Dit is de Linux-app genaamd Visualization of Protein-Ligand Graphs waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als vplg_2016_07_18.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd Visualization of Protein-Ligand Graphs met OnWorks gratis online uit.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
Visualisatie van eiwit-ligandgrafieken
PRODUCTBESCHRIJVING
Het softwarepakket Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) berekent en visualiseert eiwitgrafieken. Het werkt op het supersecundaire structuurniveau en gebruikt de atoomcoördinaten uit PDB-bestanden en de SSE-toewijzingen van het DSSP-algoritme.
VPLG is opdrachtregelsoftware. Als u niet van het typen van opdrachten houdt, probeer dan onze PTGL-webserver: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Kenmerken
- Leest driedimensionale atoomgegevens uit PDB-bestanden en secundaire structuurtoewijzingen uit DSSP-bestanden
- Berekent een eiwit-ligandgrafiek uit de gegevens en visualiseert de grafiek
- Ondersteunt de uitvoer van grafiekafbeeldingen in bitmap- (.png) en vector- (.svg) formaten
- Exporteert eiwit-ligand-grafieken in een tekstbestand in zijn eigen formaat (.plg) dat gemakkelijk kan worden bewerkt, geparseerd en gegenereerd met een computerprogramma, evenals in een aantal standaard grafiekbestandsformaten
- Kan eiwitgrafieken uit .plg-bestanden lezen en direct visualiseren
- Gratis open source-software (FOSS)
- Database-ondersteuning (volledig optioneel, standaard geen databaseserver vereist)
- De opdrachtregelinterface maakt eenvoudige batchverwerking via shell-scripts mogelijk
- Maakt het filteren van liganden op atoomnummer mogelijk
- Nieuwe GUI geschreven in Java, je hoeft geen console-opdrachten meer te typen!
- De software die de PTGL-webserver aandrijft: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, onderwijs, geavanceerde eindgebruikers
Gebruikersinterface
Java Swing, Console/Terminal, Opdrachtregel
Programmeertaal
Java
Database-omgeving
JDBC
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/vplg/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
