Jest to polecenie disulfinder, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
disiarczek - predyktor stanu wiązania dwusiarczkowego cystein i łączności
STRESZCZENIE
disiarczek [OPCJE]
OPIS
„disulfinder” służy do przewidywania stanu wiązania dwusiarczkowego cystein i ich związków
połączenia dwusiarczkowe, zaczynając od samej sekwencji. Dużą rolę odgrywają mostki dwusiarczkowe
w stabilizacji procesu fałdowania kilku białek. Przewidywanie dwusiarczków
mostki z samej sekwencji jest zatem przydatne do badania strukturalnych i funkcjonalnych
właściwości określonych białek. Ponadto wiedza o stanie wiązania disiarczkowego
cystein może wspomóc eksperymentalny proces określania struktury i może być przydatny
w innych zadaniach związanych z adnotacją genomową. „disulfinder” przewiduje wzorce dwusiarczkowe w dwóch
etapy obliczeniowe: (1) stan wiązania dwusiarczkowego każdej cysteiny jest przewidywany przez a
klasyfikator binarny BRNN-SVM; (2) cysteiny, o których wiadomo, że biorą udział w formacji
mostów jest parowanych przez rekurencyjną sieć neuronową w celu uzyskania wzorca łączności.
LITERATURA
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo i P. Frasconi. DIULFIND: stan wiązania dwusiarczkowego
i Cysteine Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (Web Server
wydanie):W177-W181, 2006.
Aby zapoznać się z predyktorem łączności dwusiarczkowej, zobacz:
A. Vullo i P. Frasconi. Przewidywanie połączeń dwusiarczkowych przy użyciu rekurencyjnej sieci neuronowej
Sieci i informacje ewolucyjne, Bioinformatyka, 20, 653-659, 2004.
Aby zapoznać się z predyktorem stanu wiązania cysteiny, zobacz:
P. Frasconi, A. Passerini i A. Vullo. Dwustopniowa architektura SVM do przewidywania
Stan wiązania dwusiarczkowego cystein, Proc. Warsztaty IEEE dotyczące sieci neuronowych dla sygnału
Przetwarzanie, s. 25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini i A.Vullo. Przewidywanie stanu wiązania disiarczkowego
Cysteiny z kombinacjami maszyn jądra, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.
OPCJE
-a, --alternatywy=LICZBA
alternatywne wzorce łączności (domyślnie=3)
-o, --wyjście=DIR
katalog wyjściowy, w którym zostaną zapisane prognozy (domyślnie=$PWD)
-p, --psi2=PLIK|KATALOG
wejście w formacie psi2 (PSI-BLAST Matrix w ASCII), pojedynczy plik lub plik
informator(?). Wygeneruj to za pomocą „blastpgp -j -Q PLIK”, gdzie N >= 2.
-r, --katalog główny=DIR
katalog roboczy (domyślnie =~/disiarczek)
-k, --pkgdatadir=DIR
katalog danych pakietu zawierający Modele (domyślnie=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|ascii}
typ formatu wyjściowego (domyślnie=ascii)
-d --blastdb=DIR
blastpgp -d opcja (domyślnie=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
wyczyść pośrednie pliki predykcji (domyślnie=false)
-P, --usepssm
użyj pssm zamiast liczników dla profili (domyślnie = false)
-C, --znany stan łączenia
załóżmy, że stan wiązania jest znany (jeden plik dla każdego łańcucha w katalogu
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (domyślnie=false)
-v, --wersja
wersja disiarczkowa
-?, --Wsparcie
ekran pomocy
PRZYKŁADY
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
Korzystaj z disulfindera online, korzystając z usług onworks.net
