Dit is de Linux-app genaamd FusionCatcher waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als fusioncatcher_v1.33.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd FusionCatcher gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
FusionCatcher
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
FusionCatcher zoekt naar nieuwe/bekende somatische fusiegenen, translocaties en chimeren in RNA-seq-gegevens (gepaarde uiteinden van Illumina NGS-platforms zoals Solexa en HiSeq) van zieke monsters.
De doelstellingen van FusionCatcher zijn:
- zeer goed detectiepercentage voor het vinden van kandidaat-fusiegenen,
- zeer eenvoudig te gebruiken (dwz er is geen a priori kennis van databases en bio-informatica nodig om FusionCatcher uit te voeren),
- zeer goede detectie van uitdagende fusiegenen, zoals bijvoorbeeld IGH-fusies, CIC-fusies, DUX4-fusies, CRLF2-fusies, TCF3-fusies, enz.
- zo automatisch mogelijk te zijn (dat wil zeggen dat de FusionCatcher automatisch de beste parameters zal kiezen om kandidaat-fusiegenen te vinden, bijvoorbeeld automatisch de adapters vinden, de exon-exon-overgangen automatisch bouwen op basis van de lengte van de ingevoerde metingen, enz.) terwijl het de best mogelijke detectiegraad biedt voor het vinden van fusiegenen.
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Python
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
