAAK EEN CIFTI-LABELBESTAND VAN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-label-import

- het invoer cifti-bestand - tekstbestand met de waarden
en namen voor labels - output - het output cifti-labelbestand

[-discard-others] - stel alle waarden die niet in de labellijst worden vermeld in op de

??? etiket

[-unlabeled-value] - stel de waarde in die als niet-gelabeld zal worden geïnterpreteerd

- de numerieke waarde voor niet-gelabeld (standaard 0)

[-drop-unused-labels] - verwijder alle ongebruikte labelwaarden van het label

tafel

Maakt een cifti-labelbestand van een cifti-bestand met labelachtige waarden.
Je

kan de lege string specificeren ('' werkt op linux/mac) for ,
die zal worden behandeld alsof het een leeg bestand is. Het labellijstbestand moet hebben:
regels van het volgende formaat:



Geef de "niet-gelabelde" sleutel niet op in het bestand, er wordt aangenomen dat 0 betekent niet
gelabeld tenzij -waarde zonder label is gespecificeerd. Labelnamen moeten op een aparte
regel, maar mag spaties of andere ongebruikelijke tekens bevatten (maar geen nieuwe regel).
Witruimte wordt aan beide uiteinden van de labelnaam bijgesneden, maar blijft behouden als deze zich in de
midden van een label. De waarden van rood, groen, blauw en alfa moeten gehele getallen zijn van
0 tot 255, en specificeert de kleur waarin het label wordt getekend (alfa van 255 betekent
ondoorzichtig, wat waarschijnlijk is wat u wilt). Standaard worden er nieuwe labelnamen ingesteld
met namen van LABEL_# voor alle gevonden waarden die niet in de lijst staan
bestand, specificeer -gooi-anderen om deze in plaats daarvan in te stellen op de "niet-gelabelde" toets.

-cifti-label-naar-roi MAAK VAN EEN CIFTI-LABEL EEN ROI

wb_commando -cifti-label-naar-roi

- het invoer cifti-labelbestand - output - de output cifti
scalair bestand

[-name] - selecteer label op naam

- de labelnaam waarvan je een rooie wilt

[-key] - selecteer label met toets

- de labelsleutel waarvan u een roi wilt hebben

[-map] - selecteer een kaart met één label om te gebruiken

- het kaartnummer of de naam

Voor elke kaart in , wordt een kaart gemaakt in waar alle locaties
gelabeld met of met een sleutel van krijgen een waarde van 1, en
alle andere locaties krijgen 0. Precies één van -naam en -sleutel moet worden opgegeven.
Specificeren -kaart om slechts één kaart te gebruiken van .

-cifti-wiskunde EVALUEER UITDRUKKING OP CIFTI-BESTANDEN

wb_commando -cifti-wiskunde

- de uitdrukking om te evalueren, tussen aanhalingstekens - uitvoer - de
output cifti-bestand

[-fixnan] - vervang NaN-resultaten door een waarde

- waarde om NaN te vervangen door

[-override-mapping-check] - controleer de toewijzingen niet op compatibiliteit,

alleen lengte controleren

[-var] - herhaalbaar - een cifti-bestand om als variabele te gebruiken

- de naam van de variabele, zoals gebruikt in de uitdrukking - de cifti
bestand om als deze variabele te gebruiken

[-select] - herhaalbaar - selecteer een enkele index uit een dimensie

- de dimensie om uit te kiezen (1-gebaseerd) - de te gebruiken index (1-gebaseerd)

[-repeat] - herhaal de geselecteerde waarden voor elke index van uitvoer in

deze dimensie

Deze opdracht evalueert bij elk matrixelement afzonderlijk. Daar
moet minimaal één zijn -var optie (om de uitvoerlay-out op te halen), zelfs als de
gespecificeerd in het wordt niet gebruikt in .

Om een ​​enkele kolom uit een 2D-bestand te selecteren (de meeste cifti-bestanden zijn 2D), gebruik -selecteer 1
, waar is 1-gebaseerd. Om een ​​enkele rij uit een 2D-bestand te selecteren, gebruik
-selecteer 2 . Waar -selecteer niet wordt gebruikt, moeten de cifti-bestanden compatibel zijn
toewijzingen (bijv. toewijzingen van hersenmodellen en percelen moeten exact overeenkomen, behalve voor)
pakketnamen). Gebruik maken van -override-mapping-controle om deze controle over te slaan.

Bestandsnamen zijn niet geldig in , gebruik een variabelenaam en a -var optie met
bij elkaar passen om een ​​invoerbestand op te geven. het formaat van is als
volgt:

Expressies bestaan ​​uit constanten, variabelen, operators, haakjes en functies,
in infix-notatie, zoals 'exp(-x + 3) * schaal'. Variabelen zijn strings van any
lengte, met de tekens az, AZ, 0-9 en _, maar mag niet de naam a . hebben
constante genoemd. Momenteel is er maar één constante, PI. de operators
zijn +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Deze gedragen zich als in C, behalve
dat ^ machtsverheffen is, dwz pow(x, y), en heeft een hogere prioriteit dan andere
binaire operatoren (ook '-3^-4^-5' betekent '-(3^(-(4^-5)))'). De <=, >=, ==, en !=
operators krijgen een kleine hoeveelheid speelruimte, gelijk aan een miljoenste van de
kleinere van de absolute waarden van de waarden die worden vergeleken.

Vergelijking en logische operatoren retourneren 0 of 1, u kunt maskeren met expressies
zoals 'x * (masker > 0)'. Voor alle logische operatoren wordt een invoer als waar beschouwd iff
het is groter dan 0. De uitdrukking '0 < x < 5' is syntactisch niet verkeerd, maar
het zal NIET doen wat gewenst is, omdat het van links naar rechts wordt geëvalueerd, dat wil zeggen '((0
x) < 5)', wat altijd 1 zal opleveren, aangezien beide mogelijke resultaten van een vergelijking zijn
kleiner dan 5. Er wordt een waarschuwing gegenereerd als een uitdrukking van dit type wordt gedetecteerd.
Gebruik iets als 'x > 0 && x < 5' om het gewenste gedrag te krijgen.

Witruimte tussen elementen wordt genegeerd, ' sin ( 2 * x ) ' is gelijk aan
'sin(2*x)', maar 's in(2*x)' is een fout. Impliciete vermenigvuldiging is niet toegestaan,
de uitdrukking '2x' wordt geparseerd als een variabele. Haakjes zijn (), niet gebruiken
[] of {}. Functies vereisen haakjes, de uitdrukking 'sin x' is een fout.

De volgende functies worden ondersteund:

sin: 1 argument, de sinus van het argument (eenheden zijn radialen) cos: 1 argument, de
cosinus van het argument (eenheden zijn radialen) tan: 1 argument, de tangens van de
argument (eenheden zijn radialen) asin: 1 argument, de inverse van sinus van het argument,
in radialen acos: 1 argument, de inverse van cosinus van het argument, in radialen
atan: 1 argument, de inverse van tangens van het argument, in radialen atan2: 2
argumenten, atan2(y, x) retourneert de inverse van tangens van

(y/x), in radialen, kwadrant bepalen door het teken van beide argumenten

sinh: 1 argument, de hyperbolische sinus van het argument cosh: 1 argument, de
cosinus hyperbolicus van het argument tanh: 1 argument, de tangens hyperboloc van de
argument asinh: 1 argument, de inverse sinus hyperbolicus van het argument acosh: 1
argument, de inverse cosinus hyperbolicus van het argument atanh: 1 argument, de
inverse hyperboloc tangens van het argument ln: 1 argument, de natuurlijke logaritme van
het argument exp: 1 argument, de constante e verheven tot de macht van het argument
log: 1 argument, de logaritme met grondtal 10 van het argument sqrt: 1 argument, het kwadraat
wortel van het argument abs: 1 argument, de absolute waarde van de argumentbodem: 1
argument, het grootste gehele getal niet groter dan de argumentronde: 1 argument, de
dichtstbijzijnde gehele getal, met banden afgerond vanaf

nul

ceil: 1 argument, het kleinste gehele getal niet minder dan het argument min: 2 argumenten,
min(x, y) geeft y als (x > y), x anders max: 2 argumenten, max(x, y) geeft y terug
if (x < y), x anders mod: 2 argumenten, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), of 0 als
y == 0 klem: 3 argumenten, klem(x, laag, hoog) = min(max(x, laag), hoog)

-cifti-samenvoegen SAMENVOEGEN CIFTI TIMESERIES, SCALAIRE OF LABELBESTANDEN

wb_commando -cifti-samenvoegen

- output - output cifti-bestand

[-cifti] - herhaalbaar - specificeer een invoer cifti-bestand

- een cifti-bestand om kolommen uit te gebruiken

[-kolom] - herhaalbaar - selecteer een enkele kolom om te gebruiken

- de kolomindex (vanaf 1)

[-up-to] - gebruik een inclusief bereik van kolommen

- de index van de laatste kolom die moet worden opgenomen

[-reverse] - gebruik het bereik in omgekeerde volgorde

Gegeven invoer CIFTI-bestanden die overeenkomende toewijzingen langs kolommen hebben, en waarvoor:
toewijzingen langs rijen zijn van hetzelfde type, allemaal series, scalaire waarden of labels, dit
commando voegt de gespecificeerde kolommen horizontaal samen (rijen worden langer).

Voorbeeld: wb_command -cifti-samenvoegen out.dtseries.nii -cifti eerste.dtseries.nii -kolom
1 -cifti tweede.dtseries.nii

In dit voorbeeld wordt de eerste kolom uit first.dtseries.nii genomen, gevolgd door all
kolommen uit second.dtseries.nii, en schrijf deze kolommen naar out.dtseries.nii.

-cifti-samenvoegen-dicht SAMENVOEGEN CIFTI-BESTANDEN LANGS DIMENSE DIMENSIE

wb_commando -cifti-samenvoegen-dicht

- welke dimensie moet worden samengevoegd, RIJ of KOLOM - uitgang -
het output cifti-bestand

[-cifti] - herhaalbaar - specificeer een invoer cifti-bestand

- een cifti-bestand om samen te voegen

De ingevoerde cifti-bestanden moeten overeenkomende toewijzingen hebben in de richting niet
gespecificeerd, en de afbeelding langs de gespecificeerde richting moet hersenmodellen zijn.

-cifti-paarsgewijze-correlatie CORRELEER GEKOPPELDE RIJEN TUSSEN TWEE CIFTI-BESTANDEN

wb_commando -cifti-paarsgewijze-correlatie

- eerste invoer cifti-bestand - tweede invoer cifti-bestand
- output - output cifti-bestand

[-fisher-z] - pas fisher small z-transformatie (dwz artanh) toe op correlatie

Voor elke rij in , correleer het met dezelfde rij in , en zet de
resulteren in dezelfde rij van , die slechts één kolom heeft.

-cifti-palet PALET INSTELLEN OP EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-palet

- de cifti-ingang - de kaartmodus - uitvoer - de
output cifti-bestand

[-kolom] - selecteer een enkele kolom voor scalaire kaarten

- het kolomnummer of de naam

[-pos-percentage] - percentage min/max voor positieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst positieve gegevens - de
percentiel voor de meest positieve gegevens

[-neg-procent] - percentage min/max voor negatieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst negatieve gegevens - de
percentiel voor de meest negatieve gegevens

[-pos-user] - gebruiker min/max waarden voor positieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst positieve gegevens - de waarde
voor de meest positieve gegevens

[-neg-user] - gebruiker min/max waarden voor negatieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst negatieve gegevens - de waarde
voor de meest negatieve gegevens

[-interpoleren] - kleuren interpoleren

- boolean, al dan niet interpoleren

[-disp-pos] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-neg] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-zero] - gegevens dichter bij nul weergeven dan de minimale grens

- boolean, al dan niet weergeven

[-palette-name] - stel het gebruikte palet in

- de naam van het palet

[-thresholding] - stel de drempelwaarde in

- drempelinstelling - waarden binnen of buiten drempelwaarden weergeven
- lagere drempel - bovenste drempel

OPMERKING: Het uitvoerbestand moet een ander bestand zijn dan het invoerbestand.

Voor scalaire kaarten wordt het palet standaard voor elke kaart gewijzigd, specificeer -kolom
om slechts één kaart te wijzigen. Paletinstellingen die niet zijn opgegeven, worden overgenomen van de
eerste kolom voor scalaire kaarten, en uit het bestaande bestandspalet voor andere toewijzingen
types. De argument moet een van de volgende zijn:

MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE

De argument om -paletnaam moet een van de volgende zijn:

PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Oranje-Geel Grijs_Interp_Positief
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rood-geel blauw-lichtblauw FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blauw fsl_geel JET256

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE

-cifti-perceel-toewijzing-naar-label MAAK DLABEL UIT GEPACELLEERD BESTAND

wb_commando -cifti-perceel-toewijzing-naar-label

- het invoerverkavelt bestand - welke dimensie moet je nemen
pakketkaart van, RIJ of KOLOM - een cifti-bestand met de gewenste
dicht in kaart brengen langs

kolom

- output - het output-dichte labelbestand

Dit commando zal een dlabel-bestand uitvoeren, handig om dezelfde verkaveling uit te voeren naar:
nog een dik bestand.

Voor ptseries, pscalar, plabel, pconn en pdconn, ROW gebruiken voor zullen
werken.

-cifti-pakket VERZEND EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-pakket

- het cifti-bestand om te pakketteren - een cifti-labelbestand om te gebruiken
voor de verkaveling - welke mapping naar parcellate, ROW of COLUMN
- output - output cifti-bestand

Elk label in het cifti-labelbestand wordt behandeld als een pakket, en alle rijen of
kolommen binnen het pakket worden gemiddeld samen om de uitvoerrij of -kolom te vormen.
Als ROW is opgegeven, dan moet de invoertoewijzing langs rijen hersencoördinaten zijn, en
de uitvoertoewijzing langs rijen zal pakketten zijn, wat betekent dat kolommen worden gemiddeld
samen. Gebruik KOLOM voor dtseries of dscalar.

-cifti-verkleinen VOER REDUCTIEBEWERKING UIT LANGS CIFTI RIJEN

wb_commando -cifti-verkleinen

- het cifti-bestand om te verkleinen - de te gebruiken reductie-operator
- output - het output cifti-bestand

[-exclude-outliers] - sluit standaard uitschieters uit elke rij uit

afwijking - aantal standaarddeviaties onder het gemiddelde tot

omvatten

- aantal standaarddeviaties boven het gemiddelde tot

omvatten

Neemt voor elke cifti-rij de gegevens langs een rij als een vector en voert de . uit
gespecificeerde reductie erop, waarbij het resultaat in de enkele uitvoerkolom wordt geplaatst:
rij. De reductie-operators zijn als volgt:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-cifti-opnieuw bestellen BESTEL DE PAKKETTEN OF SCALAIRE/LABELKAARTEN IN EEN CIFTI-BESTAND OPNIEUW

wb_commando -cifti-opnieuw bestellen

- invoer verkaveld cifti-bestand - welke dimensie opnieuw te ordenen
langs, RIJ of KOLOM - een tekstbestand met de gewenste volgorde
transformatie - output - het opnieuw geordende cifti-bestand

De toewijzing langs de opgegeven richting moet pakketjes, scalairen of labels zijn. Voor
pscalar of ptseries, gebruik KOLOM om de pakketten opnieuw te ordenen. Gebruik ROW voor dlabel. De
bestand moet 1-gebaseerde indexen bevatten, gescheiden door witruimte (spaties,
nieuwe regels, tabbladen, enz.), met zoveel indexen als heeft langs de opgegeven
dimensie. Deze indexen geven aan welke huidige index daarin moet eindigen
positie, bijvoorbeeld als de huidige order 'ABC D' is, en de gewenste order is
'DAB C', het tekstbestand moet '4 1 2 3' bevatten.

-cifti-vervang-structuur VERVANG GEGEVENS IN EEN STRUCTUUR IN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-vervang-structuur

- de cifti om te wijzigen - welke dimensie te interpreteren als a
enkele kaart, RIJ of KOLOM

[-volume-all] - vervang de gegevens in alle volumecomponenten

- het ingangsvolume

[-from-cropped] - de invoer wordt bijgesneden tot de grootte van de gegevens

[-discard-unused-labels] - wanneer u met een dlabel-bestand werkt, laat elke

ongebruikte labeltoetsen uit de labeltabel

[-label] - herhaalbaar - vervang de gegevens in een oppervlaktelabelcomponent

- de structuur om de gegevens te vervangen van - het invoerlabelbestand

[-metrisch] - herhaalbaar - vervang de gegevens in een oppervlaktecomponent

- de structuur om de gegevens van te vervangen - de invoerstatistiek

[-volume] - herhaalbaar - vervang de gegevens in een volumecomponent

- de structuur om de gegevens van te vervangen - het ingangsvolume

[-from-cropped] - de invoer wordt bijgesneden tot de grootte van de component

U moet ten minste één van: -metriek, -etiket, -volumeof -volume-alles hiervoor
opdracht om iets te doen. Invoervolumes moeten overeenkomen met de uitvoer van
-cifti-apart. Gebruik voor dtseries/dscalar KOLOM, en als uw matrix zal zijn
volledig symmetrisch, KOLOM is efficiënter. Het structuurargument moet een van zijn
het volgende:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-cifti-herbemonsteren VOEG EEN CIFTI-BESTAND AAN IN EEN NIEUWE CIFTI-RUIMTE

wb_commando -cifti-herbemonsteren

- het cifti-bestand om opnieuw te samplen - de richting van de invoer
dat moet opnieuw worden gesampled - een cifti-bestand met de cifti-spatie
resamplen naar - de richting van de sjabloon die moet worden gebruikt als de

ruimte herbemonsteren

- specificeer een methode voor het opnieuw bemonsteren van het oppervlak - specificeer een
volume-interpolatiemethode: - output - het output cifti-bestand

[-surface-largest] - gebruik het grootste gewicht in plaats van het gewogen gemiddelde wanneer

oppervlakte resampling doen

[-volume-predilate] - verwijd de volumecomponenten voordat u opnieuw gaat samplen

- afstand, in mm, om uit te zetten

[-surface-postdilate] - verwijd de oppervlaktecomponenten na resampling

- afstand, in mm, om uit te zetten

[-affiene] - gebruik een affiene transformatie op de volumecomponenten

- het te gebruiken affiene bestand

[-flirt] - MOET worden gebruikt als affiene een flirt affiene is

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene
- het doelvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene

[-warpfield] - gebruik een warpfield op de volumecomponenten

- het te gebruiken warpveld

[-fnirt] - MOET gebruikt worden bij gebruik van een fnirt warpfield

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de

oorlogsveld

[-left-spheres] - specificeer sferen voor het herbemonsteren van het linkeroppervlak

- een bol met hetzelfde gaas als de huidige links

oppervlak

- een bol met de nieuwe linker mesh die in register is

met de huidige bol

[-left-area-surfs] - specificeer linker oppervlakken om vertex area te doen

correctie op basis van - een relevant linker anatomisch oppervlak met
actueel

mesh

- een relevant linker anatomisch oppervlak met nieuwe mesh

[-left-area-metrics] - specificeer de metrieken van het linker hoekpuntgebied om het gebied te doen

correctie op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor de
actueel

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

[-right-spheres] - specificeer sferen voor het opnieuw bemonsteren van het rechteroppervlak

- een bol met dezelfde mesh als de huidige rechts

oppervlak

- een bol met de nieuwe juiste mesh die in register is

met de huidige bol

[-right-area-surfs] - specificeer de juiste oppervlakken om het vertex-gebied te doen

correctie op basis van - een relevant rechter anatomisch oppervlak met
actueel

mesh

- een relevant rechter anatomisch oppervlak met nieuw gaas

[-right-area-metrics] - specificeer de juiste vertex area-metrics om area te doen

correctie op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor de
actueel

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

[-cerebellum-spheres] - specificeer sferen voor herbemonstering van het cerebellumoppervlak

- een bol met hetzelfde gaas als de stroom

cerebellum oppervlak

- een bol met het nieuwe cerebellum-gaas dat erin zit

registreren bij de huidige bol

[-cerebellum-area-surfs] - specificeer cerebellum-oppervlakken om vertex te doen

gebiedscorrectie op basis van - een relevant cerebellum anatomisch oppervlak
with

huidige mesh

- een relevant cerebellum anatomisch oppervlak met nieuwe mesh

[-cerebellum-area-metrics] - specificeer cerebellum vertex area metrics to

voer gebiedscorrectie uit op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor
de huidige

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

Hersample cifti-gegevens naar een andere hersengeordende ruimte.
Gebruik KOLOM voor

de richting om dscalar, dlabel of dtseries opnieuw te samplen.
Beide opnieuw samplen

afmetingen van een dconn vereist dat deze opdracht twee keer wordt uitgevoerd, eenmaal met COLUMN en
een keer met ROW. Als u een dconn resample en uw machine een grote hoeveelheid heeft
geheugen, kunt u overwegen om -cifti-hersample-dconn-geheugen schrijven vermijden
en het herlezen van een tussenbestand. Als er geen bollen zijn gespecificeerd voor een oppervlak
structuur die in de cifti-bestanden bestaat, worden de gegevens gekopieerd zonder opnieuw te samplen of
verwijding. Ontsluiting wordt gedaan met de 'dichtstbijzijnde' methode, en wordt gedaan op
voor oppervlaktegegevens. Volumecomponenten worden vóór dilatatie opgevuld, zodat dilatatie
niet tegen de rand van het onderdeelbegrenzingsvak aanloopt.

De aanbevolen methoden voor herbemonstering zijn ADAP_BARY_AREA en CUBIC (kubieke spline),
behalve voor labelgegevens die ADAP_BARY_AREA en ENCLOSING_VOXEL moeten gebruiken.

