wklęsłość — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

wklęsłość - predyktor miejsc wiązania liganda białkowego na podstawie struktury i zachowania

STRESZCZENIE

wklęsłość [opcje] PDBFILE OUTPUT_NAME

OPIS

ConCavity przewiduje miejsca wiązania liganda białkowego poprzez połączenie sekwencji ewolucyjnej
konserwacja i struktura 3D.

ConCavity przyjmuje jako dane wejściowe strukturę białka w formacie PDB PLIK PDB i opcjonalnie pliki, które
scharakteryzować ewolucyjną konserwację sekwencji łańcuchów w pliku struktury.

Domyślnie tworzone są następujące pliki wynikowe:

· Resztkowe prognozy wiązania ligandów dla każdego łańcucha (*.scores).

· Prognozy wiązania ligandów resztkowych w pliku w formacie PDB (wyniki reszt umieszczone w formacie
temp. pole czynnika, *_residue.pdb).

· Lokalizacje przewidywania kieszeni w pliku w formacie DX (*.dx).

· Skrypt PyMOL do wizualizacji prognoz (*.pml).

Aby zwizualizować przewidywania w PyMol (jeśli jest zainstalowany w twoim systemie), załaduj skrypt
wpisując „pymol 1G6C_test1.pml” w monicie lub ładując go przez pymol
berło.

Pliki PDB i DX można w razie potrzeby wprowadzać do innych przeglądarek molekularnych. Kilka
dostępne są dodatkowe formaty wyjściowe; patrz poniżej. Należy zauważyć, że numeracja pozostałości w
Pliki .scores mogą różnić się od pliku PDB.

Podejście ConCavity przebiega w trzech krokach koncepcyjnych: tworzenie siatki, kieszeń
ekstrakcja i mapowanie pozostałości (patrz Metody w artykule). Po pierwsze, strukturalne i
właściwości ewolucyjne białka są wykorzystywane do tworzenia regularnego otoczenia siatki 3D
białko, w którym wynik powiązany z każdym punktem siatki reprezentuje oszacowanie
prawdopodobieństwo, że zachodzi na związany atom ligandu. Po drugie, grupy przylegających, wysoko-
punkty siatki punktacji są grupowane w celu wyodrębnienia kieszeni, które przylegają do danego kształtu i rozmiaru
ograniczenia. Na koniec każda reszta białkowa jest oceniana z oszacowaniem prawdopodobieństwa
wiązać się z ligandem na podstawie jego bliskości do wyekstrahowanych kieszeni.

Każdy z algorytmów opisanych dla tych kroków jest realizowany we wklęsłości. Zobacz
przykłady.

LITERATURA

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M i Funkhouser TA(2009) Przewidywanie białka
Miejsca wiązania ligandów poprzez połączenie zachowania sekwencji ewolucyjnej i struktury 3D.
PLoS Comput Biol, 5(12).

OPCJE

PLIK PDB to plik struktury białek w formacie PDB. WYJŚCIE_NAZWA staje się częścią wyjścia
nazw plików i nie może zawierać znaku „/”. Dane wyjściowe są zapisywane w bieżącym katalogu.

Wkład
-ochrona PATH
Jeśli opcja „-konserwacja” nie jest podana, informacje o ochronie nie są
uważany za. Należy zauważyć, że istnieją osobne pliki konserwacyjne dla każdego łańcucha białkowego
struktura, a dane wejściowe do opcji -conservation to przedrostek tych plików.
Wstępnie obliczone pliki konserwatorskie dostępne dla prawie całego PQS w ConCavity
strona internetowa. Jeśli chcesz samodzielnie obliczyć wartości zachowania sekwencji
wyrównania, zalecamy algorytm JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/> dostępny jako ocena_konserwacja(1)
z pakietu kodu ochrony.

Krata Tworzenie
-grid_metoda ligsite|surfnet|pocketfinder|niestandardowe
-rozkład int int int
Ustaw rozdzielczość siatki.

-rozstaw unosić się
Ustaw odstępy siatki.

Kieszeń Ekstrakcja
-metoda_wyodrębniania szukaj|topn|niestandardowe
-odcięcie_progu_wydobycia FLOAT
Zatrzymaj iterację szukanie metoda, gdy średnica okna wyszukiwania binarnego jest mniejsza
niż -odcięcie_progu_wydobycia * górny_próg. Zalecana wartość: 1e-6.
Zaniedbanie: 0.

Pozostałość Mapowanie
-res_mapa_metoda rozmycie|dist|dist-thresh|niestandardowe

Każdy z tych algorytmów jest opisany w tekście, a każdy ma szereg dodatkowych
parametry, które zmieniają ich zachowanie. Opcja „niestandardowa” umożliwia ustawienie wartości
wszystkich parametrów dla każdego kroku samodzielnie. Ustawienia wstępne (np. ligsite, wyszukiwanie, rozmycie) mogą
zastąp wartości ustawione w wierszu poleceń, więc użyj „niestandardowych”, aby mieć pełną kontrolę.

Wydajność
Istnieje również kilka opcji formatu wyjściowego. Kieszonkowe wartości siatki predykcji mogą być wyprowadzane
w formatach:

-print_grid_dx 0 | 1
formacie DX. To jest 1 domyślnie.

-print_grid_pdb 0 | 1
formacie PDB. Prognozy pozostałości są wyprowadzane jako plik PDB z punktacją pozostałości
odwzorowany na temp. pole czynnika i numery kieszeni do pola sekwencji reszt.

-print_grid_txt 0 | 1
Surowy tekst.

-v Tryb szczegółowy.

PRZYKŁADY

Uwaga: może być konieczne skopiowanie i rozpakowanie przykładowych plików danych przed uruchomieniem
następujące przykłady.

1. Spowoduje to uruchomienie wklęsłości z wartościami domyślnymi (odpowiednik ConCavity^L w artykule)
na strukturze 1G6C.pdb i rozważ wartości ochrony znalezione w
dane_ochrony/. Ten zestaw predykcji będzie nosił nazwę „test1”. To produkuje
następujące domyślne pliki wyników w bieżącym katalogu:

wklęsłość -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. Na przykład, aby ocenić strukturę 1G6C.pdb za pomocą ConCavity_Pocketfinder, Search i
Rozmycie, wpiszesz:

wklęsłość -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method rozmycie /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

UWAGI

Autorzy używają przede wszystkim PyMol i Chimera do wizualizacji, ale zakres wyjściowy
formaty oznaczają, że powinieneś być w stanie zaimportować dane do większości programów do analizy strukturalnej.
Daj nam znać, jeśli chcesz zobaczyć inne formaty wyjściowe.

Korzystaj z wklęsłości online, korzystając z usług onworks.net