Jest to polecenie clustalo, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
clustalo - Program dopasowywania wielu sekwencji ogólnego przeznaczenia dla białek
STRESZCZENIE
klustalo [-H]
OPIS
Clustal-Omega to program do dopasowywania wielu sekwencji (MSA) ogólnego przeznaczenia dla białek.
Tworzy wysokiej jakości MSA i jest w stanie obsłużyć setki zestawów danych
tysiące sekwencji w rozsądnym czasie.
W trybie domyślnym użytkownicy przekazują plik sekwencji do wyrównania, a te są grupowane
tworzą drzewo przewodnie, które służy do kierowania „progresywnym dopasowaniem” sekwencji.
Istnieją również urządzenia do wyrównywania istniejących linii trasowania względem siebie, wyrównywania a
sekwencję do wyrównania i do wykorzystania ukrytego modelu Markowa (HMM), aby pomóc w prowadzeniu
dopasowanie nowych sekwencji, które są homologiczne do sekwencji użytych do wytworzenia HMM.
Ta ostatnia procedura jest określana jako „zewnętrzne wyrównanie profilu” lub EPA.
Clustal-Omega używa HMM do silnika wyrównania, opartego na pakiecie HHalign firmy
Johannesa Soedinga [1]. Drzewa przewodnie są tworzone przy użyciu ulepszonej wersji mBed [2], która może
klaster bardzo dużej liczby sekwencji w czasie O(N*log(N)). Następnie wielokrotne wyrównanie
postępuje poprzez wyrównywanie coraz większych wyrównań za pomocą HHalign, po grupowaniu
podane przez drzewo przewodnika.
W swojej obecnej formie Clustal-Omega może tylko dopasowywać sekwencje białek, ale nie DNA/RNA
sekwencje. Przewiduje się, że DNA/RNA będzie dostępne w przyszłej wersji.
ZASTOSOWANIE
Użycie narzędzia jest dostępne w /usr/share/doc/clustalo/README.
ROZWÓJ
Nagłówki i biblioteki są dostępne w pakiecie libclustalo-dev.
CYTOWANIE
Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H,
Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Szybkie, skalowalne generowanie wysokiej
dopasowanie wielu sekwencji białek wysokiej jakości
używając Clustal Omega. Mol Syst Biol 7.
Korzystaj z clustalo online, korzystając z usług onworks.net