De argument moet een van de volgende zijn:

KUBIEKE OMSLUITING_VOXEL DRIELINEAIR

De argument moet een van de volgende zijn:

ADAP_BARY_AREA BARYCENTRISCH

-cifti-hersample-dconn-geheugen GEBRUIK VEEL GEHEUGEN OM DCONN TE RESAMPELEN

wb_commando -cifti-hersample-dconn-geheugen

- het cifti-bestand om opnieuw te samplen - een cifti-bestand met
de cifti-ruimte om naar te resamplen - de richting van de sjabloon
te gebruiken als de

ruimte herbemonsteren

- specificeer een methode voor het opnieuw bemonsteren van het oppervlak - specificeer een
volume-interpolatiemethode: - output - het output cifti-bestand

[-surface-largest] - gebruik het grootste gewicht in plaats van het gewogen gemiddelde wanneer

oppervlakte resampling doen

[-volume-predilate] - verwijd de volumecomponenten voordat u opnieuw gaat samplen

- afstand, in mm, om uit te zetten

[-surface-postdilate] - verwijd de oppervlaktecomponenten na resampling

- afstand, in mm, om uit te zetten

[-affiene] - gebruik een affiene transformatie op de volumecomponenten

- het te gebruiken affiene bestand

[-flirt] - MOET worden gebruikt als affiene een flirt affiene is

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene
- het doelvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene

[-warpfield] - gebruik een warpfield op de volumecomponenten

- het te gebruiken warpveld

[-fnirt] - MOET gebruikt worden bij gebruik van een fnirt warpfield

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de

oorlogsveld

[-left-spheres] - specificeer sferen voor het herbemonsteren van het linkeroppervlak

- een bol met hetzelfde gaas als de huidige links

oppervlak

- een bol met de nieuwe linker mesh die in register is

met de huidige bol

[-left-area-surfs] - specificeer linker oppervlakken om vertex area te doen

correctie op basis van - een relevant linker anatomisch oppervlak met
actueel

mesh

- een relevant linker anatomisch oppervlak met nieuwe mesh

[-left-area-metrics] - specificeer de metrieken van het linker hoekpuntgebied om het gebied te doen

correctie op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor de
actueel

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

[-right-spheres] - specificeer sferen voor het opnieuw bemonsteren van het rechteroppervlak

- een bol met dezelfde mesh als de huidige rechts

oppervlak

- een bol met de nieuwe juiste mesh die in register is

met de huidige bol

[-right-area-surfs] - specificeer de juiste oppervlakken om het vertex-gebied te doen

correctie op basis van - een relevant rechter anatomisch oppervlak met
actueel

mesh

- een relevant rechter anatomisch oppervlak met nieuw gaas

[-right-area-metrics] - specificeer de juiste vertex area-metrics om area te doen

correctie op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor de
actueel

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

[-cerebellum-spheres] - specificeer sferen voor herbemonstering van het cerebellumoppervlak

- een bol met hetzelfde gaas als de stroom

cerebellum oppervlak

- een bol met het nieuwe cerebellum-gaas dat erin zit

registreren bij de huidige bol

[-cerebellum-area-surfs] - specificeer cerebellum-oppervlakken om vertex te doen

gebiedscorrectie op basis van - een relevant cerebellum anatomisch oppervlak
with

huidige mesh

- een relevant cerebellum anatomisch oppervlak met nieuwe mesh

[-cerebellum-area-metrics] - specificeer cerebellum vertex area metrics to

voer gebiedscorrectie uit op basis van - een metrisch bestand met hoekpunten voor
de huidige

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor de nieuwe mesh

Deze opdracht doet hetzelfde als hardlopen -cifti-herbemonsteren tweemaal, maar gebruikt geheugen
tot ongeveer 2x de grootte van het tussenbestand. Dit is
omdat de tussenliggende dconn in het geheugen wordt bewaard, in plaats van naar schijf te worden geschreven, en
de componenten voor en na resampling/dilatatie moeten in het geheugen staan ​​op de
tegelijkertijd tijdens de betreffende berekening. Als er geen bollen zijn gespecificeerd voor a
oppervlaktestructuur die bestaat in de cifti-bestanden, de gegevens worden gekopieerd zonder
resampling of dilatatie. Ontsluiting wordt gedaan met de 'dichtstbijzijnde' methode, en wordt gedaan op
voor oppervlaktegegevens. Volumecomponenten worden opgevuld vóór dilatatie, dus
die verwijding loopt niet in de rand van het onderdeelbegrenzingsvak.

De argument moet een van de volgende zijn:

KUBIEKE OMSLUITING_VOXEL DRIELINEAIR

De argument moet een van de volgende zijn:

ADAP_BARY_AREA BARYCENTRISCH

-cifti-beperkende-dichte-kaart BRAINORDINATEN UITSLUITEN VAN EEN CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-beperkende-dichte-kaart

- de invoer cifti - welke dimensie de toewijzing moet wijzigen
op, RIJ of KOLOM - output - de output cifti

[-cifti-roi] - cifti-bestand met gecombineerde rois

- de rois als cifti-bestand

[-left-roi] - hoekpunten te gebruiken vanaf de linker hemisfeer

- de linker roi als een metrisch bestand

[-right-roi] - hoekpunten om te gebruiken vanaf de rechter hemisfeer

- de juiste roi als metrisch bestand

[-cerebellum-roi] - hoekpunten om te gebruiken vanuit het cerebellum

- het cerebellum roi als een metrisch bestand

[-vol-roi] - voxels om te gebruiken

- het roi-volumebestand

Schrijft een aangepaste versie van , waar alle hersencoördinaten buiten de
gespecificeerde roi(s) worden uit het bestand verwijderd. Indien -cifti-roi is gespecificeerd, geen andere
-*-roi optie kan worden gespecificeerd. Indien niet gebruikt -cifti-roi, alle -*-roi opties niet
present zal de relevante structuur verwijderen, indien aanwezig in het invoerbestand.

-cifti-roi-gemiddelde GEMIDDELDE RIJEN IN EEN ENKEL CIFTI-BESTAND

wb_commando -cifti-roi-gemiddelde

- het cifti-bestand om rijen van gemiddeld te maken - uitvoer tekstbestand van
de gemiddelde waarden

[-cifti-roi] - cifti-bestand met gecombineerde rois

- de rois als cifti-bestand

[-left-roi] - hoekpunten te gebruiken vanaf de linker hemisfeer

- de linker roi als een metrisch bestand

[-right-roi] - hoekpunten om te gebruiken vanaf de rechter hemisfeer

- de juiste roi als metrisch bestand

[-cerebellum-roi] - hoekpunten om te gebruiken vanuit het cerebellum

- het cerebellum roi als een metrisch bestand

[-vol-roi] - voxels om te gebruiken

- het roi-volumebestand

Bereken het gemiddelde van de rijen die binnen de opgegeven ROI's vallen en schrijf de resulterende
gemiddelde rij naar een tekstbestand, gescheiden door nieuwe regels. Indien -cifti-roi is gespecificeerd,
-links-roi, -rechts-roi, -cerebellum-roien -vol-roi mag niet worden opgegeven.

-cifti-rois-van-extrema MAAK CIFTI ROI-KAARTEN VANUIT EXTREMA-KAARTEN

wb_commando -cifti-rois-van-extrema

- de invoer cifti - geodetische afstandslimiet van vertex, in mm
- Euclidische afstandslimiet van voxelcentrum, in mm - die
dimensie waar een extrema-kaart langs is, RIJ of KOLOM - uitvoer - de uitvoer
Het echtpaar

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-gaussian] - genereer Gauss-kernels in plaats van platte ROI's

- de sigma voor de oppervlakte Gauss-kernel, in mm - de
sigma voor het volume Gauss-kernel, in mm

[-overlap-logic] - hoe om te gaan met overlappende ROI's, standaard TOESTAAN

- de methode om overlappingen op te lossen

[-merged-volume] - behandel volumecomponenten alsof ze een enkele zijn

bestanddeel

Maak voor elke niet-nulwaarde in elke kaart een kaart met een ROI rond die locatie.
Indien de -gaussiaans optie is opgegeven, dan worden genormaliseerde Gauss-kernels uitgevoerd
in plaats van ROI's. De argument om -overlap-logica moet een van TOESTAAN zijn,
DICHTBIJ, of UITSLUITEN. ALLOW is de standaard, en betekent dat ROI's worden behandeld
onafhankelijk van elkaar en kunnen elkaar overlappen. DICHTST betekent dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat:
geen ROI bevat hoekpunten die dichter bij een ander beginpunt liggen. UITSLUITEN betekent:
dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat elk hoekpunt binnen het bereik van meer dan één ROI
behoort niet tot een ROI.

-cifti-apart SCHRIJF EEN CIFTI-STRUCTUUR ALS METRISCH, LABEL OF VOLUME

wb_commando -cifti-apart

- de cifti om een ​​onderdeel van te scheiden - in welke richting?
scheiden in componenten, RIJ of KOLOM

[-volume-all] - scheid alle volumestructuren in een volumebestand

- uitvoer - het uitvoervolume

[-roi] - voer ook de roi uit waarvan voxels gegevens hebben

- output - het roi-uitvoervolume

[-label] - voer een volumelabelbestand uit dat de locatie van . aangeeft

structuren - output - het labeluitvoervolume

[-crop] - snij het volume bij tot de grootte van de gegevens in plaats van de

oorspronkelijke volumegrootte

[-label] - herhaalbaar - scheid een oppervlaktemodel in een oppervlaktelabel

het dossier - de structuur om uit te voeren - uitvoer - het uitvoerlabel
filet

[-roi] - voer ook de roi uit waarvan de hoekpunten gegevens hebben

- output - de roi-outputstatistiek

[-metrisch] - herhaalbaar - scheid een oppervlaktemodel in een metriekbestand

- de structuur om uit te voeren - output - de outputstatistiek

[-roi] - voer ook de roi uit waarvan de hoekpunten gegevens hebben

- output - de roi-outputstatistiek

[-volume] - herhaalbaar - scheid een volumestructuur in een volumebestand

- de structuur om uit te voeren - uitvoer - het uitvoervolume

[-roi] - voer ook de roi uit waarvan voxels gegevens hebben

- output - het roi-uitvoervolume

[-crop] - volume bijsnijden op de grootte van het onderdeel in plaats van te gebruiken

de oorspronkelijke volumegrootte:

Gebruik voor dtseries, dscalar en dlabel KOLOM voor , en als je een
symmetrische dconn, KOLOM is efficiënter.

U moet ten minste één van: -metriek, -volume-alles, -volumeof -etiket hiervoor
opdracht om iets te doen. Uitvoervolumes zullen ruimtelijk in lijn liggen met hun origineel
posities, al dan niet bijgesneden.

voor elk argument, gebruik dan een van de volgende tekenreeksen:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-cifti-gladmakend EEN CIFTI-BESTAND VLOEIEN

wb_commando -cifti-gladmakend

- de invoer cifti - de sigma voor het gaussiaanse oppervlak
gladmakende korrel,

in mm

- de sigma voor de gaussiaanse volume-afvlakkern, in

mm

- welke dimensie moet worden afgevlakt, RIJ of KOLOM - uitgang -
de output cifti

[-left-surface] - specificeer het te gebruiken linkeroppervlak

- het linker oppervlaktebestand

[-links-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het linker oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-right-surface] - specificeer het juiste oppervlak om te gebruiken

- het juiste oppervlaktebestand

[-rechts-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van te rekenen

ze van het juiste oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-cerebellum-oppervlak] - specificeer het te gebruiken cerebellum-oppervlak

- het cerebellum oppervlaktebestand

[-cerebellum-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van

ze berekenen vanaf het oppervlak van de kleine hersenen - het gecorrigeerde hoekpunt
gebieden, als een metriek

[-cifti-roi] - alleen vloeiend maken binnen interessegebieden

- de regio's om binnenin glad te strijken, als een cifti-bestand

[-fix-zeros-volume] - behandel waarden van nul in het volume als ontbrekende gegevens

[-fix-zeros-surface] - behandel waarden van nul op het oppervlak als ontbrekend

gegevens

[-merged-volume] - vloeiend over de grenzen van de subcorticale structuur

Het invoer-cifti-bestand moet een hersenmodel hebben dat in kaart is gebracht op de gekozen dimensie,
kolommen voor .dtseries, en ofwel voor .dconn. Standaard zijn gegevens in verschillende
structuren worden onafhankelijk afgevlakt (dwz "percelen beperkt" afvlakken), dus
volumestructuren die elkaar raken, vloeien niet over deze grens. Specificeer
-samengevoegd-volume deze grenzen te negeren. Oppervlaktevereffening maakt gebruik van de
GEO_GAUSS_AREA afvlakkingsmethode.

De -*-gecorrigeerde-gebieden opties zijn bedoeld voor wanneer het onvermijdelijk is om glad te strijken
groepsgemiddelde oppervlakken, het is slechts een benaderende correctie voor de reductie van
structuur in een groepsgemiddelde oppervlakte. Het is beter om de gegevens glad te strijken op
individuen vóór het gemiddelde, indien mogelijk.

De -fix-nullen-* opties behandelen waarden van nul als een gebrek aan gegevens, en niet gebruiken
die waarde bij het genereren van de afgevlakte waarden, maar zal nullen vullen met
geëxtrapoleerde waarden. De ROI zou een hersenmodel moeten hebben dat langs kolommen in kaart wordt gebracht,
exact overeenkomen met de toewijzing van de gekozen richting in het invoerbestand. Gegevens
buiten de ROI wordt genegeerd.

-cifti-statistieken STATISTIEKEN LANGS CIFTI-KOLOMMEN

wb_commando -cifti-statistieken

- de invoer cifti

[-reduceren] - gebruik een reductiebewerking

- de reductiebewerking

[-percentiel] - geef de waarde op een percentiel

- het te vinden percentiel

[-kolom] - geef alleen uitvoer weer voor één kolom

- de kolomindex (vanaf 1)

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een cifti-bestand

[-match-maps] - elke invoerkolom gebruikt de bijbehorende kolom

uit het roi-bestand

[-show-map-name] - kolomindex en naam afdrukken voor elke uitvoer

Voor elke kolom van de invoer wordt een enkel nummer afgedrukt, resulterend uit de
gespecificeerde reductie- of percentielbewerking. Gebruiken -kolom om alleen output te geven voor a
enkele kolom. Gebruiken -Koning om alleen de gegevens binnen een regio te bekijken. Precies een van
-verminderen or -percentiel moet worden opgegeven.

Het argument tegen de -verminderen optie moet een van de volgende zijn:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-cifti-transponeren EEN CIFTI-BESTAND TRANSPONEREN

wb_commando -cifti-transponeren

- het invoer cifti-bestand - output - het output cifti-bestand

[-mem-limit] - geheugengebruik beperken

- geheugenlimiet in gigabytes

De invoer moet een 2-dimensionaal cifti-bestand zijn.
De uitvoer is een cifti-bestand

waarbij elke rij in de invoer een kolom in de uitvoer is.

-cifti-vector-operatie DOE EEN VECTORBEWERKING OP CIFTI-BESTANDEN

wb_commando -cifti-vector-operatie

- eerste vectorinvoerbestand - tweede vectorinvoerbestand
- welke vectorbewerking te doen? - uitvoer - het uitvoerbestand

[-normalize-a] - vectoren van de eerste invoer normaliseren

[-normalize-b] - normaliseer vectoren van tweede invoer

[-normalize-output] - normaliseer outputvectoren (niet geldig voor punt

artikel)

[-magnitude] - voer de grootte van het resultaat uit (niet geldig voor punt

artikel)

Voert een vectorbewerking uit op twee cifti-bestanden (die een veelvoud van 3 . moeten hebben
kolommen). Elk van de ingangen kan meerdere vectoren hebben (meer dan 3 kolommen),
maar niet beide (minstens één moet exact 3 kolommen hebben). De -grootte en
-normaliseren-output opties worden mogelijk niet samen opgegeven, of met een bewerking die:
retourneert een scalair (puntproduct). De parameter moet een van de zijn
volgende:

PUNTKRUIS TOEVOEGEN AFTREKKEN

-cifti-gewogen-statistieken GEWOGEN STATISTIEKEN LANGS CIFTI-KOLOMMEN

wb_commando -cifti-gewogen-statistieken

- de invoer cifti

[-spatial-weights] - gebruik hoekpuntgebied en voxelvolume als gewichten

[-left-area-surf] - gebruik een oppervlak voor linker vertex-gebieden

- het linker oppervlak om te gebruiken

[-right-area-surf] - gebruik een oppervlak voor rechter vertex-gebieden

- het juiste oppervlak om te gebruiken

[-cerebellum-area-surf] - gebruik een oppervlak voor cerebellum vertex-gebieden

- het te gebruiken cerebellumoppervlak

[-left-a-metric] - gebruik een metrisch bestand voor linker vertex-gebieden

- metrisch bestand met linker vertexgebieden

[-right-area-metric] - gebruik een metrisch bestand voor rechter vertex-gebieden

- metrisch bestand met rechter vertexgebieden

[-cerebellum-area-metric] - gebruik een metrisch bestand voor cerebellum vertex

gebieden - metrisch bestand met cerebellum vertex

gebieden

[-cifti-weights] - gebruik een cifti-bestand met gewichten

- de te gebruiken gewichten, als cifti-bestand

[-kolom] - geef alleen uitvoer weer voor één kolom

- de te gebruiken kolom (1-gebaseerd)

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een cifti-bestand

[-match-maps] - elke invoerkolom gebruikt de bijbehorende kolom

uit het roi-bestand

[-gemiddelde] - bereken gewogen gemiddelde

[-stdev] - bereken gewogen standaarddeviatie

[-sample] - schatting populatie stdev uit de steekproef

[-percentiel] - bereken gewogen percentiel

- het te vinden percentiel

[-som] - bereken gewogen som

[-show-map-name] - print kaartindex en naam voor elke output

Als de afbeelding langs de kolom hersenmodellen is, is voor elke kolom van de invoer de
gespecificeerde bewerking wordt uitgevoerd op elk oppervlak en over alle voxels, en de resultaten
worden apart afgedrukt. Voor andere kaarttypen wordt de bewerking op elk uitgevoerd
kolom, en één nummer per kaart wordt afgedrukt. Precies een van -ruimtelijke gewichten or
-cifti-gewichten moet worden opgegeven. Gebruiken -kolom om alleen output te geven voor een enkele
kolom. Gebruiken -Koning om alleen de gegevens binnen een regio te bekijken. Precies een van -gemeen,
-stdev, -percentiel or -som moet worden opgegeven.

gebruik -som with -ruimtelijke gewichten (of met -cifti-gewichten en een cifti met
gewichten van vergelijkbare betekenis) is gelijk aan integreren met betrekking tot oppervlakte en
volume.

-klasse-toevoegen-lid

Voeg leden toe aan klasseheader- (.h) en implementatiebestanden (.cxx).

[-add-to-files] [-m ]...

Indien de -toevoegen aan bestanden is niet gespecificeerd, de code voor de header en implementatie
bestanden naar de terminal worden afgedrukt.

Indien de -toevoegen aan bestanden is opgegeven, worden de klassebestanden naar verwachting in de
huidige map en met de naam .hand .cxx. Het header-bestand
moet deze tekst in zijn privégedeelte bevatten:

// ADD_NEW_MEMBERS_HIER

Het implementatiebestand moet deze tekst in het openbare gedeelte bevatten:

// ADD_NEW_METHODS_HIER

Als een van deze tekenreeksen ontbreekt, is de code die zou zijn toegevoegd aan
het (de) bestand(en) wordt naar de terminal afgedrukt.

Voor elk lid moeten drie tekstreeksen worden opgegeven, gescheiden door een spatie en ze
zijn de naam van het lid zijn gegevenstype en een beschrijving van het lid. Als de
beschrijving bevat spaties de beschrijving moet tussen dubbele aanhalingstekens ("") staan.

Als het gegevenstype met een hoofdletter begint, wordt aangenomen dat het de naam is van a
klas. In dit geval worden zowel const- als niet-const-getters gemaakt, maar geen setter
is gecreëerd. Anders wordt verwacht dat het gegevenstype een primitief type is en zowel a
getter en een setter worden gemaakt. Merk op dat AString en QString worden behandeld als
primitieve soorten.

-klasse-maken

Maak klasse header (.h) en implementatie (.cxx) bestanden.

Gebruik:

[-copy] [-event-class ] [-event-listener] [-geen-ouder] [-ouder
]

OPTIES

-kopiëren

Voegt kopieerconstructor en toewijzingsoperator toe

-event-klasse

Bij het maken van een Event-subklasse, zal het gebruik van deze optie automatisch de
bovenliggende klasse naar Event en plaats de gegeven event-opsomde typewaarde in de
parameter voor de klasseconstructor Event.

Voor de het is niet nodig om het vooraf te laten gaan aan "EventTypeEnum::".

-gebeurtenis-luisteraar

Implementeer de EventListenerInterface zodat de klas naar gebeurtenissen kan luisteren.

-geen-ouder

Gemaakte klasse is niet afgeleid van een andere klasse. Standaard is de bovenliggende klasse
ZorgObject.

-ouder

Geef de bovenliggende (afgeleid van) klasse op. Standaard is de bovenliggende klasse
ZorgObject.

-tafereel

Implementeer de SceneableInterface zodat instanties van de klasse kunnen worden hersteld
van en opgeslagen in scènes.

-scène-subklasse

Voegt methoden toe die door de superklasse kunnen worden aangeroepen, zodat deze subklasse kan opslaan
en gegevens herstellen van en naar scènes.

Deze optie mag alleen worden gebruikt bij het maken van een klasse waarvan de superklasse implementeert
de SceneableInterface

-class-create-algoritme

Maak algoritmeklasse header (.h) en implementatie (.cxx) bestanden.

Gebruik:



algoritme-klasse-naam

Vereiste naam van de algoritmeklasse die MOET beginnen met "Algorithm"

opdrachtregelschakelaar

Vereiste opdrachtregelschakelaar voor algoritme.

korte beschrijving

Vereiste korte beschrijving tussen dubbele aanhalingstekens.

-class-creëren-opsomming

Maak opgesomd type header (.h) en implementatie (.cxx) bestanden.

Gebruik:



enum-klasse-naam

Naam van het opgesomde type.
Moet eindigen op "Enum"

aantal-waarden

Aantal waarden in het opgesomde type.

auto nummer

Automatisch gegenereerde geheeltallige codes die overeenkomen met de opgesomde waarden.
Waarden voor deze parameter zijn "true" en "false".

[enum-naam-1] [enum-naam-2]...[enum-naam-N]

Optionele namen voor de opgesomde waarden.

Als het aantal vermelde namen groter is dan de parameter "aantal waarden",
"aantal-waarden" wordt het aantal namen. Als het aantal namen is
kleiner is dan het "aantal waarden", worden lege invoeren gemaakt.

-klasse-maken-bewerking

Maak Operation Class header (.h) en implementatie (.cxx) bestanden.

Gebruik:

[-geen-parameters]

operatie-klasse-naam

Vereiste naam van de operatieklasse die MOET beginnen met "Operation"

opdrachtregelschakelaar

Vereiste opdrachtregelschakelaar voor bediening.

korte beschrijving

Vereiste korte beschrijving tussen dubbele aanhalingstekens.

-geen-parameters

Optionele parameter als de bewerking geen parameters gebruikt.

-convert-affiene CONVERT EEN AFFIEN BESTAND TUSSEN CONVENTIES

wb_commando -convert-affiene

[-from-world] - invoer is een NIFTI 'wereld' affiene

- de invoeraffiene

[-from-flirt] - invoer is een flirtmatrix

- de invoeraffiene - het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren
de ingang

affiniteit

- het doelvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de invoer

affiniteit

[-to-world] - schrijf uitvoer als een NIFTI 'wereld'-affiene

- output - de output-affiene

[-to-flirt] - herhaalbaar - schrijf uitvoer als een flirtmatrix

- output - de output-affiene - het volume dat u wilt
pas de transformatie toe op - de doelruimte die u wilt transformeren
volume naar

match

NIFTI-wereldmatrices kunnen direct op mm-coördinaten worden gebruikt via matrix
vermenigvuldiging, ze gebruiken het NIFTI-coördinatensysteem, dat wil zeggen, positieve X heeft gelijk,
positieve Y is anterieur en positieve Z is superieur.

