cmsearch - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

cmsearch - przeszukuje modele kowariancji w bazie danych sekwencji

STRESZCZENIE

cmwyszukiwarka [opcje]

OPIS

cmwyszukiwarka służy do wyszukiwania jednego lub większej liczby modeli kowariancji (CM) względem sekwencji
Baza danych. Dla każdego CM w , użyj tego zapytania CM, aby przeszukać docelową bazę danych
sekwencje w , i wygeneruj listy rankingowe sekwencji z najbardziej znaczącymi
pasuje do CM. Aby zbudować CM z wielu linii trasowania, zobacz cmbudowa.

Zapytanie musi zostać skalibrowany pod kątem wartości E za pomocą cmkalibruj. Jako specjalny
wyjątek, wszystkie modele w które mają zerowe pary zasad, nie muszą być kalibrowane. Dla
W przypadku tych modeli zamiast algorytmów CM, jak omówiono, zastosowane zostaną algorytmy wyszukiwania profili HMM
dalej poniżej.

Zapytanie może mieć wartość „-” (znak myślnika), w takim przypadku zapytanie CM będzie miało wartość wejściową
czytać z potok zamiast z pliku. ten może nie być „-”, ponieważ
obecna implementacja musi mieć możliwość przewijania bazy danych, co nie jest możliwe w przypadku
stdin wkład.

Format wyjściowy został zaprojektowany tak, aby był czytelny dla człowieka, ale często jest tak obszerny, że
czytanie go jest niepraktyczne, a analizowanie go jest uciążliwe. ten --tblout opcja zapisuje dane wyjściowe w a
prosty format tabelaryczny, który jest zwięzły i łatwiejszy do przeanalizowania. ten -o opcja pozwala
przekierowanie głównego wyjścia, w tym wyrzucenie go w /dev/null.

cmwyszukiwarka ponownie bada końce 5' i 3' sekwencji docelowych przy użyciu specjalistycznych algorytmów
do wykrywania kadłubowy trafienia, w których część końca 5' i/lub 3' rzeczywistego fulla
W pliku sekwencji docelowej brakuje sekwencji homologicznej długości. Tego typu hity
będą najczęściej w plikach sekwencji składających się z niezmontowanych odczytów sekwencjonowania. Za pomocą
domyślnie, każde skrócone trafienie 5' musi zawierać pierwszą resztę celu
sekwencja, z której pochodzi in , a każde skrócone trafienie 3' musi zawierać
końcowa reszta sekwencji docelowej, z której pochodzi. Każde ścięte 5' i 3' trafienie musi
zawierać pierwszą i ostatnią resztę sekwencji docelowej, z której pochodzi. ten --dowolny trunc
opcja złagodzi wymagania dotyczące włączenia punktów końcowych sekwencji do trafienia i zostanie obcięta
trafienia mogą rozpoczynać się i kończyć w dowolnych pozycjach sekwencji docelowych. Co ważne
chociaż, z --anytrunc, trafione wartości E będą mniej dokładne, ponieważ kalibracja modelu nie
nie bierz pod uwagę możliwości obciętych trafień, więc używaj go ostrożnie. ten --notrunc
opcja może być użyta do wyłączenia wykrywania obciętych trafień. --notrunc zmniejszy bieg
czas cmwyszukiwarka, najbardziej znaczący dla celu pliki zawierające wiele krótkich
sekwencje.

Wykrywanie obciętych trafień jest automatycznie wyłączane, gdy --maks., --nommm, --qdb, or
--bez pasm Opcje są używane, ponieważ opierają się na zastosowaniu przyspieszonego pasma HMM
strategii wyrównywania, która jest wyłączona przez którąkolwiek z tych opcji.

OPCJE

-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.

