EngelsFransSpaans

Ad


OnWorks-favicon

mitoMaker downloaden voor Linux

Gratis download mitoMaker Linux-app om online te draaien in Ubuntu online, Fedora online of Debian online

Dit is de Linux-app genaamd mitoMaker waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.

Download en voer deze app genaamd mitoMaker gratis online uit met OnWorks.

Volg deze instructies om deze app uit te voeren:

- 1. Download deze applicatie op uw pc.

- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.

- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.

- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.

- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.

- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.

SCREENSHOTS

Ad


mitoMaker


PRODUCTBESCHRIJVING

Mitomaker is een pipeline-wrapper, resultaatanalysator en geautomatiseerde annotator, geschreven in Python v2.7, die, met behulp van andere programma's, doelgenomen (zoals mitochondria en cloroplast) bouwt, analyseert, zoekt naar de beste build en annoteert. Het zou kunnen worden gebruikt met andere doelen, zoals specifieke genen of transcriptomen, ook al is dat niet het primaire doel en is het ook niet grondig getest.

Na verschillende pogingen om verschillende mitochondriale genomen te bouwen in het laboratorium dat ik bestudeerde, begon er een algemene pijplijn te verschijnen: verzamel reads met MIRA of SOAPdenovo-Trans, zoek naar een scaffold/contig die overeenkomt met een nauw verwante soort, controleer deze om te zien of alle de verwachte genomische kenmerken aanwezig zijn (aangezien de mitochondriën goed geconserveerd zijn), controleer dan of de assemblage mogelijk circulair is geworden (aangezien het een circulair DNA is). Als een feature ontbreekt, of niet circulair is gemaakt, probeer dan opnieuw te assembleren met andere assemblerparameters (voornamelijk k-mer). Spoel en herhaal totdat de beste opbouw is gevonden.



Voordelen

  • Bioinformatics
  • Plastid bouwt geautomatiseerde pijpleiding
  • Genomische analysator
  • Plastide montage


Toehoorders

Science / Research


Gebruikersinterface

Console/terminal


Programmeertaal

Python


Categorieën

Bio-informatica

Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.


Gratis servers en werkstations

Windows- en Linux-apps downloaden

  • 1
    AstrOrzPlayer
    AstrOrzPlayer
    AstrOrz Player is een gratis mediaspeler
    software, deels gebaseerd op WMP en VLC. De
    speler is in een minimalistische stijl, met
    meer dan tien themakleuren, en kan ook
    b ...
    AstrOrzPlayer downloaden
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV is een ADDON voor XBMC/
    Het is mogelijk dat u een
    decodificator van de IPTV-services
    Movistar is geïntegreerd in één van de los
    mediacentra ma...
    Movistartv downloaden
  • 3
    Code :: Blocks
    Code :: Blocks
    Code::Blocks is een gratis, open-source,
    platformonafhankelijke C, C++ en Fortran IDE
    gebouwd om aan de meest veeleisende behoeften te voldoen
    van zijn gebruikers. Het is ontworpen om zeer te zijn
    strekt zich uit...
    Code::Blokken downloaden
  • 4
    Te midden van
    Te midden van
    Midden of geavanceerde Minecraft-interface
    en Data/Structure Tracking is een hulpmiddel om
    een overzicht van een Minecraft weergeven
    wereld, zonder deze daadwerkelijk te creëren. Het
    kan ...
    Midden downloaden
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    MSYS2 is een verzameling tools en
    bibliotheken die u voorzien van een
    gebruiksvriendelijke omgeving om te bouwen,
    native Windows installeren en uitvoeren
    software. Het gaat om...
    MSYS2 downloaden
  • 6
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo is een JPEG-afbeeldingscodec
    die SIMD-instructies gebruikt (MMX, SSE2,
    NEON, AltiVec) om de basislijn te versnellen
    JPEG-compressie en -decompressie aan
    x86, x8...
    Libjpeg-turbo downloaden
  • Meer "

Linux-commando's

Ad