Jest to polecenie est2genomee, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
est2genome - Dopasuj sekwencje EST do sekwencji genomowego DNA
STRESZCZENIE
est2genom -estsekwencja następna -sekwencja genomu sekwencja [-mecz liczba całkowita]
[-niedopasowanie liczba całkowita] [-gapenalty liczba całkowita] [- kara wewnętrzna liczba całkowita]
[- kara za łączenie liczba całkowita] [-minscore liczba całkowita] -odwrócić boolean
-Użyj splotu boolean -tryb podstęp -Najlepsza boolean -przestrzeń unosić się -człapać liczba całkowita
-nasionko liczba całkowita -plik wyjściowy plik wyjściowy -wyrównywać boolean -szerokość liczba całkowita
est2genom -Pomoc
OPIS
est2genom to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Wyrównanie:Globalne”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-estsekwencja następna
-sekwencja genomu sekwencja
Dodatkowy Sekcja
-mecz liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-niedopasowanie liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-gapenalty liczba całkowita
Koszt usunięcia pojedynczej zasady w dowolnej sekwencji, z wyłączeniem intronów Wartość domyślna: 2
- kara wewnętrzna liczba całkowita
Koszt intronu, niezależny od długości. Wartość domyślna: 40
- kara za łączenie liczba całkowita
Koszt intronu, niezależnie od długości i rozpoczęcia/zakończenia w miejscach akceptujących dawców
Wartość domyślna: 20
-minscore liczba całkowita
Wyklucz wyrównania z wynikami poniżej tego wyniku progowego. Wartość domyślna: 30
Zaawansowane Sekcja
-odwrócić boolean
Odwróć orientację sekwencji EST
-Użyj splotu boolean
Użyj miejsc splicingowych donorowych i akceptorowych. Jeśli chcesz zignorować witryny dawcy-akceptanta, to
ustaw to jako fałszywe. Wartość domyślna: T
-tryb podstęp
To określa tryb porównania. Wartość domyślna to „oba”, w takim przypadku oba
nici est są porównywane zakładając kierunek genu do przodu (tj. splicing GT/AG
miejsc), a najlepsze porównanie przerobiono, zakładając odwrócony splicing genów (CT / AC).
kierunek. Inne dozwolone tryby to „do przodu”, gdy jest tylko pasmo do przodu
przeszukany i „odwrotny”, podobnie jak w przypadku odwrotnej nici. Wartość domyślna: oba
-Najlepsza boolean
Możesz wydrukować wszystkie porównania zamiast tylko najlepszego, ustawiając to tak
FAŁSZ. Wartość domyślna: T
-przestrzeń unosić się
Dla rekurencji w przestrzeni liniowej. Jeśli iloczyn długości sekwencji podzielony przez 4 przekracza tę wartość
następnie strategia dziel i zwyciężaj jest używana do kontrolowania wymagań dotyczących pamięci. W tym
sposób, w jaki można wyrównać bardzo długie sekwencje. Jeśli masz maszynę z dużą ilością pamięci
możesz podnieść ten parametr (ale nie przekraczaj fizycznej pamięci RAM maszyny) Domyślnie
wartość: 10.0
-człapać liczba całkowita
-nasionko liczba całkowita
Wartość domyślna: 20825
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy plik wyjściowy
-wyrównywać boolean
Pokaż wyrównanie. Dopasowanie obejmuje pierwsze i ostatnie 5 zasad każdego intronu,
wraz z szerokością intronu. Kierunek łączenia jest oznaczony kątem
nawiasy (do przodu lub do tyłu) lub ???? (nieznany).
-szerokość liczba całkowita
Wartość domyślna: 50
Korzystaj z est2genomee online, korzystając z usług onworks.net