-g Włącz Glocal algorytm wyrównania, globalny względem modelu zapytania i
lokalne względem docelowej bazy danych. Domyślnie lokalne wyrównanie
stosowany jest algorytm, który jest lokalny zarówno w odniesieniu do sekwencji docelowej, jak i
Model. W trybie lokalnym wyrównanie, aby w razie potrzeby objąć dwie lub więcej podsekwencji
(np. jeśli struktury modelu zapytania i sekwencji docelowej są tylko częściowo
współdzielone), pozwalając na pewne duże wstawienia i usunięcia w strukturze
karane inaczej niż normalne indele. Tryb lokalny działa lepiej na empirycznych
wzorców i jest znacznie bardziej czuły na zdalne wykrywanie homologii.
Empirycznie, wyszukiwania glokalne zwracają o wiele mniej trafień niż wyszukiwania lokalne, więc glokalne
może być pożądane w przypadku niektórych zastosowań. Z -G, nawet wszystkie modele muszą zostać skalibrowane
te, które mają zerową liczbę par zasad.

-Z Oblicz wartości E tak, jakby rozmiar przestrzeni wyszukiwania wynosił megabazy (Mb). Bez
przy użyciu tej opcji wielkość przestrzeni poszukiwań jest definiowana jako całkowita liczba
nukleotydy w razy 2, ponieważ obie nici każdej sekwencji docelowej będą
zostać przeszukany.

--pomoc programistyczna
Wydrukuj pomoc, jak w przypadku -h , ale także opcje eksperckie, które nie są wyświetlane
w -h . Oczekuje się, że te opcje eksperckie nie będą odpowiednie dla ogromnej
większość użytkowników i dlatego nie są opisane na stronie podręcznika. Jedyne zasoby
dla zrozumienia, co tak naprawdę robią, są krótkie jednowierszowe opisy wyjściowe
jeśli chodzi o komunikację i motywację --pomoc programistyczna jest włączona, a kod źródłowy.

OPCJE DLA KONTROLOWANIE WYDAJNOŚĆ

-o Skieruj główne czytelne dla człowieka wyjście do pliku zamiast domyślnego standardowego wyjścia.

-A Zapisz wielokrotne wyrównanie wszystkich znaczących trafień (tych satysfakcjonujących włączenie
progi) do pliku .

--tblout
Zapisz prosty plik tabelaryczny (rozdzielany spacjami) podsumowujący znalezione trafienia, z jednym
linia danych na trafienie. Format tego pliku jest opisany w instrukcji obsługi Infernal.

--wg Użyj przystąpień zamiast nazw w głównych danych wyjściowych, jeśli są dostępne dla profili
i/lub sekwencje.

--noali
Pomiń sekcję wyrównania z głównego wyjścia. Może to znacznie zmniejszyć wydajność
objętość.

--notekstw
Ogranicz długość każdej linii w głównym wyjściu. Domyślny limit to 120
znaków na linię, co pomaga w czytelnym wyświetlaniu wyjścia na terminalach i
w edytorach, ale może skrócić linie opisu profilu docelowego.

--tekstw
Ustaw limit długości linii wyjścia głównego na znaków w wierszu. Wartość domyślna to
120.

--gadatliwy
Uwzględnij dodatkowe statystyki potoku wyszukiwania w głównych danych wyjściowych, w tym filtr
statystyki przeżycia dla wykrywania trafień obciętych i liczby odrzuconych kopert
z powodu przepełnienia rozmiaru matrycy.

OPCJE KONTROLOWANIE RAPORTOWANIE PROGI

Progi raportowania kontrolują, które trafienia są raportowane w plikach wyjściowych (główne wyjście i
--tbluut) Trafienia są uszeregowane według istotności statystycznej (wartość E). Domyślnie wszystkie trafienia
o wartości E <= 10 są zgłaszane. Poniższe opcje pozwalają zmienić domyślne
Progi raportowania wartości E lub zamiast tego użyć progów punktacji bitowej.