U moet er precies één specificeren -van optie, maar u kunt meerdere opgeven -naar
opties, en elke -naar optie die volumes nodig heeft, kan meer dan één keer worden opgegeven.

-convert-fiber-oriëntaties CONVERT BINGHAM PARAMETER VOLUMES NAAR VEZEL ORIENTNTATIE BESTAND

wb_commando -convert-fiber-oriëntaties

- volume van cifti-structuurlabels - uitvoer - de uitvoer
vezeloriëntatiebestand

[-fiber] - herhaalbaar - specificeer de parametervolumes voor een vezel

- gemiddelde vezelsterkte - standaarddeviatie van vezelsterkte
- theta hoek - phi hoek - psi-hoek - ka bingham
parameter - kb bingham-parameter

Neemt vooraf berekende bingham-parameters uit volumebestanden en converteert deze naar de
formaat workbench gebruikt voor weergave. De argument moet een label zijn
volume, waarbij de labels deze tekenreeksen gebruiken:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-convert-matrix4-naar-matrix2 GENEREERT EEN MATRIX2 CIFTI UIT MATRIX4 WBSPARSE

wb_commando -convert-matrix4-naar-matrix2

- een wbsparse matrix4-bestand - output - het totaal
vezels tellen, als een cifti-bestand

[-afstanden] - uitvoer gemiddelde trajectafstand

- uitvoer - de afstanden, als cifti-bestand

Deze opdracht maakt een cifti-bestand van de vezeltellingen in een matrix4 wbsparse-bestand,
en optioneel een tweede cifti-bestand van de afstanden.

-convert-matrix4-naar-werkbank-sparse CONVERTEER EEN MATRIX3 MET 4 BESTANDEN NAAR EEN WERKBANK SPARS BESTAND

wb_commando -convert-matrix4-naar-werkbank-sparse

- het eerste matrix4-bestand - het tweede matrix1-bestand
- het derde matrix4-bestand - het .fiberTEMP.nii-bestand
dit trajectdossier is van toepassing

naar

- lijst van witte stof voxel index tripletten zoals gebruikt in de

traject matrix

- output - het schaarse output-workbench-bestand

[-surface-zaden] - specificeer de oppervlakte zaadruimte

- metrisch roi-bestand van alle knooppunten die in de seed-ruimte worden gebruikt

[-volume-seeds] - specificeer de volume seed-ruimte

- cifti-bestand om de volumetoewijzingen te gebruiken van -
dimensie langs het cifti-bestand om de toewijzing van te nemen,

RIJ of KOLOM

Converteert de matrix 4-uitvoer van probtrackx naar een schaars bestandsformaat voor workbench.
Precies een van -oppervlaktezaden en -volume-zaden moet worden opgegeven.

-convert-warpfield CONVERTEER EEN WARPFIELD TUSSEN CONVENTIES

wb_commando -convert-warpfield

[-from-world] - invoer is een NIFTI 'wereld' warpfield

- het invoer warpveld

[-from-fnirt] - invoer is een fnirt warpfield

- het invoer warpveld - het bronvolume dat wordt gebruikt wanneer
het genereren van de input

oorlogsveld

[-to-world] - schrijf uitvoer als een NIFTI 'wereld' warpfield

- output - het output warpveld

[-to-fnirt] - herhaalbaar - schrijf uitvoer als een flirt warpfield

- output - het output warpveld - het volume dat u wilt
pas het warpfield toe op

NIFTI-wereldwarpvelden kunnen direct op mm-coördinaten worden gebruikt via bemonstering van de
drie subvolumes op de coördinaat en de bemonsterde waarden optellen bij de coördinaat
vector, ze gebruiken het NIFTI-coördinatensysteem, dat wil zeggen, X is van links naar rechts, Y is
posterior naar anterior en Z is inferieur aan superieur.

OPMERKING: dit commando keert het warpveld niet om, en om een ​​oppervlak te kromtrekken, moet u:
gebruik de inverse van het warpveld dat het corresponderende volume vervormt.

U moet er precies één specificeren -van optie, maar u kunt meerdere opgeven -naar
opties, en elke -naar optie die volumes nodig heeft, kan meer dan één keer worden opgegeven.

-maak-ondertekend-afstand-volume MAAK ONDERTEKEND AFSTAND VOLUME VAN OPPERVLAK

wb_commando -maak-ondertekend-afstand-volume

- het invoeroppervlak - een volume in de gewenste uitvoerruimte
(verduistert, afstand, oorsprong) - uitvoer - het uitvoervolume

[-roi-out] - voer een roi-volume uit waarvan de uitvoer een berekend . heeft

waarde - output - het output roi volume

[-fill-value] - specificeer een waarde om in alle voxels te plaatsen die niet krijgen

een afstand toegewezen - waarde om mee te vullen (standaard 0)

[-exact-limiet] - specificeer afstand voor exacte uitvoer

- afstand in mm (standaard 5)

[-ongeveer-limiet] - geef afstand op voor geschatte uitvoer

- afstand in mm (standaard 20)

[-ongeveer-buurt] - voxel-buurt voor geschatte berekening

- grootte van buurtkubus gemeten van midden tot vlak, in

voxels (standaard 2 = 5x5x5)

[-wikkeling] - wikkelmethode voor punt binnen oppervlaktetest

- naam van de methode (standaard EVEN_ODD)

Berekent de getekende afstandsfunctie van het oppervlak.
Exacte afstand is

berekend door het dichtstbijzijnde punt op een oppervlaktedriehoek te vinden naar het midden van
de voxel. De geschatte afstand wordt berekend beginnend met deze afstanden, met behulp van
dijkstra's methode met een buurt van voxels. Een te kleine van een exacte specificeren
afstand kan onverwachte resultaten opleveren. Geldige specificaties voor wikkelmethoden zijn:
als volgt:

EVEN_ODD (standaard) NEGATIEVE NONZERO NORMALS

De NORMALS-methode gebruikt de normalen van driehoeken en randen, of de dichtstbijzijnde driehoek
geraakt door een straal vanaf het punt. Deze methode is misschien iets sneller, maar is slechts:
betrouwbaar voor een gesloten oppervlak dat zichzelf niet doorkruist. Alle andere
methoden tellen ingang (positief) en uitgang (negatieve) kruisingen van een verticale straal van
het punt, telt dan als binnen als het totaal oneven, negatief of niet nul is,
respectievelijk.

-schat-vezel-binghams SCHATTE VEZELORINTATIEVERDELINGEN VAN BEDPOSTX MONSTERS

wb_commando -schat-vezel-binghams

- vezel 1 sterkte monsters - vezel 1 theta
monsters - vezel 1 phi-monsters - vezel 1
sterkte monsters - vezel 2 theta-monsters -
vezel 2 phi-monsters - vezel 3 sterktemonsters
- fiber 3 theta-monsters - vezel 3 phi
monsters - volume van cifti-structuurlabels - uitgang -
output cifti fiber distributiebestand

Deze opdracht maakt een schatting van een binham-distributie voor elke vezel
oriëntatie in elke voxel die is gelabeld als een structuur-ID. deze labels
kom uit de argument, dat labels moet hebben die overeenkomen met de
volgende snaren:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-fiber-dot-producten BEREKEN DOT PRODUCTEN VAN VEZEL ORINTATIES MET OPPERVLAKTE NORMALS

wb_commando -fiber-dot-producten

- het wit/grijze grensvlak - de vezeloriëntatie
het dossier - de maximale afstand van een oppervlakknooppunt tot een vezel

bevolking kan zijn, in mm

- test tegen het oppervlak of een vezelpopulatie zou moeten

worden gebruikt

- output - de metriek van puntproducten - uitvoer - een metriek
van de f-waarden van de vezelverdelingen

Voor elk hoekpunt vindt deze opdracht de dichtstbijzijnde vezelpopulatie die voldoet aan de
test, en berekent de absolute waarde van het puntproduct van het oppervlak
normaal en de genormaliseerde gemiddelde richting van elke vezel. De test moet
een van INSIDE, OUTSIDE of ANY zijn, waardoor de opdracht alleen glasvezel gebruikt
populaties die zich binnen het oppervlak bevinden, buiten het oppervlak, of het maakt niet uit welke
richting het is vanaf het oppervlak. Elke vezelpopulatie wordt uitgevoerd in een aparte
metrische kolom.

-bestand-converteren VERSIE VAN BESTANDSFORMAAT WIJZIGEN

wb_commando -bestand-converteren

[-border-version-convert] - schrijf een border-bestand met een andere versie

- het invoerrandbestand - de formaatversie om te schrijven als,
1 of 3 (2 niet

bestaan)

- uitvoer - het uitvoergrensbestand

[-surface] - moet worden opgegeven als de invoer versie 1 is

- gebruik dit oppervlaktebestand voor structuur en aantal

hoekpunten, negeer randen op andere structuren

[-nifti-version-convert] - schrijf een nifti-bestand met een andere versie

- het invoer nifti-bestand - de nifti-versie om te schrijven als -
output - het output nifti-bestand

[-cifti-version-convert] - schrijf een cifti-bestand met een andere versie

- het invoer cifti-bestand - de cifti-versie om te schrijven als
- output - het output cifti-bestand

U mag slechts één optie op het hoogste niveau opgeven.

-bestandsinformatie LIJST INFORMATIE OVER DE INHOUD VAN EEN BESTAND

wb_commando -bestandsinformatie

- data bestand

[-no-map-info] - toon geen kaartinformatie voor bestanden die kaarten ondersteunen

[-only-step-interval] - onderdruk normale uitvoer, druk het interval af

tussen kaarten

[-alleen-aantal kaarten] - onderdruk normale uitvoer, druk het aantal kaarten af

[-only-map-names] - onderdruk normale uitvoer, druk de namen van alle kaarten af

Lijst informatie over de inhoud van een gegevensbestand.
Slechts één -enkel en alleen optie

kan worden gespecificeerd.
De informatie vermeld wanneer nee -enkel en alleen optie is aanwezig

is afhankelijk van het type gegevensbestand.

-foci-krijg-projectie-hoekpunt KRIJG PROJECTIE VERTEX VOOR FOCI

wb_commando -foci-krijg-projectie-hoekpunt

- het foci-bestand - het oppervlak gerelateerd aan het foci-bestand
- output - het output-metrische bestand

[-name] - selecteer een focus op naam

- de naam van de focus

Voor elke focus wordt een kolom gemaakt in , en het hoekpunt met de meeste
invloed op de projectie krijgt een waarde van 1 in die kolom, met alle andere
hoekpunten 0. Als -naam wordt gebruikt, wordt er slechts één focus gebruikt.

-focuslijst-coördinaten UITVOERFOCI-CORDINATEN IN EEN TEKSTBESTAND

wb_commando -focuslijst-coördinaten

- invoer foci-bestand - uitvoer - de uitvoercoördinaat
tekstbestand

[-names-out] - voer de foci-namen uit

- output - tekstbestand om foci-namen in te plaatsen

Voer de coördinaten uit voor elke focus in het foci-bestand, en optioneel de focus
namen in een tweede tekstbestand.

-focus-resample PROJECTFOCI NAAR EEN ANDER OPPERVLAK

wb_commando -focus-resample

- het invoerfocusbestand - output - het output foci-bestand

[-left-surfaces] - de linkervlakken voor herbemonstering

- het oppervlak waarop de brandpunten momenteel worden geprojecteerd - de
oppervlak om de foci op te projecteren

[-right-surfaces] - de juiste oppervlakken voor resampling

- het oppervlak waarop de brandpunten momenteel worden geprojecteerd - de
oppervlak om de foci op te projecteren

[-cerebellum-surfaces] - de cerebellum-oppervlakken voor resampling

- het oppervlak waarop de brandpunten momenteel worden geprojecteerd - de
oppervlak om de foci op te projecteren

[-discard-distance-from-surface] - negeer de afstand waar de brandpunten boven staan

of onder het huidige oppervlak

[-restore-xyz] - plaats de originele xyz-coördinaten in de foci, liever

dan de coördinaten verkregen uit unprojection

Unprojects foci van de voor de structuur, projecteert ze vervolgens naar
. Als de brandpunten significante afstanden boven of onder het oppervlak hebben, gebruik dan
anatomische oppervlakken. Als de brandpunten aan de oppervlakte moeten zijn, gebruik dan geregistreerde bollen
en de opties -gooi-afstand-van-oppervlakte weg en -herstel-xyz.

-gifti-alle-labels-naar-rois MAAK ROIS VAN ALLE LABELS IN EEN GIFTI-KOLOM

wb_commando -gifti-alle-labels-naar-rois

- het input gifti label-bestand - het nummer of de naam van de labelmap
gebruiken - output - het output-metrische bestand

Het uitvoermetrische bestand heeft een kolom voor elk label in de opgegeven invoerkaart,
anders dan de ??? label, die elk een ROI bevatten van alle hoekpunten die zijn
ingesteld op het bijbehorende label.

-gifti-converteren Converteer GIFTI-bestand naar andere codering

Gebruik:



gifti-codering

Vereiste GIFTI-codering.

input-gifti-bestand

Vereiste invoer GIFTI-bestandsnaam.

output-gifti-bestand

Vereiste uitvoer GIFTI-bestandsnaam.

Geldige GIFTI-coderingen:

ASCII BASE64_BINARY GZIP_BASE64_BINARY EXTERNAL_FILE_BINARY

-gifti-label-toevoegen-voorvoegsel VOEG PREFIX TOE AAN ALLE LABELNAMEN IN EEN GIFTI LABELBESTAND

wb_commando -gifti-label-toevoegen-voorvoegsel

- het invoerlabelbestand - de voorvoegselreeks die moet worden toegevoegd -
output - het uitvoerlabelbestand

Voor elk label anders dan '???', voeg toe naar de labelnaam.

-gifti-label-aan-roi MAAK EEN GIFTI-ETIKET IN EEN ROI METRISCH

wb_commando -gifti-label-aan-roi

- het input gifti label-bestand - output - de outputstatistiek
filet

[-name] - selecteer label op naam

- de labelnaam waarvan je een rooie wilt

[-key] - selecteer label met toets

- de labelsleutel waarvan u een roi wilt hebben

[-map] - selecteer een kaart met één label om te gebruiken

- het kaartnummer of de naam

Voor elke kaart in , wordt een kaart gemaakt in waar alle locaties
gelabeld met of met een sleutel van krijgen een waarde van 1, en
alle andere locaties krijgen 0. Precies één van -naam en -sleutel moet worden opgegeven.
Specificeren -kaart om slechts één kaart te gebruiken van .

-label-verwijden EEN LABELBESTAND DILEREN

wb_commando -label-verwijden

- het invoerlabel - het oppervlak om op uit te zetten -
afstand in mm om de labels te verwijden - uitvoer - het uitvoerlabelbestand

[-bad-vertex-roi] - specificeer een roi van hoekpunten om te overschrijven, in plaats van

hoekpunten met de niet-gelabelde sleutel - metrisch bestand, positieve waarden duiden op
hoekpunten om te hebben

hun waarden vervangen

[-kolom] - selecteer een enkele kolom om te vergroten

- het kolomnummer of de naam

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

Vult labelinformatie in voor alle hoekpunten die als slecht zijn aangemerkt, tot aan de opgegeven
afstand tot andere labels. Als -slechte hoekpunt-roi is opgegeven, alle hoekpunten,
inclusief die met de niet-gelabelde sleutel, zijn goed, behalve hoekpunten met a
positieve waarde in de ROI. Als het niet is opgegeven, alleen hoekpunten met de
niet-gelabelde sleutel zijn slecht.

-label-export-tabel ETIKETTABEL EXPORTEREN VAN GIFTI ALS TEKST

wb_commando -label-export-tabel

- het invoerlabelbestand - output - het uitvoertekstbestand

Haalt de labeltabel uit het gifti-labelbestand en schrijft deze naar een tekstformaat
overeenkomen met wat wordt verwacht door -metrisch-label-import.

-label-masker MASK EEN LABELBESTAND

wb_commando -label-masker

- het labelbestand dat moet worden gemaskeerd - de maskerstatistiek - uitgang -
het uitvoerlabelbestand

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

Standaard is het uitvoerlabel een kopie van het invoerlabel, maar met de 'ongebruikte'
label waar de maskerstatistiek niet positief is. als -kolom is opgegeven, de
output bevat slechts één kolom, de gemaskeerde versie van de opgegeven invoerkolom.

-label-samenvoegen LABELBESTANDEN SAMENVOEGEN IN EEN NIEUW BESTAND

wb_commando -label-samenvoegen

- uitvoer - het uitvoerlabel

[-label] - herhaalbaar - specificeer een invoerlabel

- een labelbestand om kolommen uit te gebruiken

[-kolom] - herhaalbaar - selecteer een enkele kolom om te gebruiken

- het kolomnummer of de naam

[-up-to] - gebruik een inclusief bereik van kolommen

- het nummer of de naam van de laatste kolom die moet worden opgenomen

[-reverse] - gebruik het bereik in omgekeerde volgorde

Neemt een of meer labelbestanden en maakt een nieuw labelbestand door samen te voegen
kolommen van hen. De invoerbestanden moeten hetzelfde aantal hoekpunten hebben en de
dezelfde structuur.

Voorbeeld: wb_command -label-samenvoegen out.label.gii -etiket eerste.label.gii -kolom 1
-etiket tweede.label.gii

Dit voorbeeld zou de eerste kolom van first.label.gii en alle subvolumes nemen
van second.label.gii, en schrijf deze naar out.label.gii.

-label-wijzig-toetsen WIJZIG BELANGRIJKE WAARDEN IN EEN LABELBESTAND

wb_commando -label-wijzig-toetsen

- het invoerlabelbestand - tekstbestand met oude en nieuwe sleutel
waarden - uitvoer - uitvoerlabelbestand

[-kolom] - selecteer een enkele kolom om te gebruiken

- het kolomnummer of de naam

zou regels moeten hebben van de vorm 'oldkey newkey', zoals:

3 5 5 8 8 2

Dit zou het huidige label met toets '3' veranderen om in plaats daarvan de toets '5' te gebruiken, 5
8 zou gebruiken en 8 zou 2 gebruiken. Elke botsing in sleutelwaarden resulteert in het label
dat niet was gespecificeerd in het remap-bestand dat opnieuw wordt toegewezen aan een anders ongebruikt
sleutel. Het opnieuw toewijzen van meer dan één sleutel aan dezelfde nieuwe sleutel, of dezelfde sleutel aan meer dan
één nieuwe sleutel, resulteert in een fout. Dit zal het uiterlijk van het bestand niet veranderen
wanneer weergegeven, verandert het tegelijkertijd de sleutels in de gegevens.

-label-herbemonsteren RESAMPLE VAN EEN LABELBESTAND NAAR EEN ANDER MESH

wb_commando -label-herbemonsteren

- het labelbestand om opnieuw te samplen - een bol oppervlak met
de mesh die het labelbestand is

momenteel aan

- een boloppervlak dat in register is met

en heeft de gewenste output mesh

- de naam van de methode - uitvoer - het uitvoerlabelbestand

[-area-surfs] - specificeer oppervlakken om vertex-gebiedcorrectie uit te voeren op basis van

- een relevant anatomisch oppervlak met

mesh

- een relevant anatomisch oppervlak met mesh

[-area-metrics] - specificeer vertex-gebiedsmetrieken om op basis van gebiedscorrectie uit te voeren

Aan - een metrisch bestand met hoekpunten voor

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor mesh

[-current-roi] - gebruik een invoer-roi op de huidige mesh om niet-gegevens uit te sluiten

hoekpunten - de roi, als een metrisch bestand

[-valid-roi-out] - voer de ROI uit van hoekpunten die gegevens hebben gekregen van valid

bron hoekpunten - output - de output roi als een metriek

[-grootste] - gebruik alleen het label van het hoekpunt met het grootste gewicht

Herbemonstert een labelbestand, gegeven twee bolvormige oppervlakken die in register zijn. Als de
methode doet gebiedscorrectie, precies één van -gebied-surfen or -gebiedsmetingen moet
gespecificeerd.

De -grootste optie resulteert in dichtstbijzijnde vertex-gedrag bij gebruik met BARYCENTRIC,
het gebruikt de waarde van het bronpunt met het grootste gewicht. Wanneer -grootste
is niet gespecificeerd, worden de hoekpuntgewichten opgeteld volgens welk label ze
overeenkomen met, en het label met de grootste som wordt gebruikt.

De argument moet een van de volgende zijn:

ADAP_BARY_AREA BARYCENTRISCH

De ADAP_BARY_AREA-methode wordt aanbevolen voor labelgegevens, omdat dit zou moeten zijn:
beter in het oplossen van hoekpunten die zich in de buurt van meerdere labels bevinden, of in het geval van
downsamplen.

-label-naar-rand TREK RANDEN ROND LABELS

wb_commando -label-naar-rand

- het oppervlak om te gebruiken voor bureninformatie - de invoer
labelbestand - uitvoer - het uitvoergrensbestand

[-plaatsing] - stel in hoe ver langs de randrandpunten worden getekend

- breuk langs rand van binnen hoekpunt (standaard 0.33)

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

Vindt voor elk label alle randen op het gaas die de grens van het label overschrijden,
en trekt er grenzen doorheen. Standaard wordt dit gedaan op alle kolommen in de
invoerbestand, waarbij de kaartnaam wordt gebruikt als de klassenaam voor de rand.

-metadata-verwijderen-herkomst HERKOMSTINFORMATIE VERWIJDEREN UIT BESTANDS METADATA

wb_commando -metadata-verwijderen-herkomst

- het bestand waarvan de herkomstinformatie moet worden verwijderd -
output - de naam om het gewijzigde bestand op te slaan als

Verwijdert de herkomstmetadatavelden die tijdens de verwerking door workbench zijn toegevoegd.

-metadata-tekenreeks-vervangen VERVANG EEN STRING IN ALLE METADATA VAN EEN BESTAND

wb_commando -metadata-tekenreeks-vervangen

- het bestand om metadata in te vervangen - de string om te vinden
- de te vervangen string met - uitvoer
- de naam om het gewijzigde bestand op te slaan als

[-hoofdlettergevoelig] - match ook met hoofdlettervariatie

Vervangt alle exemplaren van in de metadata en kaartnamen van
met .

-metrisch-converteren CONVERT METRISCHE BESTAND NAAR NEP NIFTI

wb_commando -metrisch-converteren

[-to-nifti] - converteer metrisch naar nifti

- de metriek om te converteren - output - het output nifti-bestand

[-from-nifti] - converteer nifti naar metrisch

- het nifti-bestand dat moet worden geconverteerd - oppervlaktebestand om het aantal te gebruiken
knooppunten en structuur van - output - het output-metrische bestand

Het doel van deze opdracht is om te converteren tussen metrische bestanden en nifti1 zodat:
gifti-onbewuste programma's kunnen op de gegevens werken. U moet precies één van
de opties.

