eprimer32e - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

eprimer32 - Wybiera startery do PCR i oligonukleotydy hybrydyzacyjne

STRESZCZENIE

podkład32 -sekwencja następna [-Elementarz przełącznik] -zadanie podstęp [-sonda hybrydowa przełącznik]
-mishybibraryfile w pliku -Mispriminglibraryfile w pliku [-liczba zwrotu liczba całkowita]
[-uwzględniony region zasięg] [- region docelowy zasięg] [-wykluczony region zasięg]
[-forward input ciąg] [-odwrotne wejście ciąg] -gclamp liczba całkowita -rozmiar liczba całkowita
-minimalny rozmiar liczba całkowita -największy rozmiar liczba całkowita -otm unosić się -mięta unosić się -maks unosić się
-maxdifftm unosić się -ogcprocent unosić się -mingc unosić się -maxgc unosić się -sól unosić się
-dnaconc unosić się -maxpoliks liczba całkowita -psizeopt liczba całkowita -płacz zasięg -ptmopt unosić się
-ptm min unosić się -ptmmax unosić się -owykluczony region zasięg -oligowejście ciąg
-osizeopt liczba całkowita -minimalizm liczba całkowita -omaxrozmiar liczba całkowita -otmopt unosić się
-otmmin unosić się -otmmax unosić się -ogkopt unosić się -ogcmin unosić się -ogcmax unosić się
-saltconc unosić się -odnaconc unosić się -jakieś siebie unosić się -o siebie unosić się
-polyxmax liczba całkowita -omishybmax unosić się -wyjaśnij flagę boolean - flaga pliku boolean
-pierwszy indeks bazowy liczba całkowita -w każdym razie boolean -maxmispriming unosić się
-paramaxmispriming unosić się - numnsakceptowane liczba całkowita -samowolny unosić się -samozakończenie unosić się
-korekta podstęp -tmformuła podstęp -maxendstabilność unosić się -plik wyjściowy plik wyjściowy

podkład32 -Pomoc

OPIS

podkład32 to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Primers”.

OPCJE

Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Sekwencja, z której należy wybrać startery. Sekwencja musi być przedstawiona od 5' do 3'

-Elementarz przełącznik
Powiedz Eprimer32, aby wybrał starter(y) Wartość domyślna: Y

-zadanie podstęp
Powiedz Eprimer32, jakie zadanie ma wykonać. Wartości prawne to 1: „Wybierz startery PCR”, 2: „Wybierz”
Tylko starter przedni”, 3: 'Wybierz tylko starter wsteczny', 4: 'Nie są potrzebne żadne startery'. Domyślny
wartość: 1

-sonda hybrydowa przełącznik
„Wewnętrzny oligo” ma być używany jako sonda do hybrydyzacji (sonda hyb) do:
wykryć produkt PCR po amplifikacji. Wartość domyślna: N

-mishybibraryfile w pliku
Podobny do MISPRIMING-LIBRARY, z tą różnicą, że wydarzeniem, którego staramy się uniknąć, jest hybrydyzacja
wewnętrznego oligo na sekwencje w tej bibliotece, a nie priming z nich. ten
plik musi być w (nieco zastrzeżonym) formacie FASTA (WB Pearson i DJ Lipman,
PNAS 85:8, str. 2444-2448 [1988]); krótko omawiamy organizację tego pliku
poniżej. Jeśli ten parametr jest określony, Eprimer32 lokalnie wyrównuje każdego kandydata
oligo w stosunku do każdej sekwencji biblioteki i odrzuca te startery, dla których lokalna
wynik wyrównania razy określona waga (patrz poniżej) przekracza
WEWNĘTRZNY-OLIGO-MAX-MISHYB. (Maksymalna wartość masy jest arbitralnie ustawiona na
12.0.) Każdy wpis sekwencji w pliku w formacie FASTA musi zaczynać się od „linii identyfikatora”, która
zaczyna się od '>'. Treść linii id jest w tym „nieco ograniczona”
Eprimer32 analizuje wszystko po dowolnej opcjonalnej gwiazdki ('*') jako liczba zmiennoprzecinkowa
liczba do wykorzystania jako waga wymieniona powyżej. Jeśli wiersz identyfikatora nie zawiera gwiazdki, to
domyślna waga to 1.0. Zastosowany system punktacji wyrównania jest taki sam jak w przypadku
obliczanie komplementarności wśród oligonukleotydów (np. SELF-ANY). Pozostała część wpisu
zawiera sekwencję jako linie następujące po id line aż do linii zaczynającej się od '>'
lub koniec pliku. Białe znaki i znaki nowej linii są ignorowane. Znaki „A”, „T”, „G”,
'C', 'a', 't', 'g', 'c' są zachowywane, a każdy inny znak jest konwertowany na 'N' (z
konsekwencją, że wszelkie kody IUB / IUPAC dla niejednoznacznych zasad są konwertowane na „N”).
Nie ma ograniczeń co do długości linii. Pusta wartość tego parametru wskazuje:
że żadna biblioteka nie powinna być używana.

