Dit is de opdracht WigeoN die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
smient - herimplementatie van het Pintail 16S hulpprogramma voor het detecteren van DNA-afwijkingen
PRODUCTBESCHRIJVING
WigeoN onderzoekt de sequentieconservering tussen een zoekopdracht en een vertrouwde referentie
sequentie, beide in NAST-uitlijningsformaat. Gebaseerd op de sequentie-identiteit tussen de query
en de referentiesequentie is er een verwachte hoeveelheid variatie tussen de uitlijning.
Als de waargenomen variatie groter is dan het 95% kwantiel van de verdeling van
variatie waargenomen tussen niet-afwijkende sequenties, dan wordt deze gemarkeerd als een anomalie.
WigeoN is een flexibele, op de opdrachtregel gebaseerde herimplementatie van het Pintail-algoritme Appl
Milieu Microbiol. 2005 december; 7112: 7724-36.
WigeoN is alleen bruikbaar voor het signaleren van chimaera's en afwijkingen in 16S-rRNA met vrijwel de volledige lengte
opeenvolgingen. WigeoN mist gevoeligheid bij sequenties van minder dan 1000 bp.
Om WigeoN uit te voeren, heb je NAST-geformatteerde reeksen nodig die zijn gegenereerd door het vervelende hulpprogramma.
WigeoN maakt deel uit van de microbiomeutil-suite.
OPTIES
Vereist:
--query_NAST
multi-fasta-bestand met queryreeksen in uitlijningsindeling
Optioneel:
--db_NAST
db in NAST-formaat
--db_FASTA
db in fasta-formaat (megablast-geformatteerd)
--aantal_top_hits
standaard 1: gebruikt alleen de beste match.
--verhaallijn
--DEBUGGEN
--exec_dir
cd naar exec_dir voordat u het programma uitvoert
Gebruik WigeoN online met de services van onworks.net
