To jest polecenie bp_sreformatp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bpsreformat - konwertuj formaty sekwencji
OPIS
Ten skrypt wykorzystuje system SeqIO, który umożliwia konwersję formatów sekwencji
dane sekwencji lub dane dopasowania wielu sekwencji. Nazwa pochodzi od tego, że Sean
Sreformat programu Eddy'ego (część pakietu HMMER) już to robi. Próby programu Seana
aby odgadnąć formaty wejściowe, podczas gdy w naszym kodzie obecnie wymagamy, aby określić, co
formaty wejściowe i wyjściowe są i jeśli dane pochodzą z dopasowania wielu sekwencji lub z
pliki o prostej sekwencji.
Stosowanie:
bpsreformat -if INFORMAT -z OUTFORMAT -i NAZWA PLIKU -o wyjście.FORMAT
-h/--help Wydrukuj tę pomoc
-if/--informat Określ format wejściowy
-of/--outformat Określ format wyjściowy
-i/--input Podaj nazwę pliku wejściowego
(aby przekazać dane na STDIN, użyj znaku minusa jako nazwy pliku)
-o/--output Podaj nazwę pliku wyjściowego
(aby przekazać dane na STDOUT użyj znaku minus jako nazwy pliku)
--msa Określ, że są to dane wyrównania wielu sekwencji
--special Przekaże specjalne parametry do AlignIO/SeqIO
obiekt -- większość z nich dotyczy obiektów Bio::AlignIO
Oddzielona przecinkami lista następujących elementów
bez przeplotu -- dla phylip, format bez przeplotu
idlinebreak -- dla phylipa sprawia, że jest to format molphy
procenty -- dla clustalw pokaż % id na linię
Korzystaj z bp_sreformatp online za pomocą usług onworks.net