-Mispriminglibraryfile w pliku
Nazwa pliku zawierającego bibliotekę sekwencji nukleotydowych sekwencji, których należy unikać
amplifikacja (na przykład sekwencje powtarzalne lub ewentualnie sekwencje genów w a
rodziny genów, które nie powinny być amplifikowane.) Plik musi być w (nieco ograniczonym)
format FASTA (WB Pearson i DJ Lipman, PNAS 85:8 str. 2444-2448 [1988]); my
krótko omów poniżej organizację tego pliku. Jeśli ten parametr jest określony
następnie Eprimer32 lokalnie wyrównuje każdy starter kandydujący względem każdej sekwencji biblioteki i
odrzuca te startery, dla których lokalny wynik dopasowania pomnożony przez określoną wagę
(patrz poniżej) przekracza MAX-MISPRIMING. (Maksymalna wartość wagi jest arbitralnie)
ustawiony na 100.0.) Każdy wpis sekwencji w pliku w formacie FASTA musi zaczynać się od „id”.
wiersz”, który zaczyna się od „>”. Zawartość wiersza id jest „nieznacznie ograniczona” w
że Eprimer32 analizuje wszystko po dowolnej opcjonalnej gwiazdki ('*') jako zmiennoprzecinkową
liczba do wykorzystania jako waga wymieniona powyżej. Jeśli wiersz identyfikatora nie zawiera gwiazdki, to
domyślna waga to 1.0. Zastosowany system punktacji wyrównania jest taki sam jak w przypadku
obliczanie komplementarności wśród oligonukleotydów (np. SELF-ANY). Pozostała część wpisu
zawiera sekwencję jako linie następujące po id line aż do linii zaczynającej się od '>'
lub koniec pliku. Białe znaki i znaki nowej linii są ignorowane. Znaki „A”, „T”, „G”,
'C', 'a', 't', 'g', 'c' są zachowywane, a każdy inny znak jest konwertowany na 'N' (z
konsekwencją, że wszelkie kody IUB / IUPAC dla niejednoznacznych zasad są konwertowane na „N”).
Nie ma ograniczeń co do długości linii. Pusta wartość tego parametru wskazuje:
że nie należy używać biblioteki powtórzeń.

Dodatkowy Sekcja
Program Opcje
-liczba zwrotu liczba całkowita
Maksymalna liczba par starterów do zwrócenia. Zwrócone pary starterów są sortowane według
ich „jakość”, czyli o wartość funkcji celu (gdzie niższy
liczba wskazuje na lepszą parę starterów). Uwaga: ustawienie tego parametru na dużą
wartość zwiększy czas pracy. Wartość domyślna: 5

Sekwencja Opcje
-uwzględniony region zasięg
Podregion danej sekwencji, w którym należy wybrać startery. Na przykład często
pierwsze kilkanaście zasad sekwencji to wektory i należy je wykluczyć z
namysł. Wartość tego parametru ma postać (początek),(koniec) gdzie (początek)
jest indeksem pierwszej podstawy do rozważenia, a (end) jest ostatnią w
region pobierania starterów.

- region docelowy zasięg
Jeśli określono jeden lub więcej celów, para legalnych starterów musi flankować co najmniej jeden
z nich. Cel może być prostym miejscem powtórzenia sekwencji (na przykład powtórzeniem CA) lub
polimorfizm pojedynczej pary zasad. Wartość powinna być listą oddzieloną spacjami
(start), (koniec) pary gdzie (start) jest indeksem pierwszej bazy docelowej, a
(koniec) jest ostatnim. Eg 50,51 wymaga, aby startery otoczyły 2 zasady w pozycjach 50
i 51.

