Dit is de Linux-app met de naam PRIMUS die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als URLtoLastestPRIMUSversion.txt. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer online deze app met de naam PRIMUS uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
PRIMUS om online onder Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
NIEUW: Download een nieuwe versie met Pedigree Reconstruction op primus.gs.washington.eduDeze versie is verouderd en onvolledig. Bezoek de nieuwe website voor de volledige versie van PRIMUS.
We presenteren een methode die is aangepast aan de grafentheorie die altijd de maximale set niet-verwante individuen in een dataset identificeert, en waarmee wegingsparameters kunnen worden gebruikt bij niet-gerelateerde steekproefselectie. PRIMUS leest door gebruikers gegenereerde IBD-schattingen in en geeft de maximaal mogelijke set niet-verwante individuen weer, gegeven een gespecificeerde drempel van verwantschap. Aanvullende informatie voor preferentiële selectie van individuen kan ook worden gebruikt. Als er bijvoorbeeld twee gelijke maximale sets van niet-verwante individuen in een netwerk zijn, kan PRIMUS bij voorkeur de set selecteren met meer getroffen individuen.
Schrijf u in op de PRIMUS-Gebruikers e-maillijst voor notificaties van updates en nieuwe versies.
Relevante software:
http://students.washington.edu/jeanm5/Simulate_IBD_Python.ta
Voordelen
- Identificeert maximale niet-gerelateerde set individuen uit een genetische dataset
- Groepeert monsters in familienetwerken
- Genereert .dot-bestanden om familienetwerken te visualiseren
Toehoorders
Gezondheidszorgindustrie, Wetenschap/Onderzoek, Onderwijs
Programmeertaal
Perl
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/primus-beta/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