-metrisch-verwijden DILATE EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-verwijden

- de statistiek om te verwijden - het oppervlak om op te rekenen -
afstand in mm tot uitzetting - output - de outputstatistiek

[-bad-vertex-roi] - specificeer een roi van hoekpunten om te overschrijven, in plaats van

hoekpunten met waarde nul - metrisch bestand, positieve waarden duiden op
hoekpunten om te hebben

hun waarden vervangen

[-data-roi] - specificeer een roi van waar er gegevens zijn

- metrisch bestand, positieve waarden duiden hoekpunten aan die

gegevens

[-kolom] - selecteer een enkele kolom om te vergroten

- het kolomnummer of de naam

[-nearest] - gebruik de dichtstbijzijnde goede waarde in plaats van een gewogen gemiddelde

[-lineair] - vul waarden in met lineaire interpolatie langs de sterkste

gradient

[-exponent] - gebruik een andere exponent in de weegfunctie

- exponent 'n' om te gebruiken in (gebied / (afstand ^ n)) als de

weegfunctie (standaard 2)

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

Voor alle metrische hoekpunten die zijn aangewezen als slecht, als ze grenzen aan een niet-slecht
hoekpunt met gegevens of binnen de gespecificeerde afstand van zo'n hoekpunt zijn, vervang de
waarde met een afstandsgewogen gemiddelde van nabijgelegen niet-slechte hoekpunten die gegevens hebben,
stel anders de waarde in op nul. Maakt niet uit hoe klein is, verwijding zal
gebruik altijd ten minste de direct aangrenzende hoekpunten. Als -dichtstbijzijnde is gespecificeerd, het
gebruikt in plaats daarvan de waarde van het dichtstbijzijnde niet-slechte hoekpunt met gegevens binnen bereik
van een gewogen gemiddelde.

If -slechte hoekpunt-roi is opgegeven, zijn alleen hoekpunten met een positieve waarde in de ROI
slechte. Als het niet is opgegeven, alleen hoekpunten die gegevens hebben, met een waarde van nul,
zijn slecht. Als -data-roi niet is opgegeven, wordt aangenomen dat alle hoekpunten gegevens bevatten.

Merk op dat de -gecorrigeerde-gebieden optie gebruikt een geschatte correctie voor de wijziging
in afstanden langs een groepsgemiddelde oppervlakte.

-metrische-schatting-fwhm SCHATTE FWHM-GLADHEID VAN EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrische-schatting-fwhm

- het oppervlak om te gebruiken voor informatie over afstand en buren -
de invoerstatistiek

[-roi] - gebruik alleen gegevens binnen een ROI

- het metrische bestand dat als ROI moet worden gebruikt

[-column] - selecteer een enkele kolom om de gladheid van te schatten

- het kolomnummer of de naam

Schat de gladheid van de metrische kolommen en drukt de schattingen af ​​naar standaard
uitvoer. Deze schattingen negeren variatie in hoekpuntafstand.

-metrisch-extreem VIND EXTREMA IN EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-extreem

- het oppervlak om te gebruiken voor afstandsinformatie - de statistiek om
vind het uiterste van - de minimale afstand tussen geïdentificeerde extrema van
hetzelfde

type dan:

- output - de output extreme metrische

[-presmooth] - maak de metriek glad voordat extremen worden gevonden

- de sigma voor de gaussiaanse afvlakkingskernel, in mm

[-roi] - negeer waarden buiten het geselecteerde gebied

- het gebied om extremen in te vinden, als een metriek

[-threshold] - negeer kleine extrema

- de grootste waarde om te overwegen als een minimum - het kleinste
waarde om te overwegen als een maximum

[-sum-columns] - voer de som van de extrema-kolommen uit in plaats van elk

afzonderlijk kolom

[-consolidate-mode] - gebruik consolidatie van lokale minima in plaats van a

grote buurt

[-only-maxima] - vind alleen de maxima

[-only-minima] - vind alleen de minima

[-column] - selecteer een enkele kolom om extremen te vinden in

- het kolomnummer of de naam

Vindt extremen in een metriekbestand, zodat er geen twee extremen van hetzelfde type zijn
binnenin van elkaar. De extrema worden aangeduid als -1 voor minima, 1 voor
maxima, anders 0. Als -alleen-maxima or -alleen-minima is opgegeven, dan zal het
negeer extrema niet van het opgegeven type. Deze opties sluiten elkaar uit.

If -Koning is gespecificeerd, worden niet alleen gegevens buiten de roi niet gebruikt, maar elk hoekpunt aan
de rand van de ROI zal nooit als een extrema worden geteld, in het geval dat de ROI daalt
over een helling, die anders extremen zou genereren waar er zou moeten zijn
geen.

If -som-kolommen is opgegeven, worden deze extrema-kolommen opgeteld en heeft de uitvoer
een enkele kolom met dit resultaat.

Standaard is een datapunt alleen een extrema als het extremer is dan alle andere
datapunt dat zich binnen ervan. Als -consolideren-modus wordt gebruikt, het
in plaats daarvan begint met het vinden van alle datapunten die extremer zijn dan hun directe
buren, terwijl er binnenin extremen zijn? van elkaar, neem
de twee uitersten die het dichtst bij elkaar liggen en voeg ze samen tot één door een gewogen gemiddelde
gebaseerd op hoeveel originele extrema in elk zijn samengevoegd.

Standaard worden alle invoerkolommen gebruikt zonder afvlakking, gebruik -kolom een specificeren
enkele kolom te gebruiken, en -voorglad om de invoer af te vlakken voordat u de vindt
extrema.

-metrische-valse-correlatie VERGELIJK CORRELATIE LOKAAL EN OVER/VIA SULCI/GYRI

wb_commando -metrische-valse-correlatie

- het oppervlak om de geodetische en 3D-afstand mee te berekenen - de
metrisch om <3D-dist> te correleren - maximale 3D-afstand om rond elk hoekpunt te controleren
- maximale geodetische afstand om te gebruiken voor naburige

correlatie

- minimale geodetische afstand om te gebruiken voor naburige

correlatie

- output - de outputstatistiek

[-roi] - selecteer een interessegebied met gegevens

- de regio, als een metrisch bestand

[-dump-text] - dump de gebruikte onbewerkte maten naar een tekstbestand

- het uitvoertekstbestand

Bereken voor elk hoekpunt de gemiddelde correlatie binnen een bereik van geodetische
afstanden die geen sulcus/gyrus overschrijden, en de correlatie met de dichtstbijzijnde
hoekpunt dat een sulcus/gyrus kruist. Een hoekpunt wordt geacht een sulcus/gyrus te kruisen als
de 3D-afstand is minder dan een derde van de geodetische afstand. Het uitvoerbestand
bevat de verhouding tussen deze correlaties en enkele aanvullende kaarten om te helpen
leg de verhouding uit.

-metrisch-vul-gaten VUL GATEN IN EEN ROI METRISCH

wb_commando -metrisch-vul-gaten

- het oppervlak om te gebruiken voor bureninformatie - de input-ROI
metriek - output - de output ROI-metriek

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

Vindt alle verbonden gebieden die niet zijn opgenomen in de ROI, en schrijft die in
alles behalve de grootste, qua oppervlakte.

-metrische-vind-clusters FILTER CLUSTERS OP OPPERVLAKTE

wb_commando -metrische-vind-clusters

- het oppervlak om op te rekenen - de invoerstatistiek
- drempel voor gegevenswaarden - drempel voor
clusteroppervlak, in mm^2 - output - de outputstatistiek

[-minder-dan] - vind waarden kleiner dan , liever dan

meer

[-roi] - selecteer een interessegebied

- de roi, als maatstaf

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

[-size-ratio] - negeer clusters die kleiner zijn dan een bepaalde fractie van de

grootste cluster op kaart - fractie van het gebied van het grootste cluster

[-distance] - negeer clusters verder dan een bepaalde afstand van de

grootste cluster - hoe ver een cluster van het grootste cluster kan zijn,
rand

tot rand, in mm

[-start] - begin met het labelen van clusters vanaf een andere waarde dan 1

- de waarde om het eerste gevonden cluster te geven

Voert een metriek uit met gehele getallen die niet nul zijn voor alle hoekpunten binnen een voldoende grote
cluster, en nullen elders. De gehele getallen geven clusterlidmaatschap aan (standaard
eerste gevonden cluster gebruikt waarde 1, tweede cluster 2, enz.). Standaard waarden
groter dan worden beschouwd als in een cluster, gebruik -minder dan naar
test op waarden onder de drempel. Om dit als masker op de gegevens toe te passen, of
om meer gecompliceerde drempelwaarden uit te voeren, zie -metrische-wiskunde.

-metrisch-gradiënt OPPERVLAKTEGRADINT VAN EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-gradiënt

- het oppervlak waarop de gradiënt moet worden berekend - de statistiek om
bereken het verloop van - output - de grootte van de gradiënt

[-presmooth] - maak de metriek glad voordat de gradiënt wordt berekend

- de sigma voor de gaussiaanse afvlakkingskernel, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om de gradiënt van te nemen

- het gebied waarbinnen het verloop moet worden genomen, als metriek

[-match-columns] - gebruik voor elke invoerkolom de bijbehorende kolom

van de rooi

[-vectoren] - uitgangsgradiëntvectoren

- output - de vectoren als een metrisch bestand

[-column] - selecteer een enkele kolom om het verloop van te berekenen

- het kolomnummer of de naam

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-gemiddelde-normalen] - gemiddelde de normalen van elk hoekpunt met zijn

buren voordat u ze gebruikt om het verloop te berekenen

Op elk hoekpunt worden de directe buren ontvouwd op een vlak dat raakt aan de
oppervlak op het hoekpunt (in het bijzonder, loodrecht op de normaal). Het verloop is
berekend met behulp van een regressie tussen de uitgevouwen posities van de hoekpunten en
hun waarden. De gradiënt wordt dan gegeven door de hellingen van de regressie, en
gereconstrueerd als een 3D-gradiëntvector. Neemt standaard het verloop van alles
kolommen, zonder voorvereffening, over het hele oppervlak, zonder middeling van de
normalen van het oppervlak tussen buren.

Tijdens gebruik -gecorrigeerde-gebieden, houd er rekening mee dat het een correctie bij benadering is. Aan het doen
egaliseren op afzonderlijke oppervlakken vóór middeling/gradiënt heeft de voorkeur, wanneer:
mogelijk om gebruik te maken van de oorspronkelijke oppervlaktestructuur.

Door een ROI op te geven, wordt de gradiënt beperkt om alleen gegevens te gebruiken waarvan de ROI
metrische gegevens zijn positief en de uitvoer nullen overal waar de ROI-statistiek niet positief is.

Standaard wordt de eerste kolom van de roi-metriek gebruikt voor alle invoerkolommen. Wanneer
-overeenkomst-kolommen is opgegeven aan de -Koning optie, de invoer- en roi-statistieken moeten hebben:
hetzelfde aantal kolommen, en voor de index van elke invoerkolom, dezelfde kolom
index wordt gebruikt in de roi-metriek. Als de -overeenkomst-kolommen optie om -Koning is gebruikt
terwijl de -kolom optie ook wordt gebruikt, het aantal kolommen van de roi-metriek moet
overeenkomen met de invoerstatistiek, en het zal de roi-kolom gebruiken met de index van de
geselecteerde invoerkolom.

De metriek voor vectoruitvoer is zo georganiseerd dat de X-, Y- en Z-componenten van a
enkele invoerkolom zijn opeenvolgende kolommen.

-metrisch-label-import EEN GIFTI-LABELBESTAND IMPORTEREN VANUIT EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-label-import

- het invoerstatistiekenbestand - tekstbestand met de waarden
en namen voor labels - output - het output gifti label-bestand

[-discard-others] - stel alle waarden die niet in de labellijst worden vermeld in op de

??? etiket

[-unlabeled-value] - stel de waarde in die als niet-gelabeld zal worden geïnterpreteerd

- de numerieke waarde voor niet-gelabeld (standaard 0)

[-kolom] - selecteer een enkele kolom om te importeren

- het kolomnummer of de naam

[-drop-unused-labels] - verwijder alle ongebruikte labelwaarden van het label

tafel

Creëert een nieuw gifti-labelbestand van een metrisch bestand met labelachtige waarden. Jij mag
specificeer de lege string ('' werkt op linux/mac) voor , die
wordt behandeld alsof het een leeg bestand is. Het labellijstbestand moet regels bevatten van:
het volgende formaat:



Geef de "niet-gelabelde" sleutel niet op in het bestand, er wordt aangenomen dat 0 betekent niet
gelabeld tenzij -waarde zonder label is gespecificeerd. Labelnamen moeten op een aparte
regel, maar mag spaties of andere ongebruikelijke tekens bevatten (maar geen nieuwe regel).
Witruimte wordt aan beide uiteinden van de labelnaam bijgesneden, maar blijft behouden als deze zich in de
midden van een label. De waarden van rood, groen, blauw en alfa moeten gehele getallen zijn van
0 tot 255, en specificeert de kleur waarin het label wordt getekend (alfa van 255 betekent
ondoorzichtig, wat waarschijnlijk is wat u wilt). Standaard worden er nieuwe labelnamen ingesteld
met namen van LABEL_# voor alle gevonden waarden die niet in de lijst staan
bestand, specificeer -gooi-anderen om deze voxels in plaats daarvan in te stellen op de "niet-gelabelde" toets.

-metrisch-masker MASK EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-masker

- de invoerstatistiek - de maskerstatistiek - uitvoer - de
uitvoerstatistiek

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

Standaard is de uitvoerstatistiek een kopie van de invoerstatistiek, maar met nullen
overal waar de maskerstatistiek niet positief is. als -kolom is opgegeven, de output
bevat slechts één kolom, de gemaskeerde versie van de opgegeven invoerkolom.

-metrische-wiskunde EVALUEER UITDRUKKING OP METRISCHE BESTANDEN

wb_commando -metrische-wiskunde

- de uitdrukking om te evalueren, tussen aanhalingstekens - uitvoer - de
uitvoerstatistiek

[-fixnan] - vervang NaN-resultaten door een waarde

- waarde om NaN te vervangen door

[-var] - herhaalbaar - een metriek om als variabele te gebruiken

- de naam van de variabele, zoals gebruikt in de uitdrukking - de metriek
bestand om als deze variabele te gebruiken

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

[-repeat] - hergebruik een enkele kolom voor elke berekeningskolom

Deze opdracht evalueert op elk oppervlaktepunt onafhankelijk. Daar
moet minimaal één zijn -var optie (om de structuur, het aantal hoekpunten en
aantal kolommen uit), zelfs als de gespecificeerd in het wordt niet gebruikt in
. Alle metrieken moeten hetzelfde aantal hoekpunten hebben. Bestandsnamen zijn
niet geldig in , gebruik een variabelenaam en a -var optie met bijpassende
om een ​​invoerbestand op te geven. Als de -kolom optie wordt gegeven aan elke -var
optie, wordt er maar één kolom uit dat bestand gebruikt. Als -herhalen is opgegeven, het bestand
moet ofwel slechts één kolom hebben, of de hebben -kolom optie opgegeven. Alle bestanden
die niet gebruiken -herhalen moet hetzelfde aantal kolommen hebben dat wordt gevraagd om te worden gebruikt.
het formaat van is als volgt:

Expressies bestaan ​​uit constanten, variabelen, operators, haakjes en functies,
in infix-notatie, zoals 'exp(-x + 3) * schaal'. Variabelen zijn strings van any
lengte, met de tekens az, AZ, 0-9 en _, maar mag niet de naam a . hebben
constante genoemd. Momenteel is er maar één constante, PI. de operators
zijn +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Deze gedragen zich als in C, behalve
dat ^ machtsverheffen is, dwz pow(x, y), en heeft een hogere prioriteit dan andere
binaire operatoren (ook '-3^-4^-5' betekent '-(3^(-(4^-5)))'). De <=, >=, ==, en !=
operators krijgen een kleine hoeveelheid speelruimte, gelijk aan een miljoenste van de
kleinere van de absolute waarden van de waarden die worden vergeleken.

Vergelijking en logische operatoren retourneren 0 of 1, u kunt maskeren met expressies
zoals 'x * (masker > 0)'. Voor alle logische operatoren wordt een invoer als waar beschouwd iff
het is groter dan 0. De uitdrukking '0 < x < 5' is syntactisch niet verkeerd, maar
het zal NIET doen wat gewenst is, omdat het van links naar rechts wordt geëvalueerd, dat wil zeggen '((0
x) < 5)', wat altijd 1 zal opleveren, aangezien beide mogelijke resultaten van een vergelijking zijn
kleiner dan 5. Er wordt een waarschuwing gegenereerd als een uitdrukking van dit type wordt gedetecteerd.
Gebruik iets als 'x > 0 && x < 5' om het gewenste gedrag te krijgen.

Witruimte tussen elementen wordt genegeerd, ' sin ( 2 * x ) ' is gelijk aan
'sin(2*x)', maar 's in(2*x)' is een fout. Impliciete vermenigvuldiging is niet toegestaan,
de uitdrukking '2x' wordt geparseerd als een variabele. Haakjes zijn (), niet gebruiken
[] of {}. Functies vereisen haakjes, de uitdrukking 'sin x' is een fout.

De volgende functies worden ondersteund:

sin: 1 argument, de sinus van het argument (eenheden zijn radialen) cos: 1 argument, de
cosinus van het argument (eenheden zijn radialen) tan: 1 argument, de tangens van de
argument (eenheden zijn radialen) asin: 1 argument, de inverse van sinus van het argument,
in radialen acos: 1 argument, de inverse van cosinus van het argument, in radialen
atan: 1 argument, de inverse van tangens van het argument, in radialen atan2: 2
argumenten, atan2(y, x) retourneert de inverse van tangens van

(y/x), in radialen, kwadrant bepalen door het teken van beide argumenten

sinh: 1 argument, de hyperbolische sinus van het argument cosh: 1 argument, de
cosinus hyperbolicus van het argument tanh: 1 argument, de tangens hyperboloc van de
argument asinh: 1 argument, de inverse sinus hyperbolicus van het argument acosh: 1
argument, de inverse cosinus hyperbolicus van het argument atanh: 1 argument, de
inverse hyperboloc tangens van het argument ln: 1 argument, de natuurlijke logaritme van
het argument exp: 1 argument, de constante e verheven tot de macht van het argument
log: 1 argument, de logaritme met grondtal 10 van het argument sqrt: 1 argument, het kwadraat
wortel van het argument abs: 1 argument, de absolute waarde van de argumentbodem: 1
argument, het grootste gehele getal niet groter dan de argumentronde: 1 argument, de
dichtstbijzijnde gehele getal, met banden afgerond vanaf

nul

ceil: 1 argument, het kleinste gehele getal niet minder dan het argument min: 2 argumenten,
min(x, y) geeft y als (x > y), x anders max: 2 argumenten, max(x, y) geeft y terug
if (x < y), x anders mod: 2 argumenten, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), of 0 als
y == 0 klem: 3 argumenten, klem(x, laag, hoog) = min(max(x, laag), hoog)

-metrisch-samenvoegen SAMENVOEGEN METRISCHE BESTANDEN IN EEN NIEUW BESTAND

wb_commando -metrisch-samenvoegen

- output - de outputstatistiek

[-metric] - herhaalbaar - specificeer een invoerstatistiek

- een metrisch bestand om kolommen uit te gebruiken

[-kolom] - herhaalbaar - selecteer een enkele kolom om te gebruiken

- het kolomnummer of de naam

[-up-to] - gebruik een inclusief bereik van kolommen

- het nummer of de naam van de laatste kolom die moet worden opgenomen

[-reverse] - gebruik het bereik in omgekeerde volgorde

Neemt een of meer metrische bestanden en maakt een nieuw metrisch bestand door samen te voegen
kolommen van hen. De invoergegevensbestanden moeten hetzelfde aantal hoekpunten hebben
en dezelfde structuur.

Voorbeeld: wb_command -metrisch-samenvoegen uit.func.gii -metriek eerste.func.gii -kolom 1
-metriek tweede.func.gii

Dit voorbeeld zou de eerste kolom van first.func.gii nemen, gevolgd door all
kolommen van second.func.gii, en schrijf deze kolommen naar out.func.gii.

-metrisch-palet HET PALET VAN EEN METRISCH BESTAND INSTELLEN

wb_commando -metrisch-palet

- de te wijzigen statistiek - de kaartmodus

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

[-pos-percentage] - percentage min/max voor positieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst positieve gegevens - de
percentiel voor de meest positieve gegevens

[-neg-procent] - percentage min/max voor negatieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst negatieve gegevens - de
percentiel voor de meest negatieve gegevens

[-pos-user] - gebruiker min/max waarden voor positieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst positieve gegevens - de waarde
voor de meest positieve gegevens

[-neg-user] - gebruiker min/max waarden voor negatieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst negatieve gegevens - de waarde
voor de meest negatieve gegevens

[-interpoleren] - kleuren interpoleren

- boolean, al dan niet interpoleren

[-disp-pos] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-neg] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-zero] - gegevens dichter bij nul weergeven dan de minimale grens

- boolean, al dan niet weergeven

[-palette-name] - stel het gebruikte palet in

- de naam van het palet

[-thresholding] - stel de drempelwaarde in

- drempelinstelling - waarden binnen of buiten drempelwaarden weergeven
- lagere drempel - bovenste drempel

Het oorspronkelijke metrische bestand wordt overschreven met de gewijzigde versie.
By

standaard worden alle kolommen van het metriekbestand aangepast aan de nieuwe instellingen, gebruik de
-kolom optie om slechts één kolom te wijzigen. Kaartinstellingen niet gespecificeerd in
opties worden uit de eerste kolom gehaald. De argument moet een van zijn
het volgende:

MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE

De argument om -paletnaam moet een van de volgende zijn:

PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Oranje-Geel Grijs_Interp_Positief
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rood-geel blauw-lichtblauw FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blauw fsl_geel JET256

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE

-metrisch-verminderen VOER REDUCTIEBEWERKING OVER METRISCHE KOLOMMEN UIT

wb_commando -metrisch-verminderen

- de maatstaf om te verminderen - de te gebruiken reductie-operator
- output - de outputstatistiek

[-exclude-outliers] - sluit standaard uitschieters van elke vector uit

afwijking - aantal standaarddeviaties onder het gemiddelde tot

omvatten

- aantal standaarddeviaties boven het gemiddelde tot

omvatten

Neemt voor elk oppervlaktepunt de gegevens over de kolommen als een vector, en voert . uit
de gespecificeerde reductie erop, waarbij het resultaat in de enkele uitvoerkolom wordt geplaatst op
dat hoekpunt. De reductie-operators zijn als volgt:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-metrische-regressie REGRESS METRISCH UIT EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrische-regressie

- de statistiek om van terug te gaan - output - de outputstatistiek

[-roi] - alleen regressie binnen een roi

- het gebied dat moet worden gebruikt voor regressie, als een metriek

[-column] - selecteer een enkele kolom om uit te gaan

- het kolomnummer of de naam

[-remove] - herhaalbaar - specificeer een metriek om uit te gaan

- het te gebruiken metrische bestand

[-remove-column] - selecteer een kolom om te gebruiken in plaats van alles

- het kolomnummer of de naam

[-keep] - herhaalbaar - specificeer een metriek om op te nemen in regressie, maar niet

verwijderen - het te gebruiken metrische bestand

[-keep-column] - selecteer een kolom om te gebruiken, in plaats van alles

- het kolomnummer of de naam

Voor elke regressor wordt het gemiddelde over het oppervlak afgetrokken van de gegevens. Elk
invoerkaart wordt vervolgens hiertegen teruggezet, en een constante term. Het resultaat
geregresseerde hellingen van alle regressors gespecificeerd met -verwijderen worden vermenigvuldigd met hun
respectievelijke regressorkaarten, en deze worden afgetrokken van de invoerkaart.