-wykluczony region zasięg
Oligo starterowe nie mogą nachodzić na żaden region określony w tym znaczniku. Powiązana wartość
musi być rozdzieloną spacjami listą par (start), (koniec), gdzie (start) jest indeksem
pierwsza podstawa wykluczonego regionu, a (koniec) jest ostatnią. Ten tag jest przydatny
do zadań takich jak wykluczanie regionów o niskiej jakości sekwencji lub wykluczanie regionów
zawierające powtarzające się elementy, takie jak ALU lub LINE. Np. 401,407 68,70 zabrania
wybór starterów w 7 zasadach, zaczynając od 401 i 3 zasady w 68.

-forward input ciąg
Sekwencja startera przedniego do sprawdzenia i wokół której zaprojektować startery wsteczne
i opcjonalnie oligonukleotydy wewnętrzne. Musi być podciągiem sekwencji SEQUENCE.

-odwrotne wejście ciąg
Sekwencja startera wstecznego do sprawdzenia i wokół której zaprojektować startery do przodu
i opcjonalnie oligonukleotydy wewnętrzne. Musi być podłańcuchem odwrotnej nici SEKWENCJI.

Elementarz Opcje
-gclamp liczba całkowita
Wymagaj określonej liczby kolejnych G i C na końcu 3' obu
starter przedni i wsteczny. (Ten parametr nie ma wpływu na wewnętrzne oligo, jeśli jest)
jest wymagane.)

-rozmiar liczba całkowita
Optymalna długość (w zasadach) startera oligo. Eprimer32 spróbuje wybrać startery
blisko tej długości. Wartość domyślna: 20

-minimalny rozmiar liczba całkowita
Minimalna dopuszczalna długość podkładu. Musi być większa niż 0 i mniejsza lub równa
do MAX-SIZE. Wartość domyślna: 18

-największy rozmiar liczba całkowita
Maksymalna dopuszczalna długość (w bazach) podkładu. Obecnie ten parametr nie może być
większy niż 35. Limit ten jest regulowany przez maksymalny rozmiar oligo, dla którego Eprimer32's
obowiązuje temperatura topnienia. Wartość domyślna: 27

-otm unosić się
Optymalna temperatura topnienia (stopnie Celsjusza) dla primera oligo. Eprimer32 spróbuje wybrać
podkłady o temperaturach topnienia są zbliżone do tej temperatury. Oligo topienie
wzór na temperaturę w Eprimer32 jest podany w Rychlik, Spencer i Rhoads, Nucleic
Acids Research, tom 18, nr 21, s. 6409-6412 oraz Breslauer, Frank, Bloecker i Marky,
Proc. Natl. Acad. Nauka. USA, tom 83, s. 3746-3750. Proszę odnieść się do poprzedniego artykułu dla
dyskusja w tle. Wartość domyślna: 60.0

-mięta unosić się
Minimalna dopuszczalna temperatura topnienia (stopnie Celsjusza) dla primera oligo. Domyślna wartość:
57.0

-maks unosić się
Maksymalna dopuszczalna temperatura topnienia (stopnie Celsjusza) dla primera oligo. Domyślna wartość:
63.0

-maxdifftm unosić się
Maksymalna dopuszczalna (bez znaku) różnica między temperaturami topnienia
startery do przodu i do tyłu. Wartość domyślna: 100.0

-ogcprocent unosić się
Primer optymalny procent GC. Wartość domyślna: 50.0

-mingc unosić się
Minimalny dopuszczalny procent Gs i Cs w dowolnym podkładzie. Wartość domyślna: 20.0

-maxgc unosić się
Maksymalny dopuszczalny procent Gs i Cs w dowolnym starterze wytworzonym przez Primer. Domyślny
wartość: 80.0

-sól unosić się
Stężenie milimolowe soli (zwykle KCl) w reakcji PCR. Eprimer32 używa tego
argument, aby obliczyć temperatury topnienia oligonukleotydów. Wartość domyślna: 50.0

