Dit is de Windows-app Pontos, waarvan de nieuwste versie kan worden gedownload als Pontos-3.0-src.zip. Deze kan online worden uitgevoerd via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd Pontos met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
Punten
PRODUCTBESCHRIJVING
Pontos is een gebruiksvriendelijk, grafisch Java-programma voor de berekening van niet-gecorrigeerde afstandsmatrices (of gelijkenissen) van DNA-sequentie-uitlijningen in PHYLIP-formaat. Het creëert ook "verschillende" uitlijningen van reguliere (en vice versa).
Het kan op verschillende manieren omgaan met hiaten en onduidelijkheden.
Hiaten kunnen zijn:
- allemaal gebruikt;
- allemaal genegeerd;
- alleen genegeerd aan het einde van de reeksen, op een paarsgewijze manier;
- alleen aan de uiteinden genegeerd, maar nu globaal (in feite wordt de hele uitlijning bijgesneden tot de verste sequenties van de uiteinden).
Dubbelzinnigheden (dingen zoals R, Y, N, W, etc. in een DNA-sequentie) kunnen worden behandeld als:
- dubbelzinnigheden als altijd anders beschouwen;
- ambiguïteit als gedeeltelijk verschillend beschouwen (bijv. R zou 0.5 verschillen van A of G);
- negeer dubbelzinnigheden in elke paarsgewijze vergelijking;
- verwijder alle kolommen, globaal, die enige dubbelzinnigheid vertonen.
Pontos is geschreven in Linux, maar zou op elk systeem moeten draaien waar Java werkt. Pontos is gelicentieerd onder de GPL versie 3.
Toehoorders
Wetenschap/Onderzoek, Eindgebruikers/Desktop
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/pontos/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
