Dit is de Linux-app met de naam ChIP-RNA-seqPRO die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als cloudclientID.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam ChIP-RNA-seqPRO online uit om gratis online onder Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
ChIP-RNA-seqPRO om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
ChIP-RNA-seqPRO: een strategie voor het identificeren van regio's van epigenetische deregulering geassocieerd met afwijkende transcriptsplitsings- en RNA-bewerkingsplaatsen. Uitvoerbare Python-scripts, verpakt in aangepaste annotatiebibliotheken, demo-gegevensinvoer en README-gids.9/26: v1.1 MAIN_IV bijgewerkt om fouten te debuggen die worden gegenereerd door Python-panda's die 'subset' niet langer ondersteunen.
Deze code wordt hier niet langer actief onderhouden/bijgewerkt. Er is nu een cloudgebaseerde bron beschikbaar voor vergelijkende analyse van epigenetische, sequentievariatie- en expressiedatasets. Bezoek het Cloudomics, project voor cloudgebaseerde bronnen: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Kenmerken
- Hulpmiddel voor vergelijkende analyse van een breed scala aan epigenomische (ChIPseq, MBDseq, etc.) en op RNA gebaseerde sequencing-gepaarde monsterdatasets
- Als u deze tool of een van de annotatiebibliotheken gebruikt, voeg dan de volgende referentie toe: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. en H. Ho T. (2015). Bio-informaticastrategieën voor het identificeren van regio's van epigenetische deregulering die verband houden met afwijkende transcriptsplitsing en RNA-bewerking. In Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, pagina's 163-170. DOI: 10.5220/0005248001630170
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Unix-shell, Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
