Dit is de Linux-app genaamd ArtificialFastqGenerator waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ArtificialFastqGenerator_19_05_2015.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam ArtificialFastqGenerator gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
KunstmatigeFastqGenerator
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
ArtificialFastqGenerator neemt het referentiegenoom (in FASTA-indeling) als invoer en voert kunstmatige FASTQ-bestanden in Sanger-indeling uit. Het kan Phred-basiskwaliteitsscores van bestaande FASTQ-bestanden accepteren en deze gebruiken om volgordefouten te simuleren. Aangezien de kunstmatige FASTQ's zijn afgeleid van het referentiegenoom, biedt het referentiegenoom een gouden standaard voor het aanroepen van varianten (Single Nucleotide Polymorphisms (SNP's) en inserties en deleties (indels)). Dit maakt evaluatie mogelijk van een Next Generation Sequencing (NGS) analysepijplijn die reads uitlijnt met het referentiegenoom en vervolgens de varianten aanroept.Toehoorders
Gezondheidszorg, wetenschap/onderzoek, geavanceerde eindgebruikers
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/artfastqgen/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.