Dit is de Linux-app genaamd SnowyOwl waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam SnowyOwl gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
Sneeuwuil
PRODUCTBESCHRIJVING
SnowyOwl is een genvoorspellingspijplijn die RNA-Seq-gegevens gebruikt om te trainen en hints te geven voor het genereren van op Hidden Markov Model (HMM) gebaseerde genvoorspellingen, en om de resulterende modellen te evalueren. De pijplijn is gevalideerd en gestroomlijnd door de voorspellingen te vergelijken met handmatig samengestelde genmodellen in drie schimmelgenomen, en de resultaten laten een aanzienlijke toename in gevoeligheid en selectiviteit zien ten opzichte van eerdere genvoorspellingen. Gevoeligheid wordt verkregen door herhaaldelijk de HMM-genvoorspeller Augustus uit te voeren met gevarieerde invoerparameters, en selectiviteit door de modellen te kiezen met de beste homologie met bekende eiwitten en de beste overeenstemming met de RNA-Seq-gegevens. SnowyOwl heeft met succes genen voorspeld in 26 nieuwe schimmelgenomen.
De pijplijn kan lokaal worden geïnstalleerd voor een hoge doorvoer en controle over de configuratie. Het kan ook op een externe server worden uitgevoerd via een handige webinterface voor incidenteel gebruik.
Voordelen
- Genvoorspelling met behulp van RNA-Seq-gegevens
- Hoge sensitiviteit en specificiteit
- Pijplijn gestroomlijnd en gevalideerd met handmatig samengestelde genmodellen
- Zeer configureerbaar
- Standaardconfiguratie voor ascomycete- en basidiomycete-schimmels
- Installeer en voer lokaal uit voor controle en flexibiliteit
- Voer voor het gemak op afstand uit via een webinterface
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, geavanceerde eindgebruikers
Gebruikersinterface
Webgebaseerd, opdrachtregel, GTK+
Programmeertaal
Python, PHP
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