-E W danych wyjściowych na cel zgłoś sekwencje docelowe z wartością E <= . Połączenia
domyślna wartość to 10.0, co oznacza, że ​​średnio zostanie zgłoszonych około 10 fałszywych alarmów
na zapytanie, dzięki czemu możesz zobaczyć szczyt szumu i sam zdecydować, czy jest
naprawdę hałas.

-T Zamiast progowania wyników na cm dla wartości E, zgłoś sekwencje docelowe za pomocą
wynik bitowy >= .

OPCJE DLA WŁĄCZENIE PROGI

Progi włączenia są bardziej rygorystyczne niż progi zgłaszania. Kontrola progów włączenia
które trafienia są uważane za wystarczająco wiarygodne, aby można je było uwzględnić w wyrównaniu wyjściowym lub
w ewentualnej kolejnej rundzie poszukiwań lub oznaczone jako znaczące („!”) w przeciwieństwie do
wątpliwe („?”) w wynikach trafień.

--incE
Użyj wartości E <= jako próg włączenia trafień. Wartość domyślna to 0.01,
co oznacza, że ​​średnio na każde 1 . można spodziewać się około 100 fałszywego wyniku
wyszukiwania z różnymi sekwencjami zapytań.

--incT
Zamiast używać wartości E do ustawiania progu włączenia, zamiast tego użyj bitu
wynik >= jako próg włączenia trafień. Domyślnie ta opcja jest wyłączona.

OPCJE DLA SPECYFICZNY DLA MODELU SCORE PRÓG

Wyselekcjonowane bazy danych CM mogą definiować określone progi punktacji bitowej dla każdego CM, zastępując dowolne
progowanie oparte wyłącznie na istotności statystycznej.

Aby skorzystać z tych opcji, profil musi zawierać odpowiednie (GA, TC i/lub NC)
opcjonalna adnotacja o progu wyniku; to jest odbierane przez cmbudowa z formatu sztokholmskiego
pliki wyrównania. Każda opcja progowania ma wynik bity i działa tak, jakby -T
--incT został zastosowany specjalnie przy użyciu ustalonych progów każdego modelu.

--cut_ga
Użyj wyników GA (zbieranie) w modelu, aby ustawić raportowanie trafień i uwzględnienie
progi. Progi GA są ogólnie uważane za wiarygodne kuratorowane
progi określające przynależność do rodziny; np. w Rfam te progi
zdefiniuj, co zostanie uwzględnione w Rfam Pełne wyrównania na podstawie wyszukiwań za pomocą Rfam Seed
modele.

--cut_nc
Użyj progów punktacji bitów NC (odcięcia szumów) w modelu, aby ustawić raportowanie trafień
i progi włączenia. Progi NC są ogólnie uważane za wynik
znany fałszywie pozytywny wynik o najwyższym wyniku.

--cut_tc
Użyj progów wyniku TC (zaufanego odcięcia) w modelu, aby ustawić raportowanie trafień
i progi włączenia. Progi TC są ogólnie uważane za wynik
najniżej oceniony znany prawdziwy pozytywny wynik, który jest przede wszystkim znanym fałszywym alarmem.

OPCJE KONTROLOWANIE THE PRZYŚPIESZENIE RUROCIĄG

Wyszukiwania Infernal 1.1 są przyspieszane w sześciostopniowym potoku filtrów. Pierwsza piątka
etapy używają profilu HMM do definiowania obwiedni, które są przekazywane do etapu szóstego CM CYK
filtr. Wszelkie koperty, które przetrwają wszystkie filtry, otrzymują końcowe wyniki za pomocą CM
Wewnątrz algorytmu. (Więcej informacji można znaleźć w podręczniku użytkownika.)

Profilowy filtr HMM jest zbudowany przez cmbudowa program i jest przechowywany w .

