To jest polecenie compalign, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
compalign - porównuje dwa wielokrotne wyrównania
STRESZCZENIE
wyrównać [-opcje]
OPIS
wyrównać oblicza ułamkową „tożsamość” między zaufanym dopasowaniem a testem
wyrównanie. Te dwa pliki muszą zawierać dokładnie te same sekwencje, w dokładnie tym samym
zamówienie.
Tożsamość dopasowań wielu sekwencji jest zdefiniowana jako uśredniona identyczność
wszystkie dopasowania parami N(N-1)/2.
Ułamkowa tożsamość dwóch zestawów dopasowań parami jest z kolei zdefiniowana w następujący sposób
(dla dopasowanych znanych sekwencji k1 i k2 oraz dopasowanych sekwencji testowych t1 i t2):
dopasowane kolumny / suma kolumn
gdzie całkowita liczba kolumn = całkowita liczba kolumn, w których się znajduje
ważny symbol (bez przerwy) w k1 lub k2;
dopasowane kolumny = liczba kolumn, w których znajduje się jedna z
następujące jest prawdziwe:
k1 i k2 mają ważne symbole w danej kolumnie; t1 i t2
mają te same symbole ustawione w kolumnie t1/t2
wyrównanie;
k1 ma symbol wyrównany do przerwy w k2; tym symbolem w t1 jest
również wyrównane do luki;
k2 ma symbol wyrównany do przerwy w k1; tym symbolem w t2 jest
również wyrównany do luki.
Ponieważ obliczane są wyniki dla wszystkich możliwych par, algorytm jest rzędu (N^2)L dla
N sekwencji o długości L; duże zestawy sekwencji zajmie trochę czasu.
OPCJE
Dodatkowe opcje:
-h Wydrukuj krótką pomoc i informacje o użytkowaniu.
-c Porównuj tylko w ramach oznaczonej struktury konsensusu #=CS.
--informuj
Określ, czy oba wyrównania mają format (na przykład MSF).
--cichy
Pomiń pełny nagłówek (używany w testach regresyjnych).
Korzystaj z Compalign online, korzystając z usług onworks.net