-dnaconc unosić się
Nanomolowe stężenie annealing oligos w reakcji PCR. Eprimer32 używa tego
argument, aby obliczyć temperatury topnienia oligonukleotydów. Domyślny (50nM) działa dobrze z
standardowy protokół używany w Whitehead/MIT Center for Genome Research -- 0.5
mikrolitry o stężeniu 20 mikromolowym dla każdego startera oligo w 20 mikrolitrach
reakcja z matrycą 10 nanogramów, 0.025 jednostek/mikrolitr polimerazy Taq w 0.1 mM
każdy dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) przy użyciu 35 cykli z
temperatura wyżarzania 56 stopni Celsjusza. Ten parametr odpowiada 'c' in
Równanie Rychlika, Spencera i Rhoadsa (ii) (Nucleic Acids Research, tom 18, nr 21)
gdzie odpowiednia wartość (dla niższego początkowego stężenia matrycy) jest „empirycznie”
określony'. Wartość tego parametru jest mniejsza niż rzeczywiste stężenie
oligos w reakcji, ponieważ jest to stężenie wyżarzających się oligonukleotydów, które w
kolej zależy od ilości matrycy (w tym produktu PCR) w danym cyklu. Ten
stężenie znacznie wzrasta podczas PCR; na szczęście PCR wydaje się dość solidny
dla różnych temperatur topnienia oligo. Zobacz PORADY DOTYCZĄCE ZBIERANIA PODKŁADÓW. Domyślny
wartość: 50.0

-maxpoliks liczba całkowita
Maksymalna dopuszczalna długość powtórzenia mononukleotydu w starterze, na przykład
AAAAAA. Wartość domyślna: 5

Produkt Opcje
-psizeopt liczba całkowita
Optymalna wielkość produktu PCR. 0 oznacza, że ​​nie ma optymalnego produktu
rozmiar. Wartość domyślna: 200

-płacz zasięg
Powiązane wartości określają długości produktu, które użytkownik chce
startery do utworzenia i jest oddzieloną spacjami listą elementów postaci (x)-(y) gdzie
para (x)-(y) to dozwolony zakres długości produktu. Na przykład, jeśli ktoś chce
Produkty PCR mają mieć od 100 do 150 zasad (włącznie), wtedy można to ustawić
parametr na 100-150. Jeśli ktoś chce produkty PCR w zakresie od 100 do 150
baz lub w zakresie od 200 do 250 zasad wtedy ustawia się ten parametr na
100-150 200-250. Eprimer32 faworyzuje zakresy po lewej stronie ciągu parametrów.
Eprimer32 zwróci legalne pary starterów z pierwszego zakresu niezależnie od wartości
funkcja celu dla tych par. Tylko w przypadku niewystarczającej liczby
startery z pierwszego zakresu będą zwracać startery Eprimer32 z kolejnego zakresu.
Wartość domyślna: 100-300

-ptmopt unosić się
Optymalna temperatura topnienia dla produktu PCR. 0 oznacza, że ​​nie ma
optymalna temperatura. Wartość domyślna: 0.0

-ptm min unosić się
Minimalna dozwolona temperatura topnienia amplikonu. Proszę zapoznać się z dokumentacją
w sprawie maksymalnej temperatury topnienia produktu w celu uzyskania szczegółowych informacji. Domyślna wartość:
-1000000.0

-ptmmax unosić się
Maksymalna dopuszczalna temperatura topnienia amplikonu. Produkt Tm jest obliczany
używając wzoru z Bolton i McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) przedstawionego w:
Sambrook, Fritsch i Maniatis, Molecular Cloning, str. 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + 41*(%GC) - 600/długość Gdzie [Na+} to molowy sód
stężenie, (%GC) to procent Gs i Cs w sekwencji, a długość to
długość sekwencji. Podobną formułę stosuje dobór podkładu podstawowego
program w GCG, który zamiast tego używa 675.0/długość w ostatnim semestrze (za F. Baldino,
Jr, MF Chesselet i ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) eqn (1) na
strona 766 bez niezgodności i terminów dotyczących formamidu). Formuły tutaj i w Baldino
i in. załóż Na+ zamiast K+. Według JG Wetmur, Critical Reviews in
BioChem. i Mol. Bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ powinno być równoważne w tych wzorach
do 2 M Na+. Eprimer32 używa tej samej wartości stężenia soli do obliczania zarówno
temperatura topnienia podkładu i temperatura topnienia oligo. Jeśli planujesz
użyj produktu PCR do hybrydyzacji później to zachowanie nie da ci Tm
w warunkach hybrydyzacji. Wartość domyślna: 1000000.0

