To polecenie concavity, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
wklęsłość - predyktor miejsc wiązania ligandu białkowego na podstawie struktury i konserwacji
STRESZCZENIE
wklęsłość [opcje] PDBFILE OUTPUT_NAME
OPIS
ConCavity przewiduje miejsca wiązania ligandów białkowych poprzez łączenie sekwencji ewolucyjnych
konserwacja i struktura 3D.
ConCavity przyjmuje jako dane wejściowe strukturę białka w formacie PDB PLIK PDB i opcjonalnie pliki, które
scharakteryzować ewolucyjną konserwację sekwencji łańcuchów w pliku strukturalnym.
Domyślnie generowane są następujące pliki wynikowe:
· Prognozy wiązania ligandu resztkowego dla każdego łańcucha (*.scores).
· Przewidywania wiązania ligandów resztkowych w pliku w formacie PDB (punkty resztkowe umieszczone w pliku
pole współczynnika temp., *_residue.pdb).
· Lokalizacje przewidywanych kieszeni w pliku w formacie DX (*.dx).
· Skrypt PyMOL do wizualizacji przewidywań (*.pml).
Aby zwizualizować przewidywania w programie PyMol (jeśli jest zainstalowany w systemie), załaduj skrypt
wpisując „pymol 1G6C_test1.pml” w wierszu poleceń lub ładując go przez pymol
berło.
Pliki PDB i DX można wprowadzić do innych przeglądarek molekularnych, jeśli wolisz. Kilka
dostępne są dodatkowe formaty wyjściowe; patrz poniżej. Należy zauważyć, że numeracja reszt w
Pliki .scores mogą nie być zgodne z plikiem PDB.
Podejście ConCavity obejmuje trzy etapy koncepcyjne: tworzenie siatki, tworzenie kieszeni
ekstrakcji i mapowania pozostałości (patrz Metody w artykule). Po pierwsze, struktura i
ewolucyjne właściwości białka są wykorzystywane do tworzenia regularnej siatki 3D otaczającej
białko, w którym wynik powiązany z każdym punktem siatki przedstawia szacunkową wartość
prawdopodobieństwo, że nachodzi na związany atom ligandu. Po drugie, grupy sąsiadujących, wysoko-
punkty siatki punktacji są grupowane w celu wyodrębnienia kieszeni, które przylegają do danego kształtu i rozmiaru
ograniczenia. Na koniec każda pozostałość białka jest punktowana z oszacowaniem, jak prawdopodobne jest, że
związać się z ligandem na podstawie jego bliskości do wyekstrahowanych kieszeni.
Każdy z algorytmów opisanych dla tych kroków jest implementowany w wklęsłości. Zobacz
przykłady.
LITERATURA
Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M i Funkhouser TA(2009) Przewidywanie białka
Miejsca wiązania ligandów poprzez połączenie ewolucyjnej konserwacji sekwencji i struktury 3D.
PLoS Comput Biol, 5(12).
OPCJE
PLIK PDB jest plikiem struktury białka w formacie PDB. WYJŚCIE_NAZWA staje się częścią wyjścia
nazwy plików i nie mogą zawierać "/". Dane wyjściowe są zapisywane do bieżącego katalogu.
Wkład
-ochrona PATH
Jeżeli opcja „-conservation” nie jest podana, wówczas informacje o konserwacji nie są
rozważane. Należy zauważyć, że istnieją oddzielne pliki konserwacyjne dla każdego łańcucha białkowego w
struktura, a dane wejściowe dla opcji -conservation stanowią prefiks tych plików.
Wstępnie obliczone pliki konserwacyjne dostępne dla niemal całego PQS w ConCavity
strona internetowa. Jeśli chcesz obliczyć wartości zachowania sekwencji dla własnej
wyrównania, zalecamy algorytm JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/> dostępny jako ocena_konserwacja(1)
z pakietu conservation-code.
Krata Tworzenie
-metoda_siatki ligsite|surfnet|pocketfinder|niestandardowy
-rozkład int int int
Ustaw rozdzielczość siatki.
-rozstaw unosić się
Ustaw odstępy siatki.
Kieszeń Ekstrakcja
-metoda_ekstrakcji szukaj|topn|niestandardowe
-odcięcie_progu_zakresu_ekstrakcji FLOAT
Zatrzymaj iterację szukanie metoda, gdy średnica okna wyszukiwania binarnego jest mniejsza
niż -odcięcie_progu_zakresu_ekstrakcji * upper_threshold. Zalecana wartość: 1e-6.
Zaniedbanie: 0.
Pozostałość Mapowanie
-metoda_mapy_res rozmycie|dystans|dystans-próg|niestandardowy
Każdy z tych algorytmów jest opisany w tekście i każdy ma szereg dodatkowych
parametry, które zmieniają swoje zachowanie. Opcja „custom” pozwala ustawić wartości
wszystkich parametrów dla każdego kroku samodzielnie. Ustawienia wstępne (np. ligsite, search, blur) mogą
nadpisz wartości ustawione w wierszu poleceń, więc użyj „custom”, aby mieć pełną kontrolę.
Wydajność
Istnieje również kilka opcji formatu wyjściowego. Wartości siatki przewidywania kieszeni mogą być wyprowadzane
w następujących formatach:
-drukuj_siatkę_dx 0 | 1
Format DX. To jest 1 domyślnie.
-print_grid_pdb 0 | 1
Format PDB. Przewidywania pozostałości są wyprowadzane jako plik PDB z wynikami pozostałości
mapowane na pole czynnika temp. i numery kieszeni na pole sekwencji reszt.
-drukuj_siatkę_txt 0 | 1
Surowy tekst.
-v Tryb szczegółowy.
PRZYKŁADY
Uwaga: może być konieczne skopiowanie i rozpakowanie przykładowych plików danych przed uruchomieniem
następujące przykłady.
1. Spowoduje to uruchomienie wklęsłości z wartościami domyślnymi (odpowiednik ConCavity^L w artykule)
na strukturze 1G6C.pdb i rozważ wartości konserwatorskie znalezione w
conservation_data/. Ten zestaw przewidywań będzie nazywany „test1”. To generuje
następujące domyślne pliki wynikowe w bieżącym katalogu:
wklęsłość - zachowanie /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1
2. Na przykład, aby ocenić strukturę 1G6C.pdb za pomocą ConCavity_Pocketfinder, Search i
Rozmycie, wpisałbyś:
wklęsłość -konserwacja /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -metoda_siatki pocketfinder -metoda_ekstrakcji search -metoda_mapy_res rozmycie /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur
UWAGI
Autorzy wykorzystują głównie PyMol i Chimera do wizualizacji, ale zakres wyników
formaty oznaczają, że będziesz mógł zaimportować dane do większości programów do analizy strukturalnej.
Daj nam znać, czy interesują Cię inne formaty wyjściowe.
Użyj wklęsłości online za pomocą usług onworks.net
