Dit is de Linux-app genaamd kSNP, die online op Linux draait. De nieuwste versie kan worden gedownload als kSNP3.1_Linux_package.zip. De app kan online worden gebruikt via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer online deze app met de naam kSNP uit, zodat u deze online op Linux met OnWorks gratis kunt gebruiken.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
kSNP om online op Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
kSNP identificeert de pan-genoom SNP's in een set van genoomsequenties en schat fylogenetische bomen op basis van die SNP's. SNP-ontdekking is gebaseerd op k-mer-analyse en vereist geen meervoudige sequentie-uitlijning of de selectie van een referentiegenoom, dus kSNP kan honderden microbiële genomen als input gebruiken. Een SNP-locus wordt gedefinieerd door een oligo van lengte k die een centraal SNP-allel omringt. kSNP kan zowel complete (afgemaakte) genomen als onafgemaakte genomen analyseren in samengestelde contigs of ruwe, niet-samengestelde reads. Afgemaakte en onafgemaakte genomen kunnen samen worden geanalyseerd en kSNP kan automatisch Genbank-bestanden van de voltooide genomen downloaden en de informatie in die bestanden opnemen in de SNP-annotatie.Gardner, SN en Hall, BG 2013. Wanneer whole-genome alignments gewoon niet werken: kSNP v2-software voor alignment-vrije SNP-ontdekking en fylogenetica van honderden microbiële genomen. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