Wewnętrzne oligo wkład
-owykluczony region zasięg
Środkowe oligonukleotydy nie mogą zachodzić na żaden region określony przez ten znacznik. Powiązana wartość
musi być rozdzieloną spacjami listą par (start), (koniec), gdzie (start) jest indeksem
pierwsza podstawa wykluczonego regionu, a (koniec) jest ostatnią. Często można by zrobić
Regiony docelowe wykluczyły regiony dla wewnętrznych oligonukleotydów.

-oligowejście ciąg
Sekwencja wewnętrznego oligo do sprawdzenia i wokół której należy zaprojektować naprzód i
odwrotne startery. Musi być podciągiem sekwencji SEQUENCE.

Wewnętrzne oligo Opcje
-osizeopt liczba całkowita
Optymalna długość (w bazach) wewnętrznego oligo. Eprimer32 spróbuje wybrać startery
blisko tej długości. Wartość domyślna: 20

-minimalizm liczba całkowita
Minimalna dopuszczalna długość wewnętrznego oligo. Musi być większa niż 0 i mniejsza niż
lub równy INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Wartość domyślna: 18

-omaxrozmiar liczba całkowita
Maksymalna dopuszczalna długość (w bazach) wewnętrznego oligo. Obecnie ten parametr
nie może być większy niż 35. Limit ten jest regulowany przez maksymalny rozmiar oligo, dla którego
Temperatura topnienia Eprimer32 jest prawidłowa. Wartość domyślna: 27

-otmopt unosić się
Optymalna temperatura topnienia (w stopniach Celsjusza) dla wewnętrznego oligo. Eprimer32 spróbuje
wybierz oligo, których temperatura topnienia jest zbliżona do tej temperatury. Oligo
wzór temperatury topnienia w Eprimer32 jest taki sam jak w Rychliku, Spencerze i Rhoadsie,
Badania kwasów nukleinowych, tom 18, nr 21, s. 6409-6412 i Breslauer, Frank, Bloecker
i Marky, proc. Natl. Acad. Nauka. USA, tom 83, s. 3746-3750. Proszę odnieść się do
poprzedni artykuł do dyskusji w tle. Wartość domyślna: 60.0

-otmmin unosić się
Minimalna dopuszczalna temperatura topnienia (stopnie Celsjusza) dla wewnętrznego oligo. Domyślna wartość:
57.0

-otmmax unosić się
Maksymalna dopuszczalna temperatura topnienia (w stopniach Celsjusza) dla wewnętrznego oligo. Domyślna wartość:
63.0

-ogkopt unosić się
Optymalny procent GC wewnętrznego oligo. Wartość domyślna: 50.0

-ogcmin unosić się
Minimalny dopuszczalny procent Gs i Cs w wewnętrznym oligo. Wartość domyślna: 20.0

-ogcmax unosić się
Maksymalny dopuszczalny procent Gs i Cs w dowolnym wewnętrznym oligo wytworzonym przez Primer.
Wartość domyślna: 80.0

-saltconc unosić się
Stężenie milimolowe soli (zwykle KCl) w hybrydyzacji. Eprimer32
wykorzystuje ten argument do obliczenia wewnętrznych temperatur topnienia oligonukleotydów. Domyślna wartość:
50.0

-odnaconc unosić się
Stężenie nanomolowe hybrydyzującego wewnętrznego oligonukleotydu podczas hybrydyzacji. Domyślny
wartość: 50.0

-jakieś siebie unosić się
Maksymalny dopuszczalny wynik lokalnego dopasowania podczas testowania wewnętrznego oligonukleotydu dla (lokalnego)
samokomplementarność. Lokalna samokomplementarność jest brana pod uwagę w celu przewidzenia tendencji
oligo do wygrzewania się do siebie System punktacji daje 1.00 dla komplementarnych zasad,
-0.25 za dopasowanie dowolnej bazy (lub N) z N, -1.00 za niedopasowanie i -2.00 za
Luka. Dozwolone są tylko odstępy dla pojedynczych par zasad. Na przykład ustawienie 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' jest dozwolone (i daje wynik 1.75), ale wyrównanie 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' nie jest brane pod uwagę. Wyniki są nieujemne i a
wynik 0.00 wskazuje, że nie ma rozsądnego lokalnego wyrównania między dwoma
oligo. Wartość domyślna: 12.00

