Dit is de Linux-app genaamd CupidTool waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als 3PrimeUTR_20491transcripts_18093genes.txt.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam CupidTool gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
CupidoTool
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Chiu et. al., Genoomonderzoek 2014Cupido is een methode voor gelijktijdige voorspelling van miRNA-target-interacties en hun gemedieerde competitieve endogene RNA (ceRNA)-interacties.
We hebben aangetoond dat onze integratieve benadering de voorspellingsnauwkeurigheid van miRNA-doelen aanzienlijk verbetert, zoals beoordeeld door zowel mRNA- als eiwitniveaumetingen in borstkankercellijnen.
Cupido wordt in 3 stappen geïmplementeerd:
Stap 1: herevalueer kandidaat-miRNA-bindingsplaatsen in 3' UTR's, zoals afgeleid door TargetScan, miRanda en PITA door hun scores, locatie in de 3' UTR en soortoverschrijdend behoud te integreren.
Stap 2: interacties worden voorspeld door informatie over geselecteerde sites, hun veelheid en de statistische afhankelijkheid tussen de expressieprofielen van miRNA en vermeende doelen te integreren. Waarschijnlijkheden voor elk voorspellend kenmerk worden berekend op basis van een positieve gouden standaardset.
Stap 3: Cupido beoordeelt of afgeleide doelen strijden om voorspelde miRNA-regulatoren.
Toehoorders
Gezondheidszorgindustrie, Wetenschap/Onderzoek, Engineering
Programmeertaal
MATLAB
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/cupidtool/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
