cleanasn — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

cleanasn - czyści nieprawidłowości w obiektach NCBI ASN.1

STRESZCZENIE

oczyść [-] [-A filename] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L filename] [-M filename]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i filename] [-j filename] [-k filename] [-m str] [-n ścieżka]
[-o filename] [-p ścieżka] [-q ścieżka] [-r ścieżka] [-v ścieżka] [-x ext]

OPIS

oczyść to program narzędziowy do czyszczenia nieprawidłowości w obiektach NCBI ASN.1.

OPCJE

Podsumowanie opcji znajduje się poniżej.

- Wydrukuj wiadomość o użyciu

-A filename
Plik listy akcesyjnej

-C str Operacje na sekwencjach, zgodnie z flagami w str:
c Kompresuj
d Rozpakuj
v Wirtualne luki wewnątrz segmentowanej sekwencji
s Konwersja zbioru segmentowego na sekwencję delta

-D str Oczyść deskryptory, zgodnie z flagami w str:
Usuń tytuł
c Usuń komentarz
n Usuń tytuł zestawu Nuc-Prot
e Usuń tytuł zestawu Pop/Phy/Mut/Eco
m Usuń tytuł mRNA
p Usuń tytuł białka

-F str Wyczyść funkcje, zgodnie z flagami w str:
u Usuń obiekty użytkownika
d Usuń db_xrefs
e Usuń /dowód i /wnioskowanie
r Usuń nadmiarowe odnośniki genów
f Połącz zduplikowane funkcje
k Kodowanie regionu lub cechy części
z Usuń lub zaktualizuj numery WE

-K str Wykonaj ogólne czyszczenie, zgodnie z flagami w str:
bBasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (za pomocą zewnętrznego narzędzia)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Normalizuj kolejność deskryptorów
u Usuń obiekty użytkownika NcbiCleanup
c Synchronizuj kody genetyczne
d Ponownie zsynchronizuj części CDS
m Resynchronizuj fragmenty mRNA
t Ponowna synchronizacja częściowych peptydów
a Wyreguluj złącze konsensusowe
i Promuj do „najgorszego” Seq-ID

-L filename
Plik dziennika

-M filename
Plik makro

-N str Oczyść linki, zgodnie z flagami w str:
o Połącz mRNA CDS przez nakładanie
p Połącz mRNA CDS według produktu
r Ponownie przypisz identyfikatory funkcji
f Napraw brakujące wzajemne identyfikatory funkcji
c Wyczyść identyfikatory funkcji

-P Opcje publikacji:
a Usuń wszystkie publikacje
s Usuń numer seryjny
f Usuń rysunek, numerację i nazwę
r Usuń uwagę
u Aktualizuj publikację tylko dla PMID
# Zamień nieopublikowane na PMID

-Q str Raport:
c Liczba rekordów
r Raport ASN.1 BSEC
s Raport ASN.1 SSEC
n Raport NORM vs. SSEC
Raport PopPhyMutEco AutoDef
o Raport nakładania się
l Różnica między szerokością a długością geograficzną kraju
d Zarejestruj różnice SSEC
g Różnica GenBank SSEC
f asn2gb/asn2flat różnica
h Różnica między segmentami a delta GenBank
v Różnice SSEC walidatora
m Modernizacja genu/RNA/PCR
u Wyszukiwanie nieopublikowanych publikacji
p Wyszukiwanie opublikowanych publikacji
j Nieindeksowany raport dziennika
x Niestandardowe skanowanie

-R Zdalne pobieranie z ID (bazy danych sekwencji NCBI)

-S str Selektywny filtr różnicowy (pomijanie wielkich liter)
SSEC
b BSEC
Autor
p Publikacja
Lokalizacja
rRNA
q Kolejność sortowania kwalifikatorów
g Blok Genbanku
k Pakiet CdRegion lub funkcje części
m Przenieś publikację
o Zostaw duplikat publikacji Bioseq
d Automatyczna linia definicji
e Linia definicji zestawu Pop/Phy/Mut/Eco

-T Wyszukiwanie taksonomii

-U str Zmodernizuj, zgodnie z flagami w str:
geny
rRNA
p Startery do PCR

-V str Usuń funkcje według istotności walidatora:
r Odrzuć
e Błąd
w Ostrzeżenie
Informacje

-X str Różne opcje, za str:
d Automatyczna linia definicji
e Linia definicji zestawu Pop/Phy/Mut/Eco
n Utwórz instancję tytułu NC
m Twórz instancje tytułów NM
x Specjalne tytuły XM
p Twórz tytuły białek
c Tworzenie mRNA dla sekwencji kodujących
f Napraw odwrotność protein_id/transcript_id

-Z str Usuń wskazany obiekt użytkownika

-a str typ ASN.1
a Dowolny (domyślnie)
e Wpis sekwencyjny
b Bioseq
s Zestaw Bioseq
m Seq-prześlij
t Przetwarzanie wsadowe [Ciąg znaków]

-b Wejście ASN.1 jest binarne

-c Wejście ASN.1 jest skompresowane

-d str Źródłowa baza danych
a Dowolny (domyślnie)
g GenBank
e EMBL
dDDBJ
b EMBL lub DDBJ
r Sekw.odn
n NCBI
v Tylko sekwencje podzielone na segmenty
w Wyklucz segmentowane sekwencje
x Wyklucz EMBL/DDBJ
y Wyklucz gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filtr podciągów

-i filename
Pojedynczy plik wejściowy (domyślnie stdin)

-j filename
Pierwsza nazwa pliku

-k filename
Ostatnia nazwa pliku

-m str Tryb pliku płaskiego:
r Zwolnij
e Entrez
Cekiny
d Zrzut

-n ścieżka
asn2płaski wykonywalny (domyślnie jest to /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o filename
Pojedynczy plik wyjściowy (domyślnie stdout)

-p ścieżka
Przetwórz wszystkie pasujące pliki w ścieżka

-q ścieżka
ffdiff wykonywalny (domyślnie jest to /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r ścieżka
Ścieżka wyników

-v ścieżka
asnwal wykonywalny (domyślnie jest to /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Sufiks wyboru pliku do użycia z -p (domyślnie ent)

Korzystaj z cleanasn online za pomocą usług onworks.net