-o siebie unosić się
Maksymalny dopuszczalny globalny wynik dopasowania zakotwiczonego na 3' podczas testowania pojedynczego oligo
za samokomplementarność. System punktacji jest taki jak w przypadku maksymalnej komplementarności
argument. W powyższych przykładach wyniki wynoszą odpowiednio 7.00 i 6.00. Wyniki są
nieujemna, a wynik 0.00 wskazuje, że nie ma rozsądnego zakotwiczenia 3'
globalne dopasowanie między dwoma oligonukleotydami. W celu oszacowania globalnego zakotwiczenia 3'
dopasowania dla kandydatów na oligonukleotydy, Primer zakłada, że ​​sekwencja, z której należy wybrać
oligo są prezentowane od 5' do 3'. WEWNĘTRZNY-OLIGO-SELF-END jest bez znaczenia, gdy jest stosowany do
wewnętrzne oligonukleotydy używane do wykrywania opartego na hybrydyzacji, ponieważ starter-dimer nie będzie
zdarzać się. Zalecamy ustawienie INTERNAL-OLIGO-SELF-END na co najmniej tak wysokie, jak
WEWNĘTRZNE-OLIGO-SAMO-WSZELKIE. Wartość domyślna: 12.00

-polyxmax liczba całkowita
Na przykład maksymalna dopuszczalna długość wewnętrznego powtórzenia oligonukleotydowego
AAAAAA. Wartość domyślna: 5

-omishybmax unosić się
Podobny do MAX-MISPRIMING, z tym wyjątkiem, że ten parametr dotyczy podobieństwa
kandydujące oligonukleotydy wewnętrzne do biblioteki określonej w INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Wartość domyślna: 12.0

Zaawansowane Sekcja
-wyjaśnij flagę boolean
Jeśli ta flaga jest prawdziwa, wygeneruj LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN i INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
znaczniki wyjściowe, które mają na celu dostarczenie informacji o liczbie oligo i
pary starterów, które zbadał Eprimer32, oraz statystyki dotyczące liczby odrzuconej dla
różne powody. Wartość domyślna: N

- flaga pliku boolean
Jeśli skojarzona wartość to prawda, Eprimer32 tworzy dwa pliki wyjściowe dla każdego
wprowadź KOLEJNOŚĆ. Plik (sequence-id).for zawiera listę wszystkich akceptowanych starterów wyprzedzających dla
(sequence-id) i (sequence-id).rev wymienia wszystkie dopuszczalne startery wsteczne dla
(sequence-id), gdzie (sequence-id) jest wartością tagu SEQUENCE-ID (który musi być
dostarczone). Ponadto, jeśli znacznik wejściowy TASK ma wartość 1 lub 4, Eprimer32 tworzy plik
(sequence-id).int, który zawiera listę wszystkich dopuszczalnych oligonukleotydów wewnętrznych. Wartość domyślna: N

-pierwszy indeks bazowy liczba całkowita
Ten parametr jest indeksem pierwszej zasady w sekwencji wejściowej. Do wprowadzania i
wyprowadzanie przy użyciu indeksowania opartego na 1 (takiego jak używane w GenBank i do którego wielu użytkowników)
są przyzwyczajeni) ustaw ten parametr na 1. Dla danych wejściowych i wyjściowych przy użyciu indeksowania opartego na 0
ustaw ten parametr na 0. (Ten parametr wpływa również na indeksy w zawartości
pliki utworzone, gdy ustawiona jest flaga pliku startera.) Wartość domyślna: 1

-w każdym razie boolean
Jeśli prawda, wybierz parę starterów, nawet jeśli LEWE-WEJŚCIE, PRAWE-WEJŚCIE lub WEWNĘTRZNE-OLIGO-WEJŚCIE
narusza określone ograniczenia. Wartość domyślna: N

-maxmispriming unosić się
Maksymalne dozwolone podobieństwo ważone z dowolną sekwencją w MISPRIMING-LIBRARY.
Wartość domyślna: 12.00

-paramaxmispriming unosić się
Maksymalna dozwolona suma ważonych podobieństw pary starterów (jedno podobieństwo dla
każdy starter) z dowolną pojedynczą sekwencją w MISPRIMING-LIBRARY. Wartość domyślna: 24.00

- numnsakceptowane liczba całkowita
Maksymalna dopuszczalna liczba nieznanych zasad (N) w dowolnym starterze.