-metrisch-verwijder-eilanden VERWIJDER EILANDEN VAN EEN ROI METRISCH

wb_commando -metrisch-verwijder-eilanden

- het oppervlak om te gebruiken voor bureninformatie - de input-ROI
metriek - output - de output ROI-metriek

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

Vindt alle verbonden gebieden in de ROI, en zet alles op nul, behalve de grootste, in
termen van oppervlakte.

-metrisch-resample RESAMPLE VAN EEN METRISCH BESTAND NAAR EEN ANDER MESH

wb_commando -metrisch-resample

- het metrische bestand om opnieuw te samplen - een bol oppervlak met
de mesh die de metriek is

momenteel aan

- een boloppervlak dat in register is met

en heeft de gewenste output mesh

- de naam van de methode - output - de outputstatistiek

[-area-surfs] - specificeer oppervlakken om vertex-gebiedcorrectie uit te voeren op basis van

- een relevant anatomisch oppervlak met

mesh

- een relevant anatomisch oppervlak met mesh

[-area-metrics] - specificeer vertex-gebiedsmetrieken om op basis van gebiedscorrectie uit te voeren

Aan - een metrisch bestand met hoekpunten voor

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor mesh

[-current-roi] - gebruik een invoer-roi op de huidige mesh om niet-gegevens uit te sluiten

hoekpunten - de roi, als een metrisch bestand

[-valid-roi-out] - voer de ROI uit van hoekpunten die gegevens hebben gekregen van valid

bron hoekpunten - output - de output roi als een metriek

[-grootste] - gebruik alleen de waarde van het hoekpunt met het grootste gewicht

Herbemonstert een metrisch bestand, gegeven twee bolvormige oppervlakken die in register zijn. Als de
methode doet gebiedscorrectie, precies één van -gebied-surfen or -gebiedsmetingen moet
gespecificeerd.

De -huidige-roi optie maskeert alleen de invoer, de uitvoer kan enigszins verwijd zijn
vergelijking, overweeg het gebruik van -metrisch-masker op de uitgang bij gebruik: -huidige-roi.

De -grootste optie resulteert in dichtstbijzijnde vertex-gedrag bij gebruik met BARYCENTRIC,
in plaats van een gewogen gemiddelde te doen, gebruikt het de waarde van het bronpunt dat
heeft het grootste gewicht voor elk doelpunt. Dit is vooral bedoeld voor
ROI-statistieken opnieuw bemonsteren.

De argument moet een van de volgende zijn:

ADAP_BARY_AREA BARYCENTRISCH

De ADAP_BARY_AREA-methode wordt aanbevolen voor gewone metrische gegevens, omdat het
moet alle gegevens gebruiken tijdens het downsamplen, in tegenstelling tot BARYCENTRIC.

-metrisch-rois-van-extrema MAAK METRISCHE ROI-KAARTEN VAN EXTREMA-KAART

wb_commando -metrisch-rois-van-extrema

- het te gebruiken oppervlak voor geodetische afstand - de invoerstatistiek
het dossier - geodetische afstandslimiet van vertex, in mm - uitgang -
het output metrische bestand

[-gaussian] - genereer een Gauss-kernel in plaats van een platte ROI

- de sigma voor de Gauss-kernel, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om te gebruiken

- het te gebruiken gebied als metriek

[-overlap-logic] - hoe om te gaan met overlappende ROI's, standaard TOESTAAN

- de methode om overlappingen op te lossen

[-kolom] - selecteer een enkele invoerkolom om te gebruiken

- het kolomnummer of de naam

Maak voor elke niet-nulwaarde in elke kaart een kaart met een ROI rond die locatie.
Indien de -gaussiaans optie is opgegeven, dan worden genormaliseerde Gauss-kernels uitgevoerd
in plaats van ROI's. De argument om -overlap-logica moet een van TOESTAAN zijn,
DICHTBIJ, of UITSLUITEN. ALLOW is de standaard, en betekent dat ROI's worden behandeld
onafhankelijk van elkaar en kunnen elkaar overlappen. DICHTST betekent dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat:
geen ROI bevat hoekpunten die dichter bij een ander beginpunt liggen. UITSLUITEN betekent:
dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat elk hoekpunt binnen het bereik van meer dan één ROI
behoort niet tot een ROI.

-metrisch-rois-to-border TREK RANDEN ROND METRISCHE ROIS

wb_commando -metrisch-rois-to-border

- het oppervlak om te gebruiken voor bureninformatie - de invoerstatistiek
met ROI's - de naam die moet worden gebruikt voor de klasse van de uitvoergrenzen
- uitvoer - het uitvoergrensbestand

[-plaatsing] - stel in hoe ver langs de randrandpunten worden getekend

- breuk langs rand van binnen hoekpunt (standaard 0.33)

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

Vindt voor elke ROI-kolom alle randen op de mesh die de grens van de . overschrijden
ROI, en trekt er grenzen doorheen. Standaard wordt dit gedaan op alle kolommen in
het invoerbestand, waarbij de kaartnaam als naam voor de grens wordt gebruikt.

-metrisch-gladmakend MAAK EEN METRISCH BESTAND VLOT

wb_commando -metrisch-gladmakend

- het oppervlak om glad te strijken - de metriek om glad te strijken
- de sigma voor de Gauss-kernelfunctie, in mm
- output - de outputstatistiek

[-roi] - selecteer een regio van belang om glad te strijken

- de roi om van binnen glad te strijken, als maatstaf

[-match-columns] - gebruik voor elke invoerkolom de bijbehorende kolom

van de rooi

[-fix-zeros] - behandel nulwaarden als geen gegevens

[-column] - selecteer een enkele kolom om glad te strijken

- het kolomnummer of de naam

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

[-methode] - selecteer de afvlakkingsmethode, standaard GEO_GAUSS_AREA

- de naam van de afvlakkingsmethode

Maak een metrisch bestand glad op een oppervlak.
Maakt standaard alle invoerkolommen glad

op het gehele oppervlak, specificeer -kolom om slechts één invoerkolom te gebruiken, en -Koning naar
glad alleen waar de roi-metriek groter is dan 0, waarbij elders nullen worden uitgevoerd.

Tijdens gebruik -Koning, invoergegevens buiten de ROI worden niet gebruikt om de afgevlakte te berekenen
waarden. Standaard wordt de eerste kolom van de roi-metriek gebruikt voor alle invoer
kolommen. Wanneer -overeenkomst-kolommen is opgegeven aan de -Koning optie, de input en roi
metrische gegevens moeten hetzelfde aantal kolommen hebben, en voor de index van elke invoerkolom,
dezelfde kolomindex wordt gebruikt in de roi-metriek. Als de -overeenkomst-kolommen optie om
-Koning wordt gebruikt terwijl de -kolom optie ook wordt gebruikt, het aantal kolommen moet
match tussen de roi en invoerstatistiek, en het zal de roi-kolom gebruiken met de
index van de geselecteerde invoerkolom.

De -fix-nullen optie zorgt ervoor dat de afvlakking geen invoerwaarde gebruikt als deze nul is,
maar schrijf nog steeds een afgevlakte waarde naar het hoekpunt. Dit is handig voor nullen die
wijzen op een gebrek aan informatie, waardoor ze de intensiteit van
nabijgelegen hoekpunten, terwijl de nul een geëxtrapoleerde waarde wordt gegeven.

De -gecorrigeerde-gebieden optie is bedoeld voor wanneer het onvermijdelijk is om glad te strijken op een
groepsgemiddelde oppervlak, het is slechts een benaderende correctie voor de vermindering van
structuur in een groepsgemiddelde oppervlakte. Het is beter om de gegevens glad te strijken op
individuen vóór het gemiddelde, indien mogelijk.

Geldige waarden voor zijn:

GEO_GAUSS_AREA - gebruikt een geodetische Gauss-kernel en normaliseert op basis van vertex
gebied om betrouwbaarder te werken op onregelmatige oppervlakken

GEO_GAUSS_EQUAL - gebruikt een geodetische Gauss-kernel en normaliseert ervan uitgaande dat elke
hoekpunt is even belangrijk

GEO_GAUSS - komt overeen met geodetische Gaussiaanse afvlakking van caret5, maar controleert niet
kernels omdat ze ongelijk belangrijk zijn

De GEO_GAUSS_AREA methode is de standaard omdat dit meestal de juiste keuze is.
GEO_GAUSS_EQUAL kan de juiste keuze zijn als de som van de hoekpuntwaarden hoger is
zinvol dan de oppervlakte-integraal (som van waarden .* gebieden), bijvoorbeeld wanneer
vertexgebieden gladmaken (de som is het totale oppervlak, terwijl het oppervlak
integraal is de som van de kwadraten van de hoekpunten). De GEO_GAUSS-methode is niet
aanbevolen, het bestaat voornamelijk om methoden van onderzoeken die met caret5's zijn gedaan te repliceren
geodetische afvlakking.

-metrische-statistieken RUIMTELIJKE STATISTIEKEN OP EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrische-statistieken

- de invoerstatistiek

[-reduceren] - gebruik een reductiebewerking

- de reductiebewerking

[-percentiel] - geef de waarde op een percentiel

- het te vinden percentiel

[-kolom] - geef alleen uitvoer weer voor één kolom

- het kolomnummer of de naam

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een metrisch bestand

[-match-maps] - elke invoerkolom gebruikt de bijbehorende kolom

uit het roi-bestand

[-show-map-name] - print kaartindex en naam voor elke output

Voor elke kolom van de invoer wordt een enkel nummer afgedrukt, resulterend uit de
gespecificeerde reductie- of percentielbewerking. Gebruiken -kolom om alleen output te geven voor a
enkele kolom. Gebruiken -Koning om alleen de gegevens binnen een regio te bekijken. Precies een van
-verminderen or -percentiel moet worden opgegeven.

Het argument tegen de -verminderen optie moet een van de volgende zijn:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-metrisch-tfce DO TFCE OP EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-tfce

- het oppervlak om op te rekenen - de metriek om TFCE op uit te voeren
- output - de outputstatistiek

[-presmooth] - verzacht de metriek voordat TFCE wordt uitgevoerd

- de sigma voor de gaussiaanse afvlakkingskernel, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om TFCE op uit te voeren

- het gebied waarop TFCE wordt uitgevoerd, als metriek

[-parameters] - stel parameters in voor TFCE-integraal

- exponent voor clustergebied (standaard 1.0) - exponent voor drempelwaarde
(standaard 2.0)

[-kolom] - selecteer een enkele kolom

- het kolomnummer of de naam

[-gecorrigeerde-gebieden] - hoekpuntgebieden om te gebruiken in plaats van ze te berekenen vanaf

het oppervlak - de gecorrigeerde hoekpuntgebieden, als metriek

Drempelvrije clusterverbetering is een methode om de relatieve waarde van
regio's die clusters zouden vormen in een standaard drempeltest. Dit is
bereikt door het evalueren van de integraal van:

e(h, p)^E * h^H * dh

op elk hoekpunt p, waar h varieert van 0 tot de maximale waarde in de gegevens, en e(h,
p) is de omvang van het cluster met vertex p bij drempel h. Negatief
waarden worden op dezelfde manier verbeterd door de gegevens te negeren, hetzelfde proces uit te voeren, en
het resultaat ontkennen.

Tijdens gebruik -voorglad with -gecorrigeerde-gebieden, merk op dat het een benadering is
correctie binnen het afvlakkingsalgoritme (de TFCE-correctie is exact). Aan het doen
egaliseren op individuele oppervlakken vóór middeling/TFCE heeft de voorkeur, indien mogelijk,
om de grootte van de afvlakkingskernel beter te koppelen aan de oorspronkelijke grootte van het kenmerk.

De TFCE-methode wordt uitgelegd in: Smith SM, Nichols TE., "Threshold-free cluster
verbetering: aanpakken van problemen van afvlakking, drempelafhankelijkheid en
lokalisatie in clusterinferentie." Neuroimage. 2009 januari 1;44(1):83-98. PMID:
18501637

-metrisch-naar-volume-toewijzing KAART METRISCHE BESTAND NAAR VOLUME

wb_commando -metrisch-naar-volume-toewijzing

- het invoerstatistiekenbestand - het oppervlak om coördinaten van te gebruiken
- een volumebestand in de gewenste uitvoervolumeruimte -
output - het uitvoervolumebestand

[-nearest-vertex] - gebruik de waarde van de vertex die zich het dichtst bij de voxel bevindt

centrum - hoe ver van het oppervlak om waarden toe te wijzen aan voxels, in mm

[-ribbon-constrained] - gebruik lintbeperkingstoewijzingsalgoritme

- het binnenoppervlak van het lint - het buitenoppervlak van
het lint

[-voxel-subdiv] - voxelverdelingen bij het schatten van voxelgewichten

- aantal onderverdelingen, standaard 3

Wijst waarden van een metriekbestand toe aan een volumebestand.
U moet specificeren

precies één kaartmethode-optie.
De -dichtstbijzijnde hoekpunt methode maakt gebruik van de

waarde van het hoekpunt dat zich het dichtst bij het voxelcentrum bevindt (handig voor gehele waarden). De
-lint-beperkt methode gebruikt dezelfde methode als in -volume-naar-oppervlakte-mapping,
gebruikt vervolgens de gewichten in omgekeerde volgorde.

-metrische-vector-operatie DOE EEN VECTORBEWERKING OP METRISCHE BESTANDEN

wb_commando -metrische-vector-operatie

- eerste vectorinvoerbestand - tweede vectorinvoerbestand
- welke vectorbewerking te doen? - uitvoer - het uitvoerbestand

[-normalize-a] - vectoren van de eerste invoer normaliseren

[-normalize-b] - normaliseer vectoren van tweede invoer

[-normalize-output] - normaliseer outputvectoren (niet geldig voor punt

artikel)

[-magnitude] - voer de grootte van het resultaat uit (niet geldig voor punt

artikel)

Voert een vectorbewerking uit op twee metrische bestanden (die een veelvoud van 3 . moet hebben
kolommen). Elk van de ingangen kan meerdere vectoren hebben (meer dan 3 kolommen),
maar niet beide (minstens één moet exact 3 kolommen hebben). De -grootte en
-normaliseren-output opties worden mogelijk niet samen opgegeven, of met een bewerking die:
retourneert een scalair (puntproduct). De parameter moet een van de zijn
volgende:

PUNTKRUIS TOEVOEGEN AFTREKKEN

-metrische-vector-naar-roi VIND OF VECTOREN NAAR EEN ROI WIJZEN

wb_commando -metrische-vector-naar-roi

- het oppervlak om op te rekenen - de rooi om de kortste te vinden
pad naar - output - de outputstatistiek

[-roi] - bereken niet voor hoekpunten buiten een roi

- de regio om binnen te berekenen, als statistiek

Bereken bij elk hoekpunt de vector langs het begin van het kortste pad naar de ROI.

-metrisch-gewogen-statistieken GEWOGEN RUIMTELIJKE STATISTIEKEN OP EEN METRISCH BESTAND

wb_commando -metrisch-gewogen-statistieken

- de invoerstatistiek

[-area-surface] - gebruik hoekpunten als gewichten

- het te gebruiken oppervlak voor hoekpunten

[-weight-metric] - gebruik gewichten uit een metrisch bestand

- metrisch bestand met de gewichten

[-kolom] - geef alleen uitvoer weer voor één kolom

- het kolomnummer of de naam

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een metrisch bestand

[-match-maps] - elke invoerkolom gebruikt de bijbehorende kolom

uit het roi-bestand

[-gemiddelde] - bereken gewogen gemiddelde

[-stdev] - bereken gewogen standaarddeviatie

[-sample] - schatting populatie stdev uit de steekproef

[-percentiel] - bereken gewogen percentiel

- het te vinden percentiel

[-som] - bereken gewogen som

[-show-map-name] - print kaartindex en naam voor elke output

Voor elke kolom van de invoer wordt een enkel nummer afgedrukt, resulterend uit de
gespecificeerde operatie. Gebruiken -kolom om alleen uitvoer voor een enkele kolom te geven. Gebruiken
-Koning om alleen de gegevens binnen een regio te bekijken. Precies een van -verminderen or
-percentiel moet worden opgegeven, en precies één van -gemeen, -stdev, -percentiel or
-som moet worden opgegeven.

gebruik -som with -oppervlakte (of -gewicht-metrisch met een statistiek die soortgelijke . bevat
data) is gelijk aan integreren met betrekking tot oppervlakte. Bijvoorbeeld, als
u wilt de oppervlakte binnen een rooi vinden, doe dit:

$ wb_command -metrisch-gewogen-statistieken roi.func.gii -sum -gebied-oppervlak

midthickness.surf.gii

-nifti-informatie DISPLAY INFORMATIE OVER EEN NIFTI/CIFTI-BESTAND

wb_commando -nifti-informatie

- het nifti/cifti-bestand om te onderzoeken

[-print-header] - toon de inhoud van de kop

[-print-matrix] - voer de waarden in de matrix uit (alleen cifti)

[-print-xml] - druk de cifti XML af (alleen cifti)

[-version] - converteer de XML naar een specifieke CIFTI-versie (standaard is

de cifti-versie van het bestand) - de te gebruiken CIFTI-versie

U moet er minimaal één opgeven -afdrukken-* optie.

-probtrackx-dot-convert CONVERT EEN .DOT-BESTAND VAN PROBTRACKX NAAR CIFTI

wb_commando -probtrackx-dot-convert

- voer .dot-bestand in - output - output cifti-bestand

[-row-voxels] - de uitvoertoewijzing langs een rij zal voxels zijn

- een tekstbestand met IJK-indexen voor de voxels

gebruikt

- een etiketvolume met de gebruikte afmetingen en vorm, met

structuurlabels

[-row-surface] - de uitvoermapping langs een rij zal oppervlaktehoekpunten zijn

- een metrisch bestand met positieve waarden op alle gebruikte knooppunten

[-row-cifti] - neem de toewijzing langs een rij uit een cifti-bestand

- het cifti-bestand om de mapping uit te halen - welke dimensie naar?
neem de kaart mee, RIJ of KOLOM

[-col-voxels] - de uitvoertoewijzing langs een kolom is voxels

- een tekstbestand met IJK-indexen voor de voxels

gebruikt

- een etiketvolume met de gebruikte afmetingen en vorm, met

structuurlabels

[-col-surface] - de uitvoertoewijzing langs een kolom zal oppervlak zijn

hoekpunten - een metrisch bestand met positieve waarden op alle gebruikte knooppunten

[-col-cifti] - neem de toewijzing langs een kolom uit een cifti-bestand

- het cifti-bestand om de mapping uit te halen - welke dimensie naar?
neem de kaart mee, RIJ of KOLOM

[-transponeren] - transponeer de invoermatrix

[-make-symmetric] - transformeer half-vierkante invoer naar volledige matrixuitvoer

LET OP: precies één -rij optie en één -kol optie moet worden gebruikt.

Als de indexen van het invoerbestand niet in de juiste volgorde zijn gesorteerd, is dit:
opdracht kan langer duren dan verwacht. Specificeren -transponeren zal de transponeren
invoermatrix voordat u probeert de waarden in het cifti-bestand te plaatsen, dat is
momenteel nodig voor ten minste matrix2 om het weer te geven zoals bedoeld. Hoe de
cifti-bestand wordt weergegeven, is gebaseerd op welke -rij optie is opgegeven: als -rij-voxels
is opgegeven, worden gegevens over volumesegmenten weergegeven. De labelnamen in de
labelvolume(s) moeten de volgende namen hebben, andere namen worden genegeerd:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

-set-map-namen DE NAAM VAN EEN OF MEER KAARTEN IN EEN BESTAND INSTELLEN

wb_commando -set-map-namen

- het bestand om de kaartnamen van in te stellen

[-name-file] - gebruik een tekstbestand om alle kaartnamen te vervangen

- tekstbestand met kaartnamen, één per regel

[-map] - herhaalbaar - specificeer een kaart om de naam van in te stellen

- de kaartindex om de naam van te wijzigen - de naam die moet worden ingesteld voor de
kaart

Stelt de naam in van een of meer kaarten voor metrisch, vorm, label, volume, cifti scalair of
cifti-labelbestanden. Als de -naam-bestand optie is niet gespecificeerd, de -kaart optie moet
ten minste één keer worden opgegeven. De -kaart optie kan niet worden gebruikt wanneer: -naam-bestand is
gespecificeerd.

-set-structuur STRUCTUUR VAN EEN DATABESTAND INSTELLEN

wb_commando -set-structuur

- het bestand om de structuur van in te stellen - de structuur om in te stellen
het bestand naar

[-surface-type] - stel het type oppervlak in (alleen gebruikt als bestand a . is

oppervlakte bestand) - naam van het type oppervlak

[-surface-secondary-type] - stel het secundaire type van een oppervlak in (alleen

gebruikt als bestand een oppervlaktebestand is) - naam van het secundaire oppervlaktetype

Het bestaande bestand wordt gewijzigd en herschreven naar dezelfde bestandsnaam.
Geldig

waarden voor de structuurnaam zijn:

CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LINKS ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT ONGELDIG OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT

Geldige namen voor het oppervlaktetype zijn:

ONBEKENDE RECONSTRUCTIE ANATOMISCH OPGEBLAZEN ZEER OPGEBLAZEN SFERISCH SEMI_SFERISCH
ELLIPSODE VLAKKE ROMP

Geldige namen voor het secundaire oppervlaktetype zijn:

ONGELDIGE GREY_WHITE MIDTHICKNESS PIAL

-show-scène OFFSCREEN RENDERING VAN SCNE NAAR EEN BEELDBESTAND

wb_commando -show-scène

- scènebestand - naam of nummer (vanaf één)
van de scène in

het scènebestand

- uitvoer afbeeldingsbestandsnaam - breedte van de output afbeelding(en)
- hoogte van de output afbeelding(en)

Render inhoud van browservensters die in een scène worden weergegeven in afbeeldingsbestand(en). De
de naam van het afbeeldingsbestand moet vergelijkbaar zijn met "capture.png". Als er maar één afbeelding is om
renderen, verandert de naam van de afbeelding niet. Als er meer dan één afbeelding moet worden weergegeven,
er wordt een index ingevoegd in de naam van de afbeelding: "capture_01.png", "capture_02.png"
enz.

