Jest to polecenie ClonalFrame, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
ClonalFrame - wnioskowanie o mikroewolucji bakterii na podstawie danych o sekwencji multilocus
STRESZCZENIE
ClonalFrame [OPCJE] plik wejściowy plik wyjściowy
OPIS
ClonalFrame identyfikuje relacje klonalne pomiędzy elementami próbki, natomiast
również oszacowanie pozycji chromosomalnej zdarzeń rekombinacji homologicznej, które mają
zakłóca dziedziczenie klonalne.
Opcje:
-x NUM Ustawia liczbę iteracji po wypaleniu (domyślnie jest to 50000)
-y NUM Ustawia liczbę iteracji wypalania (domyślnie jest to 50000)
-z LICZBA Ustawia liczbę iteracji pomiędzy próbkami (domyślnie jest to 100)
-e NUM Ustawia liczbę ruchów polegających na zamianie gałęzi na iterację (domyślnie jest tak, że połowa
czas spędzany na zamianie gałęzi)
-m NUM Ustawia początkową wartość theta na NUM (domyślnie jest to oszacowanie Wattersona)
-d NUM Ustawia początkową wartość delta na NUM (domyślnie jest to 0.001)
-n NUM Ustawia początkową wartość nu na NUM (domyślnie jest to 0.01)
-r NUM Ustawia początkową wartość R na NUM (domyślnie jest to początkowe theta/10)
-M Zaktualizuj wartość theta
-D Nie aktualizuj wartości delta
-N Nie aktualizuj wartości nu
-R Nie aktualizuj wartości R
-T Nie aktualizuj topologii
-A Nie aktualizuj wieku węzłów
-G Usuń wszystkie luki
-H Usuń wszystkie przerwy w pozycjach niepolimorficznych
-t NUM Wskaż, które drzewo początkowe ma zostać użyte: 0 dla drzewa zerowego, 1 dla drzewa wybranego jednolicie
drzewo koalescencyjne i 2 dla drzewa UPGMA (domyślnie)
-w FILE
Użyj pliku Newick dla drzewa początkowego
-a NUM Ustawia pierwszy parametr rozkładu beta nu
-b NUM Ustawia drugi parametr rozkładu beta nu
-U Użyj jednolitych priorytetów dla rho, theta i delta
-B Uruchom w trybie BURST
-C Uruchom w trybie UPGMA z procedurą ładowania typu site-by-site
-c Uruchom w trybie UPGMA z procedurą ładowania fragment po fragmencie
-S NUM Ustawia źródło generatora liczb losowych na NUM
-E NUM Ustawia tempo wykładniczego wzrostu (domyślnie jest to 0)
-I Ignoruje pierwszy blok w linii trasowania
-L Oczyść wyrównanie przed uruchomieniem ClonalFrame
-l Minimalna odległość między dwoma punktami referencyjnymi (wartość domyślna to 50)
-v Tryb szczegółowy
Korzystaj z ClonalFrame online, korzystając z usług onworks.net
