Jest to polecenie bp_indexp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_index.pl - indeksuje pliki do wykorzystania przez bp_fetch.pl
STRESZCZENIE
bp_index.pl nazwa_indeksu plik1 plik2 itd.
OPIS
bp_index.pl buduje indeks bioperla dla plików sekwencji podanych na liście argumentów,
pod nazwą indeksu. Na przykład
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
utworzy indeks o nazwie „nrdb” jako nazwę indeksu dla pliku nrdb.fasta, oraz
bp_index.pl -fmt EMBL szwajcarski /data/swiss/*.dat
zbudowałby indeks o nazwie swiss dla wszystkich plików w /data/swiss, które kończą się na .dat, co
są w formacie EMBL.
Do budowy indeksów służą moduły Bio/Index/*, w szczególności Bio::Index::EMBL oraz
moduły Bio::Index::Fasta. Każdy skrypt korzystający z tych modułów może używać indeksu. A
dobrym przykładem skryptu jest bp_fetch, który pobiera sekwencje i przesyła je do STDOUT, na przykład
przykład
bp_fetch szwajcarski:ROA1_HUMAN
pobiera sekwencję ROA1_HUMAN z indeksu szwajcarskiego i zapisuje ją w formacie fasta na STDOUT.
OPCJE
-fm - Fasta (domyślnie), szwajcarska lub EMBL
-reż - katalog, w którym znajdują się pliki indeksu
(zastępuje zmienną środowiskową BIOPERL_INDEX)
Opcje do użytku specjalistycznego
-typ - Typ pliku_DBM.
(zastępuje zmienną środowiskową BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - raportuje każde dodanie indeksu (debugowanie)
ŚRODOWISKO
bp_index i bp_fetch koordynują położenie baz danych za pomocą zmiennej środowiskowej
BIOPERL_INDEX. Można to zmienić za pomocą opcji -dir. Nie ma wartości domyślnej, więc
musisz użyć opcji -dir lub ustawić BIOPERL_INDEX.
Typ DB jest skoordynowany z BIOPERL_INDEX_TYPE, który, jeśli go nie ma, jest domyślny
niezależnie od zainstalowanych modułów bioperl, co samo w sobie jest wartością domyślną SDBM_File.
ZA POMOCĄ IT SIEBIE
bp_index.pl to skrypt sterujący modułami Indeksu. Jeśli chcesz użyć tego skryptu
zajmujesz dużo czasu w swojej pracy, jeśli jest ona oparta na języku Perl, prawie na pewno lepiej będzie przyjrzeć się plikowi
kod w tym skrypcie i skopiuj go (prawdopodobnie bardziej prawdopodobne będzie, że będziesz chciał użyć
kod bp_fetch).
ROZSUWALNY IT
bp_index to po prostu opakowanie doskonałych modułów Index Jamesa Gilberta znajdujących się w bioperlu
INFORMACJE ZWROTNE
Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie najlepiej na listę mailingową Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.
[email chroniony] - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych
Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, aby pomóc nam śledzić błędy i ich
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTOR - Ewan Birney
Ewana Birneya[email chroniony]>
Korzystaj z bp_index online, korzystając z usług onworks.net
