Bowtie2-align-s - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

Bowtie2-align-s - ultraszybkie i oszczędzające pamięć narzędzie backendowe do wyrównywania sekwencji
odczytuje długie sekwencje referencyjne

OPIS

Bowtie 2 wersja 2.2.6 autorstwa Bena Langmeada ([email chroniony], www.cs.jhu.edu/~langmea)

ZASTOSOWANIE

Bowtie2-align [opcje]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Prefiks nazwy pliku indeksu (minus końcowy .X.bt2). UWAGA: indeksy Bowtie 1 i Bowtie 2
nie są kompatybilne.

Pliki z kolegami nr 1, sparowane z plikami w .

Pliki z kolegami nr 2, sparowane z plikami w .

Pliki z niesparowanymi odczytami.

Plik wyjściowy SAM (domyślnie: stdout)

, , mogą być listami oddzielonymi przecinkami (bez spacji) i mogą być określone
wiele razy. Np. '-U plik1.fq,plik2.fq -U plik3.fq'.

OPCJE (domyślne in zdanie wtrącone)

Wejście:
-q pliki wejściowe zapytań to FASTQ .fq/.fastq (domyślnie)

--qnast pliki wejściowe zapytań są w formacie qseq firmy Illumina

-f pliki wejściowe zapytań to (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r pliki wejściowe zapytań są surowe, jedna sekwencja w wierszu

-c , , same w sobie są sekwencjami, a nie plikami

-s/--pominąć
pomiń pierwszy odczyty/pary na wejściu (brak)

-u/--aż do
zatrzymaj się po pierwszym odczyty/pary (bez limitu)

-5/--przytnij5
przycinać bazy od 5'/lewy koniec odczytów (0)

-3/--przytnij3
przycinać bazy od 3'/prawy koniec odczytów (0)

--fred33
jakość to Phred+33 (domyślnie)

--fred64
cechy to Phred+64

--int-quals
jakości zakodowane jako oddzielone spacjami liczby całkowite

Ustawienia wstępne:
Taki sam jak:

W razie zamówieenia projektu --koniec końców:

--bardzo szybki -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--szybki -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--wrażliwy -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.15 (domyślnie)

--bardzo wrażliwy -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

W razie zamówieenia projektu --lokalny:

--bardzo-szybka-lokalna -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--szybkie-lokalne -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--wrażliwy-lokalny -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.75 (domyślnie)

--bardzo wrażliwy-lokalny -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Wyrównanie:
-N
max # niezgodności w wyrównaniu nasion; może wynosić 0 lub 1 (0)

-L
długość podciągów nasion; musi być >3, <32 (22)

-i
odstęp między podciągami nasion w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-sufit
func dla max # dozwolone w aln (L,0,0.15) non-A/C/G/Ts

--pad
włączać dodatkowe znaki ref na bokach tabeli DP (15)

--gbar
nie zezwalaj na luki w obrębie nucs ekstremalnych odczytów (4)

--ignore-quals
traktuj wszystkie wartości jakości jako 30 w skali Phred (wyłączone)

--now nie wyrównuj do przodu (oryginalnej) wersji odczytu (wył.)

--nork nie wyrównuj wersji z odwrotnym uzupełnieniem odczytu (wyłączone)

--nie-1mm-z góry
nie zezwalaj na 1 niedopasowanie wyrównania przed próbą skanowania w celu znalezienia optymalnego ustawienia początkowego
linie trasowania

--koniec końców
cały odczyt musi być wyrównany; bez przycinania (na)

OR

--lokalny
lokalne wyrównanie; końce mogą być miękko przycięte (wyłączone)

Punktacja:
--mama
bonus meczowy (0 za --koniec końców, 2 dla --lokalny)

--poseł
maksymalna kara za niedopasowanie; niższa jakość = niższa kara (6)

--np
kara za nie-A/C/G/T w read/ref (1)

--rdg ,
przeczytaj przerwę, przedłuż kary (5,3)

--rfg ,
luka referencyjna otwarta, przedłużone kary (5,3)

--wynik-min min akceptowalny wynik wyrównania w/r/t długość odczytu
(G,20,8 dla lokalnego, L,-0.6,-0.6 dla end-to-end)

Raportowanie:
(Domyślne)
szukaj wielu wyrównań, najlepiej raportuj za pomocą MAPQ

OR

-k
zgłoś się do alns za odczyt; MAPQ nie ma znaczenia

OR

-a/--wszystko
zgłosić wszystkie wyrównania; bardzo wolno, MAPQ nie ma znaczenia

Wysiłek:
-D
zrezygnuj z przedłużania po nieudane rozciąga się z rzędu (15)

-R
w przypadku odczytów z powtarzającymi się nasionami spróbuj zestawy nasion (2)

Sparowany koniec:

-I/--minis
minimalna długość fragmentu (0)

-X/-- maksymy
maksymalna długość fragmentu (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 wiązania wyrównają fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--nie-mieszane
pomijanie niesparowanych wyrównań dla sparowanych odczytów

--brak niezgodności
pomijanie niezgodnych wyrównań dla sparowanych odczytów

--bez jaskółczego ogona
nie zgadza się, gdy kumple się rozciągają

--nie-zawiera
niezgodne, gdy jedno wyrównanie wiązania zawiera inne

--bez nakładania
nie zgadza się, gdy koledzy w ogóle się nakładają

Wyjście:
-t/--czas
drukowanie czasu zegara ściennego z podziałem na fazy wyszukiwania

--cichy
nie wypisuj niczego na stderr z wyjątkiem poważnych błędów

--met-plik
wyślij metryki do pliku na (wyłączony)

--met-stderr
wyślij metryki do stderr (wyłączone)

--spotkał
zgłaszaj wewnętrzne liczniki i metryki co sek (1)

--nie-unal
pomiń rekordy SAM dla niewyrównanych odczytów

--Bezgłowy
pomijaj wiersze nagłówka, tj. wiersze zaczynające się od @

--nie-kwadrat
pominąć wiersze nagłówka @SQ

--rg-id
ustaw identyfikator grupy odczytu, odzwierciedlony w linii @RG i RG:Z: pole opt

--rg
Dodaj ("lab:wartość") do wiersza @RG nagłówka SAM. Uwaga: Drukowana jest tylko linia @RG
jeśli chodzi o komunikację i motywację --rg-id jest ustawiona.

--pomiń-sek-sek
umieść '*' w polach SEQ i QUAL dla dodatkowych wyrównań.

Wydajność:
-p/--wątki liczba gwintów centrujących do uruchomienia (1)

--zmień kolejność
wymuś kolejność wyjściową SAM, aby dopasować kolejność odczytów wejściowych

--mm użyj mapowanych w pamięci I/O dla indeksu; wiele „muszek może się dzielić”

Inny:
--qc-filtr
odfiltrować odczyty, które są złe zgodnie z filtrem QSEQ

--nasionko
ziarno generatora liczb losowych (0)

--niedeterministyczny nasiona rand. generała arbitralnie zamiast używać atrybutów read

--wersja
wydrukuj informacje o wersji i zakończ

-h/--Wsparcie
wydrukuj tę wiadomość o użytkowaniu

Korzystaj z Bowtie2-align-s online, korzystając z usług onworks.net