Dit is de Linux-app genaamd BIRAP waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Sample_Files.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd BIRAP gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
BIRAP
PRODUCTBESCHRIJVING
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) is een open source, eenvoudig te gebruiken Perl-pijplijn die kan worden gebruikt om bacteriële genomen opnieuw te annoteren met behulp van experimentele gegevens. De tool integreert het expressieprofiel afgeleid van RNA-seq en/of proteogenomics, vergelijkt het met bestaande in silico-annotaties en helpt bij het valideren van annotaties, het identificeren van nieuwe eiwitcoderende regio's en vermeend niet-coderend RNA en helpt bij het corrigeren van fouten in de bestaande annotatie . De pijplijn vereist 'pileup'-uitvoer van SAMtools voor RNA-seq-gegevens en peptide/ePST-locusbestand (GFF) van de Proteogenomische Mapping-tool voor prote-genomicsgegevens samen met het genoom en bestaande in silico-annotatie. Wanneer informatie over de locus van promoters en terminators in het genoom (in .coords-formaat) wordt verstrekt, zal de pijplijn ook helpen bij het identificeren van niet-coderend RNA.
Kenmerken
- intergene regio-analyse van bacteriële genomen
- re-annotatie van bacteriële genomen
- detectie van klein RNA (sRNA).
- RNA-seq
- Proteonomica
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/Terminal, Opdrachtregel
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/birap/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
