Jest to polecenie cd-hit-para, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
cd-hit-para.pl - podziel duże zadanie klastrowania na części, aby uruchomić zadania cd-hit lub cd-hit-est
STRESZCZENIE
cd-hit-para.pl Opcje
OPIS
Ten skrypt dzieli duże zadanie klastrowania na części i przesyła zadania do zdalnego
komputery w sieci, aby działały równolegle. Po zakończeniu wszystkich prac,
skrypt scala wyniki klastrowania tak, jakbyś po prostu uruchamiał pojedynczy cd-hit lub
hit-CD.
Możesz go również użyć do podzielenia dużych zadań na jeden komputer, jeśli Twój komputer to robi
nie masz wystarczającej ilości pamięci RAM (z -L opcja).
Wymagania:
1 Po uruchomieniu tego skryptu w sieci katalog, w którym
uruchom skrypty, a pliki wejściowe muszą być dostępne na wszystkich zdalnych hostach z
identyczna ścieżka.
2 Jeśli wybierzesz "ssh" do przesyłania ofert pracy, musisz mieć
ssh bez hasła do dowolnego zdalnego hosta, zobacz instrukcję ssh, aby dowiedzieć się, jak skonfigurować
ssh bez hasła.
3 Proponuję użyć systemu kolejkowania zamiast ssh,
Obecnie wspieram PBS i SGE
4 cd-trafienie cd-trafienie-2d cd-trafienie-est cd-trafienie-est-2d
cd-hit-div cd-hit-div.pl musi znajdować się w tym samym katalogu, w którym znajduje się ten skrypt.
Opcje
-i wprowadź nazwę pliku w formacie fasta, wymagane
-o nazwa pliku wyjściowego, wymagana
- P. program, „cd-hit” lub „cd-hit-est”, domyślnie „cd-hit”
- B. nazwa pliku listy hostów,
wymagane, chyba że -Q or -L opcja jest dostarczana
--L liczba procesorów na komputerze lokalnym, domyślnie 0
gdy nie uruchamiasz go w klastrze, możesz użyć tej opcji, aby podzielić duży
grupując zadania w małe kawałki, sugeruję po prostu użyć „--L 1”, chyba że masz
wystarczająca ilość pamięci RAM dla każdego procesora
- S Liczba segmentów do podzielenia wejściowego DB na, domyślnie 64
--Q liczba zadań do przesłania do systemu kolejkowania kolejek, domyślnie 0
domyślnie program używa trybu ssh do wysyłania zdalnych zadań
--T obsługiwany jest typ systemu kolejkowego „PBS”, „SGE”, domyślny PBS
--R plik restartu, używany po awarii uruchamiania
-h wydrukuj tę pomoc
Więcej opcji cd-hit/cd-hit-est można określić w wierszu poleceń
Pytania, błędy, skontaktuj się z Weizhong Li at [email chroniony]
Użyj cd-hit-para online za pomocą usług onworks.net
