Dit is de Linux-app met de naam MANTI.pl / muda.pl waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als muda.pl-v3.2.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam MANTI.pl / muda.pl gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
MANTI.pl / muda.pl
PRODUCTBESCHRIJVING
-------- LET OP BEGIN: HERNAAM
muda.pl werd hernoemd naar MANTI.pl met v3.7, projectontwikkeling kan worden gevolgd op de MANTI-projectpagina op sourceforge.net. Oude versies blijven hier voor archiveringsdoeleinden.
-------- LET OP EINDE
muda.pl is een evaluatiescript (geschreven in Perl) zonder grote afhankelijkheden.
Het verzamelt informatie van 4 verschillende MaxQuant-uitvoerbestanden in een hoofdbestand dat expliciet geschikt is voor neo-termini-analyses van eiwitten. Het centrale anker voor de gegevensverzameling is het bestand modificatieSpecificPeptides.txt - aanvullende gegevens worden afgeleid uit verschillende andere bronbestanden uit de MaxQuant txt-map, maar het startpunt voor de gegevensverzameling is uitsluitend het bestand modificatieSpecificPeptides.txt. Misschien ook nuttig voor normale proteomics-doeleinden, maar dit script is sterk geoptimaliseerd voor identificatie en validatie van neo-termini-eiwitten.
Voor een uitgebreidere uitleg van scriptparameters en evaluatiestrategie, gelieve de uitgebreide handleiding PDF te raadplegen.
Voordelen
- MaxQuant-gegevensevaluatie
- Eiwit-Termini identificatie & validatie
- UniProt data annotatie & montage
- Opnieuw in kaart brengen van geïdentificeerde Termini naar Isoforms
- Limma, LOCALIZER & TopFINDer-integratie
- Goed gedocumenteerd
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/muda/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
