Jest to polecenie autodock4, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
autodock - dokowanie ligandów chemicznych do receptorów białkowych
STRESZCZENIE
automatyczne dokowanie4 [Opcje]
OPIS
AutoDock wykonuje automatyczne dokowanie związków chemicznych do białek, czyli przewiduje
jak małe cząsteczki, takie jak substraty lub kandydaci na leki, wiążą się z receptorem o znanej trójwymiarowości
Struktura.
AutoDockSuite składa się z dwóch głównych programów, z których AutoDock wykonuje dokowanie
ligand do zestawu siatek opisujących docelowe białko, a AutoGrid wstępnie oblicza
te siatki.
OPCJE
-p nazwa_pliku_parametru
-l nazwa_pliku_logu
-o Użyj starego formatu PDBQ, naładuj q w kolumnach 55-61
-k Zachowaj oryginalne numery pozostałości
-i Ignoruj sprawdzanie nagłówka
-t Przeanalizuj plik PDBQ, aby sprawdzić skręcenia, a następnie zatrzymaj się.
-c < command_file Tryb poleceń, według pliku
-c | program_sterowania Tryb poleceń, przez program_sterowania
PRZYKŁAD
W Debianie katalog /usr/share/doc/autodock oferuje przykłady do uruchomienia. Zmień na to
katalog i rozpakuj (jako root) pliki map spakowane gzipem, a następnie uruchom AutoDock, jak pokazano
poniżej:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
W interpretacji wyników pomaga pakiet AutoDockTools. Prosimy również o sprawdzenie tzw
samouczki oferowane online.
Korzystaj z autodock4 online, korzystając z usług onworks.net