Każdy kolejny filtr jest wolniejszy od poprzedniego, ale lepszy od tego w
rozróżnianie między podsekwencjami, które mogą zawierać trafienia CM o wysokich wynikach, a tymi, które je zawierają
nie. Pierwsze trzy stopnie filtra HMM są takie same, jak te używane w HMMER3. Etap 1 (F1)
to lokalny filtr HMM SSV zmodyfikowany dla długich sekwencji. Etap 2 (F2) to lokalny HMM
Filtr Viterbiego. Etap 3 (F3) to lokalny filtr HMM Forward. Każdy z pierwszych trzech
stage używa profilu HMM w trybie lokalnym, co umożliwia wyrównanie docelowej podsekwencji do
dowolny region HMM. Etap 4 (F4) to glokalny filtr HMM, który wymaga celu
podciąg do wyrównania do pełnowymiarowego profilu HMM. Etap 5 (F5) to glokalny HMM
filtr definicji obwiedni, który wykorzystuje heurystykę identyfikacji domeny HMMER3 do zdefiniowania
granice obwiedni. Po każdym etapie od 2 do 5 krok filtra polaryzacji (F2b, F3b, F4b i
F5b) służy do usuwania sekwencji, które wydają się przeszły przez filtr z powodu stronniczości
sama kompozycja. Wszelkie koperty, które przetrwają etapy od F1 do F5b, są następnie przekazywane z
lokalny filtr CM CYK. Filtr CYK wykorzystuje ograniczenia (pasma) pochodzące z HMM
wyrównanie koperty w celu zmniejszenia liczby wymaganych obliczeń i zaoszczędzenia czasu.
Wszelkie koperty, które przechodzą przez CYK, są oceniane za pomocą lokalnego algorytmu CM Inside, ponownie przy użyciu HMM
zespoły do ​​przyspieszenia.

Domyślne progi filtra, które definiują minimalny wynik wymagany dla podciągu do
przetrwać każdy etap są definiowane na podstawie rozmiaru bazy danych w (lub rozmiar
w megabazach (Mb) określonych przez -Z or --F Z opcje). W przypadku większych baz danych,
filtry są bardziej rygorystyczne, co prowadzi do większego przyspieszenia, ale potencjalnie większych strat
wrażliwość. Powodem jest to, że w przypadku większych baz danych trafienia muszą mieć wyższe wyniki
osiągnąć istotność statystyczną, a więc bardziej rygorystyczne filtrowanie, które usuwa niższą punktację
nieznaczne trafienia są dopuszczalne.

Progi wartości P dla wszystkich możliwych rozmiarów przestrzeni wyszukiwania i wszystkich etapów filtrowania to
wymienione obok. (Próg wartości P wynoszący 0.01 oznacza, że ​​około 1% najwyższej punktacji)
oczekuje się, że podsekwencja niehomologiczna przejdzie przez filtr.) Z jest zdefiniowane jako liczba
nukleotydów w pełnym pliku sekwencji docelowej razy 2, ponieważ obie nici będą
przeszukiwane z każdym modelem.

Jeśli Z jest mniejsze niż 2 Mb: F1 wynosi 0.35; F2 i F2b są wyłączone; F3, F3b, F4, F4b i F5 wynoszą 0.02;
F6 to 0.0001.

Jeśli Z wynosi od 2 Mb do 20 Mb: F1 wynosi 0.35; F2 i F2b są wyłączone; F3, F3b, F4, F4b i F5
wynoszą 0.005; F6 to 0.0001.

Jeśli Z wynosi od 20 Mb do 200 Mb: F1 wynosi 0.35; F2 i F2b wynoszą 0.15; F3, F3b, F4, F4b i F5
wynoszą 0.003; F6 to 0.0001.

Jeśli Z wynosi od 200 Mb do 2 Gb: F1 wynosi 0.15; F2 i F2b wynoszą 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5,
a F5b wynoszą 0.0008; a F6 wynosi 0.0001.

Jeśli Z wynosi od 2 Gb do 20 Gb: F1 wynosi 0.15; F2 i F2b wynoszą 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5 i
F5b to 0.0002; a F6 wynosi 0.0001.

