Dit is de Linux-app genaamd CRUMP om online in Linux te draaien, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als crump-0.2.0.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam CRUMP online uit om gratis online met OnWorks in Linux te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
CRUMP om online onder Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
CRUMp is gebaseerd op een kernel-gebaseerde leermethode genaamd Classification Relevance Units Machine (CRUM). Gegeven een inputset van eiwitsequenties in FASTA-formaat, voert het systeem de positie, het residutype (S, T of Y) en de geschatte waarschijnlijkheid uit dat elke geteste site gefosforyleerd kan worden.Nieuwste downloadbare bestanden:
- crump-0.2.0.tar.gz: CRUMP GNU Octave-pakket
- crump-0.2.0.zip: CRUMp MATLAB-script
- crumptestset.fasta: een testgegevensset in FASTA-indeling. De sequentiekoppen vermelden het toegangsnummer van de eiwitsequentie en de positienummers van bekende fosforyleringsplaatsen. Merk op dat CRUMP aanvullende fosforylatieplaatsen kan voorspellen die nog niet experimenteel zijn geverifieerd.
De testdataset is van Biswas et al. 2010, http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/273/additional.
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
MATLAB
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/crump/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
