e-PCR - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

e-PCR — Znajdź miejsca oznaczone sekwencją (STS) w sekwencjach DNA

STRESZCZENIE

e-PCR [-hV] [opcje-posix] plik sts [szybko ...] [opcje zgodności]

OPIS

Program zastępuje wybuch w lokalizacji par starterów w genomie
dać produkt PCR.

OPCJE

opcje-posix to:

-m=## Margines (domyślnie 50)

-w=## Rozmiar słowa (domyślnie 7)

-n=## Dozwolona maksymalna liczba niedopasowań (domyślnie 0)

-g=## Maksymalna dozwolona liczba indeli (domyślnie 0)

-f=## Użyj ## niespójnych słów, zwolnij, jeśli ##>1

-o=## Ustaw plik wyjściowy

-t=## Ustaw format wyjściowy:

1 - klasyczny, zakres (poz1..poz2)

2 - klasyczny, środkowy

3 - tabelaryczne

4 - tabelaryczne z wyrównaniem w komentarzach (wolne)

-d=##-## Ustaw domyślny zakres rozmiarów (domyślnie 100-350)

-p=+- Włącz/wyłącz postprocesowanie trafień

-v=## Flagi szczegółowości

-a=a|f Używaj wyrównań o wstępnie ustalonym rozmiarze (tylko jeśli odstępy> 0), powoli

a — Zawsze lub f — jako rezerwa

-x=+- Użyj maskowania małych liter na końcu 5' starterów (domyślnie -)

-u=+- Wszystkie startery pisane wielkimi literami (domyślnie -)

opcje-compat (zduplikowane opcje-posix) to

M=## Margines (domyślnie 50)

W=## Rozmiar słowa (domyślnie 7)

N=## Liczba dozwolonych niedopasowań (domyślnie 0)

G=## Maksymalna dozwolona liczba indeli (domyślnie 0)

F=## Użyj ## nieciągłych słów

O=## Ustaw plik wyjściowy na ##

T=## Ustaw format wyjściowy (1..3)

D=##-## Ustaw domyślny zakres rozmiarów

P=+- Postprocessing zostaje włączony/wyłączony

V=## Flagi szczegółowości

A=a|f Używaj wyrównań o wstępnie ustalonym rozmiarze (tylko jeśli odstępy> 0), powoli

a — Zawsze lub f — jako rezerwa

X=+- Użyj maskowania małych liter na końcu 5' starterów (domyślnie -)

U=+- Wszystkie startery pisane wielkimi literami (domyślnie -)

-Środek Podobnie jak T=2

Aby uzyskać informacje o dalszych możliwościach wystarczy zadzwonić e-PCR bez żadnych opcji.

Skorzystaj z e-PCR online, korzystając z usług onworks.net