Dit is de Linux-app met de naam NGSEP die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als NGSEPcore_4.0.1.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam NGSEP online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
NGSEP om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
NGSEP is een geïntegreerd raamwerk voor de analyse van DNA-sequencinggegevens met hoge doorvoer. Het belangrijkste gebruik van NGSEP is de constructie en downstream-analyse van grote datasets van genomische variatie. NGSEP voert nauwkeurige detectie en genotypering uit van Single Nucleotide Variants (SNV's), kleine en grote indels, short tandem repeats (STR's), inversies en Copy Number Variants (CNV's). NGSEP biedt ook modules voor functionele annotatie, filtering, formaatconversie, vergelijking, clustering, imputatie, introgressieanalyse en verschillende soorten statistieken. Een volledige lijst met functionaliteiten is beschikbaar in onze wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NIEUWS: We hebben zojuist de eerste opdrachtregelversie van versie 4 beschikbaar gesteld, inclusief onze eigen implementatie van een op FM-index gebaseerde leesuitlijner. Het gebruik van de opdrachtregel werd gestandaardiseerd voor de gehele applicatie. Neem de tijd om de scripts bij te werken om naar deze nieuwe versie te upgraden. Verdere details zijn beschikbaar in de wiki.
Kenmerken
- Detectie van SNP's, CNV's en structurele varianten
- Afstemming van onbewerkte uitlezingen op een referentiegenoom
- VCF-manipulatie: functionele annotatie, samenvoegen, filteren, vergelijken, formaatconversie, imputatie
- SAM/BAM- en VCF-statistieken berekenen en plotten
- Leest Demultiplexing
- Uitlijning van geannoteerde genoomassemblages
- Statistieken en filteren op transcriptoomaantekeningen in GFF3-formaat
Toehoorders
Gezondheidszorg, Wetenschap/onderzoek, Ander publiek, Landbouw
Gebruikersinterface
Java SWT, console/terminal, Eclipse
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