Jeśli Z jest większe niż 20 Gb: F1 wynosi 0.06; F2 i F2b wynoszą 0.02; F3, F3b, F4, F4b, F5 i F5b
są 0.0002; a F6 wynosi 0.0001.

Te progi zostały wybrane na podstawie wydajności na podstawie wewnętrznego testu porównawczego wielu
różne możliwe ustawienia.

Istnieje pięć opcji kontrolowania ogólnego poziomu filtrowania. Te opcje są w
uporządkuj od najmniej rygorystycznego (najwolniejszy, ale najbardziej wrażliwy) do najbardziej rygorystycznego (najszybszy, ale najmniej)
wrażliwy): --maks., --nommm, --Środek, --domyślny, (jest to ustawienie domyślne), --rfam. i
--hmmtylko. Z --domyślny progi filtrowania będą zależne od rozmiaru bazy danych. Zobacz
wyjaśnienie każdej z tych indywidualnych opcji poniżej, aby uzyskać więcej informacji.

Ponadto doświadczony użytkownik może precyzyjnie kontrolować każdy próg wyniku etapu filtrowania za pomocą
dotychczasowy --F1, --F1b, --F2, --F2b, --F3, --F3b, --F4, --F4b, --F5, --F5b, i --F6 opcje. Jak
a także włączaj i wyłączaj każdy etap za pomocą --noF1, --doF1b, --noF2, --noF2b, --noF3,
--noF3b, --noF4, --noF4b, --noF5, i --nieF6. opcje. Te opcje są wyświetlane tylko
Jeśli --pomoc programistyczna opcja służy do zachowania liczby wyświetlanych opcji z -h
rozsądne i ponieważ oczekuje się, że będą przydatne tylko dla niewielkiej grupy użytkowników.

W specjalnym przypadku, dla dowolnych modeli w które mają zero par zasad, profil HMM
wyszukiwania są uruchamiane zamiast wyszukiwań CM. Algorytmy HMM są bardziej wydajne niż CM
algorytmy, a korzyści z algorytmów CM są tracone w przypadku modeli bez wtórnych
struktura (zero par zasad). Te profilowe wyszukiwania HMM będą działać znacznie szybciej niż
CM przeszukuje. Możesz wymusić wyszukiwanie tylko w HMM za pomocą --hmmtylko opcja. Więcej
Informacje na temat wyszukiwań wyłącznie za pomocą HMM można znaleźć w opisie --hmmtylko opcję poniżej i
podręcznik użytkownika.

--maks Wyłącz wszystkie filtry i uruchom bezpasmowe Inside na każdym celu o pełnej długości
sekwencja. Zwiększa to nieco czułość, przy niezwykle dużym koszcie szybkości.

--nohmm
Wyłącz wszystkie stopnie filtrów HMM (F1 do F5b). Filtr CYK, używający QDB, będzie:
być uruchamiany na każdej sekwencji docelowej o pełnej długości i wymusi próg wartości P równy
0.0001. Każda podsekwencja, która przetrwa CYK, zostanie przekazana do Inside, które:
również używaj QDB (ale luźniejszego zestawu). Zwiększa to nieco czułość, w bardzo
duży koszt prędkości.

--Środek Wyłącz stopnie filtrów HMM SSV i Viterbi (F1 do F2b). Ustaw pozostałe HMM
progi filtra (F3 do F5b) domyślnie do 0.02, ale można je zmienić na w
--Fmid sekwencja. Może to zwiększyć czułość, kosztem szybkości.

--domyślny
Użyj domyślnej strategii filtrowania. Ta opcja jest domyślnie włączona. Filtr
progi są określane na podstawie rozmiaru bazy danych.

--rfam Użyj ścisłej strategii filtrowania opracowanej dla dużych baz danych (ponad 20 GB). Ten
przyspieszy wyszukiwanie, potencjalnie kosztem wrażliwości. Będzie miało nr
efekt, jeśli baza danych jest większa niż 20 Gb.

