Dit is de Linux-app met de naam PPSeq: Parallel NGS Analysis om online in Linux te draaien, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ppseq-1.3-Linux-x86_64-pthread.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam PPSeq: Parallel NGS Analysis online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
PPSeq: Parallelle NGS-analyse om online in Linux uit te voeren
PRODUCTBESCHRIJVING
High-throughput next-generation sequencing (NGS)-technologie is snel uitgegroeid tot een krachtig hulpmiddel in veel aspecten van biomedisch onderzoek. Naast de snelle ontwikkeling ervan overtreffen de gegevensomvang en de analysecomplexiteit voor NGS echter ruimschoots de capaciteit en mogelijkheden van traditionele kleinschalige computerfaciliteiten, zoals multithreading-algoritmen op zelfstandige werkstations. Om dit probleem aan te pakken presenteren we hier een oplossing die gebruik maakt van het steeds toenemende aanbod van verwerkingskracht door massale parallelle verwerkingssystemen (MPP).Voordelen
- ppalgn - sequencing-lezingen uitlijnen met lange referentiereeksen
- ppbwt - het opbouwen van een FM-index op basis van een reeks DNA-sequenties
Toehoorders
Onderwijs, techniek, gezondheidszorg, informatietechnologie, non-profitorganisaties, wetenschap/onderzoek
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
C + +
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ppseq/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
