Dit is de Linux-app genaamd Hadoop-BAM waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als hadoop-bam-7.1.0.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Hadoop-BAM gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
Hadoop-BAM
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Hadoop-BAM is een Java-bibliotheek voor de manipulatie van bestanden in gangbare bio-informatica-formaten met behulp van het Hadoop MapReduce-framework met de Picard SAM JDK en opdrachtregelhulpmiddelen vergelijkbaar met SAMtools.
De momenteel ondersteunde bestandsformaten zijn BAM, SAM, FASTQ, FASTA, QSEQ, BCF en VCF.
Voor een langere beschrijving op hoog niveau van Hadoop-BAM raadpleegt u het artikel "Hadoop-BAM: direct manipulating next generation sequencing data in the cloud" in Bioinformatics Volume 28 Issue 6 pp. 876-877, online beschikbaar op: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts054
Merk op dat het bibliotheekgedeelte van Hadoop-BAM voornamelijk bedoeld is voor ontwikkelaars met ervaring in het gebruik van Hadoop. De opdrachtregelprogramma's van Hadoop-BAM zouden voor alle gebruikers begrijpelijk moeten zijn, maar ze zijn beperkt in omvang.
Zie het SeqPig-project voor een interface op een hoger niveau voor de bestandsformaten die worden ondersteund door Hadoop-BAM: http://seqpig.sourceforge.net
Zie Seal voor op Hadoop gebaseerde leesuitlijningstools, Seal: http://biodoop-seal.sourceforge.net
Toehoorders
Ontwikkelaars
Programmeertaal
Java
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
