Jest to polecenie cpgplote, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych internetowych stacji roboczych, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
cpgplot - Zidentyfikuj i wykreśl wyspy CpG w sekwencji nukleotydów
STRESZCZENIE
cpgplot -sekwencja następna -okno liczba całkowita -minlen liczba całkowita -mino unosić się -minpc unosić się
-plik wyjściowy plik wyjściowy -wątek przełącznik -wykres ksygraf -obseksp boolean -cg boolean
-pc boolean -pokonać wyczyn
cpgplot -Pomoc
OPIS
cpgplot to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:CpG Islands”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Wymagane Sekcja
-okno liczba całkowita
Procentowa zawartość CG i obserwowana częstotliwość CG jest obliczana w ciągu a
okno, którego rozmiar jest ustawiony przez ten parametr. Okno przesuwa się w dół sekwencji i
statystyki te są obliczane w każdej pozycji, do której okno jest przesunięte. Domyślny
wartość: 100
-minlen liczba całkowita
Ustawia to minimalną długość, jaką musi mieć wyspa CpG, zanim zostanie zgłoszona.
Wartość domyślna: 200
-mino unosić się
Określa to minimalny obserwowany średni stosunek C plus G do CpG w zestawie
10 okien wymaganych przed zgłoszeniem wyspy CpG. Wartość domyślna: 0.6
-minpc unosić się
Ustawia to minimalny średni procent G plus C w zestawie 10 okien, które są
wymagane przed zgłoszeniem wyspy CpG. Wartość domyślna: 50.
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy plik wyjściowy
Ustawia nazwę pliku zawierającego raport o nazwie sekwencji wejściowej, CpG
parametry wyspy i szczegóły wyjściowe wszystkich znalezionych wysp CpG.
-wątek przełącznik
Wartość domyślna: Y
-wykres ksygraf
-obseksp boolean
Jeśli to jest ustawione na prawdę, to wykres obserwowanego do oczekiwanego stosunku C plus G do
CpG w oknie jest wyświetlane. Wartość domyślna: Y
-cg boolean
Jeśli to jest ustawione na true, to wykres regionów, które zostały określone jako
Wyświetlane są wyspy CpG. Wartość domyślna: Y
-pc boolean
Jeśli to jest ustawione na true, to wykres procentu C plus G w oknie to
wystawiany. Wartość domyślna: Y
-pokonać wyczyn
Plik z funkcjami wyjściowymi
Korzystaj z cpgplote online za pomocą usług onworks.net
