Dit is de Linux-app met de naam Cstone waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als cstone.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Cstone gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
CSsteen
PRODUCTBESCHRIJVING
Cstone is een de novo assembler voor RNA-Seq-gegevens die de Bruijn-achtige grafieken gebruikt en annoteert elke geproduceerde contig met een van de drie grafiekclassificatieniveaus die aangeven of het al dan niet gegarandeerd niet-chimeer is. Classificatieniveaus zijn afhankelijk van de complexiteit van de genfamilie waarvan de reads zijn afgeleid. Als bijproduct geeft dit ook inzicht in de structurele samenstelling van de onderliggende genfamilies waarvan de sequentie is bepaald. Verdere details zullen binnenkort beschikbaar zijn in onze krant: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Voordelen
- De novo-assemblage van RNA-Seq-gegevens.
- Identificatie van niet-chimere contigs.
- Cross-platform compatibiliteit.
- Uitvoerbare jar beschikbaar.
- Geen externe pakketten vereist.
- Code eenvoudig te volgen en opgenomen in andere tools.
- Informatie over de complexiteit van onderliggende genfamilies.
- de Bruijn houdt van (soepelere) aanpak.
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/cstone/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
