Dit is de Linux-app genaamd mitoMaker waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd mitoMaker gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
mitoMaker
PRODUCTBESCHRIJVING
Mitomaker is een pipeline-wrapper, resultaatanalysator en geautomatiseerde annotator, geschreven in Python v2.7, die, met behulp van andere programma's, doelgenomen (zoals mitochondria en cloroplast) bouwt, analyseert, zoekt naar de beste build en annoteert. Het zou kunnen worden gebruikt met andere doelen, zoals specifieke genen of transcriptomen, ook al is dat niet het primaire doel en is het ook niet grondig getest.
Na verschillende pogingen om verschillende mitochondriale genomen te bouwen in het laboratorium dat ik bestudeerde, begon er een algemene pijplijn te verschijnen: verzamel reads met MIRA of SOAPdenovo-Trans, zoek naar een scaffold/contig die overeenkomt met een nauw verwante soort, controleer deze om te zien of alle de verwachte genomische kenmerken aanwezig zijn (aangezien de mitochondriën goed geconserveerd zijn), controleer dan of de assemblage mogelijk circulair is geworden (aangezien het een circulair DNA is). Als een feature ontbreekt, of niet circulair is gemaakt, probeer dan opnieuw te assembleren met andere assemblerparameters (voornamelijk k-mer). Spoel en herhaal totdat de beste opbouw is gevonden.
Voordelen
- Bioinformatics
- Plastid bouwt geautomatiseerde pijpleiding
- Genomische analysator
- Plastide montage
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
Python
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.