Dit is de Linux-app JSiteDescriptor, waarvan de nieuwste versie kan worden gedownload als binaries.zip. Deze kan online worden uitgevoerd via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd JSiteDescriptor met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
JSiteDescriptor
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Een set Java-programma's die coördinaat- en chemische informatie uit PDB-bestanden extraheren.
De bindingsplaatsgebieden worden geëxtraheerd met behulp van een op rasters gebaseerd schema.
Voor de bindingsplaats wordt een spatio-chemische descriptor gegenereerd op basis van het PocketMatch-algoritme van Dr. Kalidas (ook auteur van dit project).
Kenmerken
- Genereren van op PocketMatch gebaseerde vectordescriptor voor een bindingssite
- Draaien in enkele PDB-bestandsmodus of Batch-modus
- Specificatie van site als ligandbuurt - (ligandcode, naam en keten-ID)
- Specificatie van de site als PDB-subset-buurt met behulp van REGULAR EXPRESSIONS
- Specificatie van meerdere reeksen atomen langs een bindingsplaats
- Batch-modus verwerkingsbestand legt invoerparameters vast via XML-bestand + conform XSD-specificatie
- Grotere configureerbaarheid - selectie van restgroepen, straal en categorieën voor locaties
- Java Swing-technologie voor GUI
- Eenvoudige en uitbreidbare software-architectuur voor toekomstige ontwikkeling
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