--hmmtylko
Do wyszukiwania używaj tylko profilu filtra HMM, nie używaj CM. Tylko filtr
etapy od F1 do F3 zostaną wykonane przy użyciu ścisłych progów wartości P (0.02 dla
F1, 0.001 dla F2 i 0.00001 dla F3). Dodatkowo filtr kompozycji stronniczości jest
stosowany po etapie F1 (przy progu przeżycia P=0.02). Każde trafienie, które przetrwa
wszystkie etapy i ma wartość E HMM lub wynik bitowy powyżej progu raportowania;
być wyjściem. Użytkownik może zmienić progi i opcje filtra tylko dla HMM za pomocą
--hmmF1, --hmmF2, --hmmF3, --hmmnobias, --hmmnonnull2, i --hmmmaks. Domyślnie
wyszukiwanie dowolnego modelu z zerowymi parami bazowymi zostanie uruchomione w trybie tylko HMM. To może
być wyłączone, zmuszając CM do wyszukiwania tych modeli za pomocą --nohmmtylko opcja.
Opcje te są wyświetlane tylko wtedy, gdy --pomoc programistyczna używana jest opcja.

--F Z
Ustaw progi filtrów jako domyślne używane, jeśli baza danych była megabazy (Mb).
Jeśli jest używany z większa niż 20000 (20 Gb) ta opcja ma taki sam efekt jak
--rfam.

--Fmid
Z --Środek opcja ustaw progi filtra HMM (F3 do F5b) na . By
domyślna, to 0.02.

INNE OPCJE

--notrunc
Wyłącz wykrywanie trafień obciętych.

--dowolny trunc
Zezwalaj na rozpoczęcie i zakończenie skróconych trafień w dowolnej pozycji w sekwencji docelowej. Za pomocą
domyślnie, skrócone trafienia 5' muszą zawierać pierwszą resztę ich sekwencji docelowej
i skrócone trafienia 3' muszą zawierać końcową resztę ich sekwencji docelowej. Z
ta opcja może zaobserwować mniej pełnowymiarowych trafień, które rozciągają się na początek i
koniec zapytania CM.

--nonnull3
Wyłącz korekcje wyniku null3 CM dla stronniczej kompozycji. Ta poprawka jest
nieużywane podczas etapów filtrowania HMM.

--mxrozmiar
Ustaw maksymalny dopuszczalny rozmiar matrycy CM DP na megabajtów. Domyślnie ten rozmiar
wynosi 128 Mb. Powinno to być wystarczająco duże dla większości wyszukiwań,
zwłaszcza przy mniejszych modelach. Gdyby cmwyszukiwarka napotyka kopertę w CYK lub
Wewnątrz etapu, który wymaga większej matrycy, koperta zostanie przeceniona
namysł. To zachowanie jest jak dodatkowy filtr, który zapobiega kosztownym
(powolne) obliczenia CM DP, ale z potencjalnym kosztem wrażliwości. Zauważ, że jeśli
cmwyszukiwarka jest prowadzony w wiele wątków na wielordzeniowej maszynie, a następnie każdy
wątek może mieć przydzieloną macierz o maksymalnym rozmiarze Mb w dowolnym momencie.

--smxrozmiar
Ustaw maksymalny dopuszczalny rozmiar macierzy DP wyszukiwania CM na megabajtów. Domyślnie
ten rozmiar to 128 Mb. Ta opcja ma znaczenie tylko wtedy, gdy CM nie będzie używał HMM
macierze pasmowe, czyli jeśli --maks., --nommm, --qdb, --fqdb, --bez pasków, or
-- bez pasków używane są również opcje. Zauważ, że jeśli cmwyszukiwarka jest prowadzony w
wiele wątków na maszynie wielordzeniowej, każdy wątek może mieć przydzielone
matryca do rozmiaru Mb w dowolnym momencie.

