To jest polecenie fastaq-to_perfect_reads, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastaq_to_perfect_reads – Twórz idealne odczyty w parach z odniesienia
OPIS
użycie: fastaq_to_perfect_reads [opcje]
odchylenie>
Umożliwia idealne sparowane odczyty końcowe fastq z pliku sekwencji, z rozmiarami wstawek próbkowanymi z
Rozkład normalny. Orientacja odczytu jest innies. Dane wyjściowe to przeplatany plik FASTQ.
pozycyjny argumenty:
infile Nazwa pliku wejściowego
plik wyjściowy
Nazwa pliku wyjściowego
średni rozmiar wkładki
Średni rozmiar wstawki par odczytu
wstaw odchylenie standardowe
Odchylenie standardowe rozmiaru wkładki
średnie pokrycie
Średnie pokrycie odczytów
przeczytaj długość
Długość każdego odczytu
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
--paprochy NAZWA PLIKU
Zapisz sekwencje FASTA fragmentów (czyli odczytaj pary i sekwencje pomiędzy nimi)
do podanej nazwy pliku
--nie Nie dopuszczaj żadnych znaków N lub n w odczytach
--nasionko INT
Seed dla generatora liczb losowych. Domyślnie jest używane domyślne ustawienie Pythona
Użyj fastaq-to_perfect_reads online, korzystając z usług onworks.net