Het beeldformaat wordt bepaald door de extensie van het beeldbestand. Afbeeldingsformaten
beschikbaar op dit systeem zijn:

bmp ico jpeg jpg png ppm tif tiff xbm xpm

Opmerking: Beschikbare afbeeldingsindelingen kunnen per besturingssysteem verschillen.

-ondertekende-afstand-tot-oppervlak BEREKEN DE ONDERTEKENDE AFSTAND VAN HET ENE OPPERVLAK NAAR HET ANDERE

wb_commando -ondertekende-afstand-tot-oppervlak

- het vergelijkingsoppervlak om de ondertekende afstand op te meten
- het referentieoppervlak dat de ondertekende afstand definieert

functie

- output - de outputstatistiek

[-wikkeling] - wikkelmethode voor punt binnen oppervlaktetest

- naam van de methode (standaard EVEN_ODD)

Bereken de getekende afstandsfunctie van het referentieoppervlak op elk hoekpunt op
het vergelijkingsoppervlak. OPMERKING: deze relatie is NIET symmetrisch, de lijn van a
hoekpunt naar het dichtstbijzijnde punt op het 'ref'-oppervlak (degene die het ondertekende . definieert
afstandsfunctie) alleen uitgelijnd met de normaal van het 'ref'-oppervlak. Geldig
specificaties voor wikkelmethoden zijn als volgt:

EVEN_ODD (standaard) NEGATIEVE NONZERO NORMALS

De NORMALS-methode gebruikt de normalen van driehoeken en randen, of de dichtstbijzijnde driehoek
geraakt door een straal vanaf het punt. Deze methode is misschien iets sneller, maar is slechts:
betrouwbaar voor een gesloten oppervlak dat zichzelf niet doorkruist. Alle andere
methoden tellen ingang (positief) en uitgang (negatieve) kruisingen van een verticale straal van
het punt, telt dan als binnen als het totaal oneven, negatief of niet nul is,
respectievelijk.

-spec-bestand-samenvoegen VOEG TWEE SPEC-BESTANDEN SAMEN IN ÉÉN

wb_commando -spec-bestand-samenvoegen

- eerste specificatiebestand om samen te voegen - tweede specificatiebestand om samen te voegen
- uitvoer - uitvoerspecificatiebestand

Het uitvoerspecificatiebestand bevat elk bestand dat zich in een van de invoerspecificatiebestanden bevindt.

-oppervlak-affiene-regressie REGRESS DE AFFINE TRANSFORMATIE TUSSEN OPPERVLAKKEN OP HETZELFDE MESH

wb_commando -oppervlak-affiene-regressie

- het oppervlak om te kromtrekken - het oppervlak dat overeenkomt met de coördinaten van
- output - het output affiene bestand

Gebruik lineaire regressie om een ​​affiene te berekenen die de kwadratensom van de minimaliseert
coördinatieverschillen tussen het doeloppervlak en het kromgetrokken bronoppervlak.
Merk op dat dit de neiging heeft om het oppervlak dat wordt kromgetrokken te verkleinen. Het resultaat
wordt geschreven als een NIFTI 'wereld'-matrix, zie -convert-affiene om het te converteren voor gebruik in
andere software.

-oppervlak-toepassen-affiene AFFINE TRANSFORM TOEPASSEN OP OPPERVLAKTEBESTAND

wb_commando -oppervlak-toepassen-affiene

- het te transformeren oppervlak - het affiene bestand - uitvoer
- het output getransformeerde oppervlak

[-flirt] - MOET worden gebruikt als affiene een flirt affiene is

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene
- het doelvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene

Voor flirtmatrices moet je de . gebruiken -flirt optie, want flirtmatrices zijn dat niet
een volledige beschrijving van de coördinatentransformatie die ze vertegenwoordigen. Als de -flirt
optie niet aanwezig is, moet de affiene een nifti 'wereld'-affiene zijn, wat kan zijn
verkregen met de -convert-affiene commando, of aff_conv van de 4dfp suite.

-oppervlak-toepassen-warpfield WARPFIELD TOEPASSEN OP OPPERVLAKTEBESTAND

wb_commando -oppervlak-toepassen-warpfield

- het te transformeren oppervlak - het INVERSE warpveld
- output - het output getransformeerde oppervlak

[-fnirt] - MOET gebruikt worden bij gebruik van een fnirt warpfield

- het voorwaartse warpveld

OPMERKING: het kromtrekken van een oppervlak vereist de INVERSE van het warpveld dat wordt gebruikt om de
volume waarmee het overeenkomt. De kop van de voorwaartse warp is nodig door de -fnirt
optie om de verplaatsingen in het eerste warpveld correct te interpreteren.

Indien de -fnirt optie is niet aanwezig, het warpfield moet een nifti 'wereld' zijn
warpfield, die kan worden verkregen met de -convert-warpfield opdracht.

-oppervlakte-gemiddelde GEMIDDELDE OPPERVLAKTEBESTANDEN SAMEN

wb_commando -oppervlakte-gemiddelde

- output - het output gemiddelde oppervlak

[-stddev] - bereken de standaarddeviatie van 3D-voorbeelden

- uitvoer - de uitvoerstatistiek voor 3D-voorbeeld

standaardafwijking

[-onzekerheid] - bereken caret5 'onzekerheid'

- output - de outputmaatstaf voor onzekerheid

[-surf] - herhaalbaar - specificeer een oppervlak om op te nemen in het gemiddelde

- een oppervlaktebestand naar gemiddeld

De standaarddeviatie van de 3D-steekproef wordt berekend als 'sqrt(sum(squaredlength(xyz -
gemiddelde(xyz)))/(n - 1))'.

Onzekerheid is een oude maatstaf die wordt gebruikt in caret5 en wordt berekend als 'sum(length(xyz
- gemiddelde (xyz)))/n'.

-oppervlakte-dichtstbijzijnde-vertex VIND HET DICHTSSTIJKE OPPERVLAKTEVERTEXT BIJ DE CORDINATEN

wb_commando -oppervlakte-dichtstbijzijnde-vertex

- het te gebruiken oppervlak - tekstbestand met coördinaten
- uitvoer - het uitvoertekstbestand met hoekpuntnummers

Zoek voor elke coördinaat XYZ triple het dichtstbijzijnde hoekpunt in het oppervlak en voer uit
zijn hoekpuntnummer in een tekstbestand.

-oppervlakte-coördinaten-naar-metrisch MAAK METRISCH BESTAND VAN OPPERVLAKTECORDINATEN

wb_commando -oppervlakte-coördinaten-naar-metrisch

- het oppervlak om de coördinaten van te gebruiken - uitvoer - de
uitvoerstatistiek

Zet de coördinaten van het oppervlak in een metrisch bestand met 3 kaarten, als x, y, z.

-oppervlakte-cortex-laag CREER OPPERVLAK DAT EEN CORTISCH LAAG BENADERT

wb_commando -oppervlakte-cortex-laag

- het oppervlak van de witte stof - het pial oppervlak
- op welke volumefractie moet de laag worden geplaatst? - uitgang -
het uitvoeroppervlak

[-placement-out] - voer de plaatsing uit als een afstandsbreuk van pial

naar wit - uitvoer - uitvoerstatistiek

[-untwist] - tijdelijke optie voor het vergelijken van methoden, specificeer om oud te gebruiken

methode

De invoeroppervlakken moeten een hoekpuntcorrespondentie hebben.
Het uitvoeroppervlak:

wordt gegenereerd door hoekpunten tussen de twee oppervlakken te plaatsen zodat de ingesloten
volume binnen een klein stukje van de nieuwe en witte oppervlakken is de gegeven fractie
van het volume van dezelfde pleister tussen de pial en witte oppervlakken (dwz
specificeren van 0 zou het witte oppervlak geven, 1 zou het pial-oppervlak geven).

-oppervlakte-creëer-bol GENEREER EEN BOL MET CONSTANTE VERTEX-GEBIEDEN

wb_commando -oppervlakte-creëer-bol

- gewenst aantal hoekpunten - uitvoer - de uitvoer
bol

Genereert een bol door regelmatig de driehoeken van een icosaëder te delen, om te komen
zo dicht mogelijk bij het gewenste aantal hoekpunten mogelijk, en het wijzigen om te hebben
zeer vergelijkbare hoekpunten voor alle hoekpunten. Om een ​​paar vertex-matched te genereren
linker en rechter bollen, gebruik dit commando, dan -oppervlakte-flip-lr om de te genereren
andere sfeer dan -set-structuur op elke. Bijvoorbeeld:

$ wb_command -surface-create-sphere 6000 Sphere.6k.R.surf.gii
$ wb_command -surface-flip-lr Sphere.6k.R.surf.gii Sphere.6k.L.surf.gii
$ wb_command -set-structuur Sphere.6k.R.surf.gii CORTEX_RIGHT
$ wb_command -set-structuur Sphere.6k.L.surf.gii CORTEX_LEFT

-oppervlak-cut-herbemonsteren RESAMPLE EEN GESNEDEN OPPERVLAK

wb_commando -oppervlak-cut-herbemonsteren

- het oppervlaktebestand om opnieuw te samplen - een bol oppervlak
met de mesh die het invoeroppervlak

is momenteel

- een boloppervlak dat in register is met

en heeft de gewenste output mesh

- output - het uitvoeroppervlakbestand

Herbemonstert een oppervlaktebestand, gegeven twee bolvormige oppervlakken die in register zijn.
Er wordt barycentrische resampling gebruikt, omdat dit meestal beter is voor resampling
oppervlakken, en omdat het toch nodig is om de nieuwe topologie te achterhalen.

-oppervlakte-vervorming MEET VERVORMING TUSSEN OPPERVLAKKEN

wb_commando -oppervlakte-vervorming

- het referentieoppervlak - de vervormde
oppervlakte - output - de metrische outputvervorming

[-smooth] - maak de gebiedsgegevens glad

- de smoothing kernel sigma in mm

[-caret5-methode] - gebruik de oppervlaktevervormingsmethode van caret5

[-edge-methode] - bereken vervorming van randlengtes in plaats van gebieden

Dit commando, wanneer niet gebruikt -caret5-methode or -edge-methode, is gelijk aan het gebruik van
-oppervlakte-vertex-gebieden op elk oppervlak, waarbij beide uitvoerstatistieken worden afgevlakt met de
GEO_GAUSS_EQUAL methode op het oppervlak waar ze vandaan kwamen als -glad is opgegeven, en
gebruik dan de formule 'ln(vervormd/referentie)/ln(2)' op de afgevlakte resultaten.

Tijdens gebruik -caret5-methode, het gebruikt de oppervlaktevervormingsmethode van caret5, wat:
neemt de log van basis 2 van de verhouding van tegeloppervlakken en neemt vervolgens het gemiddelde van die resultaten op
elk hoekpunt en maakt vervolgens het resultaat op het referentieoppervlak glad.

Tijdens gebruik -edge-methode -glad optie wordt genegeerd en de uitvoer bij elke
hoekpunt is het gemiddelde van 'abs(ln(refEdge/distortEdge)/ln(2))' ​​over alle randen
verbonden met het hoekpunt.

-oppervlakte-flip-lr SPIEGEL EEN OPPERVLAK DOOR HET YZ-VLIEGTUIG

wb_commando -oppervlakte-flip-lr

- het oppervlak om te spiegelen - output - de output omgedraaid oppervlak

Dit commando negeert de x-coördinaat van elk hoekpunt en draait het oppervlak om
normals, zodat je een oppervlak van tegengestelde handigheid hebt met dezelfde kenmerken
en knoopcorrespondentie, met normalen die consistent zijn met het oorspronkelijke oppervlak. Dat
is, als het invoeroppervlak normalen naar buiten heeft gericht, zal het uitvoeroppervlak ook
hebben normalen naar buiten gericht.

-oppervlakte-flip-normalen DRAAI ALLE TEGELS OP EEN OPPERVLAK

wb_commando -oppervlakte-flip-normalen

- het oppervlak om de normalen van te spiegelen - uitvoer - de uitvoer
oppervlak

Draait alle driehoeken op een oppervlak om, waardoor de normaalwaarden van het oppervlak worden omgedraaid
andere richting (naar binnen versus naar buiten). Als je een oppervlak transformeert met een affiene
die een negatieve determinant heeft, of een warpveld dat op dezelfde manier het oppervlak omkeert, jij
kan eindigen met een oppervlak met normalen die naar binnen wijzen, die mogelijk een display hebben
problemen. Het gebruik van deze opdracht lost dat probleem op.

-oppervlakte-genereren-opgeblazen OPPERVLAKTE GENEREREN OPGEBLAZEN

wb_commando -oppervlakte-genereren-opgeblazen

- het anatomische oppervlak - uitgang -
de output opgeblazen oppervlak: - output - de output zeer
opgeblazen oppervlak

[-iteraties-schaal] - optionele iteraties schalen

- iteraties-schaalwaarde

Genereer opgeblazen en zeer opgeblazen oppervlakken. De uitvoervlakken zijn 'op elkaar afgestemd'
(hebben hetzelfde XYZ-bereik) naar het anatomische oppervlak. In de meeste gevallen is een iteratieschaal
van 1.0 (standaard) is voldoende. Als het oppervlak echter een groot aantal
nodes (150,000), probeer een iteratieschaal van 2.5.

-oppervlak-geodetische-afstand BEPAAL DE GEODISCHE AFSTAND VAN EEN VERTEX NAAR HET HELE OPPERVLAK

wb_commando -oppervlak-geodetische-afstand

- het oppervlak om op te rekenen - het hoekpunt om geodetisch te berekenen
afstand van - output - de outputstatistiek

[-naïef] - gebruik alleen buren, kruip niet in driehoeken (niet aanbevolen)

[-limit] - stop op een bepaalde afstand

- afstand in mm om te stoppen bij

Tenzij -begrenzing is opgegeven, berekent de geodetische afstand van de opgegeven
hoekpunt naar alle anderen. Het resultaat wordt uitgevoerd als een metriekbestand met één kolom, met a
waarde van -1 voor hoekpunten waarvoor de afstand niet is berekend. Als -naief is niet
gespecificeerd, gebruikt het niet alleen directe buren, maar ook buren afgeleid van
kruipend over paren driehoeken die een rand delen.

-oppervlakte-geodetische-rois TEKEN GEODESISCHE BEPERKTE ROIS BIJ VERTICES

wb_commando -oppervlakte-geodetische-rois

- het oppervlak om op te tekenen - geodetische afstandslimiet van vertex,
in mm - een tekstbestand met de hoekpunten om ROI's te tekenen

rond

- output - de outputstatistiek

[-gaussian] - genereer een Gauss-kernel in plaats van een platte ROI

- de sigma voor de Gauss-kernel, in mm

[-overlap-logic] - hoe om te gaan met overlappende ROI's, standaard TOESTAAN

- de methode om overlappingen op te lossen

[-names] - geef de kolommen een naam uit het tekstbestand

- een tekstbestand met kolomnamen, één per regel

Voor elk hoekpunt in het lijstbestand wordt een kolom in de uitvoermetriek gemaakt en een
ROI rond dat hoekpunt wordt in die kolom getekend. Elke metrische kolom heeft nullen
buiten de geodetische afstand gespreid door , en zal standaard een hebben
waarde van 1.0 erin. Als de -gaussiaans optie is opgegeven, de waarden binnen
de ROI zal in plaats daarvan een gaussiaanse waarde vormen met de gespecificeerde waarde van sigma, genormaliseerd
zodat de som van de niet-nulwaarden in de metrische kolom 1.0 is. De
argument voor -overlap-logica moet een van ALLOW, CLOSEST of EXCLUDE zijn. TOESTAAN is de
standaard, en betekent dat ROI's onafhankelijk worden behandeld en elkaar kunnen overlappen. DICHTBIJ:
betekent dat ROI's elkaar niet mogen overlappen en dat geen enkele ROI hoekpunten bevat die dichterbij zijn
naar een ander zaadvertex. UITSLUITEN betekent dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat eventuele
hoekpunt binnen het bereik van meer dan één ROI behoort niet tot een ROI.

-oppervlakte-inflatie OPPERVLAKTE INFLATIE

wb_commando -oppervlakte-inflatie

- het anatomische oppervlak - het oppervlaktebestand naar
opblazen - aantal afvlakkingscycli
- afvlakkingssterkte (bereiken [0.0 - 1.0])
- iteraties gladstrijken - inflatiefactor
- uitvoer - uitvoer oppervlaktebestand

Blaas een oppervlak op door cycli uit te voeren die bestaan ​​uit gladmaken gevolgd door:
inflatie (om krimp veroorzaakt door gladmaken te corrigeren).

-oppervlakte-informatie DISPLAY INFORMATIE OVER EEN OPPERVLAK

wb_commando -oppervlakte-informatie

- Oppervlak waarvoor informatie wordt weergegeven

Informatie over het oppervlak wordt weergegeven, inclusief hoekpunten, driehoeken, selectiekader,
en afstand.

-oppervlakte-overeenkomst OPPERVLAKTEWEDSTRIJD

wb_commando -oppervlakte-overeenkomst

- Match (referentie) oppervlak - Bestand
met oppervlak dat zal worden getransformeerd - Surface-bestand
na transformatie

Het invoeroppervlakbestand wordt zo getransformeerd dat de coördinaatbereiken (begrenzing
box) overeenkomen met die van het Match Surface File

-oppervlakte-wijzig-bol VERANDER RADIUS EN RECENTEER EEN SPHERE Optioneel

wb_commando -oppervlakte-wijzig-bol

- de bol om te wijzigen - de straal die de uitvoerbol zou moeten hebben
hebben - output - de outputbol

[-recenter] - de bol opnieuw plaatsen door middel van het selectiekader

Dit commando kan handig zijn als je hebt gebruikt -oppervlakte-resample een bol resamplen,
die kunnen lijden aan problemen die over het algemeen niet aanwezig zijn in
-oppervlaktebol-project-niet-project. Als de bol al gecentreerd zou moeten zijn?
de oorsprong, met behulp van -recentreren kan het nog steeds iets verschuiven voordat de straal wordt gewijzigd,
wat waarschijnlijk ongewenst is.

Als is niet dicht bij bolvormig, of niet gecentreerd rond de oorsprong en
-recentreren niet wordt gebruikt, wordt een waarschuwing afgedrukt.

-oppervlak-normalen UITVOER VERTEX NORMALS ALS METRISCH BESTAND

wb_commando -oppervlak-normalen

- het oppervlak om de normalen van uit te voeren - output - de normale
vectoren

Berekent de normaalvectoren van het oppervlaktebestand en voert ze uit als een 3-kolom
metrisch bestand.

-oppervlakte-resample RESAMPLE VAN EEN OPPERVLAK NAAR EEN ANDER MESH

wb_commando -oppervlakte-resample

- het oppervlaktebestand om opnieuw te samplen - een bol oppervlak
met de mesh die het invoeroppervlak

is momenteel

- een boloppervlak dat in register is met

en heeft de gewenste output mesh

- de naam van de methode - output - het uitvoeroppervlakbestand

[-area-surfs] - specificeer oppervlakken om vertex-gebiedcorrectie uit te voeren op basis van

- een relevante ondergrond met mesh - een
relevante oppervlak met mesh

[-area-metrics] - specificeer vertex-gebiedsmetrieken om op basis van gebiedscorrectie uit te voeren

Aan - een metrisch bestand met hoekpunten voor

mesh

- een metrisch bestand met hoekpunten voor mesh

Herbemonstert een oppervlaktebestand, gegeven twee bolvormige oppervlakken die in register zijn. Als
de methode doet gebiedscorrectie, precies een van -gebied-surfen or -gebiedsmetingen Dan moet je
wees duidelijk. Deze optie wordt niet gebruikt in normale omstandigheden, maar is voorzien voor
volledigheid.

De argument moet een van de volgende zijn:

ADAP_BARY_AREA BARYCENTRISCH

De BARYCENTRIC-methode wordt aanbevolen voor anatomische oppervlakken, tenzij:
vrij ruw, om het gladstrijken te minimaliseren.

Gebruik voor snijvlakken (inclusief flatmaps) -oppervlak-cut-herbemonsteren.

In plaats van een bolvormig oppervlak opnieuw te bemonsteren, -oppervlaktebol-project-niet-project
commando wordt aanbevolen.

-oppervlakteverzachting OPPERVLAKTE GLADMAKEN

wb_commando -oppervlakteverzachting

- het oppervlaktebestand om glad te maken - gladmakende sterkte
(bereiken [0.0 - 1.0]) - iteraties gladstrijken -
output - output oppervlaktebestand

Maakt een oppervlak glad door knooppunten met hun buren te middelen.

-oppervlaktebol-project-niet-project VERVORM EEN BOL VOLGENS EEN REGISTRATIE

wb_commando -oppervlaktebol-project-niet-project

- de bol met de gewenste output mesh - een
bol die uitgelijnd is met bol-in - bol-project-naar
vervormd naar de uitvoerruimte - output - de outputbol

elk hoekpunt van wordt geprojecteerd op verkrijgen
barycentrische gewichten, die vervolgens worden gebruikt om de projectie van .
Dit resulteert in een bol met de topologie van , maar de coördinaten zijn verschoven
door de vervorming tussen en .
en moet dezelfde topologie hebben als elk
anders, maar kan een andere topologie hebben.

-oppervlakte-tot-oppervlak-3d-afstand BEREKEN AFSTAND TUSSEN OVEREENKOMENDE VERTICES

wb_commando -oppervlakte-tot-oppervlak-3d-afstand

- het oppervlak om te vergelijken met de referentie - de
oppervlak om als referentie te gebruiken: - output - de outputafstanden

[-vectoren] - voer de verplaatsingsvectoren uit

- uitvoer - de uitvoervectoren

Berekent het vectorverschil tussen de hoekpunten van elk oppervlak met dezelfde
index, as (comp - ref), en voer de magnitudes uit, en optioneel de verplaatsing
vectoren.

-oppervlakte-vertex-gebieden MEET OPPERVLAKTE ELKE VERTEX IS VERANTWOORDELIJK VOOR

wb_commando -oppervlakte-vertex-gebieden

- het te meten oppervlak - output - de outputstatistiek

Elk hoekpunt krijgt een derde van de oppervlakte van elke driehoek waarvan het deel uitmaakt.

