Dit is de Linux-app genaamd Protospacer Workbench waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd Protospacer Workbench met OnWorks gratis online uit.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
Protospacer-werkbank
PRODUCTBESCHRIJVING
Protospacer Workbench helpt bij het ontwerpen, analyseren en delen van CRISPR-doellocaties voor elk organisme of een reeks FASTA-geformatteerde sequenties.Het ontwerpen van gids-RNA's voor het CRISPR/Cas-genoombewerkingssysteem is intuïtief eenvoudig, maar rekenkundig moeilijk. De grootste moeilijkheid komt voort uit de noodzaak om potentiële off-targets te identificeren die behoorlijk kunnen verschillen van het beoogde doelwit. De huidige online tools voor het ontwerpen van gids-RNA bieden een gebruiksvriendelijke interface voor software voor het in kaart brengen van sequenties, zoals Bowtie of BLAST. Hoewel ze snel zijn, zijn deze mapping-algoritmen niet ontworpen met een hoge tolerantie voor fouten, een kenmerk dat cruciaal is voor het bepalen van mogelijke off-targets. Waar online tools falen, slagen offline tools. Offline-tools vereisen echter kennis van de opdrachtregel die slechts weinigen hebben die CRISPR gebruiken. Protospacer Workbench heeft tot doel de kloof tussen online en offline gids-RNA-ontwerp te overbruggen. De software is momenteel beschikbaar voor OS X en zal binnenkort worden overgezet naar andere besturingssystemen.
Voordelen
- Vind snel alle beschikbare CRISPR-doelen
- Evalueer gids-RNA-ontwerpen grondig
- Deel doelen en gids-RNA-lijsten
- Ontwerp voor elk organisme
- Beheer meerdere databases
- Stapsgewijze werkstroom
- Ontvang rapporten over de verwachte prestaties van gids-RNA
- Maak gebruik van meerdere tools van derden vanuit één interface
- Ontwerp met meerdere doelen
- Beheer grote doel-/gids-RNA-lijsten
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
