cmcalibrate — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

cmcalibrate — dopasowanie ogonów wykładniczych do wyznaczania wartości E modelu kowariancji

STRESZCZENIE

cmkalibracja [opcje] plik cm

OPIS

cmkalibracja określa parametry ogona wykładniczego dla określenia wartości E poprzez generowanie
losowych sekwencji, przeszukując je za pomocą CM i zbierając wyniki otrzymanych wyników
hity. Histogram wyników bitowych trafień jest dopasowany do ogona wykładniczego, a
parametry dopasowanego ogona są zapisywane do pliku CM. Wykładnicze parametry ogona
są następnie wykorzystywane do oszacowania istotności statystycznej trafień znalezionych w cmwyszukiwarka i
cmskan.

Należy skalibrować plik CM cmkalibracja zanim będzie można go użyć cmwyszukiwarka or cmskan,
z jednym wyjątkiem: nie jest konieczne kalibrowanie plików CM, które zawierają tylko
modele z zerowymi parami zasad przed uruchomieniem cmwyszukiwarka.

cmkalibracja jest bardzo wolny. Kalibracja jednego średniego rozmiaru zajmuje kilka godzin
CM na jednym procesorze. cmkalibracja będzie działać równolegle na wszystkich dostępnych rdzeniach, jeśli Infernal
został zbudowany w systemie obsługującym wątki POSIX (zobacz sekcję Instalacja w
podręcznik użytkownika, aby uzyskać więcej informacji). Za pomocą rdzeni da w przybliżeniu -Krotnie
przyspieszenie w porównaniu z pojedynczym procesorem. Można również użyć interfejsu MPI (Message Passing Interface).
zrównoleglenie z --mpi opcja, jeśli Infernal został zbudowany z włączonym MPI, ale używając
więcej niż 161 procesorów nie jest zalecane, ponieważ przekroczenie 161 nie przyspieszy
kalibracja. Więcej informacji można znaleźć w rozdziale Instalacja w podręczniku użytkownika.

Połączenia --prognoza opcji można użyć do oszacowania, jak długo program będzie działał przez a
dany plik cm na bieżącej maszynie. Aby przewidzieć czas działania procesory z
MPI, dodatkowo użyj --nprognoza opcja.

Wyszukiwane losowe sekwencje cmkalibracja są generowane przez HMM, na którym został przeszkolony
prawdziwe sekwencje genomowe o różnej zawartości GC. Celem jest posiadanie rozkładów GC
w przypadkowych sekwencjach być podobne do tych w rzeczywistych sekwencjach genomowych.

Przeprowadzane są cztery rundy wyszukiwania i kolejne wykładnicze dopasowania ogona, po jednym dla każdego
cztery różne algorytmy CM, których można użyć cmwyszukiwarka i cmskan: glokalny CYK,
glokalny Inside, lokalny CYK i lokalny Inside.

Parametry wartości E określone przez cmkalibracja są używane tylko przez cmwyszukiwarka i cmskan
programy. Jeśli nie zamierzasz korzystać z tych programów, nie trać czasu na kalibrację
Twoje modele.

OPCJE

-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i dostępnych opcjach.

-L Ustaw całkowitą długość losowych sekwencji do wyszukiwania megabaz (Mb). Przez
domyślna, is 1.6 MB Wzrastający sprawi, że wykładniczy ogon będzie bardziej pasował
precyzyjne, a wartości E dokładniejsze, ale zajmie to więcej czasu (podwojenie będzie z grubsza
dwukrotnie wydłużyć czas pracy). Malejąca nie jest zalecane, ponieważ spowoduje to
pasuje mniej precyzyjnie, a wartości E mniej dokładne.

OPCJE DLA PRZEWIDYWANIE WYMAGANE CZAS ROLNICZE PAMIĘĆ

--prognoza
Przewiduj czas trwania kalibracji plik cm (z podanymi opcjami) na
bieżącą maszynę i wyjdź. Kalibracja nie jest wykonywana. Prognozy
należy traktować jako przybliżone szacunki. Jeśli wielowątkowość jest włączona (zob
Sekcja instalacji podręcznika użytkownika), czas będzie uwzględniał liczbę
dostępnych rdzeni.

--nprognoza
Z --prognoza, określ to do kalibracji zostaną użyte procesory.
Może to być przydatne do przewidywania czasu działania przebiegu MPI z
procesorów.

--pamięć
Przewiduj ilość pamięci wymaganej do kalibracji plik cm (z dostarczonym
options) na bieżącej maszynie i wyjdź. Kalibracja nie jest wykonywana.

OPCJE KONTROLOWANIE WYKŁADNICZY OGON FITS

--gtailn
dopasuj wykładniczy ogon dla glokalnego Wewnątrz i glokalnego CYK do najwyższe wyniki
w ogonie histogramu, gdzie is razy liczba przeszukiwanych Mb. The
domyślna wartość wynosi 250. Wartość 250 została wybrana, ponieważ dobrze się sprawdza
empirycznie względem innych wartości.

--l ogon
dopasuj wykładniczy ogon dla lokalnego Inside i lokalnego CYK do najwyższe wyniki
w ogonie histogramu, gdzie is razy liczba przeszukiwanych Mb. The
domyślna wartość wynosi 750. Wartość 750 została wybrana, ponieważ dobrze się sprawdza
empirycznie względem innych wartości.

--ogon
Zignoruj --gtailn i --l ogon opcje z prefiksem i dopasowanie do ułamek ogona
histogram do końca wykładniczego dla wszystkich trybów wyszukiwania.