-oppervlakte-wig-volume MEET PER-VERTEX VOLUME TUSSEN OPPERVLAKKEN

wb_commando -oppervlakte-wig-volume

- het binnenoppervlak - het buitenoppervlak -
output - de outputstatistiek

Bereken het volume van het gebied van elk hoekpunt van het ene oppervlak naar het andere. de oppervlakken
moet knooppuntcorrespondentie hebben.

-hoofdstuk toets

-volume-affien-resample RESAMPLE VOLUME MET AFFINE TRANSFORM

wb_commando -volume-affien-resample

- volume om opnieuw te samplen - het affiene bestand om toe te passen
- een volumebestand in de gewenste volumeruimte voor de

uitvoer

- de resampling-methode - uitvoer - het uitvoervolume

[-flirt] - MOET worden gebruikt als affiene een flirt affiene is

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene
- het doelvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van de affiene

Resample een volumebestand met een affiene transformatie.
De aanbevolen

methoden zijn CUBIC (cubic spline) voor de meeste gegevens en ENCLOSING_VOXEL voor labelgegevens.
De parameter moet een van zijn:

KUBIEKE OMSLUITING_VOXEL DRIELINEAIR

-volume-alle-labels-naar-rois MAAK ROIS VAN ALLE LABELS IN EEN VOLUMEFRAME

wb_commando -volume-alle-labels-naar-rois

- het invoervolumelabelbestand - het nummer of de naam van het label
kaart om te gebruiken - output - het uitvoervolumebestand

Het uitvoervolume heeft een frame voor elk label in het opgegeven invoerframe, anders
dan de ??? label, die elk een ROI bevatten van alle voxels die zijn ingesteld op de
bijbehorende etiket.

-volume-opname-vlak INTERPOLEER AFBEELDING VANUIT VLIEGTUIG DOOR VOLUME

wb_commando -volume-opname-vlak

- het volumebestand waaruit moet worden geïnterpoleerd - de naam of het nummer van
het te gebruiken subvolume - interpolatietype - breedte van het uitvoerbeeld,
in pixels - hoogte van het uitvoerbeeld, in pixels - waarde om weer te geven
zo zwart - waarde om als wit weer te geven - x-coördinaat van
de linkerbenedenhoek van de uitvoerafbeelding - y-coördinaat van de bodem
links van het uitvoerbeeld - z-coördinaat van de linkerbenedenhoek van de
uitvoer afbeelding - x-coördinaat van de rechterbenedenhoek van de uitvoer
afbeelding - y-coördinaat van de rechterbenedenhoek van de uitvoerafbeelding
- z-coördinaat van de rechterbenedenhoek van het uitvoerbeeld
- x-coördinaat van de linkerbovenhoek van het uitvoerbeeld -
y-coördinaat van de linkerbovenhoek van het uitvoerbeeld - z-coördinaat van de
linksboven in het uitvoerbeeld - uitvoer - het uitvoerbeeld

OPMERKING: Als u een afbeelding wilt genereren met alle mogelijkheden van de GUI
weergave, zie -show-scène.

Rendert een afbeelding van een willekeurig vlak door het volumebestand, met een eenvoudige
lineair grijswaardenpalet. De parameter moet een van zijn:

KUBIEKE OMSLUITING_VOXEL DRIELINEAIR

-volume-kopie-extensies UITGEBREIDE GEGEVENS KOPIREN NAAR EEN ANDER VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-kopie-extensies

- het volumebestand met de te gebruiken voxelgegevens
- het volumebestand met de te gebruiken extensies - uitvoer - de
uitgangsvolume

[-drop-unknown] - kopieer geen extensies die workbench niet begrijpt

Deze opdracht kopieert de informatie in een volumebestand dat geen cruciaal onderdeel is van
de standaard koptekst of datamatrix, bijv. kaartnamen, paletinstellingen, labeltabellen.
If -drop-onbekend is niet gespecificeerd, het kopieert ook soortgelijke soorten informatieset
door andere software.

-volume-creëren MAAK EEN LEEG VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-creëren

- lengte van de eerste dimensie - lengte van de tweede dimensie -
lengte van de derde dimensie - uitvoer - het uitvoervolume

[-lood] - ingesteld via asvolgorde en afstand/offset

- een string zoals 'XYZ' die aangeeft welke index er is

welke ruimtelijke dimensie

- verandering in x-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- verandering in de y-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- verandering in z-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- de x-coördinaat van de eerste voxel - de y-coördinaat van
de eerste voxel - de z-coördinaat van de eerste voxel

[-sform] - ingesteld via een nifti sform

- toename in x-coördinaat door het verhogen van de i-index
- toename van x-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
x-coördinaat van het verhogen van de k-index - x-coördinaat van eerste voxel
- toename van de y-coördinaat door het verhogen van de i-index
- verhoging van de y-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
y-coördinaat van het verhogen van de k-index - y-coördinaat van eerste voxel
- verhoging van de z-coördinaat door het verhogen van de i-index
- verhoging van de z-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
z-coördinaat van het verhogen van de k-index - z-coördinaat van eerste voxel

Creëert een volumebestand vol nullen.
Precies een van -lood or -vorm

moet worden opgegeven.

-volume-verwijden DILATE EEN VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-verwijden

- het te verwijden volume - afstand in mm tot uitzetten -
dilatatiemethode om te gebruiken - uitvoer - het uitvoervolume

[-bad-voxel-roi] - specificeer een roi van voxels om te overschrijven, in plaats van

voxels met waarde nul - volumebestand, positieve waarden duiden voxels aan
hebben

hun waarden vervangen

[-data-roi] - specificeer een roi van waar er gegevens zijn

- volumebestand, positieve waarden duiden voxels aan die:

gegevens

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om uit te zetten

- het subvolumenummer of de naam

Voor alle voxels die als slecht zijn aangemerkt, als ze grenzen aan een niet-slechte voxel met
gegevens of binnen de opgegeven afstand van een dergelijke voxel zijn, vervangt u de waarde in de
slechte voxel met een waarde berekend op basis van nabijgelegen niet-slechte voxels die gegevens hebben,
stel anders de waarde in op nul. Maakt niet uit hoe klein is, verwijding zal
gebruik altijd ten minste de voxels van de gezichtsbuur.

Standaard zijn voxels met gegevens met de waarde 0 slecht, specificeer -bad-voxel-roi
om voxels alleen als slecht te tellen als ze door de roi zijn geselecteerd. Als -data-roi is niet
gespecificeerd, wordt aangenomen dat alle voxels gegevens bevatten.

Geldige waarden voor zijn:

DICHTBIJ - gebruik de waarde van de dichtstbijzijnde goede voxel GEWOGEN - gebruik een gewogen
gemiddelde op basis van afstand

-volume-schatting-fwhm SCHATTE FWHM-GLADHEID VAN EEN VOLUME

wb_commando -volume-schatting-fwhm

- het ingangsvolume

[-roi] - gebruik alleen gegevens binnen een ROI

- het volume dat moet worden gebruikt als ROI

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om de gladheid van te schatten

- het subvolumenummer of de naam

Schat de gladheid van het invoervolume in X-, Y- en Z-richtingen afzonderlijk,
afdrukken van de schattingen naar standaarduitvoer. Als -subvolume is niet gespecificeerd, elk
subvolume wordt geschat en afzonderlijk weergegeven.

-volume-extrema VIND EXTREMA IN EEN VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-extrema

- volumebestand om de extrema van . te vinden - de minimale afstand
tussen geïdentificeerde extrema van hetzelfde

type dan:

- output - het output extreme volume

[-presmooth] - verzacht het volume voordat u extrema vindt

- de sigma voor de gaussiaanse afvlakkingskernel, in mm

[-roi] - negeer waarden buiten het geselecteerde gebied

- het gebied om extremen in te vinden

[-threshold] - negeer kleine extrema

- de grootste waarde om te overwegen als een minimum - het kleinste
waarde om te overwegen als een maximum

[-sum-subvols] - voer de som van de extrema-subvolumes uit in plaats van elk

afzonderlijk subvolume

[-consolidate-mode] - gebruik consolidatie van lokale minima in plaats van a

grote buurt

[-only-maxima] - vind alleen de maxima

[-only-minima] - vind alleen de minima

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om extremen te vinden in

- het subvolumenummer of de naam

Vindt extremen in een volumebestand, zodat er geen twee extremen van hetzelfde type zijn
binnenin van elkaar. De extrema worden aangeduid als -1 voor minima, 1 voor
maxima, anders 0. Als -alleen-maxima or -alleen-minima is opgegeven, dan zal het
negeer extrema niet van het opgegeven type. Deze opties sluiten elkaar uit.

If -som-subvols is opgegeven, worden deze extreme subvolumes bij elkaar opgeteld en de output
heeft een enkel subvolume met dit resultaat.

Standaard is een datapunt alleen een extrema als het extremer is dan alle andere
datapunt dat zich binnen ervan. Als -consolideren-modus wordt gebruikt, het
in plaats daarvan begint met het vinden van alle datapunten die extremer zijn dan hun directe
buren, terwijl er binnenin extremen zijn? van elkaar, neem
de twee uitersten die het dichtst bij elkaar liggen en voeg ze samen tot één door een gewogen gemiddelde
gebaseerd op hoeveel originele extrema in elk zijn samengevoegd.

Standaard worden alle invoersubvolumes gebruikt zonder afvlakking, gebruik -subvolume naar
specificeer een enkel subvolume om te gebruiken, en -voorglad om de invoer eerder af te vlakken
het uiterste vinden.

-volume-vul-gaten VUL GATEN IN EEN ROI-VOLUME

wb_commando -volume-vul-gaten

- het input-ROI-volume - output - het output-ROI-volume

Vindt alle face-connected onderdelen die niet zijn opgenomen in de ROI, en vult alles behalve
de grootste met enen.

-volume-vind-clusters FILTER CLUSTERS OP VOLUME

wb_commando -volume-vind-clusters

- het ingangsvolume - drempel voor gegevenswaarden
- drempel voor clustervolume, in mm^3 - uitgang -
het uitgangsvolume

[-minder-dan] - vind waarden kleiner dan , liever dan

meer

[-roi] - selecteer een interessegebied

- de roi, als een volumebestand

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume

- het subvolumenummer of de naam

[-size-ratio] - negeer clusters die kleiner zijn dan een bepaalde fractie van de

grootste cluster op kaart - fractie van het volume van het grootste cluster

[-distance] - negeer clusters verder dan een bepaalde afstand van de

grootste cluster - hoe ver een cluster van het grootste cluster kan zijn,
rand

tot rand, in mm

[-start] - begin met het labelen van clusters vanaf een andere waarde dan 1

- de waarde om het eerste gevonden cluster te geven

Voert een volume uit met gehele getallen die niet nul zijn voor alle voxels binnen een voldoende grote
cluster, en nullen elders. De gehele getallen geven clusterlidmaatschap aan (standaard
eerste gevonden cluster gebruikt waarde 1, tweede cluster 2, enz.). Standaard waarden
groter dan worden beschouwd als in een cluster, gebruik -minder dan naar
test op waarden onder de drempel. Om dit als masker op de gegevens toe te passen, of
om meer gecompliceerde drempelwaarden uit te voeren, zie -volume-wiskunde.

-volume-gradiënt VERLOOP VAN EEN VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-gradiënt

- het ingangsvolume - uitvoer - de uitvoergradiënt
omvang volume

[-presmooth] - verzacht het volume voordat het verloop wordt berekend

- sigma voor Gauss-wegingsfunctie, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om de gradiënt van te nemen

- de regio waarbinnen de gradiënt moet worden genomen

[-vectoren] - uitvoervectoren

- uitvoer - de vectoren als een volumebestand

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om het verloop te nemen van

- het subvolumenummer of de naam

Berekent de gradiënt van het volume door lineaire regressies uit te voeren voor elke voxel,
alleen rekening houdend met zijn gezichtsburen, tenzij er te weinig gezichtsburen zijn. De
gradiëntvector is opgebouwd uit de partiële afgeleiden van de resulterende linear
functie, en de grootte van deze vector is de uitvoer. Indien gespecificeerd, het volume
vectoruitvoer is gerangschikt met de x-, y- en z-componenten van een subvolume als
opeenvolgende subvolumes.

-volume-label-export-tabel ETIKETTABEL EXPORTEREN VANUIT VOLUME ALS TEKST

wb_commando -volume-label-export-tabel

- het invoervolumelabelbestand - het nummer of de naam van het label
kaart om te gebruiken - output - het uitvoertekstbestand

Haalt de labeltabel uit de volumelabelmap en schrijft deze naar een tekstformaat
overeenkomen met wat wordt verwacht door -volumelabel-import.

-volumelabel-import IMPORTEER EEN LABELVOLUME NAAR CARET-FORMAAT

wb_commando -volumelabel-import

- het labelvolume dat moet worden geïmporteerd - tekstbestand met de
waarden en namen voor labels - uitvoer - het labelvolume van de uitvoerwerkbank

[-discard-others] - stel alle voxels in met waarden die niet in het label worden vermeld

lijst naar de ??? label

[-unlabeled-value] - stel de waarde in die als niet-gelabeld zal worden geïnterpreteerd

- de numerieke waarde voor niet-gelabeld (standaard 0)

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om te importeren

- het subvolumenummer of de naam

[-drop-unused-labels] - verwijder alle ongebruikte labelwaarden van het label

tafel

Creëert een nieuw volume met labelinformatie in de kop in de caret nifti
extensie formaat. U kunt de lege tekenreeks ('' werkt op linux/mac) specificeren voor
, die wordt behandeld alsof het een leeg bestand is. De labellijst
bestand moet regels van het volgende formaat hebben:



Geef de "niet-gelabelde" sleutel niet op in het bestand, er wordt aangenomen dat 0 betekent niet
gelabeld tenzij -waarde zonder label is gespecificeerd. Labelnamen moeten op een aparte
regel, maar mag spaties of andere ongebruikelijke tekens bevatten (maar geen nieuwe regel).
Witruimte wordt aan beide uiteinden van de labelnaam bijgesneden, maar blijft behouden als deze zich in de
midden van een label. De waarden van rood, groen, blauw en alfa moeten gehele getallen zijn van
0 tot 255, en specificeert de kleur waarin het label wordt getekend (alfa van 255 betekent
ondoorzichtig, wat waarschijnlijk is wat u wilt). Standaard worden er nieuwe labelnamen ingesteld
met namen van LABEL_# voor alle gevonden waarden die niet in de lijst staan
bestand, specificeer -gooi-anderen om deze voxels in plaats daarvan in te stellen op de "niet-gelabelde" toets.

-volume-label-naar-roi MAAK EEN VOLUME-LABEL IN EEN ROI-VOLUME

wb_commando -volume-label-naar-roi

- het invoervolumelabelbestand - uitvoer - het uitvoervolume
filet

[-name] - selecteer label op naam

- de labelnaam waarvan je een rooie wilt

[-key] - selecteer label met toets

- de labelsleutel waarvan u een roi wilt hebben

[-map] - selecteer een kaart met één label om te gebruiken

- het kaartnummer of de naam

Voor elke kaart in , wordt een kaart gemaakt in waar alle locaties
gelabeld met of met een sleutel van krijgen een waarde van 1, en
alle andere locaties krijgen 0. Precies één van -naam en -sleutel moet worden opgegeven.
Specificeren -kaart om slechts één kaart te gebruiken van .

-volume-label-naar-oppervlak-toewijzing WIJS EEN LABELVOLUME IN AAN EEN OPPERVLAKTELABELBESTAND

wb_commando -volume-label-naar-oppervlak-toewijzing

- het volume om gegevens van in kaart te brengen - het oppervlak om de gegevens op in kaart te brengen
- output - het output gifti label-bestand

[-subvol-select] - selecteer een enkel subvolume om in kaart te brengen

- het subvolumenummer of de naam

Gebruikt de omsluitende voxel-toewijzingsmethode om labelgegevens toe te wijzen aan een gifti-labelbestand.

-volume-wiskunde EVALUEER UITDRUKKING OP VOLUMEBESTANDEN

wb_commando -volume-wiskunde

- de uitdrukking om te evalueren, tussen aanhalingstekens - uitvoer - de
uitgangsvolume

[-fixnan] - vervang NaN-resultaten door een waarde

- waarde om NaN te vervangen door

[-var] - herhaalbaar - een volumebestand om als variabele te gebruiken

- de naam van de variabele, zoals gebruikt in de uitdrukking - het volume
bestand om als deze variabele te gebruiken

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume

- het subvolumenummer of de naam

[-repeat] - hergebruik een enkel subvolume voor elk subvolume van de berekening

Deze opdracht evalueert bij elke voxel onafhankelijk.
There

moet minimaal één zijn -var optie (om de volumeruimte uit te halen), zelfs als de
gespecificeerd in het wordt niet gebruikt in . Alle volumes moeten hetzelfde volume hebben
ruimte. Bestandsnamen zijn niet geldig in , gebruik een variabelenaam en a -var
optie met bijpassende om een ​​invoerbestand op te geven. Als de -subvolume Optie is
aan iemand gegeven -var optie, wordt er slechts één subvolume uit dat bestand gebruikt. Als -herhalen is
gespecificeerd, moet het bestand ofwel slechts één subvolume hebben, of de -subvolume
optie opgegeven. Alle bestanden die niet gebruiken -herhalen moet hetzelfde aantal hebben
subvolumes gevraagd om te worden gebruikt. het formaat van is als volgt:

Expressies bestaan ​​uit constanten, variabelen, operators, haakjes en functies,
in infix-notatie, zoals 'exp(-x + 3) * schaal'. Variabelen zijn strings van any
lengte, met de tekens az, AZ, 0-9 en _, maar mag niet de naam a . hebben
constante genoemd. Momenteel is er maar één constante, PI. de operators
zijn +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Deze gedragen zich als in C, behalve
dat ^ machtsverheffen is, dwz pow(x, y), en heeft een hogere prioriteit dan andere
binaire operatoren (ook '-3^-4^-5' betekent '-(3^(-(4^-5)))'). De <=, >=, ==, en !=
operators krijgen een kleine hoeveelheid speelruimte, gelijk aan een miljoenste van de
kleinere van de absolute waarden van de waarden die worden vergeleken.

Vergelijking en logische operatoren retourneren 0 of 1, u kunt maskeren met expressies
zoals 'x * (masker > 0)'. Voor alle logische operatoren wordt een invoer als waar beschouwd iff
het is groter dan 0. De uitdrukking '0 < x < 5' is syntactisch niet verkeerd, maar
het zal NIET doen wat gewenst is, omdat het van links naar rechts wordt geëvalueerd, dat wil zeggen '((0
x) < 5)', wat altijd 1 zal opleveren, aangezien beide mogelijke resultaten van een vergelijking zijn
kleiner dan 5. Er wordt een waarschuwing gegenereerd als een uitdrukking van dit type wordt gedetecteerd.
Gebruik iets als 'x > 0 && x < 5' om het gewenste gedrag te krijgen.

Witruimte tussen elementen wordt genegeerd, ' sin ( 2 * x ) ' is gelijk aan
'sin(2*x)', maar 's in(2*x)' is een fout. Impliciete vermenigvuldiging is niet toegestaan,
de uitdrukking '2x' wordt geparseerd als een variabele. Haakjes zijn (), niet gebruiken
[] of {}. Functies vereisen haakjes, de uitdrukking 'sin x' is een fout.

De volgende functies worden ondersteund:

sin: 1 argument, de sinus van het argument (eenheden zijn radialen) cos: 1 argument, de
cosinus van het argument (eenheden zijn radialen) tan: 1 argument, de tangens van de
argument (eenheden zijn radialen) asin: 1 argument, de inverse van sinus van het argument,
in radialen acos: 1 argument, de inverse van cosinus van het argument, in radialen
atan: 1 argument, de inverse van tangens van het argument, in radialen atan2: 2
argumenten, atan2(y, x) retourneert de inverse van tangens van

(y/x), in radialen, kwadrant bepalen door het teken van beide argumenten

sinh: 1 argument, de hyperbolische sinus van het argument cosh: 1 argument, de
cosinus hyperbolicus van het argument tanh: 1 argument, de tangens hyperboloc van de
argument asinh: 1 argument, de inverse sinus hyperbolicus van het argument acosh: 1
argument, de inverse cosinus hyperbolicus van het argument atanh: 1 argument, de
inverse hyperboloc tangens van het argument ln: 1 argument, de natuurlijke logaritme van
het argument exp: 1 argument, de constante e verheven tot de macht van het argument
log: 1 argument, de logaritme met grondtal 10 van het argument sqrt: 1 argument, het kwadraat
wortel van het argument abs: 1 argument, de absolute waarde van de argumentbodem: 1
argument, het grootste gehele getal niet groter dan de argumentronde: 1 argument, de
dichtstbijzijnde gehele getal, met banden afgerond vanaf

nul

ceil: 1 argument, het kleinste gehele getal niet minder dan het argument min: 2 argumenten,
min(x, y) geeft y als (x > y), x anders max: 2 argumenten, max(x, y) geeft y terug
if (x < y), x anders mod: 2 argumenten, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), of 0 als
y == 0 klem: 3 argumenten, klem(x, laag, hoog) = min(max(x, laag), hoog)

-volume-samenvoegen VOLUME BESTANDEN SAMEN IN EEN NIEUW BESTAND

wb_commando -volume-samenvoegen

- output - het uitvoervolumebestand

[-volume] - herhaalbaar - specificeer een invoervolumebestand

- een volumebestand om subvolumes van te gebruiken

[-subvolume] - herhaalbaar - selecteer een enkel subvolume om te gebruiken

- het subvolumenummer of de naam

[-up-to] - gebruik een inclusief bereik van subvolumes

- het nummer of de naam van het laatste subvolume naar

omvatten

[-reverse] - gebruik het bereik in omgekeerde volgorde

Neemt een of meer volumebestanden en maakt een nieuw volumebestand door samen te voegen
subvolumes van hen. De invoervolumebestanden moeten dezelfde volumeruimte hebben.

Voorbeeld: wb_command -volume-samenvoegen uit.nii -volume eerste.nii -subvolume 1 -volume
tweede.nii

Dit voorbeeld zou het eerste subvolume van first.nii nemen, gevolgd door all
subvolumes van second.nii, en schrijf deze naar out.nii.

