Jest to polecenie cmfetch, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
cmfetch - pobierz modele kowariancji z pliku
STRESZCZENIE
cmfetch [opcje]
(pobiera CM o nazwie )
cmfetch -f [opcje]
(pobiera wszystkie CM wymienione w )
cmfetch --indeks [opcje]
(indeksy do pobrania)
OPIS
Pobiera jeden lub więcej CM z pliku (na przykład duża baza danych Rfam).
Aby umożliwić bardzo szybkie wyszukiwanie, zindeksuj plik po pierwsze, używając cmfetch --indeks. Indeks
to plik binarny o nazwie .ssi.
Tryb domyślny polega na pobraniu pojedynczego CM według nazwy lub przystąpienia, tzw . W razie zamówieenia projektu
przykład:
% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Z -f opcja, a zamiast tego odczytywana jest lista zawierająca jeden lub więcej kluczy.
Pierwsze pole rozdzielane białymi znakami w każdym niepustym wierszu niebędącym komentarzem
jest używany jako , a wszelkie pozostałe dane w linii są ignorowane. Pozwala to na różnorodność
plików danych rozdzielanych białymi znakami, które mają być używane jako S.
Podczas używania -f oraz , if został zindeksowany, klucze są pobierane w pliku
kolejności, w jakiej występują w , ale jeśli nie jest indeksowany, klucze są pobierane
w kolejności, w jakiej występują . Jest to efekt uboczny implementacji tego
umożliwia pobranie wielu kluczy, nawet jeśli jest strumieniem, którego nie można przewijać, np
standardowa rura wejściowa.
W normalnym użytkowaniu (bez --indeks or -f opcje), może być „-” (myślnik), co oznacza
odczytywanie danych wejściowych z stdin a nie plik. z --indeks opcja, Nie może być
'-'; indeksowanie standardowego strumienia wejściowego nie ma sensu. Z -f opcja albo
or (ale nie oba) mogą mieć wartość „-”. Często szczególnie przydatne jest czytanie
ze standardowego wejścia, ponieważ pozwala to na użycie dowolnej linii poleceń
wywołania umożliwiające utworzenie listy nazw CM lub dostępów, a następnie pobranie ich wszystkich do nowego pliku,
tylko jednym poleceniem.
Domyślnie CM jest drukowany na standardowe wyjście w formacie Infernal-1.1.
OPCJE
-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.
-f Drugim argumentem wiersza poleceń jest a zamiast jednego . Połączenia
pierwsze pole w każdym wierszu pliku służy do odzyskiwania (imię CM
lub przystąpienie). Puste wiersze i wiersze komentarza (zaczynające się od znaku #) są
ignorowane.
-o Wyprowadź CM(y) do pliku zamiast na standardowe wyjście.
-O Wyprowadź CM(y) do poszczególnych nazwanych plików zamiast standardowego wyjścia. Z
-f opcji, może to spowodować utworzenie wielu plików.
--indeks
Zamiast pobierać jeden lub więcej profili z , indeksuj dla
przyszłe pobrania. To tworzy .ssi binarny plik indeksu.
Użyj cmfetch online, korzystając z usług onworks.net