OPCJA WYDAJNOŚĆ AKTA

--hplik
Zapisz histogramy dopasowane do pliku . Format tego pliku to dwie spacje
rozdzielane kolumny w wierszu. Pierwsza kolumna to wartości osi x wyników bitów
każdy kosz. Druga kolumna to wartości na osi y liczby trafień na pojemnik. Każdy
seria jest ograniczona linią z pojedynczym znakiem „&”. Plik będzie zawierał
jedna seria dla każdego z czterech wykładniczych dopasowań ogona w następującej kolejności:
glokalny CYK, glokalny Inside, lokalny CYK i lokalny Inside.

--plik
Zapisz informacje o działce przetrwania do pliku . Format tego pliku to dwie spacje
rozdzielane kolumny w wierszu. Pierwsza kolumna to wartości osi x wyników bitów
każdy kosz. Druga kolumna to wartości na osi y części trafień, które spełniają lub
przekroczyć punktację dla każdego pojemnika. Każda seria jest ograniczona linią z pojedynczą
postać "&". Plik będzie zawierał trzy serie danych dla każdego z czterech CM
tryby wyszukiwania w następującej kolejności: glokalny CYK, glokalny Inside, lokalny CYK i
lokalny Wewnątrz. Pierwsza seria to empiryczny wykres przeżycia z histogramu
trafień do losowej sekwencji. Druga seria to dopasowanie ogona wykładniczego
rozkład empiryczny. Trzecia seria to wykładnicze dopasowanie ogona, jeśli lambda
zostały ustalone i ustawione jako logarytm naturalny 2 (0.691314718).

--qqplik
Zapisz informacje o wykresie kwantylowo-kwantylowym do pliku . Format tego pliku to
dwie kolumny rozdzielane spacjami w wierszu. Pierwsza kolumna to wartości na osi x i
druga kolumna to wartości na osi y. Odległość punktów od
linia tożsamości (y=x) jest miarą tego, jak dobre jest wykładnicze dopasowanie ogona, tj
im bliżej linii tożsamości, tym lepsze dopasowanie. Każda seria jest
oddzielone linią z pojedynczym znakiem „&”. Plik będzie zawierał jedną serię
danych empirycznych dla każdego z czterech dopasowań ogona wykładniczego poniżej
kolejność: glokalny CYK, glokalny Inside, lokalny CYK i lokalny Inside.

--plik
Zaoszczędź w pliku rozdzielone spacją statystyki różnych dopasowań wykładniczych .
Plik będzie zawierał wartości lambda i mu dla pasujących ogonów wykładniczych
ogony histogramu o różnych rozmiarach. Pola w pliku są oznaczone
informacyjnie.

--xplik
Zapisz listę wyników w każdym dopasowanym ogonie histogramu do pliku . Każdy wiersz
ten plik będzie miał inny wynik wskazujący, że w ogonie istniało jedno trafienie
ten wynik. Każda seria jest ograniczona linią z pojedynczym znakiem „&”. The
plik będzie zawierał jedną serię dla każdego z czterech wykładniczych pasowań ogona w pliku
w następującej kolejności: glokalny CYK, glokalny Inside, lokalny CYK i lokalny Inside.

INNE OPCJE

--nasionko
Rozpocznij generator liczb losowych za pomocą , liczba całkowita >= 0. Jeżeli jest niezerowe,
symulacje stochastyczne będą powtarzalne; to samo polecenie da to samo
wyniki. Gdyby wynosi 0, generator liczb losowych jest zaszczepiany arbitralnie i
symulacje stochastyczne będą się różnić w zależności od uruchomienia tego samego polecenia. Domyślny
nasienie to 181.

--beta
Domyślnie do przyspieszenia wyszukiwania CM używane jest pasmo zależne od zapytania (QDB).
algorytmy z prawdopodobieństwem utraty ogona beta równym 1E-15. Ta wartość beta może być
zmienić na w --beta . Parametr beta to wielkość prawdopodobieństwa
masa wykluczona podczas obliczania pasma, wyższe wartości beta dają większe przyspieszenia
ale poświęcić większą dokładność niż niższe wartości. Domyślna używana wartość to 1E-15.
(Aby uzyskać więcej informacji na temat QDB, patrz Nawrocki i Eddy, PLoS Computational Biology
3(3): e56.)

--bez pasm
Wyłącz QDB podczas kalibracji wartości E. Spowoduje to spowolnienie kalibracji.

--nonnull3
Wyłącz dodatkowy model zerowy post hoc null3. Nie jest to zalecane, chyba że
planujesz użyć tej samej opcji cmwyszukiwarka i / lub cmskan.

--losowy
Zamiast tego użyj modelu zerowego tła CM, aby wygenerować losowe sekwencje
bardziej realistycznego HMM. Chyba że CM został zbudowany przy użyciu --zero opcja do
cmbudowa, model zerowy tła będzie wynosił 25% dla każdego A, C, G i U.

--gc
Wygeneruj losowe sekwencje, używając rozkładu nukleotydów z sekwencji
filet .

--procesor
Określ to należy używać równoległych pracowników procesora. Gdyby jest ustawiony na „0”, wtedy
program zostanie uruchomiony w trybie szeregowym, bez użycia wątków. Możesz także kontrolować
tę liczbę, ustawiając zmienną środowiskową, INFERNAL_NCPU. Ta opcja będzie
być dostępne tylko wtedy, gdy maszyna, na której zbudowano Infernal, jest w stanie używać
Gwintowanie POSIX (więcej informacji w sekcji Instalacja w podręczniku użytkownika)
Informacja).

--mpi Uruchom jako program równoległy MPI. Ta opcja będzie dostępna tylko wtedy, gdy Infernal ma:
został skonfigurowany i zbudowany z flagą "--enable-mpi" (patrz Instalacja
w podręczniku użytkownika, aby uzyskać więcej informacji).

Użyj cmcalibrate online, korzystając z usług onworks.net