-samowolny unosić się
Maksymalny dopuszczalny wynik lokalnego dopasowania podczas testowania pojedynczego startera dla (lokalnego)
samokomplementarność i maksymalny dopuszczalny lokalny wynik wyrównania podczas testowania
komplementarność starterów do przodu i do tyłu. Lokalna samokomplementarność to
do przewidywania tendencji podkładów do wygrzewania się ze sobą niekoniecznie
powodując samozasysanie w reakcji PCR. System punktacji daje 1.00 za uzupełnienie
zasad, -0.25 za dopasowanie dowolnej podstawy (lub N) z N, -1.00 za niedopasowanie i -2.00
za lukę. Dozwolone są tylko odstępy dla pojedynczych par zasad. Na przykład wyrównanie 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' jest dozwolone (i daje wynik 1.75), ale
wyrównanie 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' nie jest brane pod uwagę. Wyniki są
nieujemna, a wynik 0.00 wskazuje, że nie ma rozsądnego lokalnego
wyrównanie między dwoma oligonukleotydami. Wartość domyślna: 8.00

-samozakończenie unosić się
Maksymalny dopuszczalny globalny wynik dopasowania zakotwiczonego na 3' podczas testowania pojedynczego startera
za samokomplementarność i maksymalny dopuszczalny globalny wynik wyrównania zakotwiczonego na 3'
podczas testowania komplementarności między starterami przednimi i wstecznymi. Zakotwiczony na 3'
globalny wynik dopasowania jest brany pod uwagę w celu przewidzenia prawdopodobieństwa primingu PCR
startery-dimery, na przykład 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' lub 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............|||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' System punktacji jest następujący:
dla argumentu Maksymalna komplementarność. W powyższych przykładach wyniki to 7.00
i 6.00 odpowiednio. Wyniki nie są ujemne, a wynik 0.00 wskazuje, że
nie ma rozsądnego globalnego dopasowania zakotwiczonego na 3' między dwoma oligonukleotydami. W celu
oszacowanie globalnych dopasowań zakotwiczonych 3' dla starterów kandydujących i par starterów, Primer
zakłada, że ​​sekwencja, z której należy wybrać startery, jest prezentowana od 5' do 3'. To jest
bezsensowne podawanie większej wartości tego parametru niż Maksimum (lokalne)
Parametr komplementarności, ponieważ wynik lokalnego wyrównania będzie zawsze równy
co najmniej tak wysoki, jak wynik globalnego wyrównania. Wartość domyślna: 3.00

-korekta podstęp
Określa formułę korekcji soli do obliczania temperatury topnienia. Domyślny
wartość: 1

-tmformuła podstęp
Określa szczegóły obliczania temperatury topnienia. Wartość domyślna: 1

Elementarz kara Wagi
-maxendstabilność unosić się
Maksymalna stabilność dla pięciu zasad 3' startera lewego lub prawego. Większy
liczby oznaczają bardziej stabilne końce 3'. Wartość to maksymalna delta G dla dupleksu
zakłócenie dla pięciu zasad 3' obliczono przy użyciu parametrów najbliższego sąsiada
opublikowane w Breslauer, Frank, Bloecker i Marky, Proc. Natl. Acad. Nauka. USA, tom 83,
s. 3746-3750. Eprimer32 używa całkowicie liberalnej wartości domyślnej dla wstecz
kompatybilność (którą możemy zmienić w następnym wydaniu). Rychlik poleca maksymalnie
wartość 9 (Wojciech Rychlik, „Wybór starterów do reakcji łańcuchowej polimerazy” w
BA White, wyd., „Metody w biologii molekularnej, tom. 15: Protokoły PCR: obecne metody
and Applications”, 1993, str. 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Wartość domyślna: 9.0

Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy plik wyjściowy

Korzystaj z eprimer32e online za pomocą usług onworks.net