Jest to polecenie fastaq-sequence_trim, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastaq_sequence_trim – Przycina dokładne dopasowania do danego ciągu znaków na początku każdego
sekwencja
OPIS
użycie: fastaq_sequence_trim [opcje]
Przycina sekwencje na początku wszystkich sekwencji w parze plików sekwencji, kiedykolwiek tam są
jest idealnym dopasowaniem. Zachowuje parę odczytu tylko wtedy, gdy oba odczyty pary wynoszą co najmniej a
minimalna długość po przycięciu
pozycyjny argumenty:
plik wejściowy_1
Nazwa przyszłego pliku fasta/q, który ma zostać przycięty
plik wejściowy_2
Nazwa odwróconego pliku fasta/q, który ma zostać przycięty
plik_wyjściowy_1
Nazwa wyjściowego pliku fasta/q
plik_wyjściowy_2
Nazwa wyjściowego pliku fasta/q
przycinanie_sekw
Nazwa pliku sekwencji do wyszukania na początku każdej sekwencji wejściowej
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
--minimalna długość INT
Minimalna długość sekwencji wyjściowych [50]
--revkomp
Przytnij koniec każdej sekwencji, jeśli pasuje do odwrotnego dopełnienia. Ta opcja jest
przeznaczone do przycinania starterów PCR
Użyj fastaq-sequence_trim online, korzystając z usług onworks.net
