Jest to polecenie bp_flanksp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_flanks - znajdowanie sekwencji flankujących dla wariantu w pozycji sekwencji
STRESZCZENIE
bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen LCAŁK]
przystąpienie | Nazwa pliku
OPIS
Skrypt ten umożliwia wyodrębnienie podciągu wokół interesującego obszaru z pliku
istniejąca sekwencja. Dane wyjściowe w przypadku wpisu sekwencji w formacie fasta, w którym znajduje się linia nagłówka
zawiera dodatkowe informacje o lokalizacji.
OPCJE
Skrypt przyjmuje jeden nienazwany argument, który może być nazwą pliku w lokalnym systemie plików
lub numer dostępu sekwencji nukleotydowej.
-p Pozycja wykorzystuje prostą tabelę cech sekwencji nukleotydów
--notacja pozycji określająca obszar zainteresowania, zazwyczaj a
Powtórzenie SNP lub mikrosatelity, wokół którego znajdują się boki
zdefiniowane.
Może być więcej niż jedna opcja pozycji lub możesz
podaj listę rozdzieloną przecinkami dla jednej opcji pozycji.
Format stanowiska jest następujący:
[id:] int | zakres | pomiędzy [-]
Opcjonalny identyfikator to nazwa, którą chcesz nazwać nowym
sekwencja. Jeżeli nie został podany, łączy bieżący numer z
nazwa wpisu z podkreśleniem.
Pozycją może być punkt (np. 234), zakres (np
250..300) lub punkt wstawienia pomiędzy nukleotydami
(np. 234^235)
Jeśli pozycja nie jest całkowicie w źródle
sekwencja sekwencja wyjściowa zostanie obcięta i to
wydrukuje ostrzeżenie.
Opcjonalny łącznik [-] na końcu pozycji
wskazuje, że ma być pobrana sekwencja
w przeciwnej nici.
-f Domyślnie 100. Jest to długość nukleotydów
--flanklen sekwencja pobrana po obu stronach danej pozycji.
Jeśli plik źródłowy nie zawiera
WYDAJNOŚĆ FORMAT
Dane wyjściowe to wpis w formacie fasta, w którym plik opisu zawiera pary znacznik=wartość
aby uzyskać informacje o tym, gdzie w oryginalnej sekwencji wzięto podciąg.
Identyfikator wpisu fasta to nazwa podana w wierszu poleceń połączona łącznikiem z
nazwa pliku lub przystąpienie do sekwencji źródłowej. W przypadku braku identyfikatora podana jest seria kolejnych
używane są liczby całkowite.
Pary tag=wartość to:
oripos=int
pozycję w pliku źródłowym
nić=1|-1
nić sekwencji w porównaniu z sekwencją źródłową
allelepos=int
pozycja regionu będącego przedmiotem zainteresowania w bieżącym wpisie. Etykieta jest taka sama jak używana
przez dbSNP@NCBI
Sekwencja podkreśla pozycję wariantu allelu, pokazując ją wielkimi literami i resztą
ciągu małymi literami.
PRZYKŁAD
% bp_flanki ~/nast./ar.embl
>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 nić=1 allelepos=100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgttttttttctttaagatctgggcatcttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct
WSZYSTKO
Zakłada się, że pliki wejściowe są w formacie EMBL i sekwencje są pobierane tylko z
bazy danych EMB. Zmień to na bardziej ogólne i użyj rejestru.
głowa1 OPINIA
Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie, najlepiej na listy mailingowe Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.
[email chroniony] - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych
Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, co pomoże nam śledzić błędy i ich skutki
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTOR - heikki Lehvaslaiho
E-mail:
Korzystaj z bp_flanksp online, korzystając z usług onworks.net
