Jest to polecenie bamtools, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bamtools - zestaw narzędzi do manipulowania plikami BAM (dopasowanie genomu).
STRESZCZENIE
narzędzia bambusowe [--help] KOMENDA [ARGS]
OPIS
BamTools ułatwia analizę badań i zarządzanie danymi za pomocą plików BAM. Daje sobie radę
jest to zazwyczaj ogromna ilość danych wytwarzanych przez obecne technologie sekwencjonowania
przechowywane w skompresowanych formatach binarnych, które nie są łatwo obsługiwane przez parsery tekstowe
powszechnie stosowane w badaniach bioinformatycznych.
OPCJE
konwertować
Konwertuje pomiędzy BAM i wieloma innymi formatami
count Drukuje liczbę wyrównań w plikach BAM
pokrycie
Drukuje statystyki pokrycia z wejściowego pliku BAM
filter Filtruje pliki BAM według kryteriów określonych przez użytkownika
nagłówek Drukuje informacje nagłówka BAM
indeks Generuje indeks dla pliku BAM
łączenie Połącz wiele plików BAM w jeden plik
losowe Wybierz losowe dopasowania z istniejących plików BAM, przeznaczone bardziej do testowania
narzędziem.
rozwiązać
Rozwiązuje odczyty na sparowanych końcach (w razie potrzeby zaznaczając flagę IsProperPair)
revert Usuwa zduplikowane znaki i przywraca oryginalne cechy podstawowe
sort Sortuje plik BAM według określonych kryteriów
split Dzieli plik BAM według właściwości określonej przez użytkownika, tworząc nowy plik wyjściowy BAM
każdą znalezioną wartość
stats Drukuje podstawowe statystyki z wejściowych plików BAM
Więcej informacji na temat konkretnego polecenia można znaleźć w sekcji pomocy bamtools POLECENIE.
Korzystaj z narzędzi bamtools online, korzystając z usług onworks.net
