exonerate-server - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

exonerate-server - serwer porównujący sekwencje dla exonerate

STRESZCZENIE

uniewinniony-serwer [ Opcje ] <indeks ścieżka>

OPIS

uniewinniony-serwer to wielowątkowy serwer dla programu dopasowywania sekwencji uniewinniających.

Wykorzystuje zestaw sekwencji i odpowiedni plik indeksu, aby umożliwić szybki dostęp do dużych zbiorów danych.

INFORMACJE OGÓLNE

Po pierwsze, plik esd plik musi być utworzony z plików sekwencji. The esd plik jest Exonerate
Sequence Dataset plik i może być używany do grupowania dowolnego zestawu sekwencji, gdzie każdy
sekwencje zawierające unikalne identyfikatory. Odbywa się to za pomocą fasta2esd użyteczność.

fasta2esd genom.fasta genom.esd

Następnie plik .esi plik mój być wykonane z esd plik. The .esi plik jest Sekwencją Uniewinniającą
Plik indeksu i zawiera indeks lub zestaw indeksów odpowiadający określonemu zbiorowi danych.
Odbywa się to za pomocą esd2esi użyteczność.

esd2esi genom.esd genom.esi

Po .esi plik został wygenerowany, można uruchomić serwer exonerate.

uniewinniony-serwer genom.esi

Gdy serwer jest uruchomiony, można użyć exonerate do wysłania zapytania do serwera poprzez zastąpienie pliku
sekwencje docelowe w wierszu poleceń z nazwą serwera i numerem portu. The
domyślny numer portu dla serwera exonerate to 12886.

oczyścić zapytanie.fasta localhost: 12886

OPCJE

Niektóre opcje wiersza poleceń dla exonerate-server są takie same jak dla
uniewinnić klienta i są one udokumentowane na stronie podręcznika dla oczyścić. Połączenia
inne opcje, które są specyficzne dla uniewinniony-serwer są tutaj udokumentowane.

--Port
Określ port, na którym serwer ma nasłuchiwać. Domyślnie, uniewinniony-serwer
będzie nasłuchiwał na porcie 12886, ale za pomocą tej opcji można określić alternatywne porty.

--Wejście <indeks plik>
Określ plik indeksu, który ma być używany podczas uruchamiania serwera. Ta opcja jest
obowiązkowy. Plik indeksu to plik .esi plik wygenerowany przez esd2esi użyteczność.

--wstępne ładowanie
Domyślnie indeksy zawarte w pliku .esi plik i sekwencje, o których mowa w
odpowiadających esd są ładowane do pamięci podczas uruchamiania serwera.
Jest to konieczne, aby osiągnąć szybkie działanie, które w przeciwnym razie byłoby utrudnione
częste dostępy do dysku. Ta opcja umożliwia wstępne ładowanie indeksu i sekwencji
wyłączone, co pozwala serwerowi działać znacznie wolniej, ale z większą szybkością
uruchamiania i mniejsze zużycie pamięci. Nie zaleca się wyłączania ładowania wstępnego
chyba że testowanie lub debugowanie serwera.

--maksymalna liczba połączeń
Serwer jest wielowątkowy. Ta opcja ustawia liczbę procesów klienta, które
mogą jednocześnie łączyć się z serwerem. Dla dobrej wydajności, to
nie powinien być ustawiony na więcej niż liczbę procesorów na komputerze, na którym
serwer jest uruchomiony.

--gadatliwość
Ustaw poziom szczegółowości dla serwera. Jeśli wynosi zero, serwer będzie cichy,
a im wyższa liczba, tym więcej komunikatów zgłasza serwer o czym
dzieje się.

INTERFACE

Ta sekcja dokumentuje interfejs komunikacyjny między
klient i serwer. Interfejs jest udokumentowany dla osób, które chcą pisać
ich własny, niestandardowy serwer, który ma siedzieć za uniewinnieniem - do normalnego korzystania z uniewinnienia, to
nie trzeba tego wiedzieć.

Interfejs działa poprzez wysyłanie przez klienta prostych wierszy poleceń i wysyłanie przez serwer
proste linie odpowiedzi przez gniazdo. Wszystkie polecenia i odpowiedzi są prostymi liniami ASCII
text, więc możliwe jest użycie telnetu jako klienta do testowania serwera.

Każde polecenie to pojedynczy wiersz tekstu, ale odpowiedź może zawierać wiele wierszy tekstu. The
odpowiedzi są w formie :

Każda odpowiedź może zawierać wiersze ze znacznikiem ostrzeżenie: or błąd: Te ostrzeżenie: i błąd: tagi
są powtarzane przez klienta, a klient zakończy działanie po ich odebraniu błąd: Odpowiadać.

Kiedy serwer zwraca odpowiedź wielowierszową, pierwsza linia musi zawierać liczbę
linie w całej odpowiedzi jako: liczba linii: Aby zapoznać się z przykładami, zobacz odpowiedzi z otrzymać
hsp polecenia w przykładowej sesji poniżej.

Klient otworzy tylko jedno połączenie z dowolnym serwerem, chociaż jest to połączenie wielowątkowe
serwer jest oczywiście wymagany do umożliwienia jednoczesnego połączenia wielu klientom.

