Dit is de Windows-app genaamd FUNseq waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ProcessStack2D.exe. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam FUNseq gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
FUNseq
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze pagina toont het celsegmentatie-/volgprogramma voor de FUNseq-pijplijn.
Het identificeren van een schaarse subset van kankercellen uit een grote heterogene populatie, gebaseerd op agressieve fenotypes (zoals invasieve migratie, multipolaire delingen of asymmetrische afstammingsontwikkeling) is een uitdaging. Ook is een dergelijke aberratie-identificatie van cruciaal belang, aangezien cellen die deze kenmerken vertonen lineair gecorreleerd zijn met een slechte prognose. In onze groep is een high-throughput screeningsmicroscoop ontwikkeld om deze schaarse, abnormale kankercellen vast te leggen. Een programma om deze interessante cellen nauwkeurig en snel te identificeren is essentieel. Hiervoor hebben we het mTGMM-programma ontwikkeld, dat cellen van high-throughput-beelden volgt en de agressieve fenotypes bepaalt.
Kenmerken
- Voorbewerking van afbeeldingen: we bieden methoden voor het aanpassen van de kwaliteit van afbeeldingen met een heterogeen fluorescentie-intensiteitsprofiel tussen cellen
- Segmentatie van parallelle kernen: we gebruikten een agglomeratief stroomgebied voor celsegmentatie
- Volgen met behulp van Gauss-modellen: het intensiteitsprofiel van een kern wordt gemodelleerd als een 2D Gauss-verdeling. Het volgen van kernen wordt gedaan door elke Gaussiaan door te sturen van tijdstip t naar (t + 1) met behulp van Bayesiaanse gevolgtrekking, met a priori kennis dat de positie, vorm en algehele intensiteit van kernen niet dramatisch kan veranderen tussen twee opeenvolgende tijdstippen.
- Feature-extractie: dit is de post-analyse waarin we een feature-tabel genereren met records van cellulaire migratie, deling en intracellulaire intensiteit.
- Datavisualisatie: we bieden opties om de celmaskers, migratietrajecten, celdelingen en morfologiedetecties te visualiseren.
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/funseq/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