--cyk Użyj algorytmu CYK, a nie Inside, aby określić ostateczny wynik wszystkich trafień.

--acyk Użyj algorytmu CYK, aby wyrównać trafienia. Domyślnie optymalna dokładność Durbina/Holmesa
używany jest algorytm, który znajduje wyrównanie, które maksymalizuje oczekiwaną dokładność
wszystkich wyrównanych pozostałości.

--wcx
Dla każdego CM ustaw parametr W, oczekiwaną maksymalną długość trafienia, na
razy długość uzgodnionego modelu. Domyślnie parametr W jest odczytywany z
plik CM i został obliczony na podstawie prawdopodobieństw przejścia modelu
by cmbudowa. Możesz dowiedzieć się, jakie jest domyślne W dla modelu za pomocą cmstat. To zdjęcie
opcja powinna być używana z ostrożnością, ponieważ wpływa na rurociąg filtrujący na kilka
różne etapy w nieoczywisty sposób. Jest zalecany tylko dla doświadczonych użytkowników
wyszukiwanie trafień, które są znacznie dłuższe niż którykolwiek z homologów użytych do zbudowania
model w cmbudowa, np. te z dużymi intronami lub innymi dużymi insercjami. Ten
opcji nie można używać w połączeniu z --nommm, --fqdb or --qdb Opcje
ponieważ w tych przypadkach W jest ograniczone pasmami zależnymi od zapytania.

--to tylko
Przeszukuj tylko górną (Watson) nić sekwencji docelowych w . Domyślnie
przeszukiwane są obie nici. Spowoduje to zmniejszenie o połowę rozmiaru bazy danych (Z).

--tylko na dole
Przeszukuj tylko dolną (Cricka) nić sekwencji docelowych w . Domyślnie
przeszukiwane są obie nici. Spowoduje to zmniejszenie o połowę rozmiaru bazy danych (Z).

--format
Potwierdź, że plik bazy danych sekwencji docelowych jest w formacie . Akceptowane formaty
zawierać posta, emblować, genbank, ddbj, Sztokholm, pfam, 2m, afa, klasowy, i Filip
Domyślnym ustawieniem jest automatyczne wykrywanie formatu pliku.

--procesor
Ustaw liczbę równoległych wątków roboczych na . Domyślnie Infernal to ustawia
do liczby rdzeni procesora, które wykrywa w twojej maszynie - to znaczy, że próbuje
zmaksymalizuj wykorzystanie dostępnych rdzeni procesora. Ustawienie wyższa niż
liczba dostępnych rdzeni ma niewielką lub żadną wartość, ale warto ją ustawić na
coś mniej. Możesz również kontrolować ten numer, ustawiając środowisko
zmienny, INFERNAL_NCPU. Ta opcja jest dostępna tylko wtedy, gdy Infernal został skompilowany
z obsługą wątków POSIX. Jest to ustawienie domyślne, ale mogło zostać wyłączone o
czas kompilacji witryny lub komputera z jakiegoś powodu.

--stoisko
W przypadku debugowania wersji master/worker MPI: wstrzymaj po uruchomieniu, aby włączyć
programistę, aby dołączyć debugery do działających procesów głównych i roboczych. Wysłać
Sygnał SIGCONT zwalniający pauzę. (W gdb: (Gdb) sygnał SYGKONT) (Tylko
dostępne, jeśli opcjonalna obsługa MPI była włączona w czasie kompilacji.)

--mpi Uruchom w trybie master/pracownik MPI, używając mpiruna. Aby korzystać z --mpi, plik sekwencji musi
zostały najpierw „indeksowane” przy użyciu esl-sfetch programu, który jest dołączony do
Piekielny, w sztaluga/miniaplikacje/ podkatalog. (Dostępne tylko w przypadku opcjonalnego MPI
wsparcie zostało włączone w czasie kompilacji.)

Skorzystaj z cmsearch online, korzystając z usług onworks.net