Polecenia i odpowiedzi używany in dla dotychczasowy berło.
polecenie: wersja
Odpowiedź: wersja

polecenie: wyjście
Odpowiedź: ( brak odpowiedzi - serwer zamyka połączenie )

polecenie: Informacje o bazie danych
odpowiedź: dbinfo:

Połączenia Informacje o bazie danych komenda zwraca informacje o bazie danych załadowanej na serwer.
Zwrócone pola to:

albo DNA, albo białko
z miękkim maskowaniem lub bez maski
liczbę sekwencji w bazie danych
długość najdłuższej sekwencji w bazie danych
całkowitą długość wszystkich sekwencji w bazie danych

polecenie: wyszukiwania
Odpowiedz: wyszukaj:

Polecenie lookup służy do mapowania zewnętrznego identyfikatora na wewnętrzny
identyfikator.

polecenie: otrzymać Informacje
odpowiedź: seqinfo: [ ]

Polecenie get info zwraca informacje o sekwencji w bazie danych. The
zwracane pola to:

długość sekwencji
suma kontrolna w formacie gcg (patrz poniżej)
identyfikator zewnętrzny (np. z nagłówka fasta)
linia opisu sekwencji (również z fasta
header), to pole jest opcjonalne i można je pominąć.

polecenie: otrzymać nast
odpowiedź: sekwencja:

Polecenie get seq zwraca całą sekwencję w jednym wierszu.

polecenie: otrzymać podnast
Odpowiedź: podseq:

Polecenie get subseq zwraca część sekwencji. Początek sekwencji to
pozycja zerowa. np. get subseq 0 0 10 zwróci pierwsze 10 baz
pierwsza sekwencja w bazie danych.

polecenie: zestaw pytanie
odpowiedź: dobrze:

Polecenie seq query służy do wysyłania sekwencji zapytań do serwera. To
zwraca długość sekwencji i sumę kontrolną gcg

polecenie: obr.komp
odpowiedź: dobra: pasmo

Komenda revcomp query sprawia, że ​​serwer odwrotnie uzupełnia zapytanie. Ten
jest dwukrotne zaoszczędzenie przepustowości wysyłania zapytania.

Polecenie revcomp target ma na celu poinformowanie serwera, aby traktował bazę danych jako swoją
odwrotne uzupełnienie. Klient wysyła to polecenie tylko podczas wyszukiwania pliku
przetłumaczona baza danych, więc nie musi być implementowana dla większości typów wyszukiwania.

polecenie: zestaw moje pieniądze
odpowiedź: dobrze:

Komenda set parameter wysyła parametry z wiersza komend exonerate do
serwer. Wszystkie te polecenia mogą być ignorowane przez klienta w celach podstawowych
wdrożenia, ale nie można ich zignorować w celu uzyskania optymalnej wydajności.

polecenie: otrzymać hsp
Odpowiedź: hspset: { }
Lub: hspset: pusty

Polecenie get hsps jest głównym poleceniem pobierania zestawów hsps. Serwer
może zwrócić wiele hspsetów. Zwrócone pola to:

Wewnętrzny identyfikator sekwencji docelowej dla tych zestawów HSP.
Pozycja początkowa zapytania hsp
Docelowa pozycja początkowa hsp
Długość hsp

Ostatnie trzy pola reprezentują HSP i mogą być wielokrotnie powtarzane na jednym
zestaw hsp: linia odpowiedzi.

A prosty przykład klient serwer dialog.
% lokalny host telnetu 12886
Próbuję 127.0.0.1...
Połączono z localhost.localdomain.
Znak ucieczki to '^]'.
wersja %
wersja: exonerate-server 2.0.0
% informacji o bazie danych
dbinfo: dna zamaskowane miękko 100000 1701 38113579
% wyszukiwania AA159529.1
wyszukiwanie: 88065
% uzyskać informacje 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene trzustka (#937208) cDNA Homo sapiens
% uzyskaj sekwencję 88065
sekwencja: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% uzyskaj podseq 88065 10 20
podnast.: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
Zapytanie ustawione w % NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
dobrze: 62 2028
% uzyskać hsps
liczba linii: 15
zestaw hsp: 12423 1 349 41
zestaw hsp: 44900 1 356 47
zestaw hsp: 61781 1 358 41 36 392 26
zestaw hsp: 70065 1 349 41 36 383 26
zestaw hsp: 88065 1 1 61
zestaw hsp: 91032 1 357 41 36 391 26
zestaw hsp: 91442 1 350 41 36 384 26
zestaw hsp: 92971 1 348 41 36 382 26
zestaw hsp: 94311 1 375 41
zestaw hsp: 95381 1 346 41 36 380 26
zestaw hsp: 96808 10 385 32 36 410 26
zestaw hsp: 88449 18 11 22
zestaw hsp: 91036 6 6 56
zestaw hsp: 93736 36 400 26
Zapytanie % revcomp
ok: wątek zapytania revcomp
% uzyskać hsps
liczba linii: 6
zestaw hsp: 12564 0 64 26 20 83 41
zestaw hsp: 61780 0 266 61
zestaw hsp: 29148 0 116 61
zestaw hsp: 25849 15 445 22
zestaw hsp: 93938 26 265 34
% Wyjście
Połączenie zostało zamknięte przez zdalnego hosta.

ŚRODOWISKO

Jeszcze nie udokumentowane.

PRZYKŁADY

1. Przykład tworzenia przetłumaczonego indeksu i uruchamiania szybkiego wyszukiwania protein2genomu za pomocą
uniewinniony-serwer

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --translate tak human.genomic.esd
ludzki.genomowy.trans.esi uniewinniony-serwer --port 1234 human.genomic.trans.esi oczyścić
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

WERSJA

Ta dokumentacja jest dołączona do wersji 2.2.0 pakietu exonerate.

Korzystaj z exonerate-server online, korzystając z usług onworks.net