Dit is de Linux-app genaamd EXCAVATOR-tool om online in Linux uit te voeren, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam EXCAVATOR-tool online uit om gratis online onder Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
EXCAVATOR-tool om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
LET OP!!!!! LET OP!!!!! LET OP!!!!! LET OP!!!!!We hebben onlangs op BMC Genomics een nieuw softwarepakket gepubliceerd, genaamd XCAVATOR, voor de identificatie van CNV's/CNA's uit korte en lange sequentie-experimenten van het hele genoom (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR is gratis verkrijgbaar op http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR is een nieuw softwarepakket voor de detectie van kopienummervarianten (CNV's) uit hele exome-sequencinggegevens.
EXCAVATOR is gepubliceerd op Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
####################
AANDACHT!!!!! Om de EXCAVATOR-tool correct te kunnen gebruiken, moeten gebruikers de unieke mappability-bestanden downloaden via de volgende link:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (voor hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Voordelen
- Sequentie van de volgende generatie
- Kopieer nummervarianten
- Hele Exome-sequencing
Programmeertaal
Perl
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.