-volume-palet HET PALET VAN EEN VOLUMBESTAND INSTELLEN

wb_commando -volume-palet

- het volumebestand dat moet worden gewijzigd - de kaartmodus

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume

- het subvolumenummer of de naam

[-pos-percentage] - percentage min/max voor positieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst positieve gegevens - de
percentiel voor de meest positieve gegevens

[-neg-procent] - percentage min/max voor negatieve gegevenskleuring

- het percentiel voor de minst negatieve gegevens - de
percentiel voor de meest negatieve gegevens

[-pos-user] - gebruiker min/max waarden voor positieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst positieve gegevens - de waarde
voor de meest positieve gegevens

[-neg-user] - gebruiker min/max waarden voor negatieve gegevenskleuring

- de waarde voor de minst negatieve gegevens - de waarde
voor de meest negatieve gegevens

[-interpoleren] - kleuren interpoleren

- boolean, al dan niet interpoleren

[-disp-pos] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-neg] - positieve gegevens weergeven

- boolean, al dan niet weergeven

[-disp-zero] - gegevens dichter bij nul weergeven dan de minimale grens

- boolean, al dan niet weergeven

[-palette-name] - stel het gebruikte palet in

- de naam van het palet

[-thresholding] - stel de drempelwaarde in

- drempelinstelling - waarden binnen of buiten drempelwaarden weergeven
- lagere drempel - bovenste drempel

Het oorspronkelijke volumebestand wordt overschreven met de gewijzigde versie.
By

standaard zijn alle kolommen van het volumebestand aangepast aan de nieuwe instellingen, gebruik de
-subvolume optie om slechts één subvolume te wijzigen. Kaartinstellingen niet gespecificeerd in
opties worden overgenomen uit het eerste subvolume. De argument moet een van zijn
het volgende:

MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE

De argument om -paletnaam moet een van de volgende zijn:

PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Oranje-Geel Grijs_Interp_Positief
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rood-geel blauw-lichtblauw FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blauw fsl_geel JET256

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL

De argument om -drempels moet een van de volgende zijn:

THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE

-volume-pakket-hersampling VLOTTE EN RESAMPLE VOLUMEPAKKETTEN

wb_commando -volume-pakket-hersampling

- het invoergegevensvolume - labelvolume van waar de
pakketten zijn momenteel - etiketvolume van waar de pakketten moeten zijn
- Gauss-kernelsigma om af te vlakken tijdens het herbemonsteren -
uitvoer - uitvoervolume

[-fix-zeros] - behandel nulwaarden als geen gegevens

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume als invoer

- het subvolumenummer of de naam

Vereffent en resampled de regio binnen elk label in cur-percels naar de regio van
dezelfde labelnaam in nieuwe pakketten. Alle voxels in het uitvoerlabelgebied, maar
buiten het invoerlabelgebied worden geëxtrapoleerd van gegevens in de buurt. De
-fix-nullen optie zorgt ervoor dat de afvlakking geen invoerwaarde gebruikt als deze nul is, maar
schrijf nog steeds een afgevlakte waarde naar de voxel, en nadat het afvlakken is voltooid, zal het
controleer op eventuele resterende waarden van nul en vul deze in met geëxtrapoleerde waarden.

Let op: alle volumes moeten dezelfde afmetingen en tussenruimte hebben.
Om een

verschillende output ruimte, zie -volume-pakket-hersampling-generiek.

-volume-pakket-hersampling-generiek VLOTTE EN RESAMPLE VOLUMEPAKKETTEN VAN VERSCHILLEND VOLUME
SPACE

wb_commando -volume-pakket-hersampling-generiek

- het invoergegevensvolume - labelvolume van waar de
pakketten zijn momenteel - etiketvolume van waar de pakketten moeten zijn
- Gauss-kernelsigma om af te vlakken tijdens het herbemonsteren -
uitvoer - uitvoervolume

[-fix-zeros] - behandel nulwaarden als geen gegevens

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume als invoer

- het subvolumenummer of de naam

Vereffent en resampled de regio binnen elk label in cur-percels naar de regio van
dezelfde labelnaam in nieuwe pakketten. Alle voxels in het uitvoerlabelgebied, maar
buiten het invoerlabelgebied worden geëxtrapoleerd van gegevens in de buurt. De
-fix-nullen optie zorgt ervoor dat de afvlakking geen invoerwaarde gebruikt als deze nul is, maar
schrijf nog steeds een afgevlakte waarde naar de voxel, en nadat het afvlakken is voltooid, zal het
controleer op eventuele resterende waarden van nul en vul deze in met geëxtrapoleerde waarden.
Het uitvoervolume gebruikt de volumeruimte van nieuwe pakketten, wat niet nodig is:
zich in dezelfde volumeruimte bevinden als de invoer.

-volume-pakket-afvlakking GLADDE PAKKETTEN AFZONDERLIJK IN EEN VOLUME

wb_commando -volume-pakket-afvlakking

- het volume om af te vlakken - een etiketvolume met daarin de
pakjes glad te strijken - de Gaussiaanse afvlakkingskernelsigma, in mm
- uitvoer - het uitvoervolume

[-fix-zeros] - behandel nulwaarden als geen gegevens

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om glad te strijken

- het subvolumenummer of de naam

Het volume wordt binnen elk label in het labelvolume afgevlakt met alleen gegevens van
binnen het etiket. Gelijk aan het afvlakken van hardloopvolume met ROI's die bij elkaar passen
label afzonderlijk en voeg vervolgens de resulterende volumes toe, maar sneller.

-volume-verminderen VOER REDUCTIEBEWERKING OVER SUBVOLUMES UIT

wb_commando -volume-verminderen

- het volumebestand om te verkleinen - de te gebruiken reductie-operator
- uitvoer - het uitvoervolume

[-exclude-outliers] - sluit standaard uitschieters uit elke tijdreeks uit

afwijking - aantal standaarddeviaties onder het gemiddelde tot

omvatten

- aantal standaarddeviaties boven het gemiddelde tot

omvatten

Neemt voor elke voxel de gegevens over subvolumes als een vector en voert de uit
gespecificeerde reductie erop, waardoor het resultaat in het enkele uitvoervolume wordt geplaatst
voxel. De reductie-operators zijn als volgt:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-volume-verwijder-eilanden VERWIJDER EILANDEN VAN EEN ROI-VOLUME

wb_commando -volume-verwijder-eilanden

- het input-ROI-volume - output - het output-ROI-volume

Vindt alle face-connected delen van de ROI en zet alles op nul, behalve de grootste.

-volume-heroriënteren DE VOXEL-VOLUME VAN EEN VOLUMBESTAND WIJZIGEN

wb_commando -volume-heroriënteren

- het te heroriënteren volume - de gewenste oriëntatie
- uit - het geheroriënteerde volume

Wijzigt de voxelvolgorde en de koptekstafstand/oorspronginformatie zodanig dat de
waarde van een ruimtelijk punt is ongewijzigd. Oriëntatiestrings zien eruit als 'LPI',
wat betekent dat de eerste index van links naar rechts is, de tweede van posterieur naar anterieur, en
derde is inferieur aan superieur. De geldige tekens zijn:

L van links naar rechts

R van rechts naar links

P posterior naar anterior

Een anterior naar posterior

ik inferieur aan superieur

S superieur aan inferieur

-volume-rois-van-extrema MAAK VOLUME-ROI-KAARTEN VAN EXTREMA-KAARTEN

wb_commando -volume-rois-van-extrema

- het ingangsvolume - afstandslimiet van voxelcentrum, in mm
- uitvoer - het uitvoervolume

[-gaussian] - genereer een Gauss-kernel in plaats van een platte ROI

- de sigma voor de Gauss-kernel, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om te gebruiken

- de te gebruiken regio

[-overlap-logic] - hoe om te gaan met overlappende ROI's, standaard TOESTAAN

- de methode om overlappingen op te lossen

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om het verloop te nemen van

- het subvolumenummer of de naam

Maak voor elke niet-nulwaarde in elke kaart een kaart met een ROI rond die locatie.
Indien de -gaussiaans optie is opgegeven, dan worden genormaliseerde Gauss-kernels uitgevoerd
in plaats van ROI's. De argument om -overlap-logica moet een van TOESTAAN zijn,
DICHTBIJ, of UITSLUITEN. ALLOW is de standaard, en betekent dat ROI's worden behandeld
onafhankelijk van elkaar en kunnen elkaar overlappen. DICHTST betekent dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat:
geen ROI bevat hoekpunten die dichter bij een ander beginpunt liggen. UITSLUITEN betekent:
dat ROI's elkaar niet mogen overlappen, en dat elk hoekpunt binnen het bereik van meer dan één ROI
behoort niet tot een ROI.

-volume-set-ruimte WIJZIG VOLUME RUIMTE INFORMATIE

wb_commando -volume-set-ruimte

- het ingangsvolume - uitvoer - het uitvoervolume

[-lood] - ingesteld via asvolgorde en afstand/offset

- een string zoals 'XYZ' die aangeeft welke index er is

welke ruimtelijke dimensie

- verandering in x-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- verandering in de y-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- verandering in z-coördinaat van het verhogen van de relevante

index

- de x-coördinaat van de eerste voxel - de y-coördinaat van
de eerste voxel - de z-coördinaat van de eerste voxel

[-sform] - ingesteld via een nifti sform

- toename in x-coördinaat door het verhogen van de i-index
- toename van x-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
x-coördinaat van het verhogen van de k-index - x-coördinaat van eerste voxel
- toename van de y-coördinaat door het verhogen van de i-index
- verhoging van de y-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
y-coördinaat van het verhogen van de k-index - y-coördinaat van eerste voxel
- verhoging van de z-coördinaat door het verhogen van de i-index
- verhoging van de z-coördinaat door het verhogen van de j-index - stijging
z-coördinaat van het verhogen van de k-index - z-coördinaat van eerste voxel

Schrijft een kopie van het volumebestand, waarbij de spatiëringsinformatie is gewijzigd als
gespecificeerd. Er vindt geen herschikking van de voxelgegevens plaats. Precies een van -lood or
-vorm moet worden opgegeven.

-volume-verzachting EEN VOLUMEBESTAND VLOEIEN

wb_commando -volume-verzachting

- het volume om af te vlakken - het Gaussiaanse afvlakkingskernelsigma,
in mm - uitvoer - het uitvoervolume

[-roi] - alleen vloeiend maken van gegevens binnen een ROI

- het volume dat moet worden gebruikt als ROI

[-fix-zeros] - behandel nulwaarden als geen gegevens

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume om glad te strijken

- het subvolumenummer of de naam

Gauss-afvlakking voor volumes.
Verzacht standaard alle subvolumes met

geen ROI, als ROI wordt gegeven, hebben alleen positieve voxels in het ROI-volume hun waarden
gebruikt en alle andere voxels worden op nul gezet. Het gladmaken van een niet-orthogonaal volume zal
aanzienlijk langzamer zijn, omdat de bewerking niet kan worden opgesplitst in:
1-dimensionale afvlakking zonder de korrelvorm te vervormen.

De -fix-nullen optie zorgt ervoor dat de afvlakking geen invoerwaarde gebruikt als deze nul is,
maar schrijf nog steeds een afgevlakte waarde naar de voxel. Dit is handig voor nullen die
wijzen op een gebrek aan informatie, waardoor ze de intensiteit van
voxels in de buurt, terwijl de nul een geëxtrapoleerde waarde krijgt.

-volume-statistieken RUIMTELIJKE STATISTIEKEN OP EEN VOLUMBESTAND

wb_commando -volume-statistieken

- het ingangsvolume

[-reduceren] - gebruik een reductiebewerking

- de reductiebewerking

[-percentiel] - geef de waarde op een percentiel

- het te vinden percentiel

[-subvolume] - geeft alleen uitvoer weer voor één subvolume

- het subvolumenummer of de naam

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een volumebestand

[-match-maps] - elk subvolume van invoer gebruikt de bijbehorende

subvolume uit het roi-bestand

[-show-map-name] - print kaartindex en naam voor elke output

Voor elk subvolume van de invoer wordt een enkel nummer afgedrukt, resulterend uit de
gespecificeerde reductie- of percentielbewerking. Gebruiken -subvolume om alleen output te geven
voor een enkel subvolume. Gebruiken -Koning om alleen de gegevens binnen een regio te bekijken.
Precies een van -verminderen or -percentiel moet worden opgegeven.

Het argument tegen de -verminderen optie moet een van de volgende zijn:

MAX: de maximale waarde MIN: de minimale waarde INDEXMAX: de 1-gebaseerde index van de
maximale waarde INDEXMIN: de 1-gebaseerde index van de minimale waarde SUM: voeg alle waarden toe
PRODUCT: vermenigvuldig alle waarden MEAN: het gemiddelde van de gegevens STDEV: de standaard
deviatie (N-noemer) SAMPSTDEV: de standaarddeviatie van de steekproef (N-1
noemer) VARIANTIE: de variantie van de gegevens MEDIAAN: de mediaan van de gegevens
MODE: de modus van de gegevens COUNT_NONZERO: het aantal niet-nul elementen in de
gegevens

-volume-tfce DO TFCE OP EEN VOLUMEBESTAND

wb_commando -volume-tfce

- het volume waarop TFCE moet worden uitgevoerd - uitvoer - het uitvoervolume

[-presmooth] - verzacht het volume voordat u TFCE uitvoert

- de sigma voor de gaussiaanse afvlakkingskernel, in mm

[-roi] - selecteer een interessegebied om TFCE op uit te voeren

- het gebied waarop TFCE wordt uitgevoerd, als een volume

[-parameters] - stel parameters in voor TFCE-integraal

- exponent voor clustervolume (standaard 0.5) - exponent voor drempelwaarde
(standaard 2.0)

[-subvolume] - selecteer een enkel subvolume

- het subvolumenummer of de naam

Drempelvrije clusterverbetering is een methode om de relatieve waarde van
regio's die clusters zouden vormen in een standaard drempeltest. Dit is
bereikt door het evalueren van de integraal van:

e(h, p)^E * h^H * dh

op elk hoekpunt p, waar h varieert van 0 tot de maximale waarde in de gegevens, en e(h,
p) is de omvang van het cluster met vertex p bij drempel h. Negatief
waarden worden op dezelfde manier verbeterd door de gegevens te negeren, hetzelfde proces uit te voeren, en
het resultaat ontkennen.

Deze methode wordt uitgelegd in: Smith SM, Nichols TE., "Threshold-free cluster
verbetering: aanpakken van problemen van afvlakking, drempelafhankelijkheid en
lokalisatie in clusterinferentie." Neuroimage. 2009 januari 1;44(1):83-98. PMID:
18501637

-volume-naar-oppervlakte-mapping KAARTVOLUME NAAR OPPERVLAKTE

wb_commando -volume-naar-oppervlakte-mapping

- het volume om gegevens van in kaart te brengen - het oppervlak om de gegevens op in kaart te brengen
- output - het output-metrische bestand

[-trilineair] - gebruik trilineaire volume-interpolatie

[-enclosing] - gebruikswaarde van de omsluitende voxel

[-cubic] - gebruik kubieke splines

[-ribbon-constrained] - gebruik lintbeperkingstoewijzingsalgoritme

- het binnenoppervlak van het lint - het buitenoppervlak van
het lint

[-volume-roi] - gebruik een volume roi

- het volumebestand

[-voxel-subdiv] - voxelverdelingen bij het schatten van voxelgewichten

- aantal onderverdelingen, standaard 3

[-output-weights] - schrijf de voxel-gewichten voor een hoekpunt naar een volume

het dossier - het hoekpuntnummer om de voxelgewichten voor te krijgen, op 0 gebaseerd
- output - volume om de gewichten naar te schrijven

[-myeline-stijl] - gebruik de methode van myeline mapping

- hiervoor een rooivolume van het corticale lint

halfrond

- een metrisch bestand van corticale dikte - guassiaanse pit in mm
voor het wegen van voxels binnen bereik

[-subvol-select] - selecteer een enkel subvolume om in kaart te brengen

- het subvolumenummer of de naam

U moet precies één toewijzingsmethode opgeven.
Het omsluiten van voxel maakt gebruik van de

waarde van de voxel waar het hoekpunt in ligt, terwijl trilineair een 3D-lineair doet
interpolatie op basis van de voxels direct aan elke kant van de vertex's
positie.

De linttoewijzingsmethode construeert een veelvlak van de buren van het hoekpunt op
elk oppervlak, en schat de hoeveelheid van het volume van dit veelvlak dat valt
in eventuele nabijgelegen voxels, om te gebruiken als gewichten voor bemonstering. De volume-ROI is:
nuttig om partiële volume-effecten van voxels waar de oppervlakken doorheen gaan uit te sluiten, en
zorgt ervoor dat de mapping voxels negeert die geen positieve waarde hebben in de
masker. Het onderverdelingsnummer geeft aan hoe het het bedrag van de benadert
het volume dat het veelvlak snijdt, door elke voxel in NxNxN-stukken te splitsen, en
controleren of het midden van elk stuk binnen het veelvlak ligt. Als je hebt
erg grote voxels, overweeg om dit te verhogen als je nullen in je output krijgt.

De myeline-stijlmethode gebruikt een deel van het caret5 myeline mapping-commando om de
mapping: neem voor elk oppervlaktepunt alle voxels dichterbij dan de dikte bij de
hoekpunt dat zich binnen de ROI van het lint bevindt en minder dan de helft van de diktewaarde verwijderd is
vanaf het hoekpunt in de richting van de oppervlaktenormaal, en pas een gaussiaans . toe
kernel met het gespecificeerde sigma naar hen toe om de te gebruiken gewichten te krijgen.

-volume-vector-operatie DOE EEN VECTORBEWERKING OP VOLUMEBESTANDEN

wb_commando -volume-vector-operatie

- eerste vectorinvoerbestand - tweede vectorinvoerbestand
- welke vectorbewerking te doen? - uitvoer - het uitvoerbestand

[-normalize-a] - vectoren van de eerste invoer normaliseren

[-normalize-b] - normaliseer vectoren van tweede invoer

[-normalize-output] - normaliseer outputvectoren (niet geldig voor punt

artikel)

[-magnitude] - voer de grootte van het resultaat uit (niet geldig voor punt

artikel)

Voert een vectorbewerking uit op twee volumebestanden (die een veelvoud van 3 . moet hebben
subvolumes). Elk van de ingangen kan meerdere vectoren hebben (meer dan 3
subvolumes), maar niet beide (minstens één moet exact 3 subvolumes hebben). De
-grootte en -normaliseren-output opties worden mogelijk niet samen opgegeven, of met de
DOT-operatie. De parameter moet een van de volgende zijn:

PUNTKRUIS TOEVOEGEN AFTREKKEN

-volume-warpfield-herbemonsteren RESAMPLE VOLUME MET BEHULP VAN WARPFIELD

wb_commando -volume-warpfield-herbemonsteren

- volume om opnieuw te samplen - het warpfield om toe te passen
- een volumebestand in de gewenste volumeruimte voor de

uitvoer

- de resampling-methode - uitvoer - het uitvoervolume

[-fnirt] - MOET gebruikt worden bij gebruik van een fnirt warpfield

- het bronvolume dat wordt gebruikt bij het genereren van het warpveld

Resample een volumebestand met een warpfield.
De aanbevolen methoden zijn:

CUBIC (kubieke spline) voor de meeste gegevens en ENCLOSING_VOXEL voor labelgegevens. De
parameter moet een van zijn:

KUBIEKE OMSLUITING_VOXEL DRIELINEAIR

-volume-gewogen-statistieken GEWOGEN RUIMTELIJKE STATISTIEKEN OP EEN VOLUMBESTAND

wb_commando -volume-gewogen-statistieken

- het ingangsvolume

[-weight-volume] - gebruik gewichten uit een volumebestand

- volumebestand met de gewichten

[-subvolume] - geeft alleen uitvoer weer voor één subvolume

- het subvolumenummer of de naam

[-roi] - houd alleen rekening met gegevens binnen een roi

- de roi, als een volumebestand

[-match-maps] - elk subvolume van invoer gebruikt de bijbehorende

subvolume uit het roi-bestand

[-gemiddelde] - bereken gewogen gemiddelde

[-stdev] - bereken gewogen standaarddeviatie

[-sample] - schatting populatie stdev uit de steekproef

[-percentiel] - bereken gewogen percentiel

- het te vinden percentiel

[-som] - bereken gewogen som

[-show-map-name] - print kaartindex en naam voor elke output

Voor elk subvolume van de invoer wordt een enkel nummer afgedrukt, resulterend uit de
gespecificeerde operatie. Als -gewicht-volume is niet gespecificeerd, het volume van elke voxel is
gebruikt. Gebruik maken van -subvolume om alleen uitvoer te geven voor een enkel subvolume. Gebruiken -Koning naar
kijk alleen naar de gegevens binnen een regio. Precies een van -gemeen, -stdev, -percentiel
or -som moet worden opgegeven.

gebruik -som zonder -gewicht-volume is gelijk aan integreren met betrekking tot
volume.

-wbsparse-merge-dicht WBSPARSE-BESTANDEN SAMENVOEGEN LANGS DIMENSIONE DIMENSIE

wb_commando -wbsparse-merge-dicht

- welke dimensie moet worden samengevoegd, RIJ of KOLOM - uitvoer
- het uitvoer wbsparse-bestand

[-wbsparse] - herhaalbaar - specificeer een invoer wbsparse-bestand

- een wbsparse-bestand om samen te voegen

De invoer wbsparse-bestanden moeten overeenkomende toewijzingen hebben in de richting niet
gespecificeerd, en de afbeelding langs de gespecificeerde richting moet hersenmodellen zijn.

-zip-scène-bestand ZIP EEN SCNEBESTAND EN HAAR GEGEVENSBESTANDEN

wb_commando -zip-scène-bestand

- het scènebestand om het zipbestand van te maken - de naam
van de map die is gemaakt wanneer het zipbestand is

uitgepakt

- out - het zip-bestand dat wordt aangemaakt

[-base-dir] - specificeer een map waarin alle gegevensbestanden zich ergens bevinden

binnen, wordt dit de hoofdmap van de mapstructuur van het zipbestand
- de map

Als het zip-bestand al bestaat, wordt het overschreven.
If -basis-dir is niet

opgegeven, wordt de map met het scènebestand gebruikt voor de basismap.
Het scènebestand mag alleen relatieve paden bevatten en er mogen geen gegevensbestanden buiten staan
de basismap.

-zip-spec-bestand ZIP EEN SPEC-BESTAND EN HAAR GEGEVENSBESTANDEN

wb_commando -zip-spec-bestand

- het specificatiebestand dat aan het zipbestand moet worden toegevoegd - de naam
van de map die is gemaakt wanneer het zipbestand is

uitgepakt

- out - het zip-bestand dat wordt aangemaakt

[-base-dir] - specificeer een map waarin alle gegevensbestanden zich ergens bevinden

binnen, wordt dit de hoofdmap van de mapstructuur van het zipbestand
- de map

Als het zip-bestand al bestaat, wordt het overschreven.
If -basis-dir is niet

opgegeven, wordt de map met het spec-bestand gebruikt voor de basismap.
Het specificatiebestand mag alleen relatieve paden bevatten en er mogen geen gegevensbestanden buiten staan
de basismap. Scènebestanden in spec-bestanden worden niet gecontroleerd op welke bestanden
waarnaar ze verwijzen, zorg ervoor dat alle gegevensbestanden waarnaar wordt verwezen door de scènebestanden ook zijn:
waarnaar wordt verwezen door het specificatiebestand.

Gebruik wb_command online met onworks